60年聲名顯赫的亞西福特家族（ashford)第六代繼承人愛德華•亞西福特（edwardashford)和年輕貴族奧斯威爾•e•斯賓塞(oswellspenser)在進行古生物研究時從女王蟻的基因中發現一種古代病毒，病毒的特征立刻引起他們的震驚，這是一種能使生物體基因變異，喪失思想意識的病毒，同時他們也發現，被感染者會擁有極強的抵抗力和生命力，兩人馬上意識到將這種病毒用于軍事上的巨大用途，于是將這種古代病毒命名為始祖病毒，始祖病毒母體樣本誕生。79閱.
1963年由于研究病毒的需要，斯賓塞以未來公司的主管需要度假為借口，聘請當時著名的建築師喬治.特利博爾（ybour)在美國西部浣熊市的阿克雷山區建造了內部構造復雜，機關重重的洋館，四年之後即公元1967年秋，洋館完工。為了獨掌洋館的構造和秘密，斯賓塞以答謝特利博爾花費5年的時間設計建造，特地邀請其全家來度假為借口，于1967年11月10日將特利博爾的妻子杰西卡(jessica)女兒麗沙(lisa)騙入洋館，並被立即分別植入始祖病毒變異體type－a型與type－b型，成為第一例**實驗對象。11月13日，特利博爾被脅持至洋館，遭到軟禁。11月16日，杰西卡因與病毒type－a型融合失敗而遭受廢棄處理，而麗沙成功與病毒type－b型融合，但卻失去理智，並且襲擊供應飲食的女研究員，剝下她的臉皮，套在自己的臉上。11月27日，特利博爾從被囚禁的密室里逃出，開始尋找妻女的下落與逃離洋館的方法，當他發現洋館的實際構造與他原本設計的不完全一樣而無法逃出去時，于11月31日在絕望中死去。
1968年為了掩蓋其研究目的，愛德華.亞西福特，奧斯威爾.e.斯賓塞，並同詹姆斯.馬庫斯（jamesmarcus）三人成立跨國企業安布雷拉公司（umbrella)，公司表面上為制藥公司，財力雄厚而又等級森嚴，在不為人知的背後則秘密的進行病毒的研究和開發，其中馬庫斯也參與了病毒的一系列研究。而斯賓塞和馬庫斯卻各有各自的想法。
由于找不到穩定病毒的辦法，愛德華.亞西福特逐漸忽略打理公司的事物，這給了野心家斯賓塞以可乘之機，安布雷拉的大權逐漸落入斯賓塞手中。1971年，被研究員所敬仰的也是「t」病毒奠基者之一的愛德華.亞西福特去世。他的早以取得博士學位的兒子亞力山大.亞西福特為了復興家族，在1970年建造了南極研究所，轉而進行遺傳基因方面的研究，因為其研究轉向遺傳基因，亞力山大順利地使斯賓塞放松了對他的防備。在連續失敗後他意識到自己智慧有限，為了重振家業，他提取了家族創始人維羅尼卡.亞西福特的基因，通過人工受精的方式制造出阿爾弗雷得.亞西福特和阿萊西亞.亞西福特兄妹，寄希望于培養出智力超常的後代。
此後幾年，安布雷拉在世界各地陸續開始建造秘密研究所，進行基于始祖病毒和「t病毒」的各種b.o.w.（生化兵器）的開發。公司董事馬庫斯于1976年出任浣熊地區阿克雷研究所以及新建干部養成所的負責人。此前他一直秘密的獨自開發新病毒，受到斯賓塞邀請擔任阿克雷研究所兼干部養成所的所長，這正好給了他一個不受干擾的環境來進行病毒的研究。此後，斯賓塞表面上只允許病毒做賺錢的工具，而暗地里卻關注著馬庫斯研究進程。1977年9月19日，在干部養成所，新病毒的研究終于有了成果，在將病毒與水蛭dna結合中，達到了馬庫斯所期望的突破，病毒被取名為「t病毒」（取自tyrant暴君的第一個字母）。為了能更完善病毒，馬庫斯決定放棄嚙齒動物類作為研究體，改用象人類這樣的哺乳類動物，必要時就以人作為實驗體。11月15日，馬庫斯發現有人暗中調查他的研究，並想到是斯賓塞所為。1月31日，實驗室的裝置遭到破壞。1978年2月11日，實驗室入口在遭到破壞。為了對抗斯賓塞，馬庫斯決定求助于他最信任的人也是他的得意弟子威廉.帕肯(willianbirkin)和阿爾伯特•威斯克，他要在下次的公司董事會上公布「t病毒」以取得主動權，卻不想這加快了他死亡的進程。「t」病毒一公布，斯賓塞即想好了對付馬庫斯的辦法，他指使威廉.帕肯和威斯克除掉馬庫斯。終于在1978年6月3日，馬庫斯在病毒研究中被闖進來的士兵開槍打死。臨死前在微睜的雙眼中看清了威廉.帕肯和威斯克正站在他的面前。馬庫斯的尸體沒有被處理掉，而是就地放入水池中並沖入下水道，另人意想不到的是水蛭女王的病毒救了他，馬庫斯在不為人知的情況以十年的時間死而復生，成為一個與水蛭結合的生物體。
