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兩年後，星球上的人發生原因不明的怪病，而克勞德更被神秘的黑衣男子卡達裘一伙人所襲擊，他們更稱呼克勞德為哥哥。
卡達裘三人組，是由薩菲羅斯對杰諾瓦的思念體凝聚而成，神羅二代負責人魯弗斯社長指揮塔克斯小組前往太空洞，曾和依蓮娜在太空洞中找到杰諾瓦頭部，魯弗斯幻想利用頭部重振神羅，卻引發了又一場災難。
原來怪病的真正原因是上次戰爭結束時，隕石爆發後空氣中杰諾瓦的細胞入侵身體，身體產生反抗而痛苦，卡達裘們是受到思念體的杰諾瓦細胞控制而認定杰諾瓦是媽媽，打算搶奪還未完全消滅的杰諾瓦重新融合。
而克勞德則因為生命中重要的兩個人相繼倒在自己面前，而變得懦弱與逃避，在與三人組的對戰中不敵。卡達裘利用魔晶石召喚出究極怪物，企圖毀滅星球，蒂法也為了救丹澤爾，險些喪命。
就在這千鈞一發之際，巴瑞特與伙伴們趕來相救，克勞德也終于拋開一切，舉起劍，在眾人的幫助下，打敗了究極怪物，再一次拯救了星球。
克勞德追上了攜帶著杰諾娃頭部的卡達裘，將要給予了最後一擊，最後關頭，卡達裘將杰諾娃頭部按進了自己的胸口。下一刻，黑色的雲霧籠罩了他的身體。
「不好！」克勞德本能地覺得不對，揮動巨劍當頭砍下。
「叮————」
一聲悠揚的脆響，宣告著克勞德的攻擊無效，一柄長達三米的銀色長刀，在瑰麗的綠色光焰里伸展成型，穩穩擋住了他的攻擊。
黑霧翻滾之中，一頭銀色的長發，如月光般從夜似的黑霧里流瀉而下，一張帥氣得妖異的白皙面龐，緩緩抬起，淡淡說道︰
「久違了，克勞德。」
「薩菲羅斯！」
克勞德失聲驚叫道。顯然是依舊不相信薩菲里斯竟然真的復活了。
「喝！」薩菲羅斯嘴角微微一笑，左手一甩，近三米長的太刀正宗一振，巨大如海嘯般的力量，將克勞德的巨劍彈開，然後，一記猛烈的斬擊化作雷霆，將他轟飛了出去。
這證明薩菲羅斯，依舊強大得足以傲視世界。
即使只是借助一個受傷的卡達裘降臨，又要分出力量操縱黑色生命之泉，去抵擋星球意志的進攻，即使一直能量匱乏，無論魔法還是大招都用不出來，但單純憑刀法肉搏，他依舊強大得足以傲視世界！
克勞德被甩飛，落地時雖然有些踉蹌，但是，好歹不算狼狽，他立馬看向了頭頂。
銀色長發的滅世天使縱身而起，落到了近處一座高樓的樓頂，凌駕一切的氣勢，壓迫得所有人都戰戰兢兢嚴陣以待。
「你的星痕消失了嗎？」他悠然的目光落在克勞德的左臂上，那上面只有一道傷口和一根紅繩，而沒有星痕病的那種墨綠色的黑斑了。帶著淡淡惋惜的表情說道︰「真是讓人不勝惋惜啊。」
「薩菲羅斯，你究竟有什麼陰謀？」克勞德冷著臉喝道。
「死于星痕的死者的靈魂，會隨著生命之泉川流于整個星球之中，並逐步侵蝕它，漸漸將它化成屬于我們的東西。」薩菲羅斯說話的時候，帶著憧憬的表情，「我的願望啊，克勞德，就是以星球為船，橫渡黑暗的宇宙，就像媽媽當年一樣……」
說著，薩菲羅斯緩緩抬起右手，向天空一招，剎那間萬里晴空中，無可計數的黑色雲霧憑空涌現，恰如排山倒海萬馬奔騰，幾秒時間就完全遮蔽了天空。那些依舊患有星痕病的人們。忽然現自己的星痕正在消失，星痕帶來的痛苦也隨之解除，但是。一縷縷墨綠色的煙霧雖然從他們的身上冒出，卻都向著一個方向飄去，
甚至明明是逆風，也沒有絲毫的阻隔，它們在薩菲羅斯的頭頂，形成一個巨大如熱帶風暴的恐怖漩渦，整個世界，都仿佛被黑暗吞噬了。
