春秋時「鬼谷子」，世稱王禪老祖，曾觀天地開闢，知萬物之造化，見陰陽之終始，有通天徹地之能，兼顧數術學問，古往今來無人能極。
當時諸侯紛爭，天下不安，正值英雄豪杰建功立業之秋，有孫臏、龐涓、蘇秦、張儀四人，先後拜師于鬼谷子門下，求其傳授「兵家秘訣」，以平亂世。
鬼谷子告訴四個徒弟，兵家秘訣分為「權謀、形勢、技巧」三篇，變化無窮，各有所歸，或陰或陽，或柔或剛，或開或閉，或弛或張。然而勢不相容，因此不能兼顧，只需精通其中一篇，武能安邦，文可治國。
四個弟子不知三篇兵家秘訣有何分別，都曾請教師傅，願聞其詳。
鬼谷子便說︰
形勢者——善知天時、地利、人和，以此權衡天下形勢，度量各方短長，令其或縱或橫，或南或北，或東或西，或反或復，或聯合，或對抗，使天下形勢握于股掌之中。
權謀者——事生謀，謀生計，計生議，議生說，以此審情定機，圖取制勝之道，擁力而避戰，交言而弭兵，不戰而屈人，陰謀陽謀，方略圓略，揣情摩意，縱橫捭闔，無往而不利。
技巧者——「攻殺佔守，布陣行軍，奇門數術，六韜三略，觀象望氣，言談辯論」為技巧。學得此篇，當知兵無定策，策無定形，終能窮通變化，鬼神莫測。
四個弟子听罷，心中各有所想。蘇秦出身農家，自幼刻苦好學，胸懷大志，請鬼谷子傳授「形勢」；張儀乃魏國貴族之後，心機深刻，有為相之才，願學「權謀」；孫臏、龐涓都想拜為上將軍，統兵橫行天下，建立蓋世奇功，因此想學「技巧」。
鬼谷子察其先後，度權量能，根據四人短長，分別加以傳授。
不過兵家秘訣實為四篇，除了「權謀、技巧、形勢」之外，尚有「陰陽」一篇，相傳其中包含隱形藏體之術，混天移地之法，能呼風喚雨，撒豆為兵，斬草為馬，為鬼神所忌，不能泄露于世。
其實兵家秘訣中的陰陽篇，是利用上古三式，從數學的高度抽象模擬了天地萬物，演測宇宙間陰陽消長、交替變化的過程，並將其最大限度地用于戰爭之中，使之產生巨大威力，如果讓它流傳于世，恐有大亂難定，天下百姓盡受茶毒。
所以鬼谷子將兵家秘訣中的陰陽篇，分別藏匿于「權謀、技巧、形勢」三篇之內，傳與四個弟子，讓其互為表里，相輔相成，生克循環，使天下不致受制于一人。
從此兵家三大流派出世，彼此在亂世中互為廝殺，表面上看，是權謀克技巧，技巧克形勢，形勢克權謀。可一旦有人領悟到任意一篇秘訣內的陰陽變化之理，就將生克易位，翦伏群雄，將相持不下的混亂時局歸于一統。
龐涓嫉賢妒能、心胸狹窄，與孫臏二虎相爭，終于慘死在馬陵道，而孫臏則在齊國成就了功名，著書立說，使兵家技巧廣為流傳；蘇秦出山後居趙國相位，提出「合縱抗秦」之說，並兼六國相印，以形勢之利壓制強秦，一時間威風八面；直至張儀做了秦國大夫，推行權謀之術，遠交近攻，使蘇秦的「合縱」坦蕩無存，也為秦國最後統一國家奠定了雄厚基礎。春秋爭霸的歷史，終于落下了帷幕，然而歷史的車輪滾滾向前，三大兵家流派的明爭暗斗也才剛剛開始。
