突破了火船的陣列的五艘驅逐艦己經來不及組成縱隊，只能各自為戰，分別殺入到清軍的主力船隊的陣列中。
驅逐艦的噸位大約在六百到七百噸之間，一般都是二層甲板，裝配的火炮約有四十到六十門左右，其中重炮為六到八門。無論是噸位還是火力都比巡洋艦差一個等級，但操作更為靈活。
其實清軍的戰船中，三四百噸級的戰船也有十余艘，論噸位和這幾艘驅逐艦的差距並算不太大，但雙方裝配的火炮數量可就差得遠了，可以說清軍所有戰船的火炮數量相加，也沒有這五艘驅逐艦裝配的多。因此在五艘驅逐艦同時殺入清軍的船陣中，左右船舷的火炮一齊開火轟擊，立刻就將清軍的主力船陣給攪亂了。
在火船戰術失敗以後，清軍現在唯一的辦法就是依靠船的優勢，靠近商家軍的戰船，實行蹬船作戰。由于驅逐艦在噸位上的優勢並不大，因此在清軍的這種圍攻戰術下，有兩艘船分別都被六七艘清軍的戰船纏住，動彈不得。但商家軍戰船上的士兵們都裝配了步槍手榴彈，還有管風琴槍，而且就是在船上進行白刃作戰，兵也沒有任何的優拷，因此清軍想要殺上商家軍的戰船，可沒那麼容易。雙方就在戰船上展開了激烈的爭奪。
不過這個時候，第一分艦隊的第二梯隊也趕到了戰場，他們穿越火船陣列的時侯，僅僅只損失了兩艘護衛艦，一共有十五艘戰船趕了過來，其中還有兩艘噸位過八百噸，火力凶猛的巡洋艦，他們加入了戰斗之後，立刻改變了戰場的局面，清軍的戰船被一艘艘的擊沉，勝利已經開始轉向商家軍這一邊來。
其實清軍唯一依靠的就是火船，其他用商船貨船改造的戰船根本不可能是商家軍這樣專業戰船的對手，因此一但火船戰失效了，失敗也就是遲早的事情。
結果在第二梯隊加入戰斗之後，清軍很快就招架不住，紛紛敗退。而商家軍又乘勝追擊，俘虜了清軍二十余艘戰船，終于獲得了全面的勝利。
這一戰最後的結果是清軍一共損失各種戰船二百五十七艘，損失兵力達一千一百多人，逃回龍山船廠的戰船不足五十艘，而商家軍的長江艦隊僅僅只損失了四艘驅逐艦，三艘護衛艦，戰死一百六十七人，另外還俘虜了二十二艘戰船，俘虜清兵四百零七人。
因此在這一戰之後，長江艦隊不僅僅是報了上一次敗陣的一箭之仇，而且重創了清軍的水師，重新奪回長江水道的控制權。更為重要的是，長江艦隊己經找到了對付火船戰術的辦法，就算清軍的水師還能再湊出一支艦隊來，也己經沒有辦法再制約住長江艦隊了。
這時在南京周邊的地區中，商家軍和軍正在寧國府、鎮江兩地將持不下，而水戰獲勝以後，長江艦隊立刻乘勝進軍，一直殺到南京附近的江面上，第一、三分艦隊炮轟南京的金川門，而第二分艦隊帶著增援湖北的彈藥物資，逆江而上，向湖北駛進。
而在南京的多鐸得知水師慘敗，商家軍的戰艦一直開到南京附近的江面上，炮轟金川門，也不禁大為震驚，還以為這一次商家軍是要全力進攻長江了。因為這時軍在南京城內的守軍不足三萬，根本防不住南京漫長的城牆，如果商家軍派出一支部隊在南京附近登陸，攻入南京城里來，也不是不可能的。
雖然這並不意味著南京就一定失守了，但如果讓商家軍在南京城里站穩腳跟，再想把他們趕出去，可就不那麼容易了。多鐸可是知道，在阿濟格攻取南京的時候，商家軍以不足三萬的兵力，守在南京城里，和近十萬清軍對抗了近一個月的時間。因此多鐸可是說什麼也不敢讓商家軍殺入南京城里來。
于是多鐸也做出了商毅最希望他做出的選擇，下令命鰲拜率部渡江，進駐南京駐守。
而就在鰲拜部從廬州重新開拔之後，這一次作戰的目地也達到了，于是商毅也下令成進、楊武丞收兵回浙江，暫時駐扎。等待最後的時機。
不過就在這時，福建又傳來了最新的消息︰隆武帝朱聿鍵被清軍抓獲。
原來朱聿鍵一行離開福州以後，沿海邊北進，趕往福寧州。這時清軍的兵鋒己經到達離福州不足四十里的竹琦鎮。但于鄭芝龍將所有軍隊幾乎全都帶來，因此朱聿鍵等一行對清軍實際已經接近了自己，還一點都沒有查覺到。