以前在看電影的時候，辰九夜就一直奇怪，薩菲羅斯出場的這一手翻手為雲，固然風起雲涌氣象萬千，卻好像沒什麼實際作用。不過現在與薩菲羅斯共享一個身體，卻終于知道原因了。因為就在薩菲羅斯出現的時候，感同身受的他就發現，一種巨大的敵意從黃泉碧落四極八荒一起席卷而來，那是以古代種末裔愛麗絲的意志
為前導，整個星球的意志對于杰諾瓦這種生命的痛恨和排斥。而隨之而來的，將是星球再一次凝聚所有生命之泉的力量發動的洪水一樣的攻擊。兩年前，這份力量連幾百公里直徑的巨大隕石都毀滅了，現在的這個身體如果直面星球的打擊，恐怕根本支撐不了多久。
幸好，復活之前薩菲羅斯或者說杰諾瓦就對這種局面作出了準備，無數死于星痕的生命，都帶著被污染的生命力回歸于生命之泉，經過兩年的醞釀，杰諾瓦的力量已經腐蝕了很大一部分生命之泉，現在，薩菲羅斯就是將這些黑色的生命之泉召喚出來，在神羅都市上空形成防御罩，從而將星球意志的打擊隔絕于其外，保證自己不被毀滅。
「……終有一日，我們會找到一顆合適的星球，並在那里構建我們的未來。」
可惜克勞德不關心薩菲羅斯的想法，他有自己要保護的人︰「那這個星球會怎麼樣？」
「那……就要看你的了。」
「嗡嗡嗡————」
薩菲羅斯握著超長正宗刀的左手手腕微微抖動幾下，下一刻，本來即使掛上幾噸重物也不會有任何彎曲的銀色長刀，卻仿佛琴弦一樣搖蕩震顫起來。正是絕技——振刀法！接著薩菲羅斯一擺手，揮刀而下，率先發起了進攻。
而克勞德也沖了上來，大刀再次向著薩菲羅斯橫掃過來。
薩菲羅斯舞動著手中的太刀，正宗在薩菲羅斯的手上幻化出無數刀光銀影，交織出一片光幕，輕松地將克勞德的攻擊擋下。
如果有人能讀懂薩菲羅斯的眼神，甚至會發現這個立志滅世的黑翼天使此時居然微微地走神，目光里露出的是一種追憶和還念的光影，全然沒把眼前克勞德舍生忘死的攻擊看在眼里。
唯一能讀懂薩菲羅斯此時心情的，只有共用一個身體的辰九夜了。
「沒想到，薩菲羅斯居然在這種層次的戰斗下，還可以分心懷念一下自己當年的朋友……話說回來，克勞德的確是當年薩菲羅斯的同伴安琪爾的巨劍系傳人，即使到了現在，薩菲羅斯的心里還是懷念著當年的朋友嗎？可惜天涯陌路，曲終人散，即使薩菲羅斯有滅世之力，卻依舊什麼都沒辦法挽留了呢。」
又是一個對斬，薩菲羅斯借著克勞德的刀勢，沖天而起，直飛上兩三百米的空中。
「剛剛還在想，究竟該在這重逢的日子，送你們什麼禮物……」倒飛的薩菲羅斯那剔透的青碧色眼瞳散發著冷光，話語在緩和中帶著沉沉的壓迫。
「你的死亡！」克勞德追身而上，又是一個斬擊。
「……不如，就送你絕望如何？」薩菲羅斯輕松的將克勞德碾壓下去，自己違背重力的站在大樓牆壁上，俯視著下方立在插入牆壁的巨劍上的克勞德。
「跪下來祈求吧，這樣我也許會保留你的生命。」薩菲羅斯一反身，揮刀橫斬，就見湛藍的流光從刀身上劃過，一道長達百米的巨大刀光凌空而出，將墜落的大樓頂端一刀兩斷，並同時在廢墟之後俯沖了下來。
克勞德好不容易憑著拆開的兩把大刀從廢墟中沖出來，就接到了薩菲羅斯的迎面攻擊。兩人在墜落的石塊中閃轉挪騰，薩菲羅斯一手太刀壓著克勞德雙持大刀喘不過氣。
終于借著一個斬擊，克勞德月兌離了戰場，拄著合並的巨劍不住喘息，而薩菲羅斯又殺了上來。