1978年7月31號，兩個對事件產生重要影響的人物來到阿克雷研究所，18歲的全才阿爾貝特.威斯克和16歲的天才威廉.帕肯從關閉的干部培訓所轉來擔任主研究員。在除掉馬庫斯後，威廉.帕肯和威斯克即開始接管「t」病毒的研究。當時帕肯一直致力于研究令人聞風喪膽的「伊波拉」（ebora)病毒，反而對始祖病毒到顯得興趣不大。「伊波拉」病毒的厲害之處人所共知，被感染者一星期之內就會死亡，而且死亡率90%，但是缺點也很明顯。主要表現為三點，其一，在生物體外僅能生存數日，紫外線可以輕易殺死它。其二，是它殺死它宿主的速度。這種病毒殺死它的宿主如此之快以至于沒有時間來感染其他人。其三是這種病毒是怎樣傳播的。這種病毒必須和人進行物理的接觸才能傳染，這樣它就很容易被隔離。但是，如果被感染體在死去的情況下仍有行動的能力，那麼它就可以不需外力的借助來傳染其他生物體。死去，又能主動攻擊傳染。作為rna病毒的始祖病毒因其容易突發變異，正有此類特性。因此，就必須開發始祖病毒的變異株。這就是「t病毒」。威廉.帕肯對兩種病毒的結合非常感興趣。那個11年前的女性實驗體，一直沉睡在阿克雷研究所，而威廉.帕肯和威斯克就將在「它」的體內進行各種「t」病毒的實驗。
1981年夏天，年僅10歲的天才少女阿萊西亞大學畢業。7月27日，她以主任研究員的身份被安布雷拉分配到南極研究所。對于以16歲即成為主任研究員身份的威廉.帕肯來說，他的自豪和驕傲已變得所剩無幾，阿萊西亞逐漸成為人們談論的話題，這種強大的落差幾乎使他發瘋。在過去的3年中，「t」病毒研制已經完成，它能使大部分人感染成為喪尸，但也有10%的人可以免疫。當所有人覺得很滿足時，斯賓塞卻告訴他們他想要的武器能毀滅所有的人，即使不計預算也要開發一種**的生物武器，幾乎每人知道斯賓塞的真實想法。威廉.帕肯考慮制造帶病毒的有主動攻擊意識的生物武器。但是阿萊西亞給威廉.帕肯刺激並沒有消除，威廉.帕肯開始在實驗體上瘋狂的進行實驗，這些實驗體都是浣熊市的市民，不斷有實驗體死掉，又不斷有新的實驗體送來，只有那個女性實驗體繼續活著。
1983年2月17日，阿萊西亞的哥哥阿爾弗雷得在南極研究所的秘室中得知自己和妹妹的身世，開始憎恨父親。
1983年3月，阿萊西亞的父親亞力山大的南極秘密運輸基地完工。
1983年3月3日，阿萊西亞將始祖病毒與蟻後基因相結合制造出「veronica－virus」病毒在阿爾弗雷得幫助下以自己的父親為實驗體植入體內。
1983年4月22日「veronicavirus」人體實驗宣告失敗，亞歷山大•亞西福特化為危險的怪物－諾斯拉圖，監禁于南極運輸基地的地下單人牢房中。
為了掌握「veronicavirus」的驚人潛力，阿萊西亞.亞西福特決定將「veronicavirus」植入體內，並利用冷凍方式延緩病毒變異造成的智力退化。由此阿萊西亞進入長達十多年的沉睡。阿爾弗雷得回到rockfort島出任rockfort軍事訓練所司令。不久他開始出現戀妹情結，並時時呈現人格分裂的狀況。有關veronica的研究也終止。
1983年12月31日，從南極研究所傳來感染事故致使阿萊西亞死亡的消息。隨著阿萊西亞的死去，威廉.帕肯恢復了正常。這時，威斯克開始思考研究以外的問題。他對于斯賓塞的想法，並不比研究病毒容易多少。「t病毒」可以感染任何生物，還有植物，而研究所設在密林里，好像有著醉翁之意不在酒的意味。探究斯賓塞的真正目的，成了比研究病毒更為嚴重的事情。這就必須掌握足夠的情報。從這時開始，威斯克想好了計劃，並尋找機會，他要月兌離安布雷拉。
