雖然現在清軍實際控制南京的地區只有三成左右，但最重要的東城卻被清軍佔領，這里包括皇城、六部、九寺、五軍留守司、內府儲厙等等重要的機構，還有大部官員的住所。因此阿濟格一來到皇宮，就立刻下令，招集南京的所有降官，以及宮中的太監人等來見。
在除夕之變生以後，因為在從皇宮里逃出來的官員大部官員都住在東城，因此都沒來得及逃走，就被清軍封鎖了東城，結果逃到鐘鼓樓去的，只有二十幾名官員。
其實眾官員從皇宮逃出之後，清軍還忙著全面佔領皇城，一時並沒有顧及到六部九寺，絕大數的官員，其實都還來得及出逃西北區去，但南京被攻破，皇城被佔領，大部份的官員都對守住南京失去了信心，同時也認為南明己經滅亡，就算商毅再抵抗下去，也是不自量力之舉，挽回不了大局了。因此眾官員和商家軍分兵之後，以忻城伯趙之龍、保國公朱國弼兩人為，並沒有讓其他人立刻回家搬請家屬，而是聚集眾官員一起商議，投降清軍，保全自已和家屬的性命安全。
這個建議也立刻得到了魏國公徐久爵、隆平侯張拱日、大學士王鐸、蔡奕琛、左都御史李沾等幾名重要官員的極力贊禮同向清軍投降，于是眾人就聚集在戶部府里，由趙之龍和朱國弼兩人為代表，進皇城去與清軍接洽投降事宜。當然也有不少官員害怕清軍，躲回到自已的府里。
韓岱聞迅之後，也沒有表示接納與否，只說自己要請示英親王阿濟格，才能決定，不過卻要求各官員不得妄自行動，並且準備好各種戶籍、文案、府庫等等名冊清軍，然後听候指令。
眾官員听了之後，心里也都稍稍有些安心，雖然還沒有見到阿濟格，但屯齊的態度還算不錯，至少也算是一個好的開始，因此也各回各自的衙門，招集各衙門其他官員也在報道聚集，大家一起清點人員文件、府庫的物資，只等著阿濟格的招見。同時又命清軍把六部九寺十三衙門全都看守起來。
但打從眾官員開始忙碌起，南京城中的槍炮爆炸聲音就一直響個不停，顯然是商家軍還在與清軍激戰。而眾官員的表情也不盡相同，有人面帶冷笑，不時還說幾句什麼不自量力、螳臂當車之類的話；也有人面帶羞愧，不住的哀聲嘆氣；還有人面無表情，對外界的反應一概無視，裝沒听見。
只有戶部郎中劉成治听說眾臣齊降的消息，慨然道︰「國家養士三百年，難道就無一忠義之人以報朝廷？」然後持筆題壁︰「鐘山之氣，赫赫洋洋；歸于帝側，保此冠裳。」擲筆于地，然後自縊殉國。
在南京之戰開始之前，被罷職的東林眾人中，黃宗羲、黃震周、方以智、陳貞慧、冒避疆等年輕一些的人員都先後離開南京，但候恂、錢謙益等老官僚不甘心就此沉寂下去，還留在南京等待時機。
不過因為候、錢二人名望頗大，趙之龍等人降清之後，立刻被人來招他們兩人，一同投降。
錢謙益得知南京城破之後，也一度長吁短嘆，大哭不止，愛妾柳如是曾勸他自殺殉國，以死全節，表示忠貞之心。錢謙益思索再三，終于點頭同意，決定共投蓮花池，那知老錢剛剛步入湖中，水濕鞋襪，立刻就縮了回來，道︰「湖水太冷，不好死，等等再說……」到是柳如是反而憤然欲投湖自盡，卻被錢謙益死死拉住，結果總算是兩口子誰也沒死戌。
不過趙之龍使人來招錢謙益投降，老錢立刻整衣出府，加入投降隊伍。臨走前還命家人看好柳如是，不要讓她再尋短見了。另一邊侯恂也帶著兒子侯方域，應詔投降。
一直等到下午三時許，才有人到各部通知，命明朝的眾官員去朝見阿濟格。可憐眾官員也都熬了一夜未眠，這時在各自的衙門是清理文件府庫，有些人實在敖不住了，只能趴在桌子上打一個盹兒。听到阿濟格要招見他們，誰敢不听，因此也都睡眼惺忪，趕進了皇宮。
阿濟格也是在太和殿招見明朝的降官，當然現在的太和殿己經清掃了一淨，而不少明朝降官心里也都生出了一夜之間，物似人非之感，昨天晚上在這里還是明朝的皇城，自己還和朱由崧一起慶賀除夕，而今天坐在這里的，卻是廷的親王，而自已卻都變成了階下降臣。
前來朝見阿濟格的，有勛臣忻城伯趙之龍、保國公朱國弼、隆平侯張拱日、臨淮侯李祖述、懷寧侯孫維城、靈璧侯湯國祚、安遠侯柳祚昌、永康侯徐洪爵、定遠侯鄧文郁、項城伯常應俊、大興伯鄒存義、寧晉伯劉允極、南和伯方一元、東寧伯焦夢熊、洛中伯黃九鼎、成安伯郭祚永、駙馬齊贊元等十七名勛爵，而士王鐸以外，還有大學士蔡奕琛、侍郎朱之臣、梁雲構、都御史李喬，罷職的錢謙益、候恂，以及各翰、詹、科、道、部、寺五品以上的官員，還有兩各太監頭領王德化和盧九德帶領著一干太監人負，一共有三百多人。在太和殿上，黑壓壓的站了一大片。
