其實太子是真是假，是一件十分容易分辯的事情，不僅有左懋第從北京來的秘密報告，而且在南京有很多北京的官員，如吳甡、王德化等人都多次見過太子，其中還有曾親教太子讀三年的弘光朝大學士王鐸，曾經給真太子朱慈烺講過課的劉正宗、李景廉以及東宮伴讀太監丘執中等人。^
而之所以弄得離奇曲折，愈演愈烈，究其原由，最主要是弘光君臣*，小人在朝，民心不附。當然東林黨在里面故意顛倒黑白，混淆視听，興風作浪，希望借這個假太子達到自己的政治目地，也是一個重要因素。而左玉良的東犯，里面也有東林黨在推波助瀾的份，說白了有一部份東林黨在這個時候，己經有些喪心病狂了。
因此在後世有人猜測，這個北來太子其實是東林黨故意弄出來的，不過也有人認為，東林黨還沒有那麼大的膽量，敢弄出個假太子來，很有可能是滿清為了弄亂南京的局面，搞出來的一個人物，結果東林黨還真就上了當，把個假貨當了寶。
不過在這個時候，無論是東林還是馬士英，都有意把朱媺娖這個最有資格來分辯太子真假的人，給忽略掉了，而原因恰恰就是因為，朱媺娖才是最有資格來分辯太子真假的人，一但她直證出一個結果，另一方就很難反駁得了，而東林和馬士英都不敢肯定，朱媺娖會按照自己的意思來指證太子的真假，因此只能同時選擇無視她的存在。
但就在左良玉的東進檄文到南京之後，忽然有人開始呼欲，請朱媺娖進京來指證太子的真假，以將真像大白于天下。很快這股呼聲就越來越大，包括江北四鎮的黃得功、劉良佐，湖廣總督何騰蛟等地方大員也被驚動，紛紛上要求，請朱媺娖進京來分辯太子的真假。而東林黨和馬士英顯然都不能再無視這種聲音，朱由崧也只好下旨，到杭州來招朱媺娖進京。
商毅當然知道，朱媺娖絕對不去把一個假太子指認為真的，而這樣一來，自己也勢必會得罪東林中的一部份頑固份子，也就是說有可能徹底與東林黨的一部份人員為敵，從而卷入南京的政治漩渦之中。不過既然南京朝廷正式下了詔，也就意味著這一次是難以躲過去了。對于商毅來說，既然躲不過去，那就去正面直對，雖然不想惹事但也絕不怕事。
不過在返回之前，一定要揚州防線布置一下，在後世就是因為回援南京，抽光了江淮的兵力，結果在多鐸的大軍南下，由歸到揚州，一千多里的地方一路暢通無阻，直接就殺到了揚州城下。
雖然史可法這時並不打算撤兵回援南京，還想上疏南京朝廷，表示對左良玉軍應示以招撫之意，那怕是給左良玉一個王爺封爵，自己可以只身前往左良玉的軍中勸諭，邀其一起釋解前嫌，一同赴前線抗清。而當前還是應以防備清軍的進攻為主，並且請求朱由崧下令各部鎮軍，分屯泗、臨、淮、鳳陽、壽州等地，控淮河為防線，堵遏清兵渡淮。
不過商毅估計，南京朝廷根本就不會采納史可法的建議，多半讓他帶兵入援南京的可能性。而且就是史可法留在揚州，也好不到那里去，因為史可法的軍事能力基本可以直接無視。不過商家軍的兵力有限，不可能守住整個淮河防線，只能夠以揚州為核心展開布置。
好在是豪格雖然僥幸逃月兌，但他這一路的人馬幾乎算是全軍覆沒了，暫時到是不用但心北面，因此商毅決定，在淮安只留下了二個營和水軍駐守，只要截斷黃河水道，基本可以保證這一線的安全。並留下成進帶領第一師的其余士兵，駐守揚州，分守各處要路。隨後又命羅遠斌帶著運送物資的半個師駐守泗州、盱眙，保護揚州的西北側翼，而另外半個師作為後援兵力。
現在史可法也清楚自己的斤兩，知道想要守住揚州，只能依靠商家軍，因此對商毅的布置也都一一照辦，而商毅布置好了這些安排之後，才離開揚州，返回杭州。
這時在杭州城里、葉瑤瑱和朱媺娖也在急切的等著他回來做出決定。還有周世奇、王夫之、李岩、李松晨，還有林之洋、李格非等人，都知道在太子案的背後，其實隱藏著許多厲害關系。浙江能夠有今天欣欣向榮的局面，一方面是于商毅集團確實治理有方，另一方面也是遠離南京的政治中心，沒有什麼外力干涉，可以一心展自己。而這次公主進京辯認太子是一個大麻煩，現在南京的形式錯綜復雜，稍有不慎，就會卷入南京的政治漩渦中。