東漢末年，漢室衰微，豪強並起，有官宦世家公子，沛國譙郡人，姓曹名操字孟德，生而穎悟，倜儻不凡，少年時有機變之才，然而性喜任俠，游蕩無度，不修品行學業，眾皆謂之難成大器。
某日，一位蒼髯老叟漫步街前，恰見曹操鮮衣怒馬，騶從如雲，擁簇過市。老叟目送而去，驚呼︰「真國器也，安天下者必為此人，吾當教之！」當即登門求見曹操之父曹崇，當面說明來意，自稱為「通玄真人」，曾于春秋古冢中窺得竹簡天書，此乃兵家不傳之秘，得者翻手成雲，覆手為雨，因于街中視曹操氣宇不凡，故此願傾囊相授。
曹崇見這老叟容貌奇古、談吐非俗，不敢怠慢，轉日就命曹操拜其為師，並囑之︰「自今以往，唯師命是听。」
從此老叟與曹操獨處一室，卻並不談經講史，而是循循善誘，如有弓箭，即以技射教之；如有管弦，即以音律教之，隨其所欲，引今證古加以開導，雖然事近嬉戲，而智識漸開，不出數年，已能熟誦群經諸史，又據其稟性授以兵法權謀，曹操盡測其蘊。
後值世事動蕩，天下將亂，各方招募披甲持戈之士。曹操素有野心，自知精熟兵家權謀，足以帶甲百萬，與天下群雄爭鋒，急于到軍前建功，又恐恩師再將「兵家秘訣」轉授他人，成己之敵，便暗圖窺得陰陽奧妙之後下毒加害。那老叟看出曹操用心不善，自恨養虎成患，當即翩然離去，從此不知所終。
曹操悔之無及，但木已成舟，也只好出仕為宮，並在鎮壓黃巾軍的過程中嶄露頭角，迅速從群雄逐鹿的亂世中月兌穎而出，逐次殲滅北方各個割據勢力，平定了中原，挾天子以令諸侯。建安十三年，曹操佔據江陵，統率八十三萬人馬水陸並進，欲圖統一南北，與孫劉聯軍對峙于赤壁，大戰一觸即發。
赤壁之戰，雙方實力懸殊，以孫劉數萬聯軍，難擋百萬曹軍雷霆之鋒。但深謀遠慮的曹操卻感到處境極其不利，在營中晝夜難安︰一來北兵不服南方水土，軍中爆發疫情，士卒多有死者；二來馬超、韓遂尚在關西，有後患未除；三是剛剛佔據的荊州士民听命于曹軍，也只是暫時受兵勢所迫，而非誠心歸服。此數者皆為用兵之大忌，而孫、劉聯軍雖然僅有數萬之眾，卻憑借天險地勢扼守，諸葛亮、周喻之輩，尤為精通兵家形勢技巧，尚能以寡敵眾，如果曹軍不能一戰成功，恐怕將會陷入月復背受敵之絕境。
所謂「一著棋錯，滿盤皆輸」。曹操雖然多謀善斷，當此局面也不禁束手無策，遲遲不敢揮師南下，眼看隆冬已近，軍中糧草接濟不上，兵士已無廝殺之心，形勢對曹軍更為不利。
且說曹操置身危局，心中焦躁煩惱，食不甘味，一日親自率眾前往江邊勘察敵情，忽然大雨驟至，波浪洶涌，水流猶如滾湯一般緊急，江中沉沉浮浮似有兩條蛟龍相爭，不時有血水涌出，曹操見狀甚覺古怪，指之詢問究竟。
曹操部下立刻找來知情的當地土人，莫告道︰「此非江中之蛟，而是兩只巨黿。那江黿生來性獨，只因窺此處江底洞穴淵深，都欲據此為巢，故而時時相爭，數十年來難分上下，每次都是兩敗俱傷。」
曹操聞言默然不語，他麾下猛將如雲，個個帶著誅龍斬虎之威，皆有力敵萬夫之勇，眾將見曹操面有愁容，就紛紛上前請命道︰「丞相勿慮，容我等下水斬此妖孽！」隨即搭一艘戰船入水，亂箭齊射，江黿見有敵來襲，竟然不再爭斗，同時掉頭撞擊戰船。
