自從第十一使徒入侵神經本部後，第三天，人類補完委員會召開了特別召集會議，要求碇源子對NERV的成績作出總結。對于使徒侵入一事，碇源度予以承認，反正都是自己人，認個錯有什麼的？並且這段時間以來，九顆生命之果，造就了九個無限能源戰力提升倍余的機體，娘化藥劑發行以來，大量的適應者出現，再也不會發生好不容易建設一個機體，反而沒有駕駛者這種坑人的事情發生，雖然有了生命之果的機體，對于駕駛者的要求更高。
但是全球數十億人，可娘化對象十幾億人，怎麼也能弄出來幾萬適合者出來，從其中找到那些優秀的，合適的，讓其成為駕駛者，保護世界，是多麼贊的事情啊，尤其是這些都是美女，或者這就是某個人的陰謀吧。與此同時，顯得沒事干的神經本部眾人，開始了另一項計劃，機體互換實驗。凌波麗可順利乘坐初號機，畢＝.＝＝竟強大的軀體和精神足以抵抗精神污染，而且唯在里面，也不會添亂不是，但真嗣這個小受習慣了母親懷抱中的溫暖，這次里面卻是冷冰冰，而且非常不友好，更有大量雜念進來，有唯的靈魂守護，沒有發生什麼事情，卻非常不開心，直接從里面出來，跑到了初號機內，享受媽媽的懷抱去了，怎麼叫，都不打算出來。
三天後，感覺心靈收到的傷害慢慢平息的碇真嗣子從駕駛艙內出現，這次，碇真嗣子和美里，鬧矛盾了，一方認為孩子太不听話，一個人待在里面這麼長時間，太讓人操心了，一方認為，大人太過自我，不體量自己，讓自己經受經歷那麼難受的事情，一點都不關心自己。
無法用語言說服對方的兩女，絕對用更直接的方式，用身體讓對方明白，在床上以獨特的方式交流。第二天，兩人神清氣爽關系親密的步入神經基地，兩女的關系得到了一個種升華。這告訴了我們行動大于語言，當語言無法解決問題的時候，就讓身體成為交流的更好途徑，百合之神如此教導我們。而此時的凌波妙在中央教條禁區玩著隆基努斯之槍，背後是莉莉斯，這個雌性的最高生命形態，對妙瑟本體那里的生命研究，以及女兒的下一步進化，有著不小的推動作用，但也就那樣了。莉莉絲到了極限也就是亞星靈級別的生命體，位格比星靈低半個檔次，和神體的距離就像月球與太陽的區別。
在其她人都忙著的時候，總有一些人，給眾人添亂，比如在京都的廢屋里就發生了一件事情，加持良治與一個奇怪的女**談後，執行對NERV的偵探工作。為了防止這個人對計劃產生影響，直接出去將他打暈，免費給其注射娘化藥劑，希望她能成為適合者，為世界作出更大的貢獻，好吧，不扯了，實際上最大的目的讓其成為女性，順便將其洗腦，免得麻煩。
第二日，真嗣子與源堂子一起來到唯的墓前，本來碇真嗣子是不打算來的，因為母親並沒有死，但是一想若不來，被她知道了母親還活著，和自己搶奪母親怎麼辦呢？于是，就面無表情的跟著父親前來拜祭，以女性在感情上那影後級別的演技糊弄過去了。
明日香則是和加持良治子去約會，小女孩最喜歡那種成熟魅力神秘野性十足的美女了，很不幸，加持良治子就是這種狀態的美女。晚上，美里、律子，尚子一同參加了一對女友人的結婚宴會，沒錯，此時的日本在某女的掌控下，已經允許同性結婚了，但是只允許女女同性結婚登記，男男是非常被排斥的，甚至家人可以強行將陷入基佬山脈的孩子娘化，這是法律賦予家人報復孩子的特殊權利。
鼓勵那些想要結婚的男男同性去娘化彼此，從此就能合法在一起了。很多基佬抗議了，政府對他們的回應時，百合可以生育，可以保證族群的傳承，基佬可以生孩子嗎？很多不服輸的男男為了基情開始研究男男生子的方法，但是那個太污了，某女仗著自己神級的感應，將所有可能成功的男男生子研究全部破壞，所有相關男性全部娘化，並且好心的讓她們都懷孕了，給她們找了一件十分具有意義的事情。
