學園都市，口制藥•第七藥學研究所，身穿白大褂的兩名研究人員正在交談。
「‘那個實驗’貌似失敗了呢，」其中一個高大的男子說道，「果然想要投機取巧，量產Lv5是不行的，那兩萬多個軍用克隆人應該最好的只有Lv3吧，大多都是Lv2的‘缺陷電力’。」
「這樣的話，那不是說之前的工作全都白費了麼？」一旁的女子疑惑地問道。
「你太天真了，那些人可是只要一旦做什麼事情，就一定要把它物盡其用，價值榨干才可能。至于他們究竟做了什麼，這我就不知道了，畢竟這是更高權限才能掌握的信息。」
御阪美琴最近每天晚上都在做著同一個夢。
她夢到了小時候的自己。在一家康復中心里面，在看到了患有重癥肌無力的孩子即使非常努力，卻一步步走向死亡時，一個男人ˋ對她說話︰「你想幫助那些人讓她們活下來嗎？如果那樣，能不能把你的DNA地圖交給我一份呢？」
年幼的美琴自然同意了，並握住了看起來貌似是研究員的男子伸過來的手。可是突然間，美琴就感覺自己身處血泊之中，而周圍有無數個死去的自己把她包圍在中間，說著「都是你害死我們的」，而想要求助的她往遠處看去，無數個依舊活著的自己在冷眼旁觀。
「為什麼，為什麼最近總是會做這種夢呢……」美琴感受了一下額頭的溫度，嘆了一口氣。
旁邊的黑子依舊抱著枕頭流著口水，「姐姐大人……不要這樣，啊……姐姐大人你這麼主動……」
旁邊將這一切听在耳朵里面的美琴自然腦後出現了三條黑線，「黑子那個家伙，究竟在做哪門子的夢啊……」
「啊嗚……姐姐大人的胸~部還是那麼柔軟……雖然還是沒有發育的樣子……」黑子一邊說著夢話一邊用臉使勁兒蹭著懷中的枕頭。
「為什麼即使知道這個家伙是在做夢，還是會有這麼不爽的感覺……」這時候美琴的頭上出現了一個惡魔小~美琴與天使小~美琴，兩個人在熱烈地吵著架。
惡魔小~美琴︰「趕緊把這個家伙叫醒，明顯是在做春夢呢好嗎……」
天使小~美琴︰「打擾可愛的學~妹的睡眠可是不太好的呢……」
惡魔小~美琴︰「嘖嘖，我實在想象不出在夢中的你是有多麼強烈的百合控呢……」
被兩個小東西的爭辯吵得頭昏腦漲的美琴大吼一聲「吵死了，都給我閉嘴」，並向兩只美琴揮拳頭打了過去，兩只小~美琴就消失了。
不過美琴的聲音終究把黑子吵醒了，「唔……嗯？」看著坐在自己床頭的美琴，黑子眼楮亮的發光，「難道姐姐大人終于想通了麼？好吧，作為姐姐大人的側侍，黑子……黑子非常願意陪姐姐大人一起睡……」說著，黑子就向美琴懷里撲了過去。
「 里啪啦……」不用說，迎接黑子的除了一頓電擊再無其他，本來就沒怎麼睡醒的黑子再電擊之下居然直接昏睡了過去，這是美琴所料未及的。
「真是的，這樣一來就更加睡不著了。」看著黑子恬靜的笑臉，美琴瞬間有些嫉妒。「算了，不如去驗證一下這些天的那個夢吧。」說完，美琴換上了一身便服，從窗戶跳到了宿舍外面。
畢竟時間已經很久，在那次提供DNA地圖之後美琴就再也沒來過口制藥•第七藥學研究所，所以光是找就找了一個小時，不禁使得美琴大呼倒霉。
由于自己的能力，即使監視器依舊在正常工作，不過對美琴來說只不過是小菜一碟，她所需要防範的只有夜間巡邏的警衛。而美琴也憑著自己的身手順利地進入了研究所的內部，不過這個時候，她卻遇到了難題。前面是一個用電子鎖操縱的大門，兩個警衛人員正在門口嚴陣以待。當然電子鎖這種東西對美琴來說是再簡單不過的事情，只是那兩個一直不動地方的保安讓她很是頭疼。
「真是的，這該怎麼辦？」美琴思忖著，可是依舊找不到方法。突然間，警鈴大作。
「怎麼回事？我都用能力處理過了，監視器和報警器不可能發現我……對了，一定是誰不小心觸踫到了報警儀了吧。」
由于警鈴響了起來，之前看大門的警衛人員自然不可能無動于衷，兩個人都去查看到底有什麼異常去了，這也給美琴留下了機會。