曹操窺艦江面良久，驀地生出一計。兵家權謀之道，講求審情定機，揣情摩意，不難看出這二黿為爭一穴互相纏斗，不死不休，遇著外敵時又能結陣以求自保，正同孫劉聯軍一般，吉人言︰「鷸蚌相爭，漁人得利。」如今赤壁之戰難操必勝之券，荊州定而未穩，不如暫且收兵，留下荊州為餌，使孫劉兩家反目成仇，令其自相殘殺消耗實力，侍到我軍踏平西北，再來掃蕩江南，豈不如踏平地一般？
曹操當即決定，要舍去一時之浮名，建立不世之奇功，于是主動露出敗象，自行焚燒大營平息疫情，同時收兵北退。
孫劉聯軍趁勢追擊，但曹軍有虎豹騎精銳斷後，實力未受重創，天下由此形成了三足鼎立的局面。
蜀吳兩方沒能識破曹操的詭計，果然因為爭奪荊州失和，而曹操卻利用這一時機，西征擊潰了以馬超為首的關中諸軍，又消滅了漢中張魯，對西蜀和東吳構成了戰略壓制，構築了整個魏國基礎。
孫權用計奪取荊州，害死了關羽，劉備興兵討伐東吳為關羽報仇，結果被火燒連營兵敗虧輸，病死于白帝城，東吳也元氣大傷，一撅不振，不得不向曹操稱臣。
曹操利用兵家權謀之術，徹底駕馭了天下形勢，眼看大局已定，不免目空海內，但他還不想廢獻帝自立，聲稱︰「縱然天命在我，我也只願意做周文王。」只是沒想到螳螂捕蟬，黃雀在後，當年的老叟已另覓傳人司馬懿，並授以陰陽權謀之道。此人擅長韜光養晦，在曹操死後屢次進獻巨謀奇策，滅蜀平吳，成為了全盤掌控魏國朝政的權臣，曹魏江山終于落入了司馬氏囊中，從此三分歸晉，「兵家秘訣」也暫時在歷史大輪回中銷聲匿跡。
元朝末年，官府統治黑暗腐敗，終于大局糜爛，不可收拾。各地百姓不堪殘暴壓榨，紛紛揭竿而起，群雄相爭，尚不知鹿死誰手。
當時有名士施耐庵，生而好學，博古通今，他痛恨元帝殘暴，常年游走四方，聯絡各地義軍，謀劃抗元大業。
某日，施耐庵被元兵追捕，獨自逃入深山，結果迷失道路，環視四周，所見盡是危石奇峰，絕無人跡，心里甚是惶恐，莽莽撞撞地走了半天，途中見有一個少年乞丐餓倒于路邊，眼看就要餓死了。
施耐庵心地仁厚，便將身邊僅有的半塊干糧給他喂下。那乞丐跪地感謝救命之恩，然後與施耐庵二人結伴尋找出山的路徑。走到深夜里，發現山林中有座破廟，兩人身上又餓又冷，淒惶之際，只好棲身在破廟泥胎中過夜。
施耐庵剛剛睡著，忽听廟里窸窸窣窣有腳步聲響起，他以為是元兵追至此地，大氣也不敢出，從泥胎縫隙里偷眼觀瞧，就見兩位赤瞳黃衫客，正在燈燭下對弈，身後各有侍童數人，執意甚恭。
施耐庵擔心惹禍上身，不敢露面，繼續藏身在泥胎中窺探，卻听那兩位黃衫客縱論古今得失成敗，言辭古意昂然，高談闊論，無不盡中機宜，再看棋局間往來縱橫，似乎暗合兵法，神妙無方，常人難測其奧。
施耐庵大為嘆服，知道是遇到了世外高人，連忙從泥胎中爬將出來，拜見那二位黃衫客，懇請收納為徒，傳授兵法古術，用以匡扶天下。
