應該說，不管是南朝皇族，還是北朝皇族，都是很討厭大莊園主們的。試想，有一群人，他們個個都能輕松的拉出一支上千人（甚至更多）的武裝，哪個皇帝不討厭他們。
我們在這里重點介紹東晉和劉宋，因為東晉對士族管理最松，而劉宋最狠。
即使是東晉，倉皇南逃，皇族沒有力量，是靠這些大族武裝打下天下。但是，在東晉剛剛安定沒幾年，皇帝司馬睿就開始急不可耐的限制士族權力。
可笑的是，士族的全面特權，正是司馬睿在三年前登基時公布的。司馬睿登基時，為了讓士族們支持他，所有士族有官位的官升三級，大小士族包括寒士，一律免除「勞役」（以前名義上不免，需要出錢免役）。所涉及的人員超過二十萬。
朝廷限制士族權力，無所謂就是兩方面。第一，命令士族放出一些部曲、食客。第二，就是給自耕農一些貸款扶植，時不時的再免除一點貸款。另外就是，打擊士族在社會上半搶半買土地，強迫農民依附的**行為。
士族大怒，王敦在武昌宣布「清君側」。從武漢到南京，一路上都是士族分子把守強關，竟沒有一人閉關阻擋的。王敦一路上兵不血刃開到南京西郊。大家不要以為王馬共天下，王敦的實力就超強了。因為當時王敦還沒有拿到揚州的兵權，實力並不比南京城里的司馬睿強。可是火燒眉毛時，司馬睿派出三路大軍，全部由大士族統領。
實力最強的一路竟然是王導，去哪里贏！另兩位是周?和戴淵，他們是原南方士族。南方士族可和北方來的士族有矛盾，本該好好打吧，竟然也不給皇帝出力，一上來就敗了。王導巴不得二軍敗績，也不援助，直接給皇帝上表，說自己這一路也敗了。
王敦心中清楚怎麼回事，所以對王導說︰「周?、戴淵應該封為三公，這是肯定的了。」
王導沒支聲，王敦又說︰「那怎麼也得當個副宰相吧（尚書僕射）。」王導還是不語。王敦就說知道了，把周?、戴淵召來殺了。可見，原南方士族和北來的的士族矛盾很大。但是皇帝動了士族階層的女乃酪，沒幾個人全力助他。
其實，在王敦出江州時，他身邊強者林立，但都不去偷襲他後路。可是幾年後，王敦臨死時想過把皇帝癮，以王導、王氏家族為首的大小士族都反對他。王氏家族的官員和他兵戎相見，王敦敗亡。可見，王敦清君側的成功不是軍事成功，而是政治成功。東晉一朝的皇權衰弱，不足以動搖士族統治基礎。
東晉皇族再一次和士族作對，是在司馬道子執政時期。趁著桓氏和謝氏大人物的去世，道子和他兒子加強中央集權。可是管著地方方鎮的大士族，馬上開始攻擊他們，多次抨擊他們。雖然再沒有哪個士族能有和皇家共天下的實力，但是牆倒眾人推，他們兩人最後被士族滅掉。
到了南朝宋齊梁陳，皇家不再和士族共天下，往往以親王督荊州、揚州。劉宋對士族最狠，一有機會就把大士族殺掉。可是，士族統治是社會文明發展到一定階段的必然產物，在它們自身沒有衰落之前，別人很難動搖其根本。有時劉宋甚至小批量的殺士族，可是他們留下的官位，還要由大批的人頂上。在社會制度不變之下，這些人也發展成大士族。這里面最著名的是蘭陵蕭氏，他們本來是寒士中的寒士，後來跟著劉裕造反，成為了大士族。
劉宋往往提拔中等士族，也就是寒士。可是這些人也會發展成大士族。例如史記記載劉宋的顏師伯，「顏師伯居權日久，天下輻輳朝拜、納賄者門庭若市，家產積聚豐厚，妓妾聲樂，盡天下之選，園池宅第，冠絕當時，驕奢yin恣，不可一世。」
這里有人會說，你說的不對，士人有士級，所謂「士庶天隔」。相對而言，庶士（寒士也是士）當了高官，也不能入士級。這一點上大家還不能太認真，皇帝都可以換，他個小小的士族有什麼不能換的。就是在如此嚴格的審批之下，也會有很多人插隊。一般士族就來自跟上一屆皇帝搞篡位活動，還有軍功，這都是以前士族的插隊來源。到了南朝，還出現改祖籍，以欺騙手段冒充士族的。在南朝，幾十年皇帝都換一撥，士族有什麼不能換的。
