婚禮過後一個月，自來也老師已經離開了木葉，向著大蛤蟆仙人的預言前進了，之後夜無忌設計的婚紗禮服也被那個幸福起點看重，由于阿詩瑪和夕日紅的關系，夜無忌也就放棄了一些利益和幸福起點合作了。
因為戰爭已經結束，不過戰爭帶來的各種問題也陸續的出現了，首先就是換火影的呼聲，越來越大了。一些傳言都是在說三代火影的軟弱，才造成了其他四國陸續攻擊木葉，也就是說這次戰爭，三代火影要負主要責任，夜無忌當然也听到了一些傳言，雖然不知道源頭，不過夜無忌猜也知道是團藏干的，不過團藏的目的，夜無忌卻不清楚，因為不管怎麼樣，團藏都沒有可能當選四代火影的，目前四代火影呼聲最高的就是水門了，當然偶爾還有提及夜無忌的聲音。
果然一次公開的場合，三代火影提到了火影的接任問題，理由是他已經太老了，讓下面的提名誰當四代火影，不過三代火影的提名是水門。
也就是這個時候，夜無忌知道了火影的選舉方式，一是上代火影的提名，這點很重要，基本上上一代火影提名誰的話，那他就是火影了，像綱手在佩恩攻擊木葉的時候，昏迷來不及提名，從而讓團藏上位，嚴格的說起來，那次根本就不算數的，也就是因為木葉被佩恩摧毀，才造成那樣的情況。
不過上一代火影提名，也只是第一步而已，下一步就是木葉的上忍投票，這點才是最重要的，因為如果上忍投票這一關沒過的話，會打回去重來一次的，三次投票不過的話，火影你就沒有希望了。
至于後面的征求火之國大名的意見，嚴格的說只是過場而已，不說木葉了，各國選舉的火影，其國家的大名，基本上都是同意的，至于火之國的大名的意見，佔有一點分量，是因為火之國大名有著自己的勢力，就是守護十二忍，火之國除了木葉之外，還有別的忍者勢力，像地陸所在的火之寺，還有其他的一些小忍者家族，守護十二忍除了一個阿詩瑪以外，其他的都是木葉以外的忍者勢力，這才讓火之國的大名有了一些的權利，至于其他的四國，大名的勢力要弱很多。
至于更後面的平民選舉，更夜無忌的前世一樣，過場中的過場。木葉的平民之所以比其他四國的平民看起來地位高不少，是因為有兩個平民代表在當長老，就是三代火影的隊友，水戶門炎和轉寢小春，這個兩個長老是平民出身，當年實力也是不錯的，當然沒有三代火影還有團藏厲害，不過當時能被二代火影看重，肯定有著厲害的一面。
現在三代火影提名水門當四代火影，下一步就是上忍投票了，木葉的上忍那麼多，當然不可能都召集回來投票，更何況還有的人在外做任務呢，這個時候就是上忍班的意見最重要了，以木葉各家族為代表，加上平民出身的上忍組成的上忍班，就是木葉的中堅團體，而上忍班的班長就是奈良一族的人，也就是現在鹿丸的爺爺，鹿久的父親。
而豬鹿蝶一向都是猿飛一族的忠實手下，所以這一關，毫無懸念的了，最後就是三代火影修書給火之國的大名，等到火之國大名的回信後，水門就是四代火影了。
一周後，今天所有在木葉的閑置忍者，還有各個家族都派人來到了火影大樓的前面廣場處，因為火影大樓上面正在舉行火影的接任儀式，夜無忌也從自己的實驗室里走了出來，夜無忌在婚禮後，根本就沒有怎麼露面，同樣的木葉醫院也沒有去，雖然也有一些閑言閑語說夜無忌是因為競爭四代火影失敗，不好意思出來見人，夜無忌在听到後也就是一笑了之，因為夜無忌最近在研究初代火影的細胞，然後才好移植初代火影的細胞，穿越到火影世界，沒有血繼限界，夜無忌雖然不在意，可還是有些失落的。至于那些誤會的話，更是讓夜無忌開心，因為這樣就沒有什麼人關注他了，同樣的他不木葉醫院，三代火影也沒有怎麼管。
本來夜無忌還有一件事情要做的，那就是教鼬這個徒弟，可惜這段時間，鼬被他那老爸宇智波富岳給帶走了，不在木葉村，夜無忌也就沒有去教。
今天要不是為了見證水門接任四代火影的儀式，夜無忌還不準備露面呢。
在水門半跪在三代火影的面前，從三代火影的手里接過火影斗笠，並且戴到頭上的時候，夜無忌第一個發出了歡呼聲，雖然其他的人奇怪的看了他一眼，不過隨後也發出了歡呼聲。
接著就是水門的就職宣言了，然後就是水門作為四代火影陸續的接待了木葉各家族的人，還有各個方面的代表，其中火之國大名派出的代表，同樣砂忍村也派了代表過來祝賀著。
三天後，火影大樓的頂層，夜無忌和水門並肩而立，從火影大樓上看著遠處的火影岩。
「最近你都沒怎麼出現，要不是在我接任火影的儀式上，你出現了一次，我還以為你真的因為四代火影的事情，而有些想不開呢。」水門穿著火影袍，對著夜無忌說道。
「做了樣子而已，給有心人看的，而且我有些東西要研究，對了水門哥，現在是四代火影大人了，現在你接任了所有的火影權利了嗎？」。夜無忌笑著說道。