那兩個黃杉客見狀並不驚訝，當即請施耐庵落座，他們自稱其祖輩乃是春秋戰國時鬼谷子門下，歷代隱居于此山，有許多年不見外人了，而今有人誤入山中，也是機緣難得，看來天下大變在即，合該兵家出世定亂，于是取出一捆竹簡，告之施耐庵︰「此乃兵家秘訣，分為形勢、技巧、權謀三篇，內合陰陽術數，蘊涵天地形勢變化，暗藏扭轉乾坤之機，如能領悟其中一篇奧妙，當有九五之尊。」
施耐庵忙說︰「我一介布衣，從不敢有非分之想，只求能夠輔佐賢明聖主，推翻元人暴政，以解天下蒼生倒懸之苦。」
那兩個黃衫客聞言怪笑了幾聲，當場將竹簡盡數相授，施耐庵再次拜倒叩謝，隨後在燈下翻閱「兵家秘訣」，越看越是入迷，渾然忘卻了身外之事。
蔓地里一陣山風將廟門推開，頓時寒意襲人，施耐庵周身打了個寒戰，等他抬起頭來，卻不見了那些人的蹤影，此時天色破曉，晨霧之間有一群長臂蒼猿，正自穿林越澗而去，為首兩頭巨猿都是赤瞳黃背，空山沉寂，猿聲轉瞬間已在數里之外了。
施耐庵心中驚疑不定，站在破廟中茫然若失，還沒回過神來，忽然腦後被人狠狠打了一記悶棍，當即昏倒在地，等醒來之後，發現腦袋上滿是鮮血，「兵家秘訣」不翼而飛，而那個躲在泥胎中的少年乞氣也早已不知所終。
施耐庵心知是那乞丐恩將仇報，趁己不備，盜走了竹簡兵書，未成想世間竟有如此狼子野心之輩，不由得追悔莫及，卻也無可奈何。好在施耐庵已將「兵家秘訣」盡數記在腦中，當下匆匆忙忙離了荒山野嶺，後來他懷抱宏遠，投奔到農民起義軍張士誠帳下，充為軍中幕僚，謀劃了許多攻城奪地的奇計妙策。卻因張士誠居功自傲，獨斷專行，親信佞臣，疏遠忠良，施耐庵幾次謀勸，張士誠都不予采納，于是憤然離開平江，此後心灰意冷，浪跡江湖，許多年後他才知道，當初自己在深山里搭救的少年乞丐，正是大明朝的開國皇帝朱元璋。
原來濠州有個出身貧苦的朱元璋，幼時名為朱重八，靠給大戶人家放豬放牛為生。元順帝四年淮北蝗災，赤地千里，百姓易子而食。十六歲的朱元璋孤苦無依，成了一個流落鄉野的乞丐。
有一次朱元璋餓倒于深山，被救後不思報答，反而恩將仇報盜走了「兵家秘訣」，以為從此就能當上皇帝，可竹簡上面字跡古樸，難以辨識，就揣在懷中，回到市上請人解讀，不過文意深奧，朱元璋大字認不了幾個，哪里讀得明白？留下來既不當吃也不當穿，還不如換幾個錢飽餐一頓，但他想到如今天下動蕩，正值英雄豪杰建功立業之秋，大丈夫豈可不動一念，這「兵家秘訣」遲早會有用武之地，于是藏帶在身，秘不示人。
此後朱元璋到黃覺寺出家當了和尚，每日帶上木魚、瓦缽，到處游方化緣，終于找機會投奔義軍，並以戰功連續升遷，逐漸形成了自己的勢力，他听聞劉基劉伯溫，有文經武緯之才，就想請其出山，共謀大業，為了表示誠意，不惜以部分「兵家秘訣」相授。
劉伯溫深感其德，從此充為軍師，追隨左右，屢次獻出奇謀良策，使義軍取襄陽，收滁州，平蕪湖，克太平，以摧枯拉朽之勢，橫掃長江兩岸，誅滅張士誠、陳友諒，然後揮師北上，直取大都，將元順帝逐回漠北，終于建立了不世之功。
