亞莉桑德拉當然不知道島津光久還在為恢復薩摩藩的實力，作著最後的努力，而在這個時候，她在琉球島上，衍然就是一位殖民地女總督的感覺。
其實就在征薩艦隊還沒有返回琉球島的時候，一艘艘運載著各種物資、金銀還有日本人口的船只陸續到達琉球島，就己經向琉球王朝宣布了這次商家軍進攻薩摩藩的戰役的勝利。而在琉球王朝中，還有一些對薩摩藩依然抱以幻想的親日派人士，也越來越覺得失望，最後幾近絕望。
當然琉球王朝的親明派勢力也徹底揚眉吐氣，也包括琉球王尚賢在內，盡管現在他們己經知道，這並不是真正的明軍，而是一位明朝將軍的私軍，但那也沒關⻞，總比薩摩人要強得多。而且在事實上，商家軍士兵的表現，也確實出薩摩士兵強多了。因此尚賢也覺得，如果一定要當傀儡，那麼也是給商家軍當傀儡要好得多。
而在亞莉桑德拉率領著最後一支艦隊從九州島返回琉球島的時候，尚賢也帶著琉球王朝的全部大臣，到碼頭迎接，那架式就好像是在迎接一位女皇一樣。
雖然戰事己經結束，但還是有許多善後的工作需要處理，因此艦隊還不能馬上轉回杭州。
先是要確定，薩摩藩的勢力是真的完全退出了琉球群島。亞莉桑德拉派黃震帶領第三分艦隊，去巡視奄美諸島，督促薩摩藩盡快撤離，以免留下後患。
其次是從薩摩藩搶來的這些東西和人口，分配到台灣的有三萬多婦女和一萬多男子，至少也需要分二次才能全部運完，而帶回到杭州的，還有一萬多名婦女，和絕大部份的物資錢財，另外還有三千多來自台灣的士兵，亞莉桑德拉決定，先把台灣的人口運走，然後再將剩下的人口物資一起帶回杭州。而台灣士兵留下兩千人，駐守琉球，以半年為期，輪流駐守。
運抵台灣的日本人中，工匠和男人將集中參加基隆煤礦的開釆工作，一邊開釆一邊學習漢語，而女人將先接受必要的漢語訓練，達到能夠使用漢語進行一定的簡單對話，簡單的表達自己的意思，然後分配給移民台灣的單身男人，組成家庭。
接下來就是整頓琉球王朝，在剛剛攻佔琉球的時候，曾經將里的親日派勢力整頓了一次，而這次就是針對地方上的親日派勢力。
當然商家軍對琉球的內部事務並不熟，也不分不清楚到底誰是親明派、誰是親日派，但亞莉桑德拉卻祭出殖民者屢試不爽的以夷治夷手段。先任命在清理親曰派時有出色表現的鄭充中為國相，執撐琉球王朝的朝政，蔡錦、金應元為長史、吉時逢、翁鎮為議政大夫，這些人自然都是親明派的大臣，另外最早投降的兩名琉球軍韓建中和劉克軍也被委以重任，成為琉球軍的最高統領。然後由這些人來完成對親曰派的大清洗。
對于這些任命，身為琉球王的尚賢當然不敢有任何反對的意見，因此很快就在琉球建立了一個基本親的政權機構。雖然說還不能完全把親日勢力完全清除干淨，但只要商家軍在琉球群島保持著軍事上領先優勢，也就不用但心他們會反水。
把這些事情都處理完了，亞莉桑德拉留下西班牙艦隊駐守琉球群島，任命莫亞駐守琉球島，阿爾維斯駐守奄美島，並接受台灣的直接管轄，然後才率領著艦隊，返回杭州。而尚賢也派遣蔡錦、吉時逢兩人為使者，隨船一行來到中國，向南京朝廷朝賀。
征薩艦隊是在九月下旬到達杭州，當然也受到商毅的熱烈歡迎，因為這可是商毅次主動對外作戰，而且作戰的對手還是日本，排除在另一時空里的中日仇恨，即使是在這個時代，中日之間也有不少糾葛，日本也是唯一一個中國周邊並未向中國臣服，並且經常與中國為敵的國家。
在明朝開國之初時，朱元璋曾派遣使臣下國到日本，要求日本來朝拜中，並責令他們解決擾明倭寇。結果，國送達日本後，日本不僅沒來朝貢，而且還砍了朱元璋使者腦袋，同時回復了一封盡極挖苦之能的國。雖然朱元璋揚言要出兵，征服日本，但鑒于蒙古大軍攻日的慘敗教訓，最終也只能不了了之。