5年時間過去了，這難得的5年，什麼事也沒發生，大家似乎都在等待著什麼。1988年1月，michaelesis」消失了，這是他們萬萬沒想到的。威廉.帕肯認為在她體內一定有什麼東西沒發現，他要把它找出來。
1991年，威廉.帕肯向公司提出「g病毒」計劃，，得到斯賓塞的同意。可以說，威廉.帕肯個人已經決定暫緩「t病毒」的研究，把主要精力轉向「g病毒」，因為，「g病毒」是他自己找出來的並開發的，他是「g病毒」之父，「g病毒」一但研制成功，他可以要他想要的東西，而只要是更厲害的新病毒，斯賓塞就批準開發。「t病毒」的研究還在繼續，「g病毒」才開始起步，但威廉.帕肯對它充滿了信心。「g病毒」是在那個女性實驗體內分離出來的，從一開始她被注射始祖病毒，以至後來在她體內進行實驗的各種病毒都在不斷的變化著，令人驚奇的是，這些病毒全部融合，宿主因此也一直活著，這麼多年來的存留，在別人5分鐘就承受不了的「nemesis」病毒，在她體內便輕易的吸收了。「g病毒」是好是壞，意見並不統一。「g病毒」的特性是能自發變異，基因的變異，宿主身體結構組織的變異，也就是宿主從里到外不需要外在條件就能改變原先的形態結構和細胞組織，至于會變成什麼樣，則是無法估計，這也是讓人擔心的一點。威斯克早已經不在關心病毒，這些早就超出了他的能力範圍，他更想做一個象斯賓塞那樣的背後首腦，並且掌控著一切，可是他連斯賓塞的想法都不知道。他意識到，在斯賓塞的手底下，永遠不會知道事情的真相。這一年，他終于等到了機會，他爭取到安布雷拉要派人在警局臥底的人選，進入浣熊市警局。
1992年，保護傘公司正式進駐浣熊市。在保護傘公司的經濟援助之下，浣熊市開始大幅重建和更新，發展迅速，保護傘公司遂成為浣熊市的經濟支柱。威廉.帕肯也在浣熊市的巨大底下研究所開發「g病毒」。
1993年開始，浣熊市警察署長布來恩.艾隆斯（brianirons）陸續收受安布雷拉大量賄賂，幫助其掩蓋不道德行為，城市開始時常出現人口失蹤。失蹤人口皆為安布雷拉所綁架並用于**研究。
1995年7月31日，威斯克和威廉.帕肯再次來到伴隨他們成長的阿克雷研究所。這里曾是病毒研究的最高級場所，有過大家匯聚一堂的工作在一起的熱鬧景象，也記載著無數病毒的成果，「t病毒」就是從這里被研制成功的。這里多多少少顯的有些冷清。這個研究所給了他們很多的回憶，無論如何，他們對研究所是有點感情的，至少威斯克是這樣的。斯賓塞已經很少出現在這里了，威斯克猜想斯賓塞好像預測到這里要發生什麼事。新來一位研究主任，叫約翰（john）,從芝加哥的研究所來，是個老實正直的人，好像和安布雷拉的用人標準不太一樣。他一來就不斷想改善這里的殘酷的研究方式，而且還向上級提出意見。威斯克懷疑他在泄露研究資料。那個「她」（lisa）在吸收「nemesis」後，又開始撕其他女性的臉皮了。為不使機密泄露，威斯克和威廉.帕肯決定要銷毀那個女性實驗體——「她」(lisa)已經沒有在利用的價值了。經過3天的生命停止反映的確定後，她被運到森林里的一個小屋中，那里也存放著「她」母親的棺材。g病毒
1996年，一度陷入危機，面臨解散的特殊戰術及救援特勤部隊s.t.a.r.s（specialtacticsandrescueservice）在浣熊市開始招募隊員，由威斯克領導。
1997年夏天，浣熊市警察署搬遷至一所空藝術館內，其間艾隆斯收受保護傘公司供的大量藝術品。
至此，浣熊市實際上已成為保護傘制藥公司的附庸，城市的大部分屬于保護傘公司的研究設施，經濟完全依賴保護傘公司，地下更有規模宏大的保護傘公司秘密研究設施和處理工廠。
1998年5月，1978年死于安布雷拉內部斗爭的馬庫斯博士的尸體在水蛭女王和「t病毒」的影響下，在漫長的歲月里逐漸獲得重生，1998年5月，以雌雄同體的水蛭人的身份恢復意識，隨即開始利用體內的病毒和召喚水蛭的特殊能力實行他報復保護傘公司的計劃。