朱元璋出身草莽，空以徒手奪取天下，從一介放牛童當上了開國的太祖皇帝，自然對那些用兵如神精通謀略的開國元勛深為忌憚，唯恐朝中有人起兵造反，所以劉伯溫雖以大功，只封伯爵。但最使朱元障感到不安的，還是當年救他的那位恩公，他十分後悔當初行凶時做賊心虛，手底下有些發軟，致使留下了隱患。
朱元璋擔心竹簡兵書落入別人手中，早已將竹簡付之一炬，可一想到世間還有某個人掌握著「兵家秘訣」，便寢食難安。但他並不知道施耐庵的身份姓名，時隔多年，也無法再按當年的形貌緝拿此人，于是暗中頒下密旨，命各地嚴加搜捕「兵家秘訣」的傳人。
卻說施耐庵浪跡天涯，多年隱居不出，因感時政衰敗，作《江湖豪客傳》寄托心意。不料此書被洪武皇帝看到，惹得龍顏大怒，認定是宣講謀逆做亂之道，就勒令地方官員，將施耐庵問罪下獄。
施耐庵的門生羅貫中，早年間有志圖王，也曾投奔張士誠及劉福通參加起義軍，但未遇明主，都沒能得到重用，只得遁隱江南，以撰寫戲曲平話為生。在施耐庵下獄後，羅貫中求到劉伯溫府上，望他念在舊日相識的份兒上設法相救。劉伯溫當即上書請命，又勸施耐庵在獄中將《江湖豪客傳》改為《忠義水滸傳》，在八十回本之後另加四十回，專講以宋江為首的草莽豪杰受了招安，報效朝廷，為國盡忠，才使得施耐庵免于一死。
施耐庵此時已經知道了朱元璋的身份，料想那洪武皇帝為人陰狠，又慣于猜忌，不願像唐太宗一般與功臣同始同終，就算那些開國元勛們想要急流勇退，恐怕也難得善終，今後朝廷中必然還有一場血腥浩劫，但大局已定，他身為一介草民，終無回天之力，只把「兵家秘訣」轉授給羅貫中，囑咐他妥善收藏，萬誤失落，時移則事易，事易則備變，隨後郁郁而終。
不出施耐庵所料，洪武皇帝果然開始大肆殺戮功臣，前後有四萬多文臣武將遇害，軍中為之一空，更不允許「兵家秘訣」留在世間。羅貫中暗恨朱元璋殘暴狠毒，立誓讓「兵家秘訣」流傳後世，但朝廷上法度森嚴，明寫兵書無異于自尋死路，況且也沒有書商膽敢出版印制。
羅貫中心生一汁，窮其畢生精力，將神妙無比的「兵家秘訣」分解開來，以明朝開國戰例為素材，全部寫入《三國志通俗演義》，全書借用三國時期復雜的政治軍事斗爭為背景，起自黃巾起義，終于西晉統一，書中褒劉貶曹，寄托了羅貫中師徒對仁君的向往，以及對奸雄的切齒痛恨。
這部暗藏「兵家秘訣」的《三國志通俗演義》，終于在嘉靖元年刊印出版，自此燴炙人口，廣為傳播，改編成評書戲曲的段落不計其數，卻一直沒有任何人察覺到被羅貫中隱匿在書中的「軍事密碼」，也正是由于這篇密碼的存在，徹底顛覆了大明王朝的江山社稷。
轉眼間時移物換，到了明朝末年，已是朝綱敗壞，各地流寇蜂起，沖州撞府，勢如席卷，內憂外患接鐘而來。
清太祖努爾哈赤起兵攻明，八旗鐵甲橫掃遼東，消息傳到北京，舉國憤慨。大廈將傾的危難關頭，天啟皇帝授袁崇煥山海監軍之職，築寧遠城，憑借壁壘堅固和紅夷大炮，重挫八旗精銳。