不過商毅在返回杭州的路上，己經想好了應對的辦法，當然在一些細節上，還需要和眾人再詳細搞定。因此回到杭州之後，商毅先安慰了朱媺娖幾句，然後立刻招集葉瑤瑱、朱媺娖、周世奇、王夫之、李岩五人，開會商議這次進京的安排。只要商毅離開杭州，葉瑤瑱一直都代理政務，而周世奇、王夫之、李岩也事目前商毅手下主要官員，而朱媺娖是這次進京的當事人，因此只有這五人有資格參與這次的會議。
听商毅說了自己的應對辦法之後，眾人也都認為這個辦法不錯，可以做到無論是東林黨還是馬士英都無話可說。因此對商毅的辦法又提了一些補充的意見。
不過商毅當然不會天真的以為，只要朱媺娖指認出太子的真偽之後，就能平息了這場紛爭，因為以東林黨的品行，是絕對不會甘心認輸，一但朱媺娖指認的結果不符合他們的需要，那麼下一步他們就會宣揚朱媺娖是個假公主，說的話算不得數。
這可並不是商毅有意冤枉東林黨，因為在另一時空里南京朝廷滅亡之後，黃宗羲就曾寫過不少文章，暗示連朱由崧都是假冒的。連堂堂的學術宗師都是如此，其他人就更不用說了。其實到了南明時代，部份東林黨的無恥程度，和商毅穿越之前的棒孑國頗有一比。
雖然東林黨本身並非是一個嚴密的組織，而且一直以來都沒有擁有多少政治權力，但卻勝在佔據了民間的話語權，但卻勝在數眾多，經過了四十多年的展，師父收徒弟，徒弟再收徒弟，徒子徒孫加起來，現在的東林黨己經擁有了一個很大的數目，還展出了一個江南分部——復社。
再加上南京朝廷本身君臣*，不得人心，而東黨人又以清流的面貌自居，其中也不乏宗師學者，說白了就是個個都是都是筆桿子，掌握了話語權，一但與誰為敵，就群起而攻之，口誅筆伐，引證博古，字字珠璣、文采斐然，瑯瑯上口，就是最無恥的事情，也能被他們說得大義凜然。連對手的祖宗八代都會被批臭，因此別看東林黨沒什麼執政能力，但破壞力卻絕對不能小視。
但商毅並不是馬士英一黨，到目前為此，在南方還保持著很好的名聲，手中還掌握著一支戰斗力極強的軍隊，而且這幾次與清軍大戰之後，不僅為自己嬴得了很高的聲望，而且現在己經隱然是南方抵抗清軍的唯一希望。手下的王夫之、李岩也都是很好的筆桿子，另外現在商毅瓜手里還掌握著強大的輿論工具〔杭州時報〕，因為依靠著活字印刷，可以使商毅轉播的度和力度都遠遠過東林黨，因此他並不怕和東林黨打筆墨官司。
對輿論宣傳，商毅有著非常深刻的理解，所謂宣傳，並不在于你說的是真還是假，關于在于只要你的嗓門比別人大就行了。謊言重復一千遍就成了真理，這可是在後世那個以世界警察自居的國家屢次不爽的絕招，只要想打誰，就先拼命詆毀對方是無賴國家、恐怖組織，報紙、電視、廣插、網絡，輔天蓋地的宣傳，為自己的軍事行動找到正當借口。這一點也值得商毅好好學習。
同時在東林黨內部，也不是鐵板一塊，比如史可法，就對現在清軍己經大軍壓境，而一些東林黨借假太孑大作文章感到十分不滿，還有在南京的吳甡，恐怕也有這種心里，因此也可以通過分化對手的方法，使東林黨內部生分裂，也是一個辦法。
而且這一次進南京，在保衛措施上商毅也作了詳細的安排，段鵬出任指揮官，一共帶了一個步兵團，一個偵察營、二個騎兵營，共計六千多人馬，可以說是保衛森嚴。而且在南京的情報人員也全部都活動起來，保證這一次進京的安全。同時商毅還派出二個分艦隊，逆江而上，停駐在南京城邊，以備不測的時候，從水路離開南京。總之商毅對這一次南京之行，也做好充份的準備，對各種後果都作了針對性的安排。
把各項工作都準備好之後，商毅才帶著朱媺姣，啟程出，趕奔南京。而這時南京的各方勢力也都在商量，積極的活動，怎樣才能讓朱媺娖指證的結果有利于自己，新一輪的政治斗爭也即將展開。