同時阿科尼亞和郭納爵還有另一個任務，就是在穆陵關里迅速建立起一個初步的醫療系統來。並且要陪養一批軍醫，參與這次南下的作戰。
盡管在後世，醫學界對中醫理論有很大的爭議，但在古代，以中醫理論為基礎的中國醫學水平在很長一段時間里，要遠遠高于西方，由其是中醫基礎的經絡和陰陽五行系統，也使中醫形成了相當成就的理論，並且在很早的時候，就出現了專職的醫生和專業的治療程續。而在西方十五世紀以前，醫療基本都是由教會來兼職，絕大多數治療手段都是禱告和念經。
但到了十六世紀之後，西方的醫學有了長足的進步，縮短了與中國的差距，在1543年，尼德蘭人薩留斯完成了〔論人體的構結〕一書，同時期的西班牙人塞爾維特發現了心肺之間的血液小循環，使歐州醫學開始朝著人體研究和血液循環理論的方向邁進，到了1628年，英國人哈維寫成了〔心血運動論〕一書，系統的闡明了血液循環理論，從而開避了生理學和醫學的新時代。
盡管在差不多同一時期，中國的李時珍也寫出了一部偉大的醫學著作〔本草綱目〕，但本質依然還是秉承的傳統醫學，沒有能夠突破傳統醫學的極限，而歐州醫學卻以經突破了中世紀的限制，在逐步向近代、現代醫學靠近。不過總體來說，在十七世紀中期時候，東西方的醫學水平差不多還是在同一水平線上。
在古代，軍隊里的醫療技術水平很差，一方面是時代整體的醫療水平不高，另一方面也是因為高水平的醫生者不願從軍。通過前幾次與清軍的戰爭，商毅就發現這個問題，傷病員的治愈率極低，一般只有百分之三十左右。而其實大多數士兵受得傷都不重，以這個時代的醫學水平，只要有足夠完善的醫療條件和受過專業訓練的醫療人員，完全可以搶救許多士兵的生命。因為一個士兵都是經驗豐富的老兵，能多救活一個，都是一筆寶貴的財產。
但現在商毅手下缺口最大的技術人員就是醫生。因為越是在亂世，醫生就越是吃香，由其是有能力有經驗的大夫，到那里都能混得上好生活，不用像其他一般的百姓和工匠那樣，非要在商毅的手底下才能混上飯吃。雖然目前商毅手底下到是有六十多個郎中，但絕大多數都是走街竄巷，賣什麼大力丸、回春丹的蒙古大夫。真正有坐堂問診水平的大夫，才只有兩個人。但商毅目前急需要提高自己治下的醫療技術，因此暫時只能依靠傳教士的力量。
不過在現階段，商毅對軍醫的要求並不是要他們有多麼高明的醫術，只要能夠處理最基本的刀槍傷口，消毒、化朧、包扎，避免傷口感染就可以了。在這方面商毅自己就是專家，因為緊急治療本身就是特種兵必須掌握的技術之一。只要有足夠的外傷藥和消毒水就夠了。藥材可以到青州、萊州、登州等地去購買，找曾化龍等人幫性，應該沒有什麼大問題，而雖然這個時代沒有消毒水，但用鹽水也能代替。
商毅首先選了十名頭腦比較機靈的郎中，先手把手交給他們如果止血、清洗傷口、上藥包扎以及其他的注意事項。好在這些技術都不復雜，教了幾遍就會，致于熟練呈度，那就是個人去慢慢練習了。然後就由這些人再教給其他的郎中。
使用的藥材全是制成品草藥，主要是以治療跌打損傷、刀槍創口、去於化血，舒筋活絡為主。商毅甚致還想過自已配制雲南白藥。雖然在後世，雲南白藥在中國屬于機密，但在美國以經公開雲南白藥的配方，商毅自然保存了一份。以一分五百毫升的劑量的雲南白藥，成份為散瘀草八十五毫升、苦良姜三十毫升、老鸛草三十六毫升、白牛膽二十五毫升、田七二百毫升、穿山龍五十七毫升、淮山藥六十六毫升。都不是什麼名貴藥材。但目前時間不允許商毅大量配制，因此只能暫時放棄這個打算，還是以購買現有的成品藥物為主。
同時南方的天氣炎熱、潮濕，加上又是盛夏出兵，山東士兵非常容易水土不服，因此還要準備大量避暑消火，清熱解毒的藥材，當然這樣的藥材在中國早就有了，那就是著名的諸葛行軍散。