阿濟格雖然脾氣暴燥，但並不是不通事理的人，現在商家軍依然在南京城中頑強抵抗，清軍想到完全佔領南京，還不知要等到什麼時候，因此對這批投降的官員還是要好好安撫，以瓦解商家軍的斗志，以示軍的寬宏大量。同時也是消除江南其他各地對清軍的反抗情緒。
于是阿濟格也先對眾人說了幾句安慰的話，表示只要是誠心投降大清，那麼以前的事情一概過往不咎，並且保證眾人及其家屬的安全。不過要是懷有二心，假意投降，還想著復興明室，圖謀反叛後，或者是明知有人圖謀不詭，依然隱情不報，甚至包庇隱瞞者，不仗一概殺無赦，而且還是滿門抄決、誅連九族。
眾官員也被嚇得一怔一怔，听完之後，趕忙跪伏于地，一邊口稱大清萬歲，一邊紛紛表明心跡，說明自已是真心投降，決不會反復無常，同時趙之龍還表示，願意為大清統一天下，效犬馬之勞，幫助阿濟格勸降其他各地的明朝官員等等。
阿濟格要的就是這個效果，因此也十分滿意，立刻下令，命降臣釆出眾者，寫一份勸降順表，以曉愉其他各地。
眾降官推擁了一番之後，一致認為其中只有錢謙益的才學出眾，文釆斐然，這份勸降順表，自然是非他不可了。而錢謙益也知道這事是推不過去的，因此在謙讓了一下之後，也慨然允諾。當下立刻命人鋪紙研墨，而錢謙益不愧是大材子，果然文思泉涌，片刻之間更己是胸有成竹，立刻揮筆急，洋洋灑灑數百言，一氣呵成，文曰︰
「自遼、金、元以來，由沙漠入主中國者，雖以有道代無道，靡不棄好而構釁，問罪以稱兵；曾有以討賊興師、以救援奮義逐我中國不共天之賊、報我先帝不宴目之仇，雪恥除凶，高出千古如大清者乎？有肅清京闕、修治山陵，安先帝地下之英魂、臣子獄中之哀痛如大清者乎？有護持我累朝陵寢、修復我十廟宗祧，優恤其諸藩、安輯其殘黎、擢用其遺臣、舉行其舊政，恩深誼崇、義盡仁至如大清者乎？權奸當國，大柄旁落，初遣魏公翰而不奉詞、繼遣陳洪範而不報命；然後興師問罪，猶且頓兵不進，紆回淮、泗以待一介之來。自古未有以仁禮雍容揖讓如大清者也。助信佑順，天與人歸。渡大江而風伯效靈，入金陵而天日開朗。千軍萬馬寂無人聲，白叟黃童聚于朝市。三代之師，于斯見之。靖南覆轍，誰為一旅之師？故主挾歸，彌崇三恪之禮。凡我藩鎮督撫，誰非忠臣？誰非孝子？識天命之有歸，知大事之已去；投誠歸命，保億萬生靈。此仁人志士之所為，大丈夫以之自決也。幸三思而早圖之！謂予不信，有如皎日。」
寫完之後，趙之龍先拍掌稱好，並且當眾又大聲朗誦了一遍。一來錢謙益確實是大家風範，一筆文章寫得是洋洋灑灑，富麗堂皇，而且驪四駢六，詞藻優美，而趙之龍的誦讀也是抑揚頓挫，感情豐富，也把大清的功德赫赫，渲染得淋灕盡致，義正詞嚴,完全是一派仁義之師的架式。
因此在他讀完之後，其他官員也都紛紛稱好。阿濟格的文化水平雖然不高，但在清廷也沒少和範文程、寧完我這些有文化的人打交道，多少也能夠听懂一些，而且他身邊也有漢人幕僚，又為他詳細解釋文中之意，也理解了錢謙益的這篇文章雖然之乎者也不少,但確實都是說的大清的好話，加上趙之龍讀得也十分好听，因此心里也十分高興，又夸贊了錢謙益幾句，並立刻宣布，由錢謙益和趙之龍共同管理明朝的降官，清理府庫，人員。並且拍著他們的肩膀，讓他們好好的干，以後大清一定為量材錄用，論功進賞。
而錢謙益和趙之龍也十分高興，當然又帶領著官員，向阿濟格拜謝，隨後退了下去。
一個時辰之後，錢謙益拿帶統計出來的清單來見阿濟格。因為各衙門的統計結果都己經出來了，只需要匯總一下就可以了，再加上錢謙益昨晚沒有熬夜，因此也充滿了干勁，經過統計之後，南京各府庫相加，有黃金三萬余兩，白銀四百二十余萬兩、各種糧食五十余萬石，其他的各種物資累計，可拆算白銀有三百多萬兩。
看完清單之後，阿濟格也十分高興，因為他也知道，連番激戰之後，清廷的國庫十分空虛，這一次南征己經是免力而為。而自己一路東進，除了從李自成手上搶到十幾萬兩白銀和幾萬石糧食之外，其他地方都不是什麼大城，因此也沒有再搶到多少物資了，而在南京得到的這一筆物資也足以支撐南征繼續進行下去了。這麼看來多爾袞的決策還是對的，有什麼比搶來錢便快呢？
但阿濟格的高興勁並沒有維持太久，另外一份統計清單馬上就讓他笑不出來了，昨晚一戰，清軍一共戰死了一萬一千三百多人，另外還有三千四百多人受傷，總計塤失的兵力在一萬五千人左右。這樣的結果顯然讓阿濟格又眉頭緊鎖起來。
這時清軍進攻南京，集中了十五萬左右的兵力，現在進城的人馬約有七萬，另有三萬在石城門前與商家軍城外的人馬對持，其余人馬一部份駐扎在聚寶山西邊，一部份駐扎在神烈山南邊的東安門前。
不過今天己經晚了，因此阿濟格也決定，明天再向商家軍動進攻。