就在商毅回到杭州的第二天，吳甡和盧九一行迎接遺詔、玉璽的人員，也到達了杭州。
接到通報之後，商毅立刻下令，在杭州隆重的接待了吳甡一行，當然朱媺娖、朱媺婕、王化、沈揚、曾化龍、孟宏恭等人也全都隨他一起出迎。
吳甡就在北京為官，而盧九德也在北京干過許多年，因此對出迎的眾人都不陌生，一見之後，也就基本能夠斷定，商毅所說的遺詔是不可能說謊的。
雖然兩人都是各懷心事，但首先參見了兩位公主，當然見面之後，都放聲大哭，結果也惹得朱媺娖、朱媺婕也哭泣不止。而商毅等眾人也只好裝腔作勢的陪著哭了一會，然後勸住兩人，又叫宮女送兩位公主去休息。這才又帶著兩人，去看了崇禎的遺詔和玉璽，當然按照常理，吳甡和盧九現在是不能看遺詔的內容，不過能夠確認玉璽是真貨不假，于是又是一陣痛哭。
好不容易等這一切程序演完之後，商毅才下令大擺盛宴，為南京的兩位上差接風，在宴席間，商毅才把自己到北京一行以及崇禎傳下遺詔的經過，當然還有吳三桂引清軍入關的事情等等，都詳細的講說了一遍，當然隱瞞了搶到巨額財富的事情。吳甡和盧九也听得目瞪口呆，沒想到商毅真有這麼大的膽子，不但敢率軍北上勤王，還敢主動進攻北京。而且還是二次進入北京。
听完了商毅的講說之後，吳甡立刻舉杯向商毅，道︰「當日反賊勢大，滿朝具驚，朝廷下詔命天下兵勤王，卻無人響應，但只有以恆一人敢率軍北上，深入京師重地，實在是愧殺我輩。真是一身是膽，令人可敬可佩，若我大明的武將都有以恆的膽識，也斷不會到此地步，曰後朝廷中興，收復失地，全在以恆身上。本官當敬以恆一杯。」
商毅也舉杯回敬道︰「在下能有今日，全是閣老當初薦舉提拔，當日南下，如果不是閣老賞識，那有末將今日，閣老之恩，末將末齒難忘。」
吳甡听了，也微微一笑，兩人各自將杯中的酒一飲而盡。
而另一邊盧九也大為安心，雖然沒有現在看到遺詔的內容，但剛才也听商毅講了，北京城破之後，太子三人都被李自成所抓，他兩次攻入北京，都沒用救出太子等三人，想來這兵荒馬亂的時候，三個十幾歲的小孩子，又是一向養尊處優，怎麼能生存下去，現在八成己是凶多吉少了。沒有太子等三人，自然也就沒有人能威脅到朱由崧的位置，因此盧九也終于放了心，然後也夸講了商毅幾句，同時兩個人也催促商毅，盡快保護遺詔和玉璽、公主到南京去，好向天下宣布遺詔的內容，以安人心，商毅當然也是滿口答應。這個酒宴也是盡歡而散了。
宴會結束之後，商毅給他們安排下住所，讓他們一行人休息。而就在當晚，商毅來到了吳甡的住處，以述舊為由，和他私下商談。
因為在酒席宴間，兩人那一番對話，互相心里都有數了，吳甡也早料到商毅來，因此一直也在等著。其實吳甡這次到杭州來，包括提出這個建議，都是另有一番目地的。
北京被攻破的消息傳到南京之後，南京朝廷為立福立潞立桂，鬧得沸沸揚揚，東林黨人都表現是十分活躍，只有吳甡一改初到南京時鋒芒畢露，收斂了許多，很少主動發表什麼意見。吳甡雖是內閣大學士，督師，但北京朝廷一滅，這些都成了虛餃，因為吳甡督師的時間也不長，沒有陪養出自己的嫡系力量，原來的部下黃得功、劉良佐等人也都投到了馬士英那邊。而現在的實際權力，都在南京官員手里。
雖然在名議上，商毅還是吳甡的部下，但吳甡心里清楚，自己根本管不住商毅，但吳甡還不能讓別人知道這一點，在表面上還要維持著自己能夠調動商毅的樣子，因此只有這樣，吳甡才能夠在新朝中立足，因此在當初馬士英和江淮四鎮宣布擁立朱由崧時，有人建議調商毅率軍入南京與其抗衡，但吳甡馬上站出來反對，就是怕自己這點底細被泄漏了。
但吳甡心里也知道，時間長了，肯定是瞞不過去的，因此這次到杭州來，吳甡根本就不關心遺詔的真假和內容，而主要是希望和商毅達成一個協議，互相扶持，互惠互利。因為吳甡也相信，現在的商毅同樣也需要一個能在朝中幫他說話周旋的大臣。這樣的結盟，對兩人都好。
因此兩人見面之後，吳甡道︰「以恆，要是朝廷當日早調你率軍救援京師，也不會落到如今這番田地，實在是令人嘆惜啊。」
