鳳王
會用七彩炫麗翅膀在世界的天空中持續飛行，是神話傳說中的神奇寶貝。
身體閃耀著七色光芒，飛過的地方會形成彩虹，神話中流傳的神奇寶貝。
據說會在正直的訓練家面前閃耀七色翅膀，現出身影。
圓朱市，這個充滿了古老味道的城市是鳳王所庇護的地方。在這里還有著為了供奉鳳王而修建的寶塔鈴鈴塔。
原本鳳王應該跟洛奇亞一起作為守護神長住在圓朱市這里。
但也只是到那一天為止…
150年前
對應洛奇亞的那座塔在這一天突然燃燒起來，圓朱市的居民被突然襲來的「天災」一時給手忙腳亂起來。
停留在鈴鈴塔上的鳳王也注意到了這件事，但「它」並沒有打算插手這件事。因為縱火者就是「他們」……人類。
畏懼自己，卻又有著奪取自己力量的。
「……真是一群「矛盾」的生物。」
「嗯？那座塔里面……」
突然察覺到有點不對勁後，鳳王展開自己的雙翼飛向那座正在被火焰燃燒的高塔。
「那三只神奇寶貝是……」
「沒有辦法了……」
鳳王從翅膀上扇出大量灰色粉末。
這些灰色粉末就好像有著自我意識一樣飄到那三只神奇寶貝的身上，將其給覆蓋起來。
「接下來……你們就會獲得我的一部分身體而「月兌胎換骨」……」
剎那間，被灰色粉末給覆蓋住的三只進入瀕死狀態的神奇寶貝發出了耀眼的白光，在這光芒中，它們的身體擴大了數倍，外貌也發生變化。
待光芒消失掉之後，那三只瀕死的神奇寶貝消失了，取而代之是三只從沒見過的神奇寶貝。
現代
「終于可以開始了……我的計劃。」
一個戴著詭異面具穿著黑色風衣的男子站在鈴音小道上自言自語的說著。
這名男性究竟是什麼人呢？也許他這副模樣會讓一般人覺得害怕。
凶厄。
毛骨悚然。
恐怖到引發厭惡感。
但不知為何，這幅光景莫名有種更加悲傷的感覺。
「你們先上去吧。」
如同響應男子的話一樣，五名身穿和服的少女從男子的身後依次出發前往前方的鈴鈴塔。
少女們按著一定的速度向前行進，但她們的眼中卻沒有任何的光彩，就好像一個個外表逼真的人偶。
等到五名少女都進入鈴鈴塔後，假面男拿出了自己的精靈球放出里面的神奇寶貝。
信使鳥一出來後就飛到假面男的背後，用自己的雙腳抓住他的肩膀，拍打著自己的翅膀毫不費力的把假面男給帶上天空了。
當信使鳥飛到塔頂上空的時候，假面男示意讓它停下來。
接著假面男絲毫不畏懼似的直接從距離塔頂有兩到三米的半空跳了下來落在被瓦片覆蓋的地方，之前進入塔內的五名少女也在這時到達塔頂。
這個時候假面男從自己的斗篷下取出了一個做工精致的鈴鐺，之後又掏出了一顆精靈球放出里面的神奇寶貝。
周圍開始出現一片白霧，溫度也開始有所下降。在五名少女的頭頂，一只漆黑的球體冒了出來，氣體神奇寶貝鬼斯，看來之前就是它在操控著少女們。
「出來吧，鳳王！」
假面男手持著被稱為「透明鈴鐺」的道具站在鈴鈴塔塔頂呼喚著塔主的名字，而被鬼斯操控的五名少女則違背著自己的意識準備起呼喚鳳王的儀式。
原本漂浮在塔頂上方的巨大雲朵好像擁有意思一樣，逐漸分成兩半。絢麗的彩虹從中間投射了出來。
手中的鈴鐺好像感應到了來者一樣，發出了「玲玲」的響聲。
接下來發生的一切……即將改變無數的少男少女的命運……
若葉鎮
因為靠近水道，每天都會有海風從這吹來，被人譽為吹起開啟之風的城鎮
這是個不大也不小的小鎮，南北兩面都被茂盛的森林給包圍著。
受到大自然的恩惠，這里擁有著豐富風能，為此也修建了大量的風車。
在一座俯瞰整個若葉鎮的山丘上，今年剛滿七歲的零正爬到在一棵大樹樹頂休息。
拂過零臉頰的風冷冽無比並富含水氣，宛如身處于深邃森林般清爽。
零深深的吸了一口氣，再慢慢的把氣給呼出來。
「真的是異世界啊……」
這里的空氣不像原本世界那樣受到各種各樣的污染，就這單純的空氣質量就能讓人體變得更為健康強壯。
說實話，對于在那個因為發展而忽視環境保護的國家中出生並生活了十幾年的零來說，對這個世界的一切都充滿了陌生感。
「啊……」
其實零對于「穿越者」這個身份一直充滿自卑感，自己又沒有那些穿越小說里面的主角的性格。不可能隨隨便便就能斬斷對原來世界的牽掛，零只是一個普通人，對于這個世界來說，自己只是個「外來者」。
雖然說這里是游戲里的神奇寶貝世界，但又不是真正的游戲。
這個世界有著一套完整的歷史，有著獨特的歷史文化。
這里是真正的異世界。
小鎮里的大家更不是什麼NPC，他們是有血有肉的人類。
他們不是每天定點都在重復一句話，而是確確實實的在生活著，他們會思考、會呼吸、會進食、擁有生命。
