DATA1數碼獸一天，現實世界的電腦中持有人工智能的病毒擴散開來，這種病毒在網絡上滋生質變成生物進化成為DigitalMonster（通稱DIGIMON）。掌管數碼獸一切的數碼核，是一種作為生命體的程序和數據(0和1的數字或記號的集合)。在人類眼中看到的怪獸或半機械之類的形態，全部都是根據數碼核內的信息所決定的。
DATA2進化數碼獸是從數碼蛋中誕生的，它們吸取資料或者戰斗吸取對方的資料，到一定程度就會改變形態的過程叫做數碼獸的「進化」。最後生命結束後，又再次變成數碼蛋。數碼獸的進化是分等級的，分別是「幼年期」「成長期」「成熟期」「完全體」和「究極體」，最高的當然是究極體是最高形態。擁有強大力量的究極體數碼獸在現實世界的網絡擁有強大的武器！
DATA3數碼（）世界(DW)數碼獸所生存世界叫數碼世界（DigitalWorld），它由謎一樣的主機Yggdrasil直接管理。另一說，數碼獸是Yggdrasil在數碼世界進行實驗而產生的生命體！數碼獸們的資料容量大大超過了Yggdrasil的預料，數碼世界面臨巨大化宇宙規模的膨脹，數碼世界的危機迫在眉睫！再這樣下去，數碼世界一定會崩潰的！
數碼獸的特征「進化」是一口氣增加數據，使其形態發生改變。加上網絡互通，把數碼世界以外數據流入，使數碼獸能不規則進化。這樣日積月累，數碼世界可用率急速下降！
這個計劃名叫「方舟計劃」，它執行使超過負荷的數碼獸全部刪除，把必要的「皇家騎士（RoyalKnight）」及部份研究對象上傳到了新的數碼世界……PS:除了天使之城的數碼獸與皇家騎士被選中的話，其余數碼獸都會因為方舟計劃被刪除