商毅當然听得出吳甡是話里有話，道︰「可恨當時都是陳演、魏藻德這批無能之輩把持朝政，不僅害了先帝，同時也害了大明江山，若是當時閣老在朝，也斷不會出現這般結果。」
吳甡心中一動，看來商毅果然是很上路，于是又道︰「事情都己經到了這個地步，還說這些有什麼用，只是現在我大明只剩這半壁江山，北面又有流寇、北酋虎視眈眈，我素知以恆善能用兵，驍勇善戰，因此以後還需要以恆多多盡力，日後這中興第一功，非以恆莫屬。」
商毅道︰「閣老太過講了，末將為國盡忠，自當萬死不辭，只是恕末將直言，現在朝中朋黨相爭，互相爭權奪利，而福王監國又暗弱無察，怕只怕大將征戰于外，而權臣進饞于內，倒頭來落得個不得善終，豈不冤枉，因此末將心中，也是十分惶恐啊。」
吳甡點了點頭，慨然道︰「以恆請盡管放心，朝中雖有小人，但君子猶在，小人雖為禍水，但有君子可做堤壩，俠其不致為害，也絕不會讓以恆受小人中傷。」
商毅搖了搖頭道︰「小人固然難纏，但所謂正人君子，恐怕也未必真能持正，史尚書到是真君子，只可惜太迂直了，因此滿朝之中，末將能使得過的，也只有閣老一人而己。」
話說到了這個份上，吳甡也明白商毅的用意，他只是想和自己結盟，但並不想和整個東林扯上關系，雖然吳甡對商毅說東林黨未必真能持正，覺得有些刺耳，但這樣反而更好，自己在東林，甚致在南京朝廷的地位，就顯得更為重要了，因此也正色道︰「好，只要有老夫在朝中一日，必會全力為以恆抗掙，請以恆盡管放心。」
商毅也正色道︰「有閣老這一句話，末將自然也就再無疑慮了。」
盡管在另一時空里，吳甡在這個時候己經退出了政治舞台，但商毅和吳甡同事過一段時間，加上歷史的評價，也知道和史可法、錢謙益相比，吳甡在政治的見解，施政能力，靈活度等方面都要比他們強得多。商毅當然清楚，雖然自己不想參與朝中的斗爭，但也不可能完全避免得了，這次王維如出任浙江巡撫，也就是一個例子，因此如果真的和吳甡結成同盟，在朝中有一個得力的同盟者，宮里又有王德化，到是可以為自己減去許多麻煩。
隨後商毅拿出兩份遺詔，請吳甡過目。第一份的內容基本都在吳甡的意料之中，第二份到讓吳甡有些意外，不過看完之後，吳甡笑道︰「原來如此，到是要恭喜以恆了。」
商毅也道︰「此事還請閣老幫忙維持。」
吳甡大笑道︰「好說，都包在老夫身上。」
第二天，商毅就開始做進京的準備，其實他從山東回到杭州之後，就己經開始著手準備了，現在各項工作也都差不多少。因此商毅也決定，就在三天以後動身。
而在商毅去蘇州期間，隨船隊一起到港的日本朱印船也和商家軍達成了交易，將所帶的珫磺、鐵、銅還有六十柄日本刀，都買給商家軍。
商毅回來之後，大野殿守又親自來拜見商毅，同時送上了一把上品日本刀，百兩黃金，還有一些貴重的禮物，一來是感謝商毅購買了大量的貨物，另一方面也是請求商毅能夠允許他們在杭州多停留一段時間，好讓他們將其他的貨物賣完，另外也還想在杭州購買一批貨物運走，因此也想請商毅允許他們上岸居住。
日本人提出的這個要求也很合理，而且商毅也希望與日本建立貿易來往，因此想了一想之後，也答應下來，只不過強調他們要尊守中國的法律，否則必將嚴懲，然後就安派人員去幫他們張羅住處去了。
商毅對別的東西到不在意，但對曰本刀卻十分喜歡，在後世，商毅也練過日本刀，知道雖然日本刀的刀身窄而細長，看上去似乎輕很脆弱，其實入手感很重，而且韌性很強，可以和棍斧一類重武器硬踫，也不用擔心被拆斷。既可做劍刺，也能用于砍、劈，而且因為刀身略帶弧度，因此在砍、劈時殺傷力極大。而且大野殿守送給商毅的這柄刀屬于上品一類，一般是不作出口，就是在日本國內，也只有大名、家老、大臣一類的人士才有資格使用。其價值至少在數千兩白銀。
商毅穿越帶的軍刀在一定呈度上也吸收日本刀的優點，只不過軍刀太短，單拉獨斗到就可以，但在戰場上使用起來很不應手，雖然商毅基不不用親自上陣殺敵了，但就是當指揮刀用，也不夠氣派。也這把曰本刀到是正合他使用。因此也不客氣的禮物都收下了。