「你到底有什麼目的？」朦朧中嗎，阿鵬听見大木博士的聲音，但意識還是混亂不清，怎麼也睜不開眼楮。
「我要創造出一只沒有任何弱點的神奇寶貝，你不認為那很棒嗎？」。
「原來如此，這就是你的目的，那你抓我做什麼？我對幻影系統根本一竅不通。」
「別這麼說嘛大木博士，我需要你研究所里所有有關神奇寶貝的資料，現在。」
「我如果說不呢？」
「哼，那就別怪我了。」
說著，神秘人走到了一邊，在一旁的機器上不知輸入著什麼，接著把一個機械頭盔戴在了躺在板上的阿鵬腦袋上，頓時，阿鵬感到一股電流從腦子進入了身體，全身都被麻痹了，再一次失去了知覺。
「哦~閃電鳥、急凍鳥、火焰鳥、洛奇亞、炎帝、雪拉比還有~這只神奇寶貝是？」神秘人從阿鵬記憶中看到了各種傳說中的神奇寶貝，當看到超夢時頓時吃了一驚，「原來如此，這家伙脖子上的大師球，原來里面裝著這麼一只神奇寶貝啊！」神秘人不久就從阿鵬的記憶中得知了超夢的名字。此時的阿鵬已經是汗如雨下，臉色蒼白。
「住手！他還是個孩子！」大木博士喊道，神秘人也停止了阿鵬腦袋上的機器，接著露出邪魅的笑容，「大木博士，你考慮得如何啊？」
大木博士咬了咬牙，最後決定先救阿鵬要緊，「好，我答應給你資料，快放了阿鵬！」神秘人解開了套在阿鵬身上的鐵環，大木博士連忙把阿鵬抱了下來，「阿鵬，阿鵬，醒醒啊孩子！」大木博士呼喚著，阿鵬也恢復了那麼點意識，努力地睜開雙眼。
「說真的我很好奇他是怎麼進來的，居然避開了那些幻影神奇寶貝，而且神不知鬼不覺地來到了地下室，還好被我的監控發現了，不然我的計劃可能真的會被他搞砸！以他的實力我是打不過的，不過在我的研究所里寶貝球是無法使用的，這點我料想他也沒有想到吧，哈哈。」神秘人說出了阿鵬的疑惑，雖然現在阿鵬不能睜開雙眼，但耳朵卻是好使的，剛才阿鵬听的是真真切切。
大木博士不情願地輸入了密碼，接著神秘人再次露出邪魅的笑容，「現在我能制造出究極神奇寶貝了。」
「那那是！」大木博士看到屏幕上的畫面立刻就震驚了。
「是的，通過這個系統入侵數據庫，與大木研究所所聯機的網絡數據全部都會被檢測到，進而能入侵世界所有的數據庫，從而獲得現存所有的已知數據。」神秘人說著，把目光投向一個容器中。
「怎怎麼會！」大木博士意識到自己上了他的當，這下全世界研究所的資料都被入侵了，他究竟想做什麼？
「那麼大木博士，為了感謝你，就讓你漸漸這究極幻影神奇寶貝的誕生吧！」榮格指著一旁的容器說道，容器里開始產生能量，出現一團藍紫色的能量球。
阿鵬睜開了迷迷糊糊的眼楮，看到神秘人恨不得上去給他一拳，但自己現在連走路的力氣都沒有了，只能任由他在那里囂張。「博士，我真沒用，給你添麻煩了。」阿鵬感到十分自責，這還是他第一次輸得這麼慘，看來這一次主角光環沒有發揮作用。
「既然你醒了正好，讓你見識一下世界上最強的神奇寶貝！」神秘人說道。「世界上最強的神奇寶貝！？」阿鵬自言自語，然後看了看脖子上的大師球，「超夢，難道說~」
「啊，他通過讀取你的記憶獲得了我的資料，我想你接下來要面臨的對手應該就是另一個我吧。」超夢剛說完，容器中發出耀眼的光芒，並釋放出強大的能量波動，四周的窗戶都被震得粉碎，等到光芒消失，站在眾人眼前的不是別人，正是一個幻影超夢！