「還沒有，只是接掌了一部分，怎麼你有事。」水門听到夜無忌的話後，眼神閃了一下，感到有些意外。
「暗部接掌了嗎。」夜無忌問道。
「接了一部分，卡卡西被我安排在暗部里去了，你問這些干什麼。」水門有些奇怪的說道。
「給我一部分暗部的權利吧。」夜無忌直接要求到。
「木葉醫院你不管了嗎，我還想著現在綱手大人不在，木葉醫院讓你掌握呢，怎麼你喜歡暗部的生活嗎。」水門更好奇了。
「我可不喜歡暗部的生活，我喜歡什麼樣的生活水門哥你應該清楚，我這個人可是很懶的，可是現在卻沒法懶起來啊。」夜無忌對著火影岩笑著說道。
「恩，你發現了什麼。」水門的目光一凝，有些凝重的說道。
「呢，自來也老師還有三個徒弟，水門哥你應該知道吧。」夜無忌隨口問道。
「恩，老師說過這件事，他們怎麼了。出事了嗎？」。水門說道。
「自來也老師有說過他們其中之一擁有輪回眼的事情嗎？」。夜無忌問道。
「老師提過，同時老師也說起了大蛤蟆仙人的預言，說他可能是預言之子，所以除了老師和我，在木葉就沒有人知道輪回眼這件事情了，畢竟是六道仙人的眼楮，為了防止別人打他的主意，不過你提起這個干什麼。」水門問道。
「我在鬼之國養傷的時候，得到鬼之國的允許看了一些鬼之國的資料，雖然資料不怎麼全，不過我還是發現了一個很有意思的事情。」夜無忌嘴角笑了笑，把事情推倒鬼之國的身上，這是夜無忌事先想好的借口。
「哦，是什麼事情。」水門也有些好奇夜無忌到底發現了什麼。
「結合鬼之國的資料，還有我的一些發現，水門哥，那個擁有輪回眼的人是長門，而他的一系列特征表示他和玖辛奈姐是同一族人，也是說他是漩渦一族的後裔，而鬼之國的那個資料記載的卻是，輪回眼是從寫輪眼進化後產生的，雖然那個資料記載的不完全，不過關于輪回眼的先決條件確實擁有寫輪眼這點是沒有錯的，至于後面寫輪眼怎麼變化成輪回眼卻沒有記載。而長門是漩渦一族的族人，從這點來看他是絕對不可能擁有寫輪眼的，而沒有寫輪眼，那麼就不可能擁有輪回眼，那麼從這點來看，那麼長門的輪回眼就是別人的了，那麼這個人把輪回眼放到長門身上，是什麼意思呢？」夜無忌說道這，就停止不說了。
水門听到夜無忌的話後，沉默了良久，才開口說道，「你確定輪回眼是寫輪眼進化出來的。」
「如果鬼之國的資料沒錯的話，那麼是確定的，而且我在鬼之國還看了一些別的東西，他們那里封印的魔物，好像也是六道那個時代流傳下來的，這麼說起來，他們知道一些六道輪回眼的事情也是很正常的。」夜無忌如此說道。
「這樣啊，那麼你要暗部是因為這事了。」水門說道。
「恩，我想調查一些事情，同時這次的戰爭，水門哥你不覺得有些不對嗎，雖然我在木葉就這幾年，不過木葉有這麼遭人恨嗎，其他的四國都進攻木葉，而且還是按照順序來的，如果他們真的想進攻木葉，為什麼不聯手同時發動呢，而且各國對木葉發動戰爭的理由都有些奇怪，起碼砂忍的風影應該不是木葉人殺的吧，可他們的影確實失蹤了，能夠不知不覺的殺了一國之影，不管是圍攻，還是暗害，都應該是很厲害的人物，也許有一個黑暗的組織在暗處搞事呢。」夜無忌慢慢的把自己知道的事情當做猜想，告訴了水門，現在水門是四代火影，所以有很多的事情，都可以做了。
「這樣啊。」水門考慮了一下，然後開口說道，「現在的暗部我也只是掌握了一部分，其他的權利還是三代大人那里，這樣吧，我先給你一個暗部中隊長的權利，同時你把這些人轉為暗處吧，看看能不能找到什麼情報。」暗部一隊和普通的上忍帶隊都是一樣的，是四個人，而一個中隊，就是十組暗部小隊，而一個暗部大隊則是十組暗部中隊，最後十個暗部大隊就是木葉的整個暗部了，當然這是暗部正式的編制，沒有把跟的人算上。也就是現在的夜無忌有了暗部四十個手下了。
「那個水門哥，我可以看看木葉的封印之書嗎，我想里面應該有不少忍術吧。「夜無忌又開口說道。
「恩，我和三代商量一下，以你的功績，這點是沒有問題的，那麼木葉的醫院你現在是不想管了。」水門說道。
「我還是做我的副院長吧，至于院長你還是給他們吧，現在我的首要任務就是提升實力，不好意思，水門哥，最近幾年我可能不會出任務了。」夜無忌對著水門說道。
「恩，沒問題，你做好自己的事情吧，對了，關于那個組織的猜想，你調查的時候一點。」水門說道。
「放心好了，對了水門哥，我們制造一些謠言吧，說我和你不和，也許他們會找上門來也說不定。」夜無忌建議道。
「沒那個必要，這件事情我會處理的，你就不要冒險了。」水門拒絕了夜無忌的要求。
「恩我知道了。多謝水門哥的關心。」夜無忌笑著說道。
（後面正式劇情了，國慶斷更，不好意思，祝各位國慶快樂。）