1998年5月11日，在他的破壞下，阿克雷研究所，干部養成所，浣熊市地下處理場，等地相繼發生病毒泄露事故。不久，這些設施內的工作人員和實驗生物相繼被病毒感染，事態漸至無法控制。阿克雷研究所主任約翰被感染死亡。
1998年5月14日浣熊市廢棄物處理場處理系統完成。該系統使用特殊瓦斯、化學溶劑與焚化爐，將各研究設施中所產生的廢棄物與b.o.w.實驗體細胞進行分解銷毀的廢棄處理。
1998年5月20日，阿克雷山區出現第一例生化怪物攻擊人類事件
1998年5月21日安布雷拉企業的研究員于‘娛樂科學’雜志上發表醫學論文。該論文提及于拉昆市郊亞克雷山區中所發現，屬于同一種的三類新型藥草。由于尚未對其學名與正式名稱進行命名，故依其標本顏色分別叫做‘綠色藥草’‘紅色藥草’與‘藍色藥草’
1998年5月27日浣熊市時報對于年輕女性被猛獸攻擊致死之事件以頭條加以報導。
1998年5月中旬浣熊市郊的阿克雷山區附近，連續發生離奇的殺人事件，不少民眾在山區附近受到不知名生物的襲擊，因而喪失性命。期間相繼傳出目擊犬型怪物的事件。
1998年6月初，位于浣熊市公園內的秘密實驗體銷毀場因為研究所運來的尸體數急劇增長，而無法以正常方式處理尸體。6月16日大規模生化怪物出沒于山區。
1998年6月30日，瑞貝卡•查姆博斯（rebeccachambers）以實地醫護人員的身份加入－s.t.a.r.s－布拉瓦小組。
1998年7月9日警方封鎖部分森林，並考慮派遣特別對策部隊s.t.a.r.s進入山區。至7月中旬，實驗體銷毀工廠已無法處理數量巨大的尸體，工人們因此被迫暴露在病毒之下工作，部分員工開始呈現被感染癥狀。同時，安布雷拉公共衛生部常務理事接到總部特別委員會的災害傳真，委員會認為浣熊市病毒泄露事故可能已經無法控制，該委員會決定嚴守秘密實驗，並防止s.t.a.r.s布拉瓦小組和州警介入。
1998年7月22日，合眾國海軍特種部隊少尉比利.科恩（billycoen）因被指控在1997年非洲執行任務過程中槍殺23人，而被軍事法庭判處死刑，經由阿克雷山區押送至lexson基地執行。數小時後，押送車輛在阿克雷山區遭受不明怪物攻擊，押送人員死亡，比利下落不明。
1998年7月22日為了避免機密外泄，因此安布雷拉隱藏了情報，企圖私下解決此一事件。同時為了進行b.o.w的實戰能力測驗，便透過安布雷拉干部威斯克的安排，引誘s.t.a.r.s.部隊進入災害地區。
1998年7月23日，馬庫斯博士的復仇計劃開始。當天20:00，他指揮水蛭襲擊了保護傘公司途經阿克雷山區的列車，成千上萬的水蛭落在列車的玻璃上，瞬時沖碎玻璃，車內慘不忍睹。
2小時後，為了解決阿克雷山區的連續殺人事件，浣熊市警局特殊部隊s.t.a.r.s的布拉瓦小隊，乘坐直升機出動前往阿克雷山區進行調查。但是出發後沒多久，布拉瓦小隊乘坐的飛機遭受不明武器的襲擊墜落，並和浣熊市警局總部失去了聯絡。布拉瓦小隊成員:愛得華•杜威(ed隊員把列車開走並裝毀它，列車一頭撞向封閉的隧道。瑞貝卡和比利從列車里逃了出來，卻發現這里是干部培訓所。這時，馬庫斯通過監視器告訴威斯克和威廉.帕肯說要進行報復，威斯克和威廉.帕肯意識到安布雷拉將大勢已去，月兌離安布雷拉的時機已經成熟。兩人商量著對策，威廉.帕肯說「t病毒」接近完成，剩下的就是「g病毒」的強化工作，而威斯克則要按原計劃把s.t.a.r.s引到洋館，于是兩人離開了干部培訓所。
