鋼之帝國首都—鋼鐵城的地下早已被掏空。下面布滿了鋼鐵組成的軌道、機械等設備。組成了一個巨大的地下城市。
「轟隆隆」一列機車獸進了站。月台上站著無數的機械士兵保護。外面望去是很多的自動激光炮。
太一從機車獸里下來，在牆上的儀器上驗證了之後。大門打開，進入里面是一個巨大的房間。里面是無數的機械設備和忙碌的齒輪獸和數據獸在工作。
房間里最顯眼的是擁有巨大的機械邪龍獸，從機械邪龍獸身體里伸出很多的數據線連接在不同的儀器上。看到太一進來，機械邪龍獸轉過頭來︰「太一。」
太一點點頭︰「機械邪龍獸怎麼樣了？」
機械邪龍獸身上的數據線迅速的收回到了體內︰「已經有了成果。」說完巨大的身體向著房間里面走去。
太一跟上去到達了一面巨大的牆壁。接著齒輪轉動的聲音傳來，巨大的牆壁打開。機械邪龍獸和太一進去後，牆壁再次關閉好像從來沒有打開過一樣。
這個秘密的房間里面不像外面那樣噪雜。里面只有一個台子上面是一個小的玻璃罩。里面只有一個橙色的物體散發著微微的光。
太一小心的打開玻璃罩拿出里面的東西，到了太一的手上那個東西光芒變強了。機械邪龍獸在一邊說道︰「這個就是我們根據鋼之帝國當初留下來的資料制作的。他的原理是在不改造數碼寶貝的前提下提升數碼寶貝的實力，改造型的數碼寶貝雖然對于實力提升很大但是卻會把數碼寶貝進化的空間縮小了。而鋼之帝國當初提出的是在數碼寶貝的體表覆蓋裝甲來提防御力和攻擊力，在不損害數碼寶貝的前提下來提高數碼寶貝的實力。而我們現在做出的實驗型裝甲還是達不到標準，在啟動裝甲後雖然攻擊力和防御力提升了但是速度下降了很多因為裝甲展開後很重。這些還不是最主要的，裝甲運行時需要很多的能量，能量消耗的速度的很快，緊緊靠著裝甲儲存的能量用不了多長時間。想要長時間的作戰必須解決能量的問題。加大能量的儲存裝甲的重量會增加，不加大能量的儲存作戰時間短很難解決戰斗。而且制作裝甲的金屬也是很稀有無法大批量的制作，根本無法大量的裝備機械士兵。這些問題也是遠古的鋼之帝國最終放棄繼續研究裝甲的原因。」
太一看著手中的裝甲感嘆不已，沒想到手中小小的裝甲現在很輕但是卻可以覆蓋數碼寶貝，而且具有不俗的火力和防御力。但是機械邪龍獸提出的問題也是事實，本來太一看到關于裝甲的資料時激動不已，以為得到大幅度提升鋼之帝國實力的方法。畢竟機械數碼寶貝的制作，成熟期、完全體、究極體不同的階段需要不同的金屬，每提升一個階段就需要大量的資源。看來裝甲的問題比這更大。
不過太一想到一個更好的方法就是跟第二部的裝甲一樣將裝甲和神聖計劃聯系起來，用神聖計劃給裝甲提供能量。這樣就可以解決能量不足，作戰時間短的問題了。
「你們下一步的工作重點是研究我們的徽章和神聖計劃，根據我們的徽章來做出適合我們的數碼寶貝的裝甲，將神聖計劃和裝甲聯系起來由神聖計劃提供能量。」太一吩咐機械邪龍獸。
機械邪龍獸點點頭，和太一走出了這個秘密的房間。
回到了房間，亞古獸已經睡著了。太一坐在椅子上揉著太陽穴。裝甲的研究已經有了頭緒，現在有了明確的方向應該不久就可以將裝甲和神聖計劃聯系起來到時候孩子們的數碼寶貝因該就可以再次增加實力了。
不過那股神秘的黑暗力量的來源還是未知的，雖然可以確定是從黑暗區域來的，但是誰將那股黑暗力量送到數碼寶貝世界並且給了鋼鐵海龍獸他的目的又是什麼，還是未知的。太一不在想這些問題了，得到的線索太少了，根本得不到結論。
閉上眼楮，等待明天的到來。太一進入了夢鄉。
一個異空間里面，勇者獸和一個隱藏在陰影里數碼寶貝飄在空中。
勇者獸先開了口︰「需要將一切告訴他嗎？」。
「不，我要在最後觀察一下。等到極惡魔王之後我們的計劃成功時，就可以告訴他了。」
「是嗎？希望我們可以成功。我們的機會只有這一次。」
「希望吧。」
黑暗之海，千年獸對著一個黑色的鏡子。
里面顯示的是小丑皇的頭像。
