天啟四年八月十一，後金天命汗努爾哈赤被女婿劉愛塔騙至金州，引東江鎮總兵毛文龍乘夜渡海奇襲。努爾哈赤于寧遠受炮擊後背瘡一直未愈，本已病入膏肓；金州城破之時，毛文龍縱兵大屠，努爾哈赤于內室听到外面動靜，驚怖而死，後被毛文龍斬下首級。
等八旗大軍聞訊殺到時，金州城已經被大火付之一炬。待幾天後清理廢墟時，憑借努爾哈赤慣常佩戴的玉佛珠，女真人勉強認出了已經燒成黑炭的「覆育列國英明汗」，運回沈陽安葬。
女真人本沒有火葬的習慣，可因為努爾哈赤死得太過窩囊，連腦袋都找不著了，根本無法舉行入殮儀式。無奈之下，只得改土葬為火葬，把已經燒過一次的尸體徹底化為灰燼。然後裝入骨壇，葬于沈陽北陵。
為了「為尊者諱」，其後女真人竟強改葬俗，令今後死者一律火葬。後世的歷史學家不明其故，還以為火葬是女真人的傳統，其實他們哪里知道，這都是拜劉興祚和毛文龍所賜。
其實按照原來的歷史，寧遠之戰和努爾哈赤死亡都發生于天啟六年。可由于朱由檢的穿越，歷史的軌跡發生了微妙變化，努爾哈赤的死被整整提前了兩年。他的死，不啻于在這個本已兵荒馬亂的時代扔下了一枚特號炸彈，登時引發軒然大波。
首先是後金方面，由于大汗突然「薨」了，沒有指定繼承者，那些有實力並且覬覦汗位的野心家們立即各顯神通，展開了一場殊死爭奪。
本來努爾哈赤最喜歡的兒子是十四子多爾袞。多爾袞為大妃阿巴亥所出，還有兩個親兄弟阿濟格和多鐸。在此之前，努爾哈赤已有意讓三兄弟代自己執掌正黃旗。正黃旗為八旗之首，人馬最多、軍力最強，其象征意義不言自明。
可努爾哈赤突然掛掉，阿濟格、多爾袞和多鐸三兄弟年齡都不很大，斗爭經驗不足，這就給了他們的叔叔和哥哥以可乘之機。在諸年長貝勒的陰謀策動下，四貝勒皇太極乘亂奪取了正黃旗的印信，並矯詔迫大妃阿巴亥為努爾哈赤殉葬。
本來按規矩，有子女的妃子是不用殉葬的，可皇太極等人怕阿巴亥憑借太後的身份收拾自己，便來了個先下手為強。可憐阿巴亥年僅三十五歲，風華正茂之年，就成為了骯髒政治的犧牲品。
阿巴亥一死，多爾袞三兄弟就失去了靠山，也徹底喪失了爭奪汗位的資格。剩下的諸貝勒中，本來大貝勒代善與二貝勒阿敏結成的聯盟掌有正白、瓖白、正紅、瓖紅四旗，實力最為強勁。可現在這四旗兵馬全都被阿敏拉到朝天去了，代善也根本沒想到努爾哈赤會在這個節骨眼上死掉。如今他手中沒有一兵一卒，說話自然沒有底氣。
而二貝勒阿敏在稍候得到努爾哈赤的死訊後，索性賴在漢城不走了。他知道若憑血緣遠近，自己是沒有即位的希望。但他手握四旗重兵，不管是誰即位，他都可以分庭抗禮。實在不行，做個朝天之主也未嘗不可。
另外一個有希望繼承汗位的是三貝勒、努爾哈赤第五子莽古爾泰。他是正藍旗旗主，在努爾哈赤諸子中最為驍勇善戰，卻有些缺乏謀略。一听說努爾哈赤死亡的消息，他立即率兵佔據沈陽皇宮，覺得這樣就可以順理成章當大汗了。
而在諸貝勒中最為陰險狡詐的皇太極，本來就是瓖黃旗旗主，現在又趁亂奪取了正黃旗。正黃、瓖黃兩旗是八旗的絕對主力，實力猶在阿敏的四旗之上。皇太極表面上一聲不吭，絕口不提汗位之事，卻暗中差人四處活動，籠絡女真貴族之心；又派人送密信給身在朝天的正白旗旗主濟爾哈朗，要他設法率軍返回，與自己合兵一處。
女真人內部斗得不可開交、新大汗遲遲不能產生之際，明朝這邊也好不到哪去。本來毛文龍斬獲努爾哈赤的首級，立下了天大的功勞；可他只顧窮追朱由檢等人，也同樣遭到了那場超強台風的襲擊。
結果東江水師的戰船大半傾覆，軍士溺死海中者十有六七。毛文龍乘坐的那艘雖然沒事，但在大風大雨之中，一不小心把努爾哈赤的首級給掉到海里去了。
返回皮島之後，毛文龍立即同時向京師和登州袁可立報捷。但由于少了首級這個最關鍵的證據，袁可立一向謹慎，不敢輕信這個戰果。後來鄭森駕船返回登州，劉興祚又向袁可立狠狠地告了毛文龍一狀。袁可立見毛文龍為了搶功，竟然如此不顧大局、濫殺無辜，也對毛文龍態度大變，從此不再助他。
而朝中仍是閹黨當政，魏忠賢本來就視剛正不阿的袁可立為眼中釘肉中刺，早欲除之而後快，只是一直找不到合適的借口。如今毛文龍報如此大捷卻又沒有證據，正好給了魏忠賢一個打擊袁可立的機會。
在他的授意下，奏章如同雪片一般涌向司禮監，全是彈劾袁可立與毛文龍的。其中多言毛文龍虛報戰功、徒靡錢糧、橫行不法，全是袁可立縱容包庇的結果。袁可立百口莫辯，終于憤然辭官。倒是毛文龍善于見風使舵，見袁可立這個靠山靠不住了，立即改換門庭，拜入魏忠賢門下，結果倒是有驚無險。
最後算下賬來，本來這個奇襲刺殺行動極為成功，結果主持全局、功勞本應最大的袁可立卻落得個回家種地的下場。魏忠賢也只顧滿足于扳倒了袁可立，根本不思進取，趁亂討伐後金的大好機會就這樣被輕易錯過了。
袁可立既倒，劉興祚也未獲重用。本來在遼東有些搖擺不定的漢人，見到這結果，就更加死心踏地地倒向後金那邊去了。
局勢如此錯綜復雜，身為當事人之一的秦王朱由檢卻全然不知。因為，他已經被一個大浪卷入海中，此刻正與妙香翁主李貞妍坐在一塊巨大的船板上，身不由己地被帶向未知的遠方！
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