瑞貝卡和比利在干部培訓所里遇到重重困難，但在兩人齊心協力下一一排除，其間比利還救過瑞貝卡，瑞貝卡發現比利並不象報告上所說的那樣凶殘，便問起比利是否真的殺了23個人。比利說那是在一次執行非洲內戰的任務，他們在行進途中死傷慘重，由于情報的錯誤，到達目的地時，發現並沒有敵人，付出了這麼大的代價，為了有所交代，隊長命令他向平民開槍，至于他有沒有開槍，他卻不願說起。兩人繼續分頭行動，瑞貝卡消滅掉一個暴君試作型，並和比利來到一個步滿了水蛭的大房間。原來馬庫斯正在等著他們，馬庫斯說要把世界變得充滿仇恨，兩人經過默契的配合，最終徹底消滅了馬庫斯。在把干部培訓所炸掉後，他們來到山崖邊。在山涯下看到恩里克隊長所說的匯合點，原來是個洋館。瑞貝卡說不會在報告中提起比利，比利心理非常感激，兩人在山涯上互相敬禮道別，瑞貝卡徑向洋館而去。布拉瓦小隊除瑞貝卡和恩里克隊長外，愛得華.杜威確認死亡，其余3人也轉移到洋館。s.t.a.r.s
s.t.a.r.s－布拉瓦小隊失去聯絡已達24小時，間諜威斯克以支援布拉瓦小隊為由，率領阿爾法小隊進入阿克雷山區計劃通過阿爾法小隊的實戰收集各種b.o.w數據。阿爾法小隊成員︰阿爾伯特•威斯克（albertwesker）38歲，s.t.a.r.s直接領導者，隊長。巴瑞.博頓（barryburton）38歲，武器專家。約瑟夫.佛特斯（josephfrost）負責對中的整備工作。克里斯.雷德菲爾德（chrisredfield）25歲，原美國空軍所屬的王牌飛行員。吉爾.瓦倫蒂安（jillvalentine），炸彈專家。布拉德.威克斯（bradvickersvalentine），35歲，負責隊中的技術保障，兼直升機機師。
當阿爾法小隊降落到地面展開調查之際，突然遭到兩個感染病毒的實驗用狗的攻擊，約瑟夫.佛特斯不幸殉職，幸存隊員進入arkray洋館躲避，發現這是一個到處充滿變異生物體的場所。之後，威斯克射殺了了解真相的布拉瓦小隊隊長恩里克，並以巴瑞的妻女為要挾听令于他。克里斯在研究所內找到深受中重傷布拉瓦小隊成員理查德.艾肯，理查德為救克里斯被大蛇吃掉，克里斯中毒，被瑞貝卡所救。吉爾來到森林的小屋中，遇上了女性實驗體，正巧巴瑞也在一口棺材旁，巴瑞鬼鬼祟祟的舉動引起吉爾的懷疑，巴瑞要吉爾相信他，吉爾猶豫不決，這時女性實驗體lisa蘇醒向他們攻擊，吉爾最終還是相信了巴瑞，兩人共同對付女性實驗體lisa，當那口棺材被打開後，女性實驗體悲鳴著跳入山崖，結束了她淒淒又慘慘的一生。吉爾和巴瑞經過深入調查，來到實驗室，看見威斯克正在操作電腦，巴瑞突然用槍指著吉爾，威斯克告訴吉爾巴瑞的妻女都在他的手上，巴瑞只能听他的。吉爾這才知道威斯克是安布雷拉的人，威斯克拿起槍要解決掉吉爾，關鍵時刻還是巴瑞的正義感救了吉爾。威斯克馬上操作電腦，一個巨大容器內的液體滿滿退去，一點一點的顯出一個3米高的人型怪物。這是「tyrant（暴君）」完成體。皮膚灰白，肌肉強健，身型巨大，有鋒利的巨爪，最顯著的特征是它的心髒在外邊。一切都在威斯克的預想中進行，他已經服用了威廉.帕肯給他的藥物，只要讓「tyrant」殺掉他，就可以給保護傘公司他已經死亡的假象，而他活過來時，就可以效忠保護傘公司的敵對公司h.c.f了。當tyrant從容器里出來時，威斯克所要做的就是被殺，沒有比這更容易的了，成功前竟是這麼的輕而易舉，使他幾乎興奮著面對「死亡」。「tyrant」一爪子捅進了威斯克的體內，威斯克覺得真的很痛，不過沒關系，他只要在地上睡一會就好了。而s.t.a.r.s成功毀滅「tyrant」，甚至炸毀研究所，卻是威斯克萬萬沒有想到的，這兩樣都是他獻給新主人的禮物。因此他恨透了克里斯等人。「tyrant」干掉了威斯克，轉而向巴瑞，巴瑞躲閃不及，被打暈，剩下吉爾了，她全力以赴與「tyrant」戰斗，「tyrant」被打倒。臨走時，發現一份「g病毒」記錄。事不遺遲，吉爾等人迅速撤離研究所。「tyrant」二次來襲，吉爾用火箭筒將其打碎。4人乘坐布拉德.威克斯的飛機逃離。s.t.a.r.s部隊幸存人員名單︰克里斯.雷德菲爾德，吉爾.瓦倫蒂安，巴瑞.博頓，瑞貝卡.查姆博斯，布拉德.威克斯。死亡名單︰愛得華.杜威，恩里克.馬里尼，福特斯.斯拜爾,肯尼恩.j.蘇利文,理查德.艾肯,約瑟夫.佛特斯.