從東晉到南陳，劉宋對士族最狠。大州刺史往往選親王來做。可是親王督軍事，又回到了西晉末期八王之亂的局面。王公凋零，士族又佔了便宜。
同樣，士族對劉宋也不手軟。在劉裕死後不到兩年，三位顧命大臣就把小皇帝廢了，沒幾天又把小皇帝殺掉。這是士族希望政府回到東晉門閥時代的一次努力。
原因有二。第一，廢立皇帝，皇帝必須有大錯，沒有也得栽贓。欲加之罪，何患無辭。可是小皇帝還真就沒什麼可被廢的理由。沒殺過士族，沒辦過壞事，只是貪玩，就這也可能是栽贓。十七八的小皇帝，一登基就能干好，還要他們顧命大臣干什麼。
我們在看看第三個廢帝是什麼樣的︰劉昱左右從人常攜帶鉗鑿斧鋸，每每施行擊腦、椎陰、剖心的刑罰以為樂趣，每日都殺死數十犯人。如果跟隨他的從人中在施刑時面有不忍之色，劉昱就讓那人立正站直，親自用長矛刺穿殺掉。
不久，听說大臣孫勃家里金銀財寶非常多，劉昱就親率人馬去劫掠，扮作強盜。而且挺刀沖鋒在前，「身先士卒」，第一個沖入。孫勃當時正居喪在家，眼看皇帝帶兵前來，知道家族不免橫死，就撲上前揪住小皇帝（14歲上下）的耳朵，罵道︰「小子，你比桀、紂還要壞，日後難逃屠戮！」左右殺掉孫勃後，劉昱恨這位大臣敢揪自己的耳朵，親自臠割尸體以解恨。
和第三個廢帝比，第一個廢帝就是一個十足的好皇帝。
第二個依據，在選擇新皇帝上，因為劉裕的二子聰明，有威望，顧命大臣不僅不選他，還把他偷偷殺了。選了看起來文弱點的三子劉義隆，即宋文帝。可是沒想到，宋文帝對待士族可比他爹手辣十倍。在他坐穩皇位後，把三大顧命大臣和參與廢立的高官全部殺掉。
劉義隆後來不想傳位于太子劉劭，劉劭就問在劉宋時代才成為大士族的蘭陵蕭氏該怎麼辦。蕭斌竟直接說，殺了老皇帝不就得了。劉劭果然當機立斷，趁夜騙開宮門，殺了皇帝老爹。從始皇帝起，殺老爹繼位的，劉劭是頭一個，所以歷史搞笑的稱他為劉元帝（元凶）。
可是，劉宋一朝對士族比較壓抑，可帶來了更可怕的後果。皇族在每一次繼位戰中，都血拼到底。
大士族也對皇帝不再抱有幻想，一有機會對皇族也是出手狠辣。最後不再幻想和皇族共天下，執政後就自己做皇帝。劉宋建國不到60年。共有九位國君，最後一帝（被殺）是蕭道成的傀儡。先不算他，單說另八位，出了三個廢帝，五帝被殺（含三廢帝）。慘烈異常。
後面的齊梁陳三朝，既不想像東晉一樣和士族共天下，也不敢像劉宋一樣用親族壓迫士族，于是想了個方法。反正大士族有的是錢，他們要的是聲名和社會地位，于是就為大士族子弟杜撰出一些「官名」，位高又沒事干。可是皇家也還是要用人，就只有選寒士干‘辦事’的官。可是寒士並非庶人，他們幾代為官之後也和大士族一樣，只是不能一起步就是三品高官。
總之，南朝即使在小農經濟的生產力超過莊園經濟的生產力之後，仍無法擺月兌士族統治。因為士族的力量已經太強了。（只有像西歐一樣，靠大革命剪除）
由于南朝士族不僅在莊園內有特權，還在社會上有特權，以至于不僅自身有力量，還在社會上威望極高。他們擁有‘評士品’的權力。你就是富可敵國，他們看不上你，給你評個七品的‘劣士’。你也只有老老實實回家種地。因此名士多數時候可以一呼百應。這里最典型的就是顧榮一扇退萬兵的典故。
傳統史學認為，南朝只是被北朝早早滅了，否則將會走出士族社會。
是的，他們發展下去，一定會走出士族社會。可是這個過程將會出人意料的長，很長。而且在這個過程中，將會變形走樣。l3l4
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