「人類，你們這些人類。竟然敢這樣對待我。我要讓你們付出代價。」
煙霧中傳來憤怒的咆哮聲。世界樹，似乎完全沒有受傷的樣子。大門英和番長獅子獸的犧牲完全白費了嗎？
一根根白色的水晶突然在空中出現。就在大家莫名其妙的時候，水晶突然向四面八方飛去，猶如制導導彈一樣攻擊人類聚集的地方。那些城市被擊中後，並沒有什麼血腥和恐怖的殘留，但是城市中的一切，都徹底的數據化了。
在這種危機時刻，齊心協力的人類世界，所有的資料都是隨時聯網的。在世界樹動手後，很快大家就得到了城市失聯的消息。在眼前的戰局下，失聯的城市，已經默認了全滅的結果。
「可惡的世界樹，你到底想要做什麼啊？」大門大指著世界樹大喊道。
「你們難道看不出來嗎？我在淨化這個世*界啊。你看到我現在的樣子了嗎？我之所以落得這個下場，就是因為你們人類對神的褻瀆。我要你們付出代價。」世界樹怒吼著，又凝聚出六枚水晶， 啪啪向標槍一樣射向大門大。
「幻影星月斬」關鍵時刻，托馬他們沖了上來，一人一招幫大門大擋住了世界樹的攻擊。但是大家只對抗了世界樹的一次攻擊，就差點倒下，世界樹身邊卻已經召喚出更多的水晶了。
「原來是你，原來是你，原來是你。」鄭凡突然站了起來，連喊了三句一模一樣的話，大步邁了出去。明明鄭凡離世界樹還很遠，鄭凡也沒有動用任何能力，但是鄭凡就是這樣輕輕松松地走到世界樹面前。
「你是誰，你認識我嗎？那麼我以神的名義命令你，制裁這些人類。」世界樹發出冷漠的低語。
「真是可憐的家伙。」鄭凡輕聲說著，直接走到世界樹的身旁。莫名的世界樹不敢對鄭凡出手。就這樣鄭凡直接出手，在世界樹身上輕輕擦拭，竟然露出了一個四位阿拉伯數字的編號。
「編號DS-9527，所以你是東方神域監察主機的手下嗎？可惜你好像不知道自己的身份啊。」鄭凡拿著夜曉劍在世界樹上砍了兩下。並沒有造成傷害，但是卻發出古怪的脆響。
「什麼東方神域檢察主機，我不知道你在說什麼。」世界樹心頭涌起一陣惶恐，地下嗖地竄出一根藤蔓，捆在鄭凡的腰上，一下子就將鄭凡扔了出去。實力大退的鄭凡對此並沒有反抗能力。只在半空中留下︰「我沒事，我已經知道這家伙的身份了。我相信你們可以戰勝這個家伙。」
「我明白了。閃光暴龍獸，請接收我的力量吧。」大門大擦掉嘴角的血，用僅剩的右手將力量傳遞給閃光暴龍獸。似乎是因為去掉了一些不必要的程序，閃光暴龍獸的力量更加強大了。
「數碼之魂，爆裂。」托馬，淑乃，郁人也一同發動了祭獻，用自己的力量換取數碼寶貝伙伴變得更加強大。在爆裂完成以後，數碼寶貝們沖天而起，作為人類的大門大等人無力地跪倒在地，站都站不起來。
「最終閃光爆破」
「滿月流星沖擊」
「誘惑紅唇」
「雷光一閃之突」
四位爆裂的究極體數碼寶貝全力使出絕招，並且全力讓這些攻擊融為一體，一同攻擊世界樹。
四大絕招砸在世界樹身上，激起濃烈的塵土。在塵土里還有結巴的碎片激射而出。這些似乎是世界樹的身體碎片。
「成功了嗎？」。眾人看著煙霧，眼楮眨都不敢眨一下。就在這時，煙霧中探出一根藤蔓，牢牢捆住閃光暴龍獸。
煙霧散開，露出世界樹殘破的身軀。在這殘破的身軀四周，漂浮著許許多多的藤蔓，總算與世界樹這個名字相符合了。
閃光暴龍獸雖然動彈不得，但是看著世界樹的殘軀，眼中露出欣喜的神色。
「沒想到你們有這麼強的力量？但是這毫無意義。」世界樹說著，身體開始閃閃發光。那些飛濺出去的碎片竟然以原本的軌跡倒飛回去，嚴絲合縫地拼合到世界世界樹的殘軀上。然後再一道流光之後，世界樹身上的傷疤也消失了，就好像世界樹從來沒有受到過傷害一樣。
「竟然能自我修復。」托馬驚訝地說道。
「這不是自我修復，而是神的力量。神是不會受傷，不會死亡的。」世界樹一邊說著，趁著大家驚訝之際，一道血紅色的光順著藤蔓蔓延到閃光暴龍獸身上。在血光的籠罩下，閃光暴龍獸發出連連慘叫。
