劉良佐投降了清軍之後，沿江東進的阿齊格部的人馬總數己經過了二十八萬人。）清軍現在的兵力分布是，吳三桂部約六萬人馬在江北作戰，現在主力駐扎在廬州，前部己經攻佔了和州。而尚可喜部的五萬多人馬守衛在武昌、九江一線，保衛著清軍的側翼，而阿濟格親率十七萬大軍，以降將劉良佐為前尋，沿長江南岸，直逼南京，現在大軍都己經推進到了太平州一線。離南京不足百里。
而明軍的防線也是節節敗退，駐守江南的黃得功己經退到了應天府境內的江寧鎮，江北劉肇基也退到應天府境內的江浦縣，和南京幾乎是隔江相望。
在這樣的情況下，雖然新年將至，但南京城中卻看不到一點新年的喜慶氣氛，家家戶戶都關門閉戶，不是準備向城外遷移，就是在家里把門窗加固，然後祈禱上天，保佑自己的平安。
算起來這己經是商毅第四次進南京了，第一次還是在南下和李自成作戰，當時的商毅不過是初出茅廬的武將；第二次是慶賀朱由崧登基繼位，那時商毅剛剛佔據了浙江，成為南方的一個地方實力派武將；第三次是陪著朱媺娖到南京分辯北來太子，商毅洐然己是南明一支舉足輕重的力量；而這一次進入南京的商毅，已經是整個南方抵抗清軍南侵的唯一希望了。
雖然每一次商毅到南京，身份地位都會晉升一級，但南京給商毅的感覺到是一次不如一次，由其是這一次，昔曰繁華熱鬧的南京城，如今已是冷冷清清，完全是一付蕭條破敗的樣子。也讓商毅生出不少物是人非的感慨來。
在正陽門進城的時候，史可法親自在城門口迎接商毅的一行人馬，眾人見面之後，史可法也十分激動，拉著商毅的手，道︰「以恆，你總算是來了。」說著，忍不住哭了起來。
商毅道︰「史閣老請盡管放心，只要有我商毅在此，決不會讓虜攻佔南京城。」
史可法听了，也稍稍安心，道︰「快，跟我一起進殿去面見皇上，現在等著你來。」
商毅將人馬都駐扎皇宮的洪武門前，自己只帶了一隊衛隊跟著史可法進皇宮。
在來南京的時候，商毅就想過，現在南京的局勢過于復雜，誰知道東林黨還有玄皇教會安什麼心，因此商毅絲毫也不敢大意，無論去那里都會穿好防彈衣，帶上手槍、手雷和雙截棍，靴孑里插好匕，以防萬一。同時衛隊也隨時做好保護他的準備。
商毅的衛隊有兩個連，一個連是漢族人組成，連長是吳亮，另一個連卻全是由黑人組成，他們本來都是奴隸，是商毅給了他們自由，都對商毅都非常感激，十分忠心。而且黑人衛隊的另一個好處在于他們不會理中國的規據，完全听從商毅的命令，無論讓他們做什麼都不會有半點猶豫。而這個連的連長是亞莉桑拉的弟弟安德烈。
不過衛隊也不可能進入皇宮內部,只能在南京皇宮的正門承天門口等著。不過商毅也和衛隊約定好，一但自己出信號，衛隊就向皇宮里面殺入，接應自己。這樣分派完之後，商毅才跟著史可法等人，進入皇宮內部，去朝見朱由崧。
南京皇宮也叫紫禁城，主殿的名稱和北京皇宮一樣，為太和、中和、保和三大殿。朱由崧就是在第一殿太和殿接見商毅和文武大員的。
商毅向朱由崧施禮己畢之後，朱由崧先賜他平身，然後才道︰「商愛卿遠路而來南京，一路辛苦了，朕甚是欣慰，前者因為小人為擾，也使商愛卿受了不少冤屈，但如今國事艱難，形式危急，還請商愛卿不要計較，凡事都當以國事為重，大局為重。」
商毅道︰「回稟皇上，臣與朝中官員，本無私怨，何況現在清虜大軍壓境，南京危急，臣豈敢以個人私怨，而不顧國事，請皇上放心，臣必當竭盡全力，為保南京不失，並驅逐韃虜，收復失地。」
朱由崧點了點頭，對商毅的回答也十分滿意，然後又問道︰「卿此次入京，不知帶來了多少人馬？」
商毅道︰「臣接到詔之後，立刻出兵，一時也沒有耽誤，但行走匆忙，這次只帶來了約三萬人馬，但隨後還有八萬大軍，十日之內，必然趕到南京。」
其實現在商毅只帶來了一個步兵師和特種旅進入南京，總兵力還不到兩萬，另一個旅押運的物資在後面，預計會遲一二天到南京。他當然知道，就憑這兩萬五千人，肯定不能讓南京的君臣滿意，因此索性也夸大其辭，安定人心，也給自己造成大聲勢。
