攻下了鎮江府之後，商毅也終于收到了跨海突襲艦隊攻佔盛京的消息，同時也知道山東戰區的跨海突襲的第二階段己經開始。!。
雖然現在還不知道登陸京津地區的結果如何，但這個消息也己經使杭州統戰部的人員興奮不已，因為攻佔了盛京，也就意味著跨海突襲行動終于取得了成功，清廷早晚都將會撤軍北返，因此南方的局勢也即將發生大的轉拆變化，而商家軍收復南京的計劃，也大有成功的機會。
當然現在跨海突襲的行動也可以向各地的商家軍公布，以提高各部軍隊的士氣，同時這也是向整個南方宣揚商家軍輝煌戰績的大好機會，畢竟這次的勝利不同于以前，商家軍攻佔的是清廷的舊都。雖然暫時還不知道南方各地的反應，但在江浙一帶，商家軍的所有部隊得知了這一消息之後，也無不歡欣鼓舞，士氣大漲。
而商毅也立刻下令，開始實施收復南京的第二階段軍事行動︰首先命令長江艦隊出擊，向軍的水軍發動進攻，徹底封鎖南京段長江的江面。
同時又命第三軍駐守鎮江，第一軍和第七軍聯合出兵，進攻寧國府，第二軍也抽調兵力，進駐和州，準備渡江攻擊太平府，對南京形成徹底的合圍之勢。
商家軍奪取了鎮江府之後，長江艦隊就駐汨在儀真到高資鎮一帶，對南京虎視眈眈。而清軍的水師在一次戰敗之後，也退守進龍山船場，這時清軍在龍山船場里還有一百五十多艘戰船，另外在九江鄱陽湖一帶，還有約二百余艘戰船。不過現在清軍的水軍都不敢再出擊向商家軍進攻，而且全部采取守勢。但商家軍因為等待北方的消息，也沒趁勢再發動進攻。
同時商毅和黃震等人經過開會討論，又下令調海軍部第五分艦隊進入長江口作戰，以增援長江艦隊的戰斗力。因為長江艦隊目前也隸屬于海軍部，而且黃震現在還是海軍部的副統領,因此這樣的兵力調動,以及在指揮都並不存在什麼問題。
接到了商毅的命領之後，黃震也立刻下令，長江艦隊出擊，向南京發動進攻，這一次進攻，仍然是以長江艦隊的第一分艦隊為先鋒，指揮官何濱將艦隊分為兩隊，第一隊有三級巡洋艦一艘，四級驅逐艦七艘，五級護衛艦四艘，共計十二艘戰船，首先向龍山發動了進攻。
自從洪承疇和多鐸聯名向北京發回公文之後，洪承疇離開南京，繼續到黃州督戰，而多鐸暫時還留在南京，靜觀局勢的變化，鎮江被商家軍收復之後，雖然這時多鐸和洪承疇都還不知道清廷己經打算放棄南京，但也能意識到，現在南京的局勢確實很危險了，于是也開始做好南京失守以後，清軍退守到武昌府的準備。這一點到是和多爾袞的想法不謀而合。
而且因為直到這時長江航道始終還保持著通暢，而商家軍對南京的合圍也沒有完成，因此清軍的撤離工作也做得不慌不忙，南京本是清廷平定南方的大本營，因此也聚集了不少的物資錢糧，現在清軍要放棄南京了，這些物資錢糧自然也都要轉移走，而且在前一階段清軍連繼攻取了湖南、江西、福建、廣東等地，又新收降以及抓獲的一大批明朝宗室和官員，當然也都要帶走。
于是多鐸首先下令將南京的財產、物資、以及明朝的降官、包括被軟禁在南京的鄭芝龍一族，做為第一批撤離人員，當然其中也還有多鐸在南京搜刮的私人財產和幾個美女。分為水旱兩路，水路運送的是物資財產，而陸路走的則主要是人員。首先向武昌府轉移，然後從武昌府渡江北返進京。
陸路的部隊因為人數不多，因此也準備得較快，由固山額真尹拜圖帶領著五千人馬押送,首先從南京出發，沿長江向西行進。
而水路是要運送物資錢糧，清軍出動一百多艘船只，其中運輸船有八十余艘，護航的戰船有三十余艘。清軍的戰船多是用商船、貨船改造，而且經歷了兩場水戰之後，小船基本都燒完了，現在留下的多數三百料以的大船，而且還有十余艘四五百料的大船，因此運輸量也頗為可觀。
但就在清軍的船隊準備從南京啟航的時候，正好商家軍長江艦隊從長江向清軍發動進攻的時候，何濱正帶領著前部的十三艘戰船向龍山船廠這邊行駛過來，得知這時清軍的船只都停泊在南京金川門一帶的江面的碼頭，正在裝船出發，因此何濱也立刻下令，各船排成一列縱隊，向清軍的船只發動進攻。同時又派小艇向後面的第二批艦隊下令，讓他們迅速趕來參戰。