帶著血色光芒的藤蔓隨風亂舞，抽在幻影加奧加獸身上，直接讓幻影加奧加獸退化回到成長期。薔薇獸和渡鴉獸在被擊中以後也被迫退化。閃光暴龍獸被世界樹的藤蔓抓在半空中亂甩，卻死死地咬牙堅持。最後閃光暴龍獸身上的數碼之魂被撲滅，從爆裂形態落回普通究極體，直接退化回幼年期。
「給我和這個世界一起消失吧。」世界樹囂張地叫起來，身邊出現密密麻麻的水晶柱，在大家還沒能反應過來的時候，水晶柱已經化作一道道流光，襲向地球上一個個人類聚集點。
在一陣陣強烈的震蕩後，大家終于找回意識。大門大推了推滾球獸，卻沒能得到任何回應。
「可惡，你這個家伙，我的小弟，你這個家伙。」大門大拳頭緊握，牙齒死死地抵在一起。
「憤怒，仇恨，這是你們人類的力量來源，也是這種力量，污染了數碼寶貝世界單純的數碼寶貝。」世界樹冷漠地說道。
「你到底想說什麼？」托馬盯著世界樹問道。
「數碼寶貝是一種追求力量的生命。數碼寶貝們通過戰斗來提升力量。雖然會有死亡，但是數碼寶貝世界是平靜的。直到你們這些人類突然出現。」世界樹突然變得激動起來︰「你們這些人類，通過仇恨來獲取力量。仇恨的力量污染了數碼寶貝，甚至讓整個數碼寶貝世界陷入危機。為了保護我們的數碼寶貝，我必須對人類做出裁決。」
「才不是，這樣的。」郁人掙扎著站起來，揮著拳頭說道︰「並不是人類污染了數碼寶貝，而是數碼寶貝們，讀懂了人類的感情。我們的心連在一起，我們並肩作戰。」
「胡說八道。」世界樹反斥道︰「就是因為人類的污染，數碼寶貝們，竟然背叛了我這個神。亞古獸，獵鷹獸，還有那些皇家騎士，他們全都是叛徒，全部都要死。」世界樹說得興奮，竟然驅使著藤條抽打友樹全力建造出的冰柱。雖然是號稱絕對零度，但是沒有控制者，在世界樹這種等級的強者面前並沒有反抗能力。冰柱受到攻擊，冰柱兩頭撐起的世界也暈暈乎乎起來。
「住手。」大門大大喊道︰「人類，沒有污染數碼寶貝，反而人類與數碼寶貝齊心協力，能創造出更加偉大的文明。而你，世界樹，你以神的名義，在數碼寶貝世界推行你的獨裁統治。在我看來，你和剛才那個六翅獸沒有任何區別。」大門大一邊說著，身上的數碼之魂被點燃了，比以往的任何時候都燃燒地猛烈。然後猛地沖上天空，與冰柱一起撐開兩個世界。
目睹這一切，托馬互不猶豫地舉起雙手，一瞬間，托馬的數碼之魂也點燃了。淑乃和郁人加入了進來，四道光芒升起，牢牢地撐起兩個世界。
在數碼之魂的吸引下，一道道光芒從世界的各個角落里升起。這些都是落入人類世界的數碼寶貝。這些孩子幸運地相遇了充滿正能量的人類，于是靜靜地在人類世界生活下來。還有一些可憐的數碼寶貝，遭遇了帶著惡念的意志，在變強的同時變得瘋狂，引起了DATS的注意，遭到了清理。
數碼寶貝們沖天而起，他們的伙伴在數碼寶貝的指引下舉起雙手，在這些人類的帶領下，更多的人類舉起雙手。在家園毀滅，前途迷茫的時刻，新的希望讓幸存的人類終于點燃了自己的精神意志，化作猛烈數碼之魂，沖向天空，如天柱般撐起兩個世界。
數碼寶貝們分散在地球的各個聚集點上。但是這些依然存在于世界樹的感知中，當感受到這些數碼寶貝身上的數碼之魂後，世界樹終于憤怒了︰「你們，居然敢背叛你們的神。不可原諒。」世界樹怒吼著。召喚出一道道水晶，向這些數碼寶貝轟殺而去。
這些數碼寶貝如何能與世界樹的絕招對抗。只在一瞬間，這些數碼寶貝全部變回數碼蛋。然而這些數碼寶貝的死亡，讓人類感受到世界樹的恐懼，于是更加堅定地燃燒自己的數碼之魂。兩個世界，竟然被一點一點地推開了。
「啊，啊……啊……啊」世界樹的身體散發出一層白光，白光又轉紅，最後變黑，然後消失。世界樹的眼楮變得血紅。
「我是伊古德拉希爾，是為了監視數碼寶貝進化而建造的WIZ9000型電腦，編號DS9527.由于人族介入，進化實驗被迫中止。錯誤代碼401。現在執行47號指令，放棄實驗，銷毀所有實驗數據，尋找新世界重新開啟實驗。」