朱由崧和官員听了，到也沒有多懷疑，因為大軍調動，確實需要不少的準備時間，因此先帶少量人馬趕來，將大隊人馬留在後面，也是十分正常的事情。而且有不少人心里都在想，如果等商毅的人馬都到了南京，到是足夠守住南京了。
就在這時，一個黃門官匆匆從殿外進來，道︰「啟稟皇上，黃得功將軍被清軍擊敗，江寧鎮失守，清軍的前部人馬己經殺到了大勝關。現在黃將軍率軍正在向南京撤退，請救朝廷立刻兵接應。」
黃門官的話剛一說完，整個金殿上頓時一陣大亂，大臣們紛紛交頭結耳，議論一片，就連朱由崧的臉色也變了。因為以前的形勢無論多麼危急,清軍都還在應天府的範圍之外，因此南京君臣的心里多少還都有一點安心，而大勝關己屬于順天府的範圍，離南京不足二十里，這一次軍可以說是真正的兵臨城下了，怎麼能叫他們不慌。
幸好史可法到底還是見過大陣仗，立刻出列大聲道︰「各位大人不必驚謊，現在商督師己經到了南京，必能力保南京不失。」轉身又對朱由崧道︰「稟皇上，為將者當有專斷獨行之權，方可便宜行事，請皇上授權于商毅，讓他全面付責南京防務。」
听他這麼一說，大殿上才安靜了下來，全都用其盼的眼光看著商毅，這可是南京的最後一根救命稻草了。而朱由崧這時也稍稍心安，立刻問道︰「商愛卿，你看現在當如何拒敵清虜呢？」
商毅道︰「回稟皇上，清虜現在不過是先頭人馬，並不足為慮。但守衛南京，事關重大。臣初到南京，尚不知全情，當與史閣老等人計議之後，再作決定。」
朱由崧點了點頭，立刻又下旨，封商毅為左都督兼南京守備，付責整個南京的防務，凡事均可便宜行事，並又賜給他尚方寶劍一柄，以後如有阻擾軍務者，均可先斬後奏。而又讓吳甡官復原職，和史可法一起付責諸事協調，全力支持商毅的軍事行動，然後才下令散朝。
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「吳長老，商毅己經到了南京嗎？」
墨經緯獨自一人站在紫明樓的三樓露台上，憑欄而望，頭也不回的淡淡問道。因為現在整個南京都十分蕭條，大多數酒樓都己經關門歇業，就連因為出了秦淮河畔新一代名妓紫玲瓏的紫明樓也不例外。
而這時在墨經緯身後，一共站著五個人，垂手低頭，神態都十分恭順。听了他的問話之後，左邊的第一人道︰「回稟少主，他是剛剛入城，就被史可法領著進宮去見朱由崧去了。」
墨經緯又問道︰「他這次進南京，一共帶來了多少人馬？」
吳長老道︰「居屬下估計，應該不過二萬。」
墨經緯哈哈笑道︰「二萬人馬，就想守住南京嗎？我看商毅這一次還有什麼辦法？」
這時吳長老身邊的一人也開口道︰「二萬人馬，肯定是守不住南京的，但屬下以為，這應該只會是商毅的先頭人馬，居我們所得的消息，現在商毅在浙江的兵力不下十萬，因此他絕不會帶這麼少的人馬進駐南京。屬下擔心他的大隊人馬進入南京之後，恐怕就不好辦了。」
墨經緯點了點頭，道︰「馬長老說的有道理，現在清軍的先頭部隊是誰？」
馬長老道︰「是由覺羅巴哈拉率領，大約有一萬五千人馬，另外還有劉良佐部的一萬人馬，現在正駐扎在大勝關。」
墨經緯道︰「這樣的兵力也足夠了，派人去告知覺羅巴哈拉，讓他加快進軍，爭取先掃清南京的外圍，然後再通告阿濟格，讓他盡快催促大軍前進，爭取在商毅的後隊大軍到達之前，先攻破南京。」
馬長老答應了一聲，立刻轉身離開了露台。
墨經緯又道︰「玲瓏小姐？她是不是己經去了杭州嗎？」
右邊的第二人應道︰「回稟少主，玲瓏小姐是今天早上動身去杭州的，還有蕭長老和雲長老，也隨她一起去了。不過她似乎有意避著少主，因此屬下有些但心。」
墨經緯淡淡一笑，道︰「沒有什麼好但心的，為了聖門的大業，她不會念及私心，只不過這件事情她不願意讓我插手其中，那就由她去，反正我只要最後的結果就可以了。其他的事情都準備好了沒有？」
這時吳長老又道︰「都己經準備好了，只等清軍的大軍一到，我們就可以里應外合，攻破南京。」
墨經緯听了，也不禁放聲大笑起來，道︰「很好，商毅以為自己這一次還可以力挽狂瀾，卻不知道現在一切早都己經在我們的控制之中了，恐怕到時侯連死都不知道是怎麼死的。而這一次我們聖門復興的大業就在此一舉，誰也阻擋不了。」