話外音；保護傘公司研究員費雷德里克。道恩生化危機︰惡化反派角色在浣熊市生化危機前從保護傘公司地下實驗室走t病毒和g病毒，並成功消除自己在保護傘公司工作的記錄，成為威爾制藥的首席研究員。
1998年9月29日，保護傘公司研究員威廉.帕肯為了保護自己的杰作g病毒與保護傘公司的特種部隊在保護傘公司地下研究所發生混戰，混戰中威廉.帕肯身受重傷，g病毒被保護傘公司的特種部隊搶走。威廉.帕肯在臨死前給自己注射了g病毒，復活後的威廉.帕肯消滅了保護傘公司的特種部隊，混戰中t病毒和g病毒泄漏液體被老鼠吞食，保護傘公司的特種部隊只有死神漢克幸存。被攜帶t病毒的老鼠迅速感染了幾乎所有的浣熊市的市民，造成‘浣熊市生化危機事件"。(這里編者出現了錯誤。在生化危機3中，浣熊市已經全城感染病毒，官方記載是9月28日。而以t病毒的傳播速度及相關的邏輯發展來看，從泄露到爆發至少需要兩個星期的時間，因此漢克搶病毒的時間不會早于9月15日)
1998年9月29日以優異成績畢業的警官里昂•斯科特•肯尼迪（leonskennedy）來到浣熊市，然而他遇到的是無數的喪尸；此時克里斯的妹妹克萊爾•瑞德菲爾德(claireredfield)，也為了尋找哥哥的下落而來到浣熊市。里昂與克萊爾在怪物蔓延的城市里相遇，並共同努力找尋逃離這座死亡之城的方法，在警察署,克萊爾從哥哥克里斯的日記中得知他為了不使自己擔心，瞞著她已經只身前往歐洲調查安布雷拉。在警局二樓看見一個小女孩被喪尸追趕。兩人決定分頭行動，由克萊爾尋找小女孩。在一個停車廠里，里昂遇見了艾達，里昂以為艾達是一個被困普通女子，便和她一起逃離，但他發現艾達有時擅自行動，並要她一定要跟著自己走。又走了一會，里昂看見一個金發女子，金發女子一見轉身就跑，里昂和艾達追了上去，不料金發女子卻開搶向他們射擊，里昂為救艾達受了傷。艾達只好一個人追，在一間陰森森的小屋里，金發女子趁艾達不注意，把她的槍打掉，金發女子告訴艾達，她是威廉.帕肯的妻子安耐特.帕肯，她向艾達講述了威廉成為怪物的經過，她要救回自己的丈夫，為了不使別人妨礙，安耐特要殺艾達滅口。兩人在打斗中，艾達將安耐特推下了樓梯。
克萊爾一路打死了各種的變異生物，發現在一條走廊的盡頭的一個秘室，警局局長艾隆斯正躲在里面。令人意想不到的是，在艾恩斯的藝術品收藏室里克萊爾找到了那個小女孩，威廉.帕肯和妻子安耐特.帕肯的女兒——雪利爾，她的母親告訴她來警察局比較安全。雪利爾告訴克萊爾有一種比喪尸大得多的怪物正朝這里來。她並不知道，大怪物正是自己父親。「g」基于生物的本能，為了尋找最好的遺傳體，也就是威廉.柏金的親生女兒雪莉，因而不斷襲擊接近雪莉的人。克萊爾回到局長辦公室，發現已經空無一人了。克萊爾在椅子上找到了局長的日記。原來由于他與安布雷拉的交易破裂而氣急敗壞，他想讓鎮上所有的人都變成喪尸來滿足他殺人的**。為此，他在喪尸進攻警察局之前破壞了通訊系統，分散了武器，使警員的救援行動被極大地延誤。之後，他又封鎖了可能逃出浣熊市的每個出口。在9月26日，他燒死了幾名幸存者，並殺死了秘書安迪。以上的種種都表明艾恩斯已經瘋了！在地下垃圾廠，雪莉听見父親的聲音，卻並沒有找到他。地下室里，一個怪物將一生物塞進了局長的口里！克萊爾沖了進去，想除掉那個怪物，卻被局長用槍指住。但是，剛才被塞到口里的那個生物迅速成長起來，穿破了艾隆斯的胸膛。克萊爾與雪利爾爬進通向下水道的路時，那個巨大的怪物也就是威廉.帕肯從她們頭頂上的走廊經過，雪莉失足落入了下水道的二層。在那里，威廉.帕肯終于找到雪莉。在她昏迷時給雪莉感染上了「g病毒」，于是離去。
克萊爾在尋找雪利爾途中，巧遇雪利爾的母親安耐特，當她得知克萊爾在一直幫助雪利爾的時候，向克萊爾講述了災難的經過，這時，從遠處傳來了雪利爾的一聲尖叫，兩人急忙分頭尋找，在隧道里，克萊爾找到昏迷的雪利爾。克萊爾一路保護著雪利爾，達到一個車廂內，雪莉感到不舒服，克萊爾感到事情不妙。就在這時，那只人形怪物——威廉出現了，經過艱苦的打斗，怪物被成功地擊倒了。