商家軍的艦隊突然殺到，也確實令清軍有些措手不極，好在是水軍統領劉夢蛟經過了二次水戰之後，到是有了些經驗，因此立刻下令，命準備好的三十余護航戰船立刻出擊，迎擊商家軍的戰艦，為運輸船隊爭取時間，然後又催促在碼頭裝船的各船立刻啟航出發，裝好貨物的船只直接向武昌進駛，到武昌去听候命令，而沒裝貨的船則駛回龍山船廠內停泊。
雖然劉夢蛟的命令下得沒錯，但執行起來，卻是一大堆問題，因為並不是所有船只都能在第一時間收到命令，結果有的船收到命令，立刻揚帆啟航出發，而有的船卻還在自碼頭駛進，結果互相撞在一起，前進不得。同時還有不少船只正在裝船中，水手船員都還沒有到位，雖然撤了跳板，但卻沒法出航，另外還有不少只裝了一部份貨物的船只，也不知自己該是返回龍山船場，還是該駛向武昌，只能派人來向劉夢蛟迅問，也把劉夢蛟給忙得焦頭爛額，情急之中，也下達了不少錯誤的命令，結果把本來就己經有些混亂的局面弄得更亂。真正順利離開碼頭駛走的船只其實沒幾條。
而就在碼頭亂成一團的時候，忽然有人大叫了一聲︰「商家軍的艦隊殺過來了。」
話聲未落，只听「嗖嗖嗖」的破空之聲傳來，緊接著就是「轟——轟——」的爆炸聲響起，碼頭頓時陷入一片硝煙迷霧之中。
盡管這一次商家軍出戰的只有十三艘戰船，但都是火力齊備的戰船，而軍只有三十余護航的戰船，那里是商家軍對手，也無法阻擋商家軍的艦隊的突擊，因此迅速被商家軍的戰船殺入自已的船陣中，左右舷的火炮輪流開火猛攻，加霹靂火箭亂舞飛射，打得江面水柱四起，斷桅斷板亂飛。不一會兒清軍的戰船就被擊沉了十余艘，而其他的戰船也都被打得向兩側躲逃。
商家軍的艦隊也趁勢沖過清軍護航戰船的阻擋，殺到了碼頭來。在江面橫向排開，以側舷對準碼頭，首先是一陣霹靂火箭發射，隨後就是開炮猛轟。
這時在碼頭，清軍的整個船隊也立刻亂成了一團。有的船被霹靂火箭擊中起火，也有被炮彈擊裂船舷，進水下沉。而其他的船只也都慌不擇路，四散亂行，雖然有少數船只僥幸從戰場跑少出去，但大多數船只都在混亂果互相擁擠、沖撞，反到是把自己堵得無法動彈，而火勢也互相蔓延，結果著火的船只也越來越多。
而隨後第一分艦隊剩下的十二艘戰船也立刻出動，加入到戰場中來，趁著清軍船只混亂的時候，向清軍發動更為猛烈的攻擊。清軍這時己全無抵抗之力，船只被一艘一艘的擊沉。
與此同時，黃震接到了何濱的報告之後，也立刻下令，第二、三分艦隊和海軍第五分艦隊馬出擊，投入到戰場中去。不過等商家軍的大隊船隊趕到戰場的時候，戰事己經接近尾聲，清軍的船只己被打得傷沉過半，除了少數逃向武昌方向，其余的船只都退進龍山船廠中躲避。
這一戰結束之後，商家軍一共擊沉了清軍各種戰船四十三艘，俘虜十六艘，船的物資也全都成為了商家軍的戰利品，而商家軍自身，僅僅只被擊沉了二艘護衛艦，另外有三艘船有一定的損傷。不過在混亂中，清軍也有十二船僥幸逃出了戰場，向武昌的方向行駛而去。清軍逃入龍山船廠逃避的船只，己不足五十艘。
取得水戰的勝利之後，黃震到並沒有急著對龍山船廠發動進攻，因為這時清軍在南京地區的水軍實力己經十分弱小，對商家軍基本構不成任何的危脅了。而且立刻做出布置，命令長江艦隊第一、二分艦隊逆江而，趕到和州一帶泊駐，一方面是揭制住南京的游，防備清軍從九江方向趕來救援南京，另一方面也是幫助第二軍渡江，攻取太平州。海軍第五分艦隊和長江艦隊第三分艦隊則仍然駐守儀真、高資鎮一帶，這樣也就徹底封鎖了從和州到儀真這段距離的長江水道。
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