知樹最近的心情非常不好，因為他遇到了一個大麻煩。
女乃女乃的樣子最近忽然變得很奇怪。
以前的女乃女乃，慈祥、和藹，溫柔的照顧著失去父親的他，可最近，卻忽然變得神情恍惚、行蹤詭秘，嘴里總是念叨著例如「父親要回來了」之類的胡話。早已棄置不用的地下室也被重新啟用，每逢夜深人靜的時候，會發出一些奇怪的聲音。冰箱里的食物，也市場不翼而飛。雖然女乃女乃嚴禁他進入地下室，但是還是被他找機會偷溜進去了一回————里面只有一些看上去很可疑的宗教祭祀類物品。
本來這些事情，他應該早點告訴母親的，身為TPC隊長的母親，想來應該比一般人更能應對這種麻煩吧，可問題是母親在數天前給他來了一通電話說「因為工作問題短時間里不能再聯系」後就再無音訊。
當他看見掘井和麗娜後，（）心中重新燃起了名為希望的火焰，
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太平洋西南海岸線數千公里外的地區，坐落著一座看似平凡的無名小島。
無論是從網絡上下載的衛星地圖，還是各國官方印刷的世界地圖，都無法找到這座小島的存在，沒錯，就像很多人想象的那樣，這座島上坐落著TPC的秘密研究所。
除了人類，地球上還存在其他智慧生命體麼？這個猜想很久以前就存在，可是直到半年前掘井的恩師水野博士以生命為代價發現了閃電人的存在，這個猜想才真正成為了現實。
因為不為人知的原因，居住在電離層高空的微型浮游狀生命體閃電人聚集在一起，化身成為了凶殘的可怕怪獸加佐特，造成了極大的恐慌，雖然因為迪迦的活躍，第一次出現的加佐特被還原成了原來面目回歸等離子層。當所有人都以為事情已經圓滿解決了的時候，異變再次發生，加佐特又一次降臨了，並且變得比第一次更加凶殘。而且，不光是日本，全世界都陸續有加佐特的身影出現，雖然他們在TPC各國分部的努力下被擊倒，人類仍舊付出了巨大的代價。
是什麼原因，導致了加佐特的頻繁降臨？有什麼方法，可以有效抵御怪獸的攻擊？
這兩大問題，迅速成為了TPC高層間的熱門話題。
當遠東支部在研究「對怪獸用特效守城武器」的消息被某些別有用心之輩爆料出來後，遠東支部的壓力大增。作為技術開發協助人員的GUTS小隊，也接到了各方勢力的示好和威脅，令人煩不勝煩。
出報告、回信、參加高層視頻會議，沒完沒了的扯皮，居間惠已經連續數天沒有好好休息過了，臉上掛滿了疲憊。
在這個時候，忽然傳來了好消息，次元震蕩發生器的第一枚試作品已經完成了。
「真的完成了麼？」
這則消息仿佛天籟，哪怕是身處研究中心，眼前巨大柱狀體就是次元螺栓的成品，居間惠仍舊不相信他們居然在如此短的時間內成功了。
「試驗品的完成度已經超過了百分之九十，可以投入實戰使用，剩下的部分需要從實戰中收集數據慢慢調整。」
堅樹博士嘴笑的都開裂開了。
「這有點太快了吧？按照當初博士你們所預計的，從開發到正式使用，至少也需要2年吧。」
「那是在當時現有技術條件基礎下做出的推斷，可沒想到居然有這麼多外星技術可以供我們研究。」
麥爾斯的戰斗領域，雷德爾和阿伯巴士的飛行器，木真星人的機體殘骸，烏鴉星人的縮小槍，半年來，因為墨羽的直接或間接的影響，人類的到了太多超出原本知識水平的科技。當這些來源各異的黑科技被吸收後，人類的科技水平有了巨大的提升。
「很難想象吧！我們的科技居然已經到了這個程度。」
居間惠回首，身後多出了兩道熟悉的身影————澤井總監和吉岡局長。
身為鴿派和鷹派的兩位大佬，在听到了這麼重大的消息後，沒有理由親自前來。
「可是這個東西，到底該怎麼用？」
次元震蕩發生器的外觀看上去就像一根巨大的螺絲刀，所以研究所的工作人員給他取了個更貼切的名字，次元螺栓。要將這樣一根奇特的武器運用起來，必定要用特殊的手段。
「各位請跟我來。」
在博士的帶領下，三人越過一扇大鐵門，進入了另一塊作業場地。
「不會吧，這個是••••••」
乍一看到眼前的東西，吉岡局長的眼楮就再也挪不開了，呼吸也變的急促起來，也不管後面幾位還停在原地，自行乘著升降機下降到了那件東西的身邊，左看看，右模模。此刻的他，哪里還像位高權重的警務局局長，反而像剛得到新玩具的小孩子。
能讓吉岡興奮的，自然是武器，而每個男人的心中，都有一個浪漫的機器人夢。
坐落在工場里的，正是一台高約十二米的巨型機器人，最令人矚目的是，機器人僅有一枚探頭裝點的面目，活似著名動漫高達中的出場率頗高的扎古。
「我記得你以前最喜歡扎古了吧！」
「當然，還記得那時候的流行語麼，是男人就要開扎古。」
吉岡頭都沒回，就回答了澤井的提問，少年時的夢想，此刻活生生的出現在了眼前，著實讓他激動萬分。
「雖然在報告里听說了，但是看到實物，還是第一次呢。」
「這是用作業用工程機器人改造而成的次元振蕩器專用輔助機器人，X－001,因為某個設計人員的惡趣味，將機器人的頭做成了扎古頭，所以我們干脆就給了它‘扎古’的代號。」
「駕駛員呢？這台機器應該有駕駛員吧？」
亞特蘭蒂斯號已經完成在即，作為今後GUTS戰力的關鍵一環，每一位隊員在這座飛船上都有不可或缺的重要位置。如果臨時從GUTS抽調人手來作為X－001的駕駛員，勢必大大削弱亞特蘭蒂斯號的作戰能力，在極度缺乏高端戰力的當下，這是極為不妥的。
居間惠的擔心被澤井總監一句輕飄飄的話化解了。
「當然，駕駛員已經在來的路上了。」
他話音未落，就見一名穿著藍色軍服的駕駛員向他們走來。
他月兌下軍帽，在居間惠詫異的眼神中，向兩名首長敬禮報道。
「月面基地卡羅特殊部隊所屬，疾風真奉命來此執行任務，請兩位長官指示。」
疾風真，又一位原著中的人類強者，因為蝴蝶的翅膀，提前登上了舞台。