至此，現在直隸省全部軍隊分別為董福祥的甘軍部，袁世凱的新軍部，國防軍的5個陸戰師，陳入梅的鷹翼軍部，駐防山海關的毅軍宋慶部，駐防大沽炮台的天津總兵羅榮光部。
至此小陳初步完成了軍隊的整編和調整，接下來，根據他的命令組建了仿德軍軍制組建了參謀本部。
由于5個陸軍作戰師的兵員大部分都是在農村新招的，因此必須開展大練兵的運動，以提高軍隊戰斗力，同時，小陳決心在軍中引入教導處的制度。
說道教導處，還要說的是軍隊戰斗力的靈魂問題。軍隊的凝聚力和向心力是軍隊戰斗力的靈魂。一支真正強大的軍隊，是一支有靈魂的軍隊。他們知道為什麼要入伍，為什麼要作戰，進攻時爭先先前，撤退時從容有序，接到固守命令時戰損率達七成而全軍不退。
是謂「凍死不拆屋」，是謂「餓死不擄掠」。
真正強大的軍隊是固守時團長陣亡了，副團長自動接替，副團長陣亡了，營長自動接替，班長陣亡了，副班長接替指揮，副班長陣亡了士兵自行出來接替指揮。「人人做到心中有數」，是一位俄國著名軍事家的名言，也被小陳所信奉。
小陳在5個陸戰師和鷹翼軍中首創了教導處的制度。各排設教導干事，連和連以上設教導員，團和團以上設教導處。教導員和教導干事的任務就是了解士兵們的思想狀況。在軍事訓練以外的時間組織大家讀書識字，關心士兵的思想狀況和生活狀況，戰前政治動員也是由教導員負責。
簡而言之，教導處的制度主要是針對于官兵的思想狀況設立的。小陳深信，一個由只為領軍餉而戰的軍隊是沒有凝聚力和戰斗力可言的，而一支明白自己是為了保家（家中新分的那一畝三分地）衛國而戰的軍隊的戰斗力是不可想象的。
小陳也是使用了明末第一名將袁崇煥的方法（以遼人守遼土，以遼土養遼人。）
在整編軍隊的開始到現在，袁世凱的實力是一直被削弱的，這是由小陳的軍事思想決定的。只要小陳掌一天權，袁世凱的兵權就只能削弱二而不會擴大。
俗話說的好，江山易改，本性難移。一個人的的性格是不會因為小陳穿越回來而改變的。
小陳知道︰袁世凱這樣的人只適合擔任一個官僚，不適合當一個將首。一個官僚可以一門心思往上爬，可以為了某些利益而改換門庭，這些都是可以理解的。畢竟不是每個人都願意放棄身家性命的去奉獻。然而身為一個將首，一心想著保存實力是完全錯誤的。
有些時候，面對強大的敵人，就是明知不敵也要亮劍，就是倒下也要成為一座山一道嶺。軍隊是國之重器，一個真正勇敢的將軍，真正戰事起第一個要想到的是國家，然後是軍隊，然後才是自己。戰場上求生者死，求死者生。
而袁世凱很顯然是個典型耳的投機官僚，作為官僚他是出色的，作為軍事主官他是失敗的。一個內戰內行外戰外行的將軍是值得鄙視的，一個內戰內行對外面對強敵連戰都不敢戰的將軍是值得唾棄的。
在原來的歷史軌跡中，袁世凱表現了他的官僚本色，處處擴大自己的實力。戊戌變法他改換門庭贏得寵信，八國聯軍侵華他進入山東把軍隊擴編到2萬人。後來又把北洋軍擴充到了六個鎮。實力不可謂不大。
然而沒有人看到他在1900年反抗八國聯軍的身影，（那是他在搞東南互保），而在日俄戰爭中他控制的軍隊也是按兵不動（戰爭主要在我國東北進行。）在袁項城的心中，軍隊不是保衛國家的利劍，而是在他個人攀升道路上的鋪路石。
一支軍隊的靈魂是由這支軍隊的首任軍事長官注入的，兵熊熊一個，將熊熊一窩。甲午中日戰爭失敗李鴻章本人就有不可推卸的責任，袁世凱保存實力的思想和李鴻章是一脈相承的。
李鴻章自個說過他本人就做了兩件事，練兵也，海軍也。然而甲午一戰他是兵也沒了，海軍也毀了。就用兩個事就可以說明他的問題在哪。一，日軍進攻旅順時，守軍主帥龔照嵎是李鴻章的私黨，戰前先一日乘魚雷艇逃往煙台。二，黃海海戰結束後，李鴻章主張「保船避戰」，令北洋艦隊躲藏在威海軍港，不準巡海迎敵。
小陳本身並不反對軍官有政治野心，拿破侖還說過不想當將軍的士兵不是好士兵呢。岳飛和戚繼光本人也有政治抱負，也想做大官。岳飛是「三十功名塵與土，八千里路雲和月。」戚繼光是「封侯非我意，但願海波平。」說明功名和封侯在他們心中也是有一定地位的，真正漠視功名的話應該是「菩提本無樹，明鏡亦非台。本來無一物，何處惹塵埃。」
而岳飛和戚繼光的偉大之處在于身為一個將軍，他把自己的政治抱負和國家的民族的前途結合起來。所以當需要抗金時岳飛奮勇抗金，該打倭寇時戚繼光勇猛的打倭寇。
如果訓練出軍隊不能抵御外敵，還訓練軍隊做什麼？所謂「文人不愛財，武將不惜死，天下太平。」武將要是動不動就畏敵如虎，保存實力，那還要武將做什麼。
因而在具體問題上，小陳一向表現出來的是揚聶壓袁。對于聶士成，他是完全放心，這是個在台灣打過法國人在朝鮮和東北抗擊過日軍的鐵血軍人。
花開兩朵，各表一枝。改革了土地制度之後，朝廷不可避免的吸收了農民進入政權。三個縣的縣令由原來的思想比較進步的自耕農擔任，雖然在整個直隸縣令的組成中佔的比例不大，但卻標志著變法派和農民階層在政治上結成了同盟。
一部分阻撓改革的官吏被解職之後，剩下的官吏們紛紛選擇認清形勢跟上潮流。在這次換血中直隸省原有官僚近三分之一落馬，變法派進一步控制了政權。
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