而今夜在回來的途中，美里向和明日香分開後的加持良治子吐露了自己的心聲，告訴她自己是博愛百合一派，決不可能在一顆歪脖子書上吊死，這麼多好樹，要多吊幾次試試，如此，才不枉活了一次，她也的確這麼做得，自從加入百合神教後，她已經引導了數百個女性成為百合，可以說是名副其實的千人斬。翌日，在和明日香偷偷聚會的加持良治子被美里發覺，然後她被推倒了，真是一個哀傷的故事，這告訴我們，你是攻是受和自己認為沒有關系，只和你相處的那個人武力高低有關系。而此時的凌波麗在中央教條禁區和培養罐中的一萬個姐妹通過思維頭盔聊天，這些人都是綾波麗的妹妹，也是百合，這是肯定的事情。某人會允許自己好不容易種下的水靈靈的大白菜，被一頭豬給拱了嗎？在學習知識的途中，就不斷地引導她們，現在全員百分百都是百合，而且有不少人都在自己的姐妹中找到了自己的真愛。
巨大的莉莉絲掛在後面，萬余少女都將她當成了擺設，在她們眼里，自己的母親才是自己的親人，和莉莉絲沒有關系。也的確如此，經過這些人基因的調試，在萬名凌波的體內原來的基因已經改變，軀體強度早就超過了常人的極限，達到了九倍常人的身體素質，精神力達到了常人的二十倍，每一個都是優秀的駕駛員，優秀的科學家，在生物，化學，物理方面的知識積累堪比圖書館，唯一比那些科學家差的地方，可能就是思維火花，靈光一閃。
但是在精神網絡面前，以及某人的引導所擁有的效果，遠遠超過那些人。時候還沒到，等到了之後，就能將這些女兒全部收到小世界里面了。在EVA的同步測試中，真嗣超越了明日香。這是必然的，因為一開始真嗣子和唯的同步就是百分百，兩百，三百，一直都是唯在操縱初號機為兒子而戰，直到後面，兒子成長的差不多了，才讓她慢慢掌控機體，這是母親對孩子深深的愛。
但是這一次第十二使徒的出現，唯打算好好讓女兒鍛煉一下，由她完全操縱機體，畢竟玉不琢不成器啊。結果是讓人失望的，告訴了我們沒有媽的碇真嗣子是一個渣，她被使徒的虛像所迷惑，落入了使徒本體的虛數空間。直白點說就是她和機體都被使徒給吃了。由于一時無法月兌離，母親也沒有辦法（實際上只是為了磨練女兒而已）真嗣子不知道該怎麼辦？只能將生命維持系統打開，等待別人的救援。十五小時後，生命維持快要到達限界，經歷了一番心理歷程之後，割去自身軟弱猶豫的碇真嗣子低吼著，絕不讓母親在這里死亡，絕不，以自身意志和初號機達到了百分之三百的共鳴，從內部將使徒撕了開來。
但這並不是結束，而是開始，因為使徒威脅到母親的生命，碇真嗣子異常憤怒，異常瘋狂，十分暴虐，將使徒一塊一塊的撕得只剩下生命之果。最後，回到了基地後，因為精神消耗嚴重，陷入昏迷，被母親唯的靈魂包裹，在初號機內，進入了沉睡。所有人都習慣了。這一次，碇真嗣子的爆發自己讓自身和母親的精神契約在此升華，成為了靈魂契約，從此再也不分離，互為彼此的一部分，算是另外的補全了自身，達到了小全靈的境界。這是好處，壞處是兩人的所思所想都不能隱瞞彼此，真正的心意相通，一言萬語。羨煞了那些在一起的百合。
經過了這次時間後，碇真嗣子深刻的明白了什麼才是對自己最重要的，一有時間就訓練，再不參加百合聚會。此後被稱為一代玉女碇真嗣子。天有不測風雲，人有作死精神，美國人又作大死了，EVA十三號機的S2引擎搭載實驗在美國進行，在準備不充足的情況下，一些人為了功績強行實驗。導致美國的NERV第二支部與其直徑三百公里以內的設施從此消失。相當于在美國本土境內引爆了一顆大當量的核彈，好處是沒有後續污染，那個地方人本身就很少，所以死的人不多。
為了防止她們在此做大死，凌波妙下了命令，將剩下的第十四號機的啟動實驗，轉至日本的第三東京市進行，而且駕駛員將由凌波0001號擔任。沒錯，她的設定是綾波麗的妹妹。駕駛第十四號機體沒有一點問題，機體的問題入s2引擎在一萬個凌波的修改後，不僅變得完美，而且變得升了一次級。
這樣做的目的是讓女兒都能輪流出來轉轉，現在的她們已經不會被豬拱了，之後的每天凌波妙都會帶著一百名凌波出去游玩，反正在電磁干涉下，沒有人看到的到她們，沒有設備能夠拍下她們。