袁崇煥認為八旗彪悍，來去如風，十分善于野戰，但攻城戰術有限，北騎尤懼大炮轟擊，一遇堅城重炮便無可奈何，所以明軍應當憑借火器，守而後戰，堅壁固壘，避銳擊惰，相機堵剿，可為取勝之道。他采用這一戰術，先後取得了兩次寧遠大捷，預計數年之內即可收復遼東。
但這時候袁崇煥受到朝中奸黨彈劾，不得不稱病請辭，他回到北京叩見皇帝謝恩，心中不免感慨萬千。返鄉前無意獲悉了一個驚天動地的大秘密，相傳古時有「兵家秘訣」，神鬼不測其機，幽冥難窮其幻，羅貫中臨終前留下一部手書原稿，比坊間刊印書籍，多出了一個關于漢代「傳國玉璽」的古怪謎語，原來真正的「兵家秘訣」，都被他用暗語寫在《三國演義》的字里行間。後漢三國時期，各路諸侯討伐董卓時，率先攻入洛陽城的孫堅，在井中得一宮女之尸身上有一紅色盒子，匣中之物正是傳國玉璽。之後孫堅之子孫策將玉璽獻與袁術以借兵馬。孫策用此璽從袁術處換來三干兵將，從而奠定了孫吳霸業之基。袁術稱帝失敗後，玉璽歸屬曹操。羅貫中所著《三國演義》中，凡是涉及傳國玉璽的段落，都與他生前留下的謎語有關，謎語的答案即是解讀「兵家秘訣」的方法。此時關外女真與闖賊都在暗中尋找這份手稿。
袁崇煥急忙寫表上疏，稟告皇帝，女真八旗雖然狡猾悍勇，卻不懂兵法中的詭變之道，所以明軍揚長避短，憑堅城大炮可以穩中求勝，倒也不足為患。但坊間流傳「話本三分」，詳細描寫了三國前後一百多年間的戰爭，這些具體的戰役和戰斗「或是陳師百萬，正面決戰；或是小股設伏，暗中偷襲；或披堅執銳，沖鋒陷陣；或運籌帷幄，決勝千里；或堅壁清野，以逸待勞；或一鼓作氣，連續作戰；或水淹、或火燒；或寡不敵眾，或以少勝多；或先勝後敗、或反敗為勝；有將計就計，于中取事；有乍降投順，內外夾擊；有嫉斬謀士，也有七擒七縱、恩威並施；有空城退敵，有氣殺統帥」。其中所藏之兵機權謀，何止千變萬化，其手稿中更可能暗埋春秋戰國時傳下的「兵家秘訣」，若為關外女真所窺，實乃與虎添翼，恐怕終將成為我大明心月復之患，懇請聖上明察嚴防。
此時朝政紊亂，奸黨橫行，袁崇煥的奏折並未受到重視，幾番明爭暗奪之後，羅貫中的手稿終于落入盛京，隨即被範文程破解了其中的秘密。皇太極正愁統兵的旗主貝勒們不懂漢學兵法，他知道昔日太祖皇帝在大明總兵李成梁府中為奴之時，就常讀「三分」，後來在行軍布陣中獲益匪淺，但也僅得皮毛而已，今得體用之道，何愁大明不滅？當即命範文程將《三國演義》譯成滿文，更作詳細分解，用做兵書，皇太極終于得其所助，使用反奸計，讓崇禎自毀長城，除掉遼東督師袁崇煥，掃平了八旗入關的最大阻礙。
此後滿清鐵騎入關，定鼎燕京，八旗席卷南北，削藩平叛，出兵西北，收復台灣，抗擊沙俄，功業澤被後世，歷史潮流浩浩蕩蕩，轉眼間又是風雲變幻，世事幾度起落浮沉，然而關于「兵家秘訣」的傳奇，卻連清宮最機密的檔案里都沒有留下任何記載，它仍舊默默無聲地沉睡在《三國演義》之中，等待著一個將要改變時代的偉人把它喚醒。