克勞德不得不舉刀反擊，他明白自己手上一百公斤的巨劍，無論如何也沒可能從招數的精妙上壓過薩菲羅斯，因此猛打猛沖，只想欺近薩菲羅斯身邊，借助三米長的太刀近身不靈活的弱點，殺傷薩菲羅斯。只是薩菲羅斯從出生就被神羅公司全力培養，十幾歲就開始南征北戰，刀法中哪里會有這麼明顯的破綻？因此他一看克勞德想要近身戰，也不阻攔，放任金發少年攻到自己身前，然後用空著的右手和正宗刀刀柄，使出幾下輕巧而精準的攔擋擒拿，輕易就破壞了克勞德的重心，然後一個膝撞轟在他頭上，將克勞德直直崩飛了數十米，撞入了一片廢墟。
薩菲羅斯一個縱躍，跟了上來，還悠閑地擺了個刀勢，才沖了上去。
廢墟中一道人影飛了出來，卻是克勞德渾身裹著耀眼的藍色光焰，全力殺到。他心中涌起當年薩菲羅斯屠殺他家鄉海爾尼姆所有親人的往事，悲憤之中怒火高漲，手中巨劍舞得如同龍卷風一般，無盡的刀光劍影耀得人睜不開眼。
可惜，他的刀再快，也快不過薩菲羅斯的正宗太刀神出鬼沒，攻擊輕易就被破解開來。
被擊退的他又揮著刀沖了上來，一個高躍，想來一個跳劈。
不過，薩菲羅斯僅僅是將左手上的正宗刀抬起。伸長，就直接貫穿了克勞德的身體，將其挑了起來。
「你是否還記得當年的痛？克勞德。此刻再次，給予你刻苦銘心的痛！」
薩菲羅斯的背後哥次伸展出了一只黑色的翅膀，那翅膀將薩菲羅斯襯托的如同墮落天使一般。
薩菲羅斯的手一揚，將克勞德甩上高空，自己也如影隨形，追擊了上去。
「八刀一閃－獠！」
八刀一閃的變型招數施展出來，正宗太刀好像長槍一樣，對著空中的克勞德連連刺出，威力雖然不如正版，但速度卻快了幾倍，最後一刀再次刺穿克勞德的肩胛，薩菲羅斯手臂一掄，將這個金發的巨劍戰士從空中砸到地面上。
克勞德掙扎著拄著巨劍想要爬起來，空中的薩菲羅斯反折了片翼，舉刀沖刺而下。
「你最寶貴的東西，就讓我奪取過來快樂一下吧！」
克勞德倒下了，冥冥之中卻見到了猶如兄長一般的朋友——扎克斯︰「換做是我，絕對不放棄，即使情形很絕望。握緊你的夢想，時刻與戰士的榮耀同在。嘛，雖沒成為戰士，也不妨抱著那顆心。記住，你是我生命的證明。輕松解決他，不過是手下敗將而已。」
「我是你生命的證明。」
克勞德再一次鼓起了勇氣，使出了他的最高技「超究武神霸斬」。
面對沖天而來的克勞德，薩菲羅斯依舊是那麼的優雅。他橫刀格擋，卻沒想到克勞德的合體巨劍——六式里暗藏機關，居然在接觸的瞬間自動彈開解體，令得薩菲羅斯剎那間失去了平衡，而重新分散的六柄大小刀劍，也被灌注了不知名的力量，五柄較小的刀劍像五芒星一樣圍在薩菲羅斯周圍，而最大的一柄則懸浮在他的頭頂。
「喝！」克勞德大喝一聲，身體整個化成藍色的流光，化出數個殘像，各自持著一柄刀劍，從四面八方向薩菲羅斯展開了密集的連斬，短短一剎那，薩菲羅斯已經連中了十幾記重斬，每一刀過後，他身上都會有大蓬的黑霧伴著鮮血崩飛出來。
隨著「噗」的一聲，最後一刀，從上而下劈在了薩菲羅斯身上，克勞德與薩菲羅斯擦身而過，落在地面上，六柄刀劍也分散著落下來，五柄插在他周圍，最大的一柄被接在手里。抬頭看著薩菲羅斯。
「在回憶中安息吧！」
「我，是不會只存在于記憶中的！」
薩菲羅斯依舊微笑著，他背後那一只巨大的黑色羽翼，收攏過來包裹住了自己的身體，繼而在一片黑煙翻滾之中，薩菲羅斯的身形煙消雲散，露出里里面的卡達裘的樣子。
同時，天空中翻滾的巨大黑雲漩渦也逐漸消散，雲開日出，淅淅瀝瀝的潔淨水滴從空中灑落下來，那是星球意志控制的生命之泉，來洗滌整個世界上殘留的杰諾瓦細胞了。所有的星痕感染者，身上的病征都在沐浴這雨露的時候，完全消失了。
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