2000年9月13日，第二次浩劫發生。在南極大陸上發生了一起給地球帶來巨大浩劫的異變，造成海面水位上升、地軸扭曲。如同恐龍滅絕的傳說，巨大的隕石撞擊地球之後灰塵遮蓋天空，造成全球性氣溫下降。經濟崩壞、民族紛爭、內戰……，世界人口急速減少，只剩下原來的一半。
南極，成為了寧靜的殘亡地域。人類，並未象恐龍那樣滅絕，但復興的工作，卻無比嚴峻。2001年，碇真嗣誕生，2002年，第一任綾波麗出生，被妙黯降生，改名為凌波妙，因為以黑暗容納了兩次浩劫慘死生靈的殘魂以及遺留的生命信息，導致自身黑暗神力無法動用，只能從新開始修煉痛苦篇章，電磁武學。
2002年，源堂和冬月為了調查第二次浩劫的起因前往南極。國聯正式發表公告，稱2000年9月13日的世界規模的大災害，是由于有][].[].[]超光速數倍的大質量隕石，沖擊南極大陸所引致，其破害性相當于40億年前的地球與小行星的撞擊。現實畢竟難以掩蓋，在專家圈內，流傳著一些保留下來的照片，在沖擊造成的光影中，有一個巨人般的影像。也有在南極等地的幸存者稱，在沖擊波浪的中心，有數對巨大的翅膀。因第二次浩劫受到驚嚇而陷入自閉狀態的美里，被國聯保護。
2003年，國聯完成了對南極的調查，根據調查結果設立了位于箱根的人工進化研究所。冬月首次探訪人工進化研究所，之後開始協助源堂。在人工進化研究所的地下有個廣大的球形巨大空洞，而NERV本部就利用這個空洞而建造。此時，E計劃始動，零號機也開始建造了。
2004年，進行了EVA啟動實驗，在幼小的真嗣面前，發生了事故，真嗣的母親唯（此時的她已經是半個百合了）在實驗中消失，拯救計劃失敗。也趁此機會真嗣變成了真嗣子，沒錯，被某個剛剛恢復自身能力的人，仗著高超的境界，將真嗣變成了女孩子真嗣子，為了防止她將來變成貧乳這種令人殘念的生物，做了一點手腳，讓其將來擁有第七階段的罩杯。自從唯的事件發生後，沒多久，源堂決定轉移實行《人類補完計劃》，為了表明決心，源堂將自身娘化為源堂子，成為一個野性**娘，中間有某人的功勞。
2005年，美里和律子在長野縣第2新東京市的第2東京大學內相識，在某女的引導下，美里和律子成為百合，在地下空洞的上方，第3新東京市開始建設。
2008年，赤木博士完成了MAGI的基礎理論。跟隨著母親尚子，律子加入研究所，成為主要執行人。
2009年，葛城美里加入研究所。
2010年，NERV的中樞電腦MAGI完成的當日，開發者赤木尚子被凌波妙完全洗腦，成為資深百合，超級女兒控。人工進化研究所經過改編，成為了新的秘密組織NERV。
2012年，在參拜母親的陵墓時，真嗣子在其父（娘化後的父親該怎麼稱呼？）的面前逃離出走。自此以後一直到2015年真嗣子都未曾和源堂子見過一面。
2014年，第二個綾波麗（她的出現，是凌波妙洗腦了那個機構大部分成員後的結果）轉學進入第3新東京市地壹中學校內。綾波麗將凌波妙當作媽媽，成為一個資深母親控，此時的綾波麗不是短發，而是長發，白色的長發及腰，和母親一樣，在母親的輔助下，現在有了位于第五階段的罩杯，可以碾壓明日香了。
2015年，使徒襲來。從第二次浩後經過了15年，人類總算能重新繁榮起來。EVA已有3台可以實際使用了，而後也發現了三位14歲的少女可以擔任EVA的駕駛員（本來有少男的，但是娘化後的是真嗣子），人們不得不把未來的希望寄望在她們身上。面對重現的使徒們，肩上背負著人類存亡如此重大命運的少女們的戰爭開始了。（少女拯救世界，真贊。實際上，中央教條內部有一萬個綾波麗存在，這是某人的杰作。）
此刻凌波妙電磁武學在痛苦篇章的輔助下，已經踏入了六十萬匹，在高深境界的支持下，已經能夠短時間內掌控原子。女兒綾波麗的痛苦篇章將她的軀體推入到了大騎士級別，意志步入傳奇，再也沒有被機體污染的可能。花費了十四年的時間安排，全靈機構中的所有統領者都被洗腦，成為某女的死忠。人類補全計劃也必然執行。