而這時朱聿鍵身邊只有鄭成功留給他的不到五百名士兵保護，而在這樣的情況下，朱聿鍵還帶了大批籍和宗室、內待、宮人、隨駕官員一起出，根本沒有輕裝前進。結果一行人走得極慢，走了一天才到達羅源縣，連福州府境內都沒有走出去。
就在朱聿鍵剛離開福州不到兩個時辰，覺羅巴哈納就率軍攻入了福州，從投降的官員那里得知朱聿鍵己經北逃，準備進入浙江去投奔商毅。覺羅巴哈納當然不知道，商毅根本就沒打算接納朱聿鍵，再他看來，現在商毅本來就己經很難對付了，如果讓朱聿鍵逃進浙江，讓商毅獲得了擁立皇帝的正統名議，說不定就能以此號招整個南方，共同來抵抗清軍。因此說什麼也不能讓朱聿鍵進入浙江。
于是覺羅巴哈納也連夜派人飛報駐守在邵武府的尚可喜，讓他立刻出兵攻佔建寧、政和等地，封鎖住從福建通向浙江的各條道路。而自已也帶領著人馬，從福州出擊，追擊朱聿鍵一行。
而朱聿鍵尚不知大難就在眼前，當夜就在羅源縣休息，因為隨行攜帶的東西太多，因此朱聿鍵在晚上招見羅源知縣吳德操，讓他招集民役千名，馬驢牲口二百匹听用。但這時羅源縣的百姓听說清軍殺到福州府，早就嚇待四處逃竄，誰還願意給朱聿鍵當民役，而馬驢牲口更是一匹都找不著，結果到了第二天，吳操也只能兩手空空來見朱聿鍵交差。
朱聿鍵自然不高興，正要申訴吳操幾句，就在這，隨行的忠誠伯周之藩來報，清軍己經追來了，離羅源縣已不足十里。朱聿鍵聞迅之後，也不由大驚失色，也顧不得再責備吳操，趕忙帶著曾皇後、沈嬪、陳嬪，在大學士何吾騶、忠誠伯周之藩、給事中熊偉、錦衣衛陸昆亨等人的保護下，出城向北狂奔。其他的隨行官員、士兵、內待等等也都作鳥獸散了。
何吾騶十分滑頭，估計跟著朱聿鍵一起沒有好結果了，因此假裝墜馬垂死，然後在山林里躲了幾天，從小道逃脫，返回自己的原籍廣東。而朱聿鍵一行慌不驛路，逃進了霍童山里，結果朦頭轉向，分不出方向來。
而在一天之後，覺羅巴哈納率領大軍趕到，分兵搜山，在一處山凹中現了朱聿鍵一行，結果朱聿鍵、曾皇後、沈嬪、陳嬪都被清軍抓獲，周之藩、熊偉力戰而亡，只有陸昆亨殺出了重圍，僥幸逃脫。
雖然這時鄭成功終于在泉州府一帶招集到一批人馬，並且找到十幾艘大船，沿著閩江溯江而上，想到解救朱聿鍵，可惜遭遇到清軍的大軍，被一戰擊敗，只好退回到安平城。
覺羅巴哈納帶著抓住朱聿鍵一行返回福州時，勒克渾、洪承疇也都到達福州，同時在福建被抓的明朝宗氏還有陽曲王朱盛渡、西河王朱盛佺、松滋王朱演漢、西城王朱通簡等人，在幾天以後，都被勒克渾下令，就在福州一同處斬。
南明的隆武朝廷，也被清軍滅亡。
隨後清軍乘機進軍，又連續佔領福寧州、汀州府、興化州、漳州府等地，整個福建省只剩泉州府一地還未被清軍佔領了。
福建省雖然不能和浙江、廣相比，也算是中國比較裕的地區，由其是福州，也是中國古代主要的對外貿易港口之一，加上鄭芝龍在這里經營了多年，因此雲集了不少商人，富豪之家。而且這時朱聿鍵也已被抓，鄭芝龍又有投降之意，整個福建也算是大局己定，于是勒克德渾也下令在福建搜刮財物、糧食、物資供南京所用。
于是清軍立刻在福建省境內燒殺搶掠，無惡不做，無所不為，一開始還是在州府縣城里面，但很快就展到鎮鄉村落之中，只要是稍反抗，動輒就將全村、全鄉的人都殺光。不少地方都被清軍屠殺殆盡了。
在短短幾天的時間里，清軍也立刻掠奪到了巨額的財富。雖然洪承疇也知道，這樣的掠奪方式無異于飲鴆止渴，但一來這是清軍的傳統，二來南京的財政確實十分緊張，就連北京都盯著南方，因此也就默然不語。
而就在這時，鄭芝龍寫信給洪承疇，大台老少牢騷，認為自己將軍隊都撤出險要，讓清軍得以順利進軍福建、並擒殺了朱聿鍵，己經表現出了足夠的誠意，而清軍現在還對自己步步緊逼，做得實在太過份了。