而現在商毅卻可以憑借初步建立起來的海上優勢，和越這個時代的武裝力量，在這一戰中徹底打敗日本西南的強藩薩摩藩，同時也基本測出了日本的底細，還煆練了海軍的跨海作戰能力，可以不客氣的說，如果沒有滿清的危脅，以商毅目前的實力，就足以掃平日本了。
當然勝利還是其次，這次對薩摩藩的勝利，商家軍不僅徹底控制了球琉王朝，而且在日本一共掠奪回來了五萬多的人口，白銀加上薩摩藩的第一筆賠款在內，約有一百五十萬兩，而其他物資拆算成銀價，約有六七十萬兩，雖然現在這次征薩戰爭的總費用還沒有完全統計出來，但也己經可以確定，決不可能也一百萬兩白銀，因此也可以說是收獲巨大。
其實在浙江內部，並不是所有人都贊同這次進攻薩摩的戰爭。由其是行政部的這一部份，不少人都認為這次作戰根本就沒有必要，勞民傷財，就是在統戰部里，李岩也覺得目前商家軍的要大敵是清廷，不是日本，沒必要在這個時候給自己多樹敵人。因此這一次最多也就擊退薩摩艦隊，保住先島諸島就夠了。控制琉球，進攻薩摩，完全就是多余，只不過在商毅的強烈堅持的要求，和軍隊的全力支持，才動了這一場戰爭。
但最終的結果卻又一次證明，商毅是對的。盡管絕大多數人都沒有意識到控制琉球對中國海防的重大意義，但但這一戰的另一個結果卻改變了以往中國對戰爭的觀念，原來打仗並不都是勞民傷財，還是可以賺錢的。
因為中國古代的對外戰爭並不多，而且主要集中在對付北方的游牧民族，對外戰爭的目地一是為了開疆擴土，二是為了征服游牧民族向自己稱臣，但純粹己掠奪人口財富為目地的戰爭基本沒有。當然這也和北方游牧民族基本沒有什麼面中國古代的小農經濟一向都是自己自足，也不需要靠掠奪別人來維持自己的生計，而是滿足于四夷來朝，天下賓服的盛世景像中。
這樣的戰爭，自然消耗巨大，即使是奪到了土地，也不可能馬上見到成效，因此中國的對外戰爭，一般只能生在王朝剛剛開國的盛世初期時候。
而歐州各國的戰爭正好相反，絕大多數都是以掠奪為目標，由其是在大航海時代開啟了之後，開始在全世界盡極所能的瘋狂掠奪財富，十五、十六世紀的幾個大國，基本都是靠打出來的。和一直與中國為敵的北方游牧民族十分相似，這也是歐州或游牧民族始終都熱衷于戰爭，而中國卻視好戰為不詳的主要原因。
不過這一次卻不同，幾乎是中國歷史第一次依靠戰爭掠奪到大量財富，同時還迫使敵對勢力簽定了賠款的條約。以前可是只有中國王朝向敵人賠款的。由其這次還是這幾百年來，一直都沒辦法的日本。
同時海軍部也終于能夠揚眉吐氣一把，可不僅僅只是陸軍能夠建立戰功的，海軍同樣也是一支百戰百勝的隊伍。
在征薩艦隊回歸之後，商毅也對目前的海軍作出一些調整，目前海軍的總體變化不大，依然保持現在的規模，為五支分艦隊，一支外籍艦隊的編制，另外還加上李華梅的小艦隊。而各分艦隊的兵力和駐防的分布是︰
第一分艦隊駐守杭州灣，兼保護浙江沿海，戰艦為︰二級戰列艦二艘，三級巡洋艦七艘，四級稱為驅逐艦八艘，五級護衛艦五艘。兩千料輔助戰船一艘、一千料輔助戰船三艘、六百料輔助戰船五艘。五百料飛剪船一艘，二百料飛剪船二艘。
第二分艦隊駐守山東登州，受山東戰區指揮，戰艦為︰二級戰列艦一艘，三級巡洋艦六艘，四級稱為驅逐艦六艘，五級護衛艦四艘。兩千料輔助戰船一艘、一千料輔助戰船二艘、六百料輔助戰船四艘。五百料飛剪船一艘，二百料飛剪船二艘。
第三分艦隊駐守台灣，兼管琉球群島地區，戰艦配置與第二分艦隊一樣。
第四分艦隊駐守長江入海口，兼保護整個長江下游地區，戰艦為︰三級巡洋艦五艘，四級稱為驅逐艦六艘，五級護衛艦四艘。一千料輔助戰船二艘、六百料輔助戰船五艘。二百料飛剪船二艘。
第五分艦隊和第一分艦隊一樣，也駐守杭州灣，保護浙江沿海，戰艦配置與第四分艦隊一樣。
外籍艦隊駐守琉球群島，戰艦為︰三級巡洋艦三艘，四級稱為驅逐艦五艘，五級護衛艦八艘。一千料輔助戰船二艘、六百料輔助戰船四艘。二百料飛剪船二艘。