「超夢」阿鵬簡直不敢相信自己的眼楮，自己守了那麼久超夢的秘密，如今卻被人復制了去，這Tm到底是什麼情況，自己昏迷的這段期間到底出了什麼事！
慌亂之中阿鵬注意到了旁邊的一個粉色的小身影，「夢夢幻！你果然在這！」阿鵬驚嘆之余又有些惋惜，這是只幻影夢幻，按照神秘人所說的，應該是被他制造出來的幻影神奇寶貝。
「哼，那只夢幻只是個失敗品，沒用的東西！」神秘人似乎對夢幻十分不滿的樣子，但阿鵬感覺所有的幻影神奇寶貝中，這只夢幻給人的感覺是最真實的，它就好像有感情一樣。
「現在就讓你們見識一下它的力量吧，去吧，幻影超夢！」神秘人一聲令下，幻影超夢睜開犀利的雙眼，雙手匯聚了一發極具威力的影子球，瞬間就在那些幻影神奇寶貝間炸開了，接著那些幻影神奇寶貝一個個都消失了，夢幻飛過去，看著消失的同伴，心里很不是滋味。
「接下來輪到你們了！」神秘人喊道，阿鵬立刻意識到不妙，連忙推開博士，此時超夢的影子球已經打在了自己的身上，阿鵬整個人都被影子球擊飛了出去，直接撞爛了大門飛了出去。「阿鵬！」大木博士連忙趕了過去，神秘人沒有追上去，而是笑了笑︰「哼哼，你們以為能逃得掉嗎？」。說著便不緊不慢地走了出去。
大木博士攙扶著阿鵬走出了研究所，所幸的是剛才那一擊沒給阿鵬帶來生命危險，或者說是阿鵬的特殊體質救了他。「阿鵬，你沒事吧！」忽然一個聲音響起，阿鵬抬頭一看，是小遙！
「笨蛋，你回來做什麼！」阿鵬朝她吼道，他是真不希望小遙回來，之前阿鵬是太自信了，以為自己有寫輪眼就什麼事都能解決，現在看來是自己錯了，但他現在最不希望看見的就是小遙她們，沒想到她卻跑了回來！
就在阿鵬斥責小遙的同時，四周都發出了藍色的光芒！「糟了！這難道是~」阿鵬能想到最壞的結果。「看來幻影系統被拓寬了。」大木博士說道，然後怒視著後方，神秘人和幻影超夢紛紛走了出來。
「哦？居然承受住了超夢的一擊！我倒是對你有些興趣了。」神秘人說道。「夠了！幻影的主謀者，不，也許應該叫你榮格才對。」沒想到大木博士這麼說。
「為什麼？榮格博士不是被他抓走了嗎？當時我們親眼見到的不是嗎？」。小遙不解。
「我們的確看到化石翼龍抓走了他，但是當神秘人第一次出現的時候他只是個全息影像，這樣造成了榮格被抓走的錯覺，他就可以如願地實施它的計劃了。」大木博士說得十分確定的樣子，對面似乎不打算隱瞞了，摘掉面具，「哈哈哈！真不愧是大木博士，但是你是怎麼知道的？」摘掉面具後，阿鵬清楚地看見那是榮格博士的臉！
大木博士看了看一旁的夢幻，接著說道︰「當夢幻第一次出現的時候，還記得你說的話吧︰‘這與你無關，你純粹只是個失敗品而已！快給我滾！’這句話只有開發者本人才會說，而你提出你多年以來的怨恨。榮格，你這是對神奇寶貝學界的報復嗎？」。大木博士嚴肅地問。
「沒錯！不僅拒絕我的幻影神奇寶貝理論，還把我掃地出門的神奇寶貝學界！」榮格十分激動地為自己辯解。「那是因為你的理論太過于自利，缺乏對神奇寶貝的愛護。不管是什麼理論，違背了這一原則就不能稱之為完美！」大木博士的語氣也十分強烈，似乎知道榮格當年被掃出學界的事。
「那麼我就在這里證明給你看，我的理論是多麼得完美無缺！」說著榮格摁下控制器，四周忽然出現了數道光芒，這下徹底完了！閃電鳥、火焰鳥、急凍鳥、炎帝、洛奇亞全都被召喚了出來！面對榮格的幻影大軍，到底阿鵬三人該如何應對呢？.