公元2015年，一個巨大的人型生物在日本登陸。出動的聯合國軍，是一群狂妄自大的弱逼，將那生物稱作「使徒」，可見有了弒神之意。以猛烈地攻擊顯示自身的強大，但失敗的結果讓很多野心很大的人下台了，那些被洗腦的人上位了，這背後本身就有某女的安排。
威力最大的N2炸彈，類似于無輻射的核彈，亦只能短時間內減緩使徒的步伐。與此同時，一個名為碇真嗣子的少女接到闊別三年的不知道是父親還是母親的信，被呼喚至第三新東京市地下的NERV本部。
面對許久不見的兒子，野性**娘，碇司令所說的只是︰「坐上EVA。」真嗣子拒絕接受命令，但當她听見有人說道︰「想見你母親唯嗎？乘坐初號機，你就能見到她」深度戀母的她改變了自己的決定。
乘坐初號機後，碇唯在凌波妙的幫助下，早已掌控初號機，和女兒精神溝通，母女見面，百合花開（這只是某人的妄想而已）。
聰明的碇真嗣子將自身軀體交給母親掌控，以絕對實力將第三使徒撕成了塊，搶奪了生命果實，融入自身，之後擁有了無限能源，在也不用別後連著一個電線了，太羞恥了。
解決完使徒之後，回到基地的碇真嗣子死活不願意從初號機內下來，最後無奈的某女將兩人的訂立了精神契約，從此一百里內，就能無間隔通話，隨時能感受到對方，再也不怕孩子丟了，這是碇唯的心聲，再也不怕和媽媽分開了，這是碇真嗣子的心聲。
成為百合的赤木母女和美里住在一起，過著沒羞沒造的生活，日日夜夜綻放百合花，看到碇真嗣子後，覺得她是一個百合預備役，決定拯救她出苦海，于是在一對不知道是父子還是母女冷漠的關系中，提出，讓這個可愛的少女去她那里住。
當天晚上，在三個高智商人的忽悠下，碇真嗣子被說服了，加入了百合神教，成為榮光純潔的百合女性，身上散發著百合寧靜的香氣。直白的說，就是少女被幾個成年女性推到，知道了百合的純潔美好，在早已經成為百合的母親的支持下，成為了一個百合，以便更好的和母親相處，真是純潔美好的愛啊。
為了防範使徒再襲，實際上，一個綾波麗就能將所有使徒滅掉，但是不放水，怎麼讓碇唯和她女兒碇真嗣子見面呢。真嗣子進行著EVA的操作訓練，主要是享受和母親合而為一的幸福，一有空閑，一取得允許就去和母親合體。
同時也轉學到第三新東京市的學校就讀。上課時，老師講到第二次沖擊的歷史事件，同學們都在台下偷偷的利用電腦網絡聊天，簡直是學渣的典範，在這個沒有未來的時代，即使一無所知的普通人也會這樣被這樣的氛圍感染，從而失去上進心。
真嗣子以她魔鬼般的身材，弱受般的氣質，再被套出是EVA駕駛員，立刻成為了班上最受歡迎的人，但同班的鈴原東治卻對她大打出手，卻被她一腳踹的胃出血，直接住院了。碇真嗣子在母親以及其他人的影響下，已經成為一個暴力百合，對女性特別溫柔，對男性特別暴力，某個男性沖了上來，所以他挨揍了，這一切都是他的錯，誰讓他不是女的，還敢對真嗣子出手。
他的妹妹在EVA與使徒的戰斗中受牽連而受傷，他因為攻擊EVA駕駛員而被自衛受傷，和EVA太有緣分了，兩人因為是親人，所以住在了同一家醫院的同一家病房里。同日，鈴原東治以攻擊軍隊成員的罪名，直接被綁在了病床上，堵住了嘴，蒙住了眼楮後，听到碇真嗣子將他妹妹推到，兩個少女在醫院的病床上，綻放了純潔的百合花，三次之後，在外守門的美里前來換班，真嗣子出去看門，又一個少女加入了百合神教。
幾天後，第四使徒來襲，真嗣子融入初號機後，母女兩人將不廢吹灰之力的將第四使徒滅掉，奪去了第二個生命之果。
真嗣子的生活因為當了EVA的駕駛員而起了巨大的變化，比如，內心不在孤寂，隨時都有母親陪著，還是最深度的靈魂陪伴，身體素質得到大幅度的提升，戰斗力直線上升，意志力也跳躍式的進步，愛的力量有時候真的很偉大。
但在某些方面，她也反而受到遣責，被當成巨大的威脅。那些人都是嫉妒，都是敗犬的哀嚎，精神如同火焰一般的少女，根本不在意那些人，對于那些敢來騷擾的人，讓他們知道了什麼叫做軍隊的武力。