這麼好的機會美琴自然不會放過，通過自己的能力，美琴干脆利落地解決了電子鎖，繼續向前走去。最終，她來到了一間類似控制室的房間。之後，美琴通過自己的能力，從電腦上開始下載資料。
「量產型能力者計劃？‘sisters’？這是什麼？」正在一目十行掃描資料的美琴突然間發現了感興趣的東西。
「量產型能力者計劃，是通過對Lv5的‘超電磁炮’的DNA地圖的解析，從而進行對軍用克隆人的量產，使得克隆出來的軍用克隆人同時擁有‘超電磁炮’的能力，達到對超能力者的量產，簡稱‘妹妹們’……」美琴輕聲念著，「DNA地圖？我的？不是應該被用到重癥肌無力的治療上了麼？那麼為什麼會在這里，是後來轉用到這里，還是說，一切都是一個謊言呢……」美琴不禁咬了咬牙。
「然而經過樹形圖設計者的計算，培養出來的妹妹其能力還不及超電磁炮的1%，平均等級只有Lv2，之後該計劃被廢止……什麼啊，被廢止了嗎？也是，怎麼可能設計出這種實驗嘛……我也真是的，僅僅就為了一個夢就來到這里，雖然自己的DNA地圖被用在別的地方有些讓我不爽，不過既然沒有產生什麼壞的後果就暫時饒了那些人吧。算了算了，回去睡覺，明天還要上課呢，呼啊……」
這個時候，在這家研究所里面的另一個地方。
「不許動！」一群警衛拿著槍指著一個在黑暗中的嬌小身影，警衛前面的戰斗用機器人也已經嚴陣以待。
「等一下！」這個時候，一個身穿白大褂的研究人員從後面跑了過來，「這個不是侵入者！我只是忘了把鑰匙給她罷了，你和我來吧。」
這時候，如果美琴還在的話，她一定會驚訝地跳起來，因為從黑暗里面走出的是一個少女，而這個少女除了瞳孔有些黯淡無光之外，簡直就是另一個自己的翻版。
少女一言不發，跟隨著研究人員進入了美琴剛剛離開的房間，在按了幾個按鈕之後，屏幕上出現了和剛剛一樣的「量產型能力者計劃」。然而不同的是，在少女輸入了幾個類似口令的東西後，屏幕上的「量產型能力者計劃」瞬間變成了「絕對能力者進化計劃」。
屏幕上的字也轉變成了這樣——經過樹形圖設計者精密演算，學園都市中的七名超能力者中只有排名第一的一方通行有機會進化為Lv6的絕對能力者，但是需要二百五十多年的一般課程訓練才能進化為絕對能力者。因為沒有能使人能夠活二百五十年的方法，因此選擇另一種方法︰
那就是利用實戰來促進能力的增長，即準備好特定的戰場，讓戰斗依照計劃進行以掌控「實戰中能力增長」的方向性。根據樹形圖設計者的演算結果，只要準備好一百二十八種戰場將超電磁炮殺害一百二十八次，一方通行便可以進化為Lv6的絕對能力者。
但是因為無法準備一百二十八個超電磁炮，所以實驗將目標鎖定在同時期進行的「量產型能力者計劃」中的「妹妹們」，由于量產型的「妹妹們」具有的能力不及其素體超電磁炮的1%——也就是Level2的程度，因此根據樹形圖設計者的演算結果，只要準備好兩萬種戰場及兩萬名「妹妹們」也可以達到相同的目的。
此時，學園都市第七學區，某個無人的小巷里面。
一個有著和剛剛操作電腦的少女一樣的面孔的少女從小巷中沖了出來，現在的她可謂是狼狽至極，常盤台的校服已經破破爛爛，渾身也已經遍體鱗傷，額頭也在不住地流血，手中的沖鋒槍也已經快要拿不住了。
少女的體力已經達到了極限，可是她還是不敢停下腳步，仿佛後面的是一個死神一樣。
「逃得真開心呢……不過今天就到這里吧。」突然間，一個聲音從前方的拐角處傳來，少女吃了一驚，對著前方的黑暗處使用了自己的能力電擊，同時手中的機關槍也開了火。然而，無論是電流還是子彈，在接觸到黑暗處時都好像被什麼反彈了一樣，轉而飛向剛剛開火的少女。
隨著「噗噗」的子彈入體聲，小巷恢復了之前的寂靜，一切都好像沒有發生過。
「真是麻煩呢……雖然是‘人偶’，可是還要殺多少個啊……」黑暗中，傳來一聲輕輕的嘆息與漸漸遠去的腳步聲。
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