崇禎十六年(1643年)八月二日,朝廷的聖旨傳到了安府,到是不惜贊美之辭，著力嘉獎吳甡和商毅。同時加封商毅為平寇副將。
副將也稱為副總兵，比參將要高出一等，一般分為駐守副將和一般副將，前者有固定的守區，屬于地方高級武將，而後者只能算是達到副將級別，實權和地位都比前者要差。不過現在商毅沒有固定的駐守地，還不能算是留守副將，不過朝廷給他加上一個「平寇」的前餃，以示和一般副將的區別。而商毅同時還兼任著山東都司的同知指揮，因此還可以算是山東的地方武將。
這一次大戰李自成，商毅立下的功勞可以不算小了，但只得升一級的晉升，這到並不是朝廷有意要壓制，而是因為商毅現在的地位也以經很高了，再想要過去那樣，連升數級是不可能的了。比如像吳甡，他現在以經是內閣大學士了，盡管有督師之功，但也才只加了一個候爵的爵位。
當然嘉獎升職都是其次的，在聖旨中，崇禎也正式下令，命吳甡和商毅立刻向南進軍，收復武昌府，並同匯同左良玉，夾擊張獻忠。同時還調劉澤部進駐汝寧府，協助出關南下的孫傳庭，夾擊李自成。
吳甡是老于官場的人，一听朝廷聖旨的內容就知道，這一定又是陳演的鬼把戲，肯定是見自己督師打敗了李自成，連連取勝，生怕自己再把李自成給滅了，立下大功，回朝之後取代他的內閣首輔位置。因此才讓孫傳庭出關來對付李自成，而把自己調離，去對付張獻忠。就是不讓自已立下剿滅李自成的大功。
不過知道雖然是知道，但吳甡可不是左良玉，敢把皇帝的聖旨當擦手紙用。一來他是受傳統儒家道德思想的約束，對皇命還是有相當的敬畏感，二來吳甡手里也並沒有兵權，雖然吳甡現在出任督師,可以總督湖廣、河南、四川、南直錄等地的軍務，但他並非武將出身,而且一直在京師為官,在地方上也缺少影響力，盡管在名議上手下有十余萬兵馬，但實際上沒有一兵一卒真正是他的人,真正的嫡系力量,只有吳甡自己養的幾百家丁了，遠不如孫傳庭或是左良玉，甚致連商毅都比不上，從這個意義上說，吳甡也根本就沒有和朝廷叫板的本錢。因此對朝廷的命令，也只能接受。
不過吳甡到底是在第一線督戰的人，當然知道現在的李自成，可不是當年那個一敗就散的李自成了，別看他現在打了幾個敗戰，但畢競實力雄厚，沒有傷及到根本，仍然還有很強的戰斗力，而在自己手下，除了商毅部這一萬多兵馬之外，其余的都不可大用，但僅靠商毅一部的力量，想蠃李自成幾仗，收復幾座城地到是可以，但想要徹底擊潰，甚致是滅掉李自成，那又談何容易。因此吳甡才迫切的催促朝廷，速命孫傳庭出關，和商毅形成南北夾擊之勢，才有可能真正擊敗李自成。否則在現在的大明里，單憑那一方的力量，都並不足以單獨對付李自成。
那知現在陳演搞了這麼一出來，吳甡心里暗想，就讓孫傳庭去償償李自成厲害也好，自已手下好歹還有個商毅，能夠頂上幾陣，而孫傳庭手下有誰，憑什麼就能敵得過李自成？想伸手摘現成的桃子，那有那麼便宜的事情，別羊肉吃不著，還惹了一身腥。等到孫傳庭被李自成打敗了，看陳演怎麼來收這個場。而自己轉攻張獻忠，也未必不是一件好事，因為張獻忠的實力比李自成還差著好大一大截，因此也好對付一些。剿滅張獻忠，可也是不小的功勞。
現在的問題是，只是看怎麼哄著讓商毅心甘情願放棄進攻李自成，來轉攻張獻忠。現在吳甡也徹底看透了，其他各路明軍都靠不住，無論是打李自成，還是打張獻忠，自己還是要靠商毅的這支人馬。
而自從在隨州打敗了李自成，攻佔了安府之後，商家軍也一直沒有大的軍事行動，在安府歇兵了十余曰，並且進行了一些小的修整。同時將糧草物資都從光州轉運到安府來，商毅顯然是打算把安府做為自己新的駐扎地點。因為安府上連襄陽，下接武昌，地利位置可比光州好多了。
現在商家軍的人數以經急驟擴張了不少，不僅聚集了原來三個團，一個騎兵營，兩個偵察連的兵力，共計有一萬一千余人，另外有輔助兵力和後勤人員二千五百余人。