「鋼鐵海龍獸已經被那群小鬼殺死了，你似乎不能阻攔奧米加獸的攻擊。」鏡子里的小丑皇開口了。
「我也沒想到奧米加獸竟然可以將自己的攻擊發揮到極致，沒關系下次他們就沒有這麼幸運了。還有黑暗區域的那些魔王似乎想要進入數碼寶貝世界了，他們回去找那些孩子的麻煩的。」
「最好吧，不過只憑現在的實力根本擋不住奧米加獸的攻擊。我支持不了多久的。」
第二天的早晨，孩子們吃過了早飯就再次出發了。這一次是去消滅木偶獸。得到木偶獸的領地擔任這是太一的目的。
木偶獸是住在森林里，掌管著叢林騎兵軍團。只是現在無論是噩夢軍團還是叢林騎兵都沒有太多的兵力了，大都被拖在與鋼之帝國戰斗的前線。而鋼之帝國在太一他們消滅了鋼鐵海龍獸之後就抽出了與深海救星軍團戰斗的兵力了，所以這一次太一他們一起行動的還有很多的機械數碼寶貝一起參與木偶獸戰斗。
坐在機車獸的上面，沿著軌道快速的向著黑暗龍卷山的另一面的森林前進。一路上看到的是無數的機械士兵和鋼鐵城市，逐漸的可以看到了植物的存在了。最後在軌道的盡頭是一望無際的森林。這里就是鋼之帝國和叢林奇兵的交接處了。到了這里就只能由孩子們自己前進了。
森林中不斷的有朽木獸襲擊孩子們的隊伍，但是都被在外圍的機械士兵擋住了。孩子們向著木偶獸所在地不斷的前進，離與木偶獸的戰斗越來越近了。
木偶獸在他的房子里通過監視器看到了孩子們向著他的房子走來。
「哼，這群可惡的小鬼們我會讓你們嘗嘗我的厲害的。」說著木偶獸走了出去開始召集他的叢林騎兵軍團。
「咚——咚——」巨大的腳步聲傳來，讓孩子們四處張望想要弄明白這是怎麼回事。
一個巨大的木頭腦袋在遠處樹木中露出來，吧巨大的頭讓孩子們張大了嘴。
隨著腳步聲的靠近，那個木頭人巨大的身體也呈現在孩子們的身前。
「那是什麼？」阿武有些害怕。
「如果沒錯的話，那就是木偶獸的房子了。」太一回答。
「可是怎麼會這麼大，而且還會動。」素娜不能理解眼前的這一幕，看著太一希望可以得到答案。
太一搖搖頭表示自己也不知道。
孩子們的四周也冒出了很多的植物系數碼寶貝︰朽木獸、垃圾桶獸等數碼寶貝。
「哈—哈—哈—」木偶獸的聲音從巨大木頭人的上面穿出來︰「你們這些小鬼，竟然就這樣大搖大擺的進來了。那麼就不要回去了。」
木偶獸人如其名很像一個玩具木偶，現在他站在高高站在木頭人的頭上囂張的看著孩子們。
看著四周包圍的叢林騎兵機械士兵將孩子們護在中間。
「上吧。各位。」亞古獸說道。
「亞古獸究極進化戰斗暴龍獸」「戰斗暴龍獸戰斗形態轉換。」
「加布獸究極進化鋼鐵加魯魯」「鋼鐵加魯魯戰士形態轉換」
「比丘獸跳躍進化伽樓達獸」
「甲蟲獸跳躍進化超比多獸」
「哥瑪獸跳躍進化祖頓獸」
「巴魯獸跳躍進化花仙獸」
「巴達獸跳躍進化神聖天使獸」
「迪路獸超進化天女獸」
把那些成熟期的數碼寶貝交給了機械士兵對付。孩子們的數碼寶貝找上了那些完全體的數碼寶貝。戰斗暴龍獸和鋼鐵加魯魯飛向了木偶獸和巨大木頭人，他們的任務是對付他們。
戰斗在不知不覺中開始了，朽木獸成群結隊的沖上來和機械士兵攪在一起。伽樓達獸、超比多獸、祖頓獸、花仙獸、神聖天使獸、天女獸開始與許多的完全體數碼寶貝垃圾桶獸、祖利獸戰斗。
那只祖利獸是木偶獸的手下居住在廣大森林里的完全體植物型數碼寶貝，由朽木獸進化而來的完全體。擁有出眾的智力與比成熟期更為強大的戰斗力，有著樹界之王稱號的他會用污染神經的迷霧引誘樹林周圍的數碼寶貝進入樹林深處然後用根和觸須將其吸收掉，絕招是用頭上劇毒果子噴射而出的櫻桃炸彈。
雖然祖利獸是由朽木獸進化的但是他非常難纏，留下伽樓達獸、超比多獸與祖利獸戰斗。祖利獸雖然很厲害但是卻不會飛只能任由伽樓達獸、超比多獸不斷的在天上攻擊，祖利獸拋出了自己的絕招櫻桃炸彈。伽樓達獸直接發出自己的絕招「影翼斬」將那些櫻桃炸彈全部抵消了。超比多獸趁機發出自己的絕招「超大角炮」，巨大的角穿在祖利獸的身上，祖利獸發出一聲悲鳴消失化為了數據。