而傅汎際則被商毅受于了一個艱巨的任務——開礦。
商毅知道，山東是一個礦產資源非常豐富的大省，蘊藏有多種金屬、非金屬礦物，而其中以煤、鐵、石油儲量最多，在後世石油為全國第二位，煤礦為全國第三位，鐵為全國第六位。對現在的商毅來說，煤和石油暫時都用不上的資源，但鐵礦可是大大需要，而且越多越好。商毅查閱電腦知道，後世著名的山東金嶺鐵礦就是位于青州府和濟南府交界的淄博東北，離穆陵關只有百余里的路程，金嶺鐵礦是從春秋時期就有開釆的記碌，一直到商毅穿越之前，仍還在繼續開釆。
目前穆陵關要自行生產火炮火槍，因此對生鐵的需求量極大，支出的預算中，有相當大的一部份是用于購買生鐵，而且基本都是從金嶺鐵礦購買，如果能夠自行在金嶺鐵礦進行開釆，冶煉，將可以為關城節省很大一筆開支。而這個任務自然也就當仁不讓的交給陽瑪諾，誰認他以前是干過礦工的呢？
而就在商毅查找山東鐵礦的同時，他還查到了，原來就在青州府境內的昌樂縣附近，居然還蘊藏著大量豐富的藍寶石礦，這可是後世著名「藍寶石之鄉」。
這個意外的發望也讓商毅大喜過望，忍不住連聲驚呼著︰「這下可發達了。」
當然,這並不是說商毅指望依靠大量開釆出藍寶石來賺錢，因為藍寶石雖然屬于貴重珠寶一類，但畢竟是由于量少才顯得尤為珍貴，如果過量的開釆，只會造成藍寶石的價格下躍，也就不值錢了，而開采少了，雖然能夠保持住藍寶石的價格，但也賺不了多少錢,因此藍寶石根本不能作為賺錢的圖途，商毅實際上看中的，是藍寶石在工業上的用途。
通過查找資料，商毅知道，藍寶石的礦物名稱叫剛玉，屬剛玉族礦物。是一種硬度極高的天然礦物，僅比金剛石略差一點，可以用它來機床刀具，鑽頭等機械的核心部件，對鋼鐵機械工業的發展非常有用，將可以可大規模生產比較精密產品。
特別是目前穆陵關的工匠作坊里都是釆用鑽管工藝來制造火槍的銃管，但現在的鑽頭使用的都足墜子鋼制做的，硬度和脆性都很大，一個鑽頭最多只能鑽六只銃管，有時只能鑽三四只銃管，這也成為一個制約穆陵關火槍制造發展的最大瓶頸，如果改用硬度比墜子鋼要強得多剛玉來做鑽頭，自然會使生產效率大大提高。同時在了剛玉之後，就還能夠制造其他的機床設備，對于推動穆陵關的機械工業，有著十分重要的作用。
想想以後自己作坊里的每一台鑽床全部都是使用藍寶石來當鑽頭，商毅也禁覺得好笑，這也太奢侈了。
但接到任務之後的傅汎際卻是一頭霧水，開釆金嶺鐵礦還好些，畢竟這個礦產是以經探明了的，自己只是去找一塊合適的地方開釆就行了，但令傅汎際百思不得其解的是，商毅怎麼一口斷定，在昌樂縣附近會有藍寶石礦呢？難到他也學過開礦嗎？
不過不解雖然是不解，但傅汎際還是尊照商毅的命令，組織人手，開始出發探礦。因為這一次只是先去打探門路，因此傅汎際也沒有多帶人，只帶了一個中國傳教士李林，和兩名在穆陵關發展的教民，商毅又派了成進和成剛的父親老成，帶了五百兩銀子，跟他們一起去，老成雖然不懂開礦，但為人精明，能說會道，如果遇到了合式的地方，可以先期在那里做一些準備工作。同時還派了一個班的士兵保護他們。
而最後一個洋和尚陽瑪諾，則被商毅扔到孫和鼎的軍器司里去干活。雖然這個時東西方的總體科技水平差不多，但西方的金屬加工機械制造水平明顯要比中國高得多，以經出現了比較簡單的旋床、鑽床、磨床、以及拔絲機、壓延機、起重機，甚至出現了一至二噸的重力鍾，能生產帶錘的齒輪時鐘、能將鐵和銅抽成絲。
雖然商毅還不要求陽瑪諾能為自己馬上制造出現在歐州的這些機械設備，但讓他對穆陵關現有機械設備進行一番改造升級，至少要使生產效率提高一個水平，還是可以的。另外也可以選擇性的制造出一兩倍可用的機械設備，提高穆陵關的生產效率。