在光州時，有一千四百多想要投靠商毅的明軍，經過了十幾天的訓練之後，有近三百人因為承受不了嚴格的訓練和軍紀要求，而選擇退出，但還是留下了一千多人，因為他們基本適應了前一階段的訓練，因此估計也不大可能再有大規模的退出。這個結果也有些出乎商毅的預料，按他想來，能留下六七百人就不錯了。
原來現在的情況和戚繼光那個時代有所不同，戚家軍建軍是在明中期，那個時候明朝的國力還比較強盛，社會也還算安定，百姓還都能夠過得下去，而且社會風氣又歧視武將，因此一般的老百姓都不願意當兵，軍隊的來源絕大部份都是社會無業人員，在當兵之前，就粘染上了許多不良習慣，再加上軍隊里軍紀松馳，作風敗壞，自然也就都成了兵油子。
這時正逢亂世，軍隊的成員中除了社會無業人員之外，還有相當一部份是窮苦百姓，因為生存不下去了，不得不選擇當兵，靠著一點微薄的軍餉，免強度曰。雖然在軍隊里時間長了，也粘染上一些壞習慣，但這一部份人畢竟都是窮苦農民出身，與社會無業人員有相當大的不同。本身還是能吃苦耐勞，因此只要給他們一個良好的環境，改造起來並不算困難。
而在商家軍里，正好就提供了這樣環境，訓練雖然艱苦，而且在正式成為商家軍的士兵之前，沒有軍餉可拿，但天的飯食卻能保證充足，絕對能管吃飽。同時，這些明軍也發現，在商家軍里，軍官和士兵之間的關系都十融洽，完全不像別的軍隊那樣，軍官高高在上，可以肆意責打，辱罵士兵。即使是一些身份較高的軍官，生活也比較簡單。包括商毅本人在內，基本也和普通士兵一樣，住一般的營帳，吃同樣的飯萊，身邊頂多就是有一兩個勤務兵伺候，而且對普通士兵都和和氣氣，根本就不像是從二品武將的樣子。
這一切在商家軍里面，以經是十分平常的事情，但在這些明軍看來，像這樣軍官和士兵們同甘共苦的情況，只是在說書的故事里听過，而在現實中，卻是從未見過。其實中國人最大的特點就是不患貧，而患不公。因此在商家軍良好的氣氛之中，對舊明軍的改造還算比較順利。
在經過了十幾天的改造之後，盡管有三百多人因為受不了而退出，但剩下的士兵的精神況態都得到了明顯的改觀，雖然絕大多數人還達不到成為正式士兵的技能標準，但在訓練之余，也可以和輔兵一起做一些輔助性的工作了。同時還有更多的明軍也都願意加入商家軍來。因此現在商家軍里，像這樣明軍數量以經達到一千八百多人。對此商毅仍然是和原來一樣，來者不拒，但必須受接受商家軍的改造訓練。並且也正試給他們命名為商家軍預備隊。
在前一階段的戰斗中，商家軍同計陣亡了三百一十七名士兵，商毅見前一階段對舊明軍的改造效果還不錯，因此也進行了一次選拔比賽，將一批訓練成績優繡的明軍補充進商家軍來，正式成為商家軍的一員。
為此商毅還正式招開了一個歡迎新兵加入商家軍的大會，不僅使這些明軍十分激動，而且對其他預備隊的士兵來說，也是一個很大的鼓勵︰商毅說話是算數的，只要認真訓練，尊守紀律，達到標準，就可以正式為選拔進入商家軍。因此訓練也就更加認真刻苦了。
而擊敗李自成的戰斗中，商家軍又抓到了不少俘虜，現在俘虜總數以經接近四千多人，對俘虜的管理辦法還是和以前一樣，用積分等級制度的劃分管理，因為有了前一階段的經驗，同時有了前一批俘虜的示範例子，而且又多了許多預備隊的人手，來幫忙管理俘虜，因此盡管俘虜的人數幾乎增加了一倍，但管理起來也頗為得心應手，不用商毅再多操心了。
不過人數的增加，也使商家軍的糧食儲備開始吃緊，現在德安府的糧草以經支持不到一個月了,商毅也在考慮，要開口向吳甡要糧草了。
而就在這時吳甡也來到了德安府，名議上是視察軍務，但實際上是要說明商毅，轉攻張獻忠。于是經過了一番客套之後，吳甡也對商毅曉之以理，動之以情，誘之以利，勸說商毅轉攻張獻忠，並且許若擊敗張獻忠之後，向朝廷保舉商毅為總兵。