在現實生活中，主角阿浩名叫沈浩，是個17歲的高中青年，從小是個神奇寶貝迷，口袋妖怪游戲更是不知玩了多少遍，充滿正義感，愛打抱不平，所以從小跟叔叔學習空手道，父母常年在外，每個月定期打錢他，14歲那年叔叔被美國聘請為空手道教練，又只又他一個人。這天在下大雨，他代表市里參加全省的空手道大賽，決賽時因為裁判不公，他屈居亞軍，見市里多次交涉無效，他毅然解下腰帶，大步跑出比賽中心，跑了很遠，突然一聲巨響，沒錯，他被打中了，奇跡的是他沒死，但全身漆黑，還沒等他反應過來，又連著幾下，他終于暈了過去
「人類，醒醒，醒醒。」他慢慢睜開眼楮，「你是你是你是未知圖騰。」沒錯在他面前的正是未知圖騰，一個人形的未知圖騰。「我為什麼會在這里呀。」它很驚訝居然有人認識它。它說︰「事情是這樣的，我剛才&}.{}在練習打雷絕招，沒想到威力太大，打穿了我這個空間，打中了你，你居然沒死，我不服氣，便又打了幾下，你終于暈過去了」沒等它說完，阿浩就說，「你有沒有人性呀？一下不夠，你還打幾下？」「我又不是故意的，再說了誰讓你像小強一樣，打不死。算了，對不起，我錯了。對了，我叫小未未，你叫什麼？」阿浩頓時要吐了。
想了想「沈」這個姓在神奇寶貝那個世界並不好，突然靈光一閃，說「我叫聖光浩，你可以叫我阿浩。不過，既然你打害了我，那你就要賠償我。」「你要我怎麼賠償你？對了，我可以滿足你三個願望。」阿浩竊喜，說到，「第一︰我想去你那個世界冒險一下。第二︰你要送我一只很厲害的神奇寶貝。這第三嘛，我以後想到了再找你要。」這第三個嘛，當然是用來回家的。
它點點頭，「這個沒問題，我可以送你一只實力變態的哈克龍，在那顆‘GS’球里，第三個以後在告訴我。那我這就把你送過去。」忽然阿浩又想到，應該怎麼打開這個球，要知道這個球更變態。它又說，「你就說‘我愛小未未，我聖光浩以你的主人之名命令你，蘇醒吧’，球就會開了。」阿浩有吐它一身的沖動。這時‘小未未’渾身冒起電光，這正是百萬伏特「你你又要我（恨你）」沒等它說完，阿浩便又暈了過去。「我知道你想說‘我愛你’。」然後笑了起來，「人類可不要辜負我期望呀」
「醒醒，醒醒。」又是這句一樣的話。阿浩睜開眼楮，發現他正是大木博士，他欣喜若狂，一下抱住了大木博士。大木博士很驚訝，這個帥氣的小孩，竟然抱住了他。這時阿浩一想到未知圖騰的做法，忍不住在心里咒罵它。「小伙子你怎麼在這呀，你的親人呢？」可沒等阿浩說完，因為體力透支，又暈過去了。轉身又對小茂說，「小茂，他又暈過去了，我們把他背回去吧。」說著小茂便把阿浩背回了家
一天過去了，小茂給阿浩喂了點食物，阿浩睡了會，便醒了。「你是，小茂？對，你就是小茂。這是哪呀。」「這是大木博士研究所，也就是我家。你好我是大木茂，你是」阿浩安心了，說，「我是聖光浩，你可以叫我阿浩。」小茂點點頭，「你為什麼會在那，你的家在哪？」這時大木博士進來了。「我來自一個很遠的地方，三天前和爸媽一起旅游，在海上時遇到了風暴，船翻了，我被風刮到了這里，而爸媽他們」說到這里，阿浩哽咽了。
大木博士連說，「不用難過，我和小茂以後就是你的親人。對了你幾歲了。」阿浩這樣做只是讓自己有個身份罷了。「我今年17歲。」「恩，這正好，小茂還有三個月就15歲了，到時候，你倆可以一起旅行，好有個照應，我也會放心很多」
在這三個月里，阿浩和這祖孫倆培養了深厚的感情，而且阿浩也被整個鎮子的人認識了，大家都很同情他，于是為他建了間兩層小樓，阿浩格外感激。在這三個月里，阿浩也得到了他的初始神奇寶貝，他選了妙蛙種子，因為阿浩覺得妙蛙種子很溫和，阿浩很喜歡。每天阿浩都鍛煉身體，繼續練他的空手道，他讓花子阿姨為他量身打造了一個套裝，兩套衣服、兩雙手套以及兩雙特殊材質的鞋子（可刀槍不入），當然還有個背包。還有就是神奇寶貝對戰，訓練家和野生神奇寶貝都有。這樣妙蛙種子學會了很多絕招︰能量球、種子機關槍、結草、飛葉風暴、魔法葉以及草系大技陽光烈焰。
而這一切大木博士都看在眼里，見阿浩這麼努力，又送了阿浩一枚來自神奧的神奇寶貝蛋，粉色帶有一點藍色的蛋，並說，「還有三天你們就要走了，你還有什麼我可以幫你做的嗎？」。阿浩很感動，但也沒有拒絕，「我想了解更多的神奇寶貝，所以您能把我的神奇寶貝圖鑒升級為全國的嗎。」大木博士模模頭，說，「成都、芳緣和神奧地區的倒好辦，只是合眾的要找紅豆杉博士幫忙對了，我明天正好要把關東地區的初始神奇寶貝傳給紅豆杉博士研究，我和你就親自去一趟，順便把你的圖鑒讓紅豆杉博士升級一下。」
阿浩暗自竊喜，這樣他就可以收服幾只合眾地區的神奇寶貝。第二天阿浩變和大木博士乘上了去市的飛機。一下飛機阿浩便看到了很多在這幾個月不曾看到的神奇寶貝，阿浩要求走著去紅豆杉博士的研究所，說是要收服幾只神奇寶貝，反正也不遠大木博士便答應了。