跟原本的世界不同的主要差距主要是人口數量上，從若葉小學的教科書上得知，自己所居住的這個國家的總人口大約為兩百萬，大部分的土地都處于未開懇荒野的狀態。各個地區間的交通手段也主要是以海運為主，因為森林與荒野中生活著大量的野生神奇寶貝的緣故，走陸路話十分的費時費力。
因為相較于現實世界日本的一億數千萬人口，異世界的人口只有百分之一。
以上種種原因，使組成這個國家的四大地區之間的聯系可以說相當脆弱。
自己所處是對應本州西半部的「城都地區」，跟其他地區相比之下充滿了被歷史給渲染的氣氛。
自己現在則跟某個變小的名偵探一樣處于要重新讀一遍小學的狀況，不同之處是還多讀了幼兒園……
「好丟臉啊！！」
總之，在升上若葉小學後，自己一有空就會往鎮里的空木研究所跑，小鎮里的大家都說自己快把研究所當成第二個家。
事實上也差不多吧？誰讓那里儲蓄著大量神奇寶貝的知識，對于這個世界的人來說，有的事情可能是屬于常識性知識，但是對與零而言，那就是一門新的學問，反正就在家隔壁，父母與空木博士也是熟識得很。
以此為契機，零開始作為研究所里的臨時助手在里面幫忙，學校方面也說好了。
「？」
就在這時，零忽然察覺到有人出現在他的身後。
也許是大人听到他的叫聲而上來這里罵他吧？自己可沒少跟弟弟一起搗亂，零回過頭去——
「……咦？」
一個陌生女子的身影映入他眼中。她和零身處同樣的高度，卻沒有站在樹頂上。這名陌生女子的腳下沒有任何支撐，而是整個人浮在樹頂外側的半空中。
很明顯的她不是人。因為人類不會飛，背上更不可能像她這樣長著「翅膀」。
「……」
這名女性究竟是什麼人呢？也許她這副模樣會讓一般人覺得害怕。然而，樹頂上的零即便覺得驚訝、即便覺得有些疑惑，心里卻沒有涌出一絲恐懼——也許是因為這名女子的容姿太過美麗，也許因為她唇邊那抹溫柔親切的笑容。
女子火紅色的長發如水波般輕緩飄蕩，一雙水汪汪的大眼楮閃著艷紅色。
「你是誰？」
零回神，不假思索地提出懸在心頭的疑問。
一抹苦笑浮上女子的臉龐，她搖了搖頭，看似認為這樣的問答不具任何意義。接著，她再次展露出早先那溫柔的笑靨，輕聲說︰「我是被你吸引來的。」
零听到愣住了。他覺得相當害臊。
下一個瞬間，一只女敕細的手突然從正面抓住零的臉。
「？！」
這、這個展開是怎麼回事啊？！
發覺手掌開始用力的零努力想掙開女子的手，但不知道是因為女子擁有不符合外貌的力氣，還是因為自己還是小孩的緣故，自己根本無法掙開女子的「鐵爪功」……
「痛、痛死了……！」
零在發出疼痛叫聲的同時也發現自己好像快因為忍受不了這個疼痛而「當機」了……
「給我記住了哦……我的名字……」
鳳王……這是零在昏死之前最後听到的兩個字。不過能不能記得住就是個問題了……
女子，不，鳳王把嘴巴靠到快陷入昏迷狀態的零的耳朵輕輕的說著。
「抱歉……把你也給卷入這個麻煩了……」
她把已經昏睡過去零從樹頂抱了下來，並把他輕輕的靠在樹邊。
「但是……為什麼會是你啊……」
鳳王這麼的自言自語道，她不清楚為什麼自己會去主動接觸人類，對于活了很長時間的自己來說，這件事可是例外中的例外。
自己擁有能鑒定他人有無才能「原石」的能力，因為這點，假面男就想方設法的把她給召喚出來。
事實上，那個男子已經達成他的野心了。雖然期間有三聖獸的阻攔，但它們全被假面男誘導到「燒焦塔」里封印起來，而鳳王更被假面男用特殊的手段給控制起來……
但是，這個手段是有漏洞的，鳳王還沒有陷入被完全控制的狀態。她目前還能取回一點對身體的控制權，為此自己也開始行動起來。
她要找到擁有遠超那個假面男的成長性的人。但是……這樣的人真的找的到嗎？
鳳王第一次對自己感到無力，畢竟那個假面男可是以憑一己之力就把自己給操控住，封印了成長起來的三聖獸。
「？」
就在她飛過白銀山時，突然感應到一個微弱的存在，就好像把石子丟到池子里驚起一陣陣波紋一樣。
等到回過神時，自己已經飛到了這個小鎮的上空了。
之後，她發現了他。
一個躺在樹頂上、給人普普通通感覺的男孩子。
但這在鳳王的眼中是截然不同的場景……
能夠鑒別「原石」的鳳王是可以將其給「可視化」，而這個男孩……則是個普普通通的「石頭」……
不過……這顆「石頭」里面現在卻正在孕育著「玉石」……
「……無限的‘可能性’嗎？」。
看到男孩「本質」的鳳王露出了溫柔的微笑。
「別忘了我，零」
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