艾達和里昂早先也與威廉戰斗過，艾達受傷，里昂將她安置好，一個人先打探出路。返回時艾達已經不見了。里昂繼續前進，不巧又踫見了安耐特，安耐特以為里昂是安布雷拉的間諜，還告訴里昂那個叫艾達的女子以找男朋友為借口，其實她也是間諜！里昂不相信。安耐特為報仇，要殺里昂，突然屋子上方的一陣震動將幾個大鐵管子震了下來，安耐特被砸昏了。里昂從她身上找到了使全鎮人瘋狂的「g病毒」。里昂乘坐那里的高速列車準備離開這里，但這時艾達出現，並要里昂交出「g病毒」，原來她果真是間諜！里昂不肯，兩人這樣僵持著。最後，艾達屈服了，放下了手里的槍。就在他們準備利用地下研究所逃生列車離開浣熊市的時候，安布雷拉空投下來的一個tyrant（暴君•改t－002型）出現在里昂面前，為了掩護里昂，艾達被tyrant殺死，翻身掉下鐵橋，研究所自毀裝置也因tyrant對艾達的致命一擊而啟動。里昂消滅了tyrant，傷心之極，拿出那支「g病毒」，將它拋向了空中。不久，「g病毒」被幸存者漢克找到，並成功收回。
過了一段時間，安耐特又在別處遇見克萊爾。她想使用研制成功的疫苗將自己的丈夫變回人類。但是，由于威廉已經失去了人性，安耐特被威廉變異的手指殺死。克萊爾從安耐特的手里拿到了疫苗合成方法，于是決定為雪利爾配一支。在撤離途中，大怪物——威廉不依不饒，一定要干掉與靠近雪利爾的人，他從g1變到g3形態，最終還是被克萊爾轟倒。在同時，里昂找到了逃出基地的火車，在和暴君最終形態單挑時，艾達的身影出現並給他扔下一枚救命火箭筒結束了這場戰斗。里昂，克萊爾，雪莉乘上火車，卻被變異的威廉困在車上，最終火車爆炸，三人逃出了研究所。克萊爾的下一步是去找哥哥。
前s.t.a.r.s成員布拉德.威克斯在城市里被追蹤者所殺。
另一邊，吉爾正被追蹤者（tyrant－203型化學武器）追殺，並遇到安布雷拉公司的生化危機特別應變部隊的卡洛斯（carlosoliveira），幸存人員還有米克魯（michaelvictor）45歲，俄羅斯人，安布雷拉的對策部隊bb小隊隊長。過去曾任kgb（俄國某調查局，類似美國的fbi）組織的領導人。尼古拉（nicholaiginovaef）35歲，u.b.c.s士兵，俄羅斯人，安布雷拉的對策部隊b小隊b分隊的佣兵。尼古拉行蹤不明。三人剛將電車開走，追蹤者鬼使神差般出現在電車里，米克魯拿出炸彈與其同歸于盡。電車在鐘樓外停下來，追蹤者復活又出現，吉爾和卡洛斯與追蹤者展開殊死搏斗，怪物因受傷過度倒在火海中，而吉爾也負了重傷。卡洛斯上附近大醫院取藥，湊巧尼古拉也在里面。而且的尼古拉身份在此暴露，實際上他是個監視員。卡羅斯回去醫好吉爾，為調查尼古拉，他先行離開。吉爾剛出門和追蹤者又是一番激戰，追蹤者又被打倒。在安布雷拉駐當地的作戰室，吉爾與尼古拉相遇，尼古拉說他只是為雇主收集生物兵器的戰斗數據。1998年10月1日，美國政府為了杜絕所有的後患，將以核彈對浣熊市進行徹底消毒。卡洛斯找到吉爾告訴她軍方將在明天炸毀這個城市。在廢品處理廠，吉爾又一次打倒了追蹤者。在控制室里，吉爾又干掉了尼古拉。在控制室的地面打開了一條逃生通道，追蹤者從通風口里又攔住吉爾，而且變成了個爬行動物，吉爾利用離子炮將它完全轟碎。外邊，巴瑞開著直生飛機在等著他們，吉爾和卡洛斯上了飛機，一枚導彈從身旁掠過，接著背後是浣熊市被炸後的一片火海。
進入浣熊市的美軍在與生化怪物的戰斗中遭受嚴重損失，最後在實驗體銷毀工廠消滅五具tyrant之後匆忙撤退，並于10月初投放核彈毀滅整個浣熊市，10萬人在此役中死亡。史稱浣熊市生化危機事件。
原先已確認死亡的艾達，在投靠至‘f.c.h’的前任s.t.a.r.s.隊長威斯克的救助下復活，威斯克從威廉身上得到「g病毒」，艾達在暗中給予里昂和克萊爾協助之後，與威斯卡一起逃出拉昆市。
1998年10月上旬在歐洲傳來了有人見到艾達的消息，但隨後目擊證人去向不明。
1998年10月9日席那島監獄的年輕囚犯計劃集體越獄。
1998年10月10日席那島監獄發生囚犯企圖奪槍集體越獄事件，席那島司令官賓賽德下令將逃犯全數射殺。
1998年10月11日賓賽德命令席那島監獄長，命令將囚犯就地全數處決，以‘集體自殺’的方式向保護傘公司高層匯報。
1998年10月中旬美國中央情報局和里昂取得聯系，以雪利與里昂的性命作要脅，迫使里昂接受了情報局所交付的秘密任務。里昂暫時待在cia工作並進行調查，但是cia是否有其它目的並不明朗。
1998年11月初接受好友里昂的委托，亞克潛入安布雷拉席那島監獄進行調查。
1998年11月22日賓賽德將「t病毒」散播到席那島的街道上，並且偽裝成發生意外事故。
1998年11月23日席那島全島已經籠罩在「t病毒」所引起的生化危機之下。
1998年11月24日亞克企圖從席那島逃離時，搭乘的直升機被安布雷拉職員擊落，因為強烈沖擊而喪失記憶。在尋找恢復記憶的線索與逃生方法時，遇到席那島上的生化災害幸存者－－年僅十二歲的少年洛特•克萊(lott•klein)與洛特的妹妹－－莉莉•克萊(lilyklein)1998年11月25日賓賽德喚醒‘超級暴君’企圖將亞克滅口，卻反被‘超級暴君’所殺。亞克成功地將‘超級暴君’打倒，帶著洛特與莉莉從席那島逃出，席那島上的研究設施也因為賓賽德啟動自爆裝置而全數毀滅。
事件後里昂加入反保護傘公司地下組織，不久便前往歐洲進行**調查，吉爾和克萊爾也各自前往歐洲尋找克里斯。雪利原為政府有關機構收養，下落不明。
1998年12月12日為了尋找克里斯而侵入安布雷拉巴黎研究所的克萊爾遭到逮捕並送往位于南太平洋的洛克福特島（rockfortisland）軍事訓練所監禁
1998年12月22日克萊爾被移送洛克福島監獄。
1998年12月27日，謎之組織h.c.f得知阿萊西亞與「t－veronica」病毒出現在洛克福島，派遣威斯克率領特種部隊轟炸該島，以奪取「t－veronica」。特種部隊轟炸過程中病毒泄漏，造成‘洛克福島生化危機事件"。
克萊爾借機逃出監獄，並與年輕犯人史蒂夫（steve）相遇。史蒂夫是一個不太相信人，更不願與人合作的人，即使救了他，他也顯得很冷淡，仍然一個人行動。在大廳里，亞力山大.亞西福特之子阿爾弗雷得.亞西福特扮成妹妹阿萊西亞.亞西福特的模樣開槍射擊克萊爾，阿爾弗雷得誤以為克萊爾是襲擊他的基地的人。在另一個地方，史蒂夫突然出現投桃報李，救了克萊爾一回，還和克萊爾開著玩笑，現出他可愛的一面。史蒂夫更為救克萊爾忍痛殺死了因感染病毒而變成喪尸的父親。克萊爾由此得知，史蒂夫之父原來是一位保護傘公司的小職員，因泄露公司機密而全家被捕，母親也被當場殺死。在大堂里，克萊爾听見阿萊西亞和哥哥在談話，其實這是典型的阿爾弗雷得人格分裂，一個人假扮兩個人。阿爾弗雷得的寢室里，阿爾弗雷得又扮成妹妹阿萊西亞的模樣向克萊爾開槍，這時又是史蒂夫突然出現解了圍。而且還查出這是阿爾弗雷得的雙重人格在做怪。阿爾弗雷得氣急敗壞，啟動自爆裝置，要炸掉基地。同時，他放出漢克早先運送過來的「tyrant」，去殺死克萊爾和史蒂夫。克萊爾和史蒂夫乘坐水上飛機離開洛克福島，卻被隨後駕駛鷂式戰斗機離島的阿爾弗雷得遙控操縱水上飛機飛向南極。此時tyrant出現在飛機貨艙內。克萊爾將tyrant打下飛機，卻因為無法改變航向而與史蒂夫雙雙來到南極。這里正是亞力山大.亞西福特1970年建造的南極研究所。隨後，史蒂夫打傷了阿爾弗雷得，阿爾弗雷得離死也不遠了。克萊爾和史蒂夫試圖坐雪車逃走，卻看見一個紫色的背後長著觸手的可怕的怪物，這個怪物就是阿爾弗雷和阿萊西亞的父親亞歷山大。阿爾弗雷得換醒了在容器里沉睡的妹妹阿萊西亞，隨後也死去了。克萊爾和史蒂夫消滅了那個亞歷山大後，在坐貨車時，被一只大觸手掀翻，失去知覺。
在收到了里昂的通知後，克里斯則為了救出克萊爾，也前往洛克福特島。威斯克正在尋找阿萊西亞與「t－veronica」，正踫見克里斯，克里斯驚異于威斯克的復生，也發現他有了超越人的力量和速度。威斯克正要報仇，在監視器里看到阿萊西亞的講話，丟下克里斯便去找她了。克里斯也跟著來到南極，救了克萊爾。克萊爾得救後去尋找史蒂夫，卻想不到史蒂夫被注射了病毒，他變成了怪物，瘋狂的攻擊克萊爾，在關鍵時刻，憑著對克萊爾的愛，使自己恢復了理智，變回原形，死在克萊爾的懷里。
威斯克找到阿萊西亞，要她交出她體內的「t病毒」，阿萊西亞冷笑著，變成個美貌與力量並存的人，只一手，就能把威斯克打敗。威斯克見無取勝的機會，逃跑了，阿萊西亞接著要取克里斯的性命，但沒能成功。克里斯和克萊爾逃到出口處，正要離開，阿萊西亞又攔住去路，這回變成個丑陋的飛行怪物，克里斯用線性炮將她消滅。克里斯引爆了南極研究所，兄妹倆駕機離開，威斯克則帶走了感染「t－veronica」病毒的史帝夫的遺體。以h.c.f的實力，讓死人復活應該不是問題。
保護傘公司在世界各地的分支機構。可以確認的有，浣熊市分部（已毀），法國巴黎分部，歐洲席那島分部，南美洲洛克福特島分部。
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