就在鰲拜率軍突襲聚寶山的時候，南京城的外圍，激烈的攻防戰還在緊張的進行著，一直到下午四時許，商家軍還是沒能攻破南京的城牆，而在商家軍主攻七個城門一帶，無論是城還是城下，都堆滿了雙方士兵的尸體，到處都留下了戰斗之後的痕跡。!。
這時正在正陽門督戰的多鐸，卻呆呆的看著眼前，頸項間的血跡尚未全干的人頭。
雖然己經死了，但雙目仍然怒瞠，須長皆張，確時還有幾分活著時候的威猛氣慨。這是鰲拜的人頭，是剛剛商毅派一個俘虜送到南京城里來的。
雖然明知道鰲拜的這次出擊成功的可能性不大，但多鐸依然還是抱有一絲幻想，而且覺得鰲拜的這次襲擊，至少也能使商家軍的攻勢緩一緩，但多鐸完全沒有想到，商家軍的攻勢絲毫也沒有受到影響，從送鰲拜人頭的那名清兵口里得知，商毅根本就沒有調進城的人馬回防，只憑著聚寶山留守的人馬，就幾乎將清軍打得全軍覆沒了。同時多鐸最後的希望，也完全破滅了。
而對于其他的清兵來說，在這個時刻，滿州第一勇士的人頭被送對手送回到南京城來，也不並于又是一個沉重的打擊。
就在這時，一個士兵勿勿來到多鐸的面前，道︰「豫親王，石城門己經失守了。」
多鐸的身子一震，這才把目光從鰲拜的人頭轉移過來，道︰「什麼？」
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下午三時左右，商毅指揮留守聚寶山的士兵，殲滅了清軍偷襲人馬的消息，也通告到其他各軍，而各支部隊得知這一消息之後，都不由軍心大振，進攻也更為猛烈起來。畢竟自己的總指揮受到了清軍的襲擊,任誰心里都不會好受。因此都攢足了一口氣，決心在今天一定要攻進南京城里去。
到了下午四時，第二軍第七師的十八團率先攻開了石城門。成為商家軍中第一個突破南京城牆，殺入南京城中的團級編制。
其實在昨天的攻城戰斗出，第二軍就己經釆用爆破方式，炸開了石城門的城門板，但清軍對此也早有對策，立刻用土袋，刀車等等物品，將城門洞給堵死，又派遣了二百名火銃兵，死死守住了城門洞，商家軍連續發動了六次進攻，都沒能攻破清軍設在門洞的防線，反而戰死了近五百多的士兵，整個城門洞里，幾乎都被商家軍士兵的尸體給填滿了。
晚雙方罷戰之後，而羅遠斌回去總結戰斗，認為還是要從城門處打開缺口。但清軍已連夜趕工，連修了三道木柵牆，將門洞又給封了起來，因此在第四天的戰斗中，商家軍必須對城門洞進行重新爆破。
好在是畢竟是趕工修起來的東西，堅固程度當然遠遠不及原來的城門，盡管清軍連修了三道木柵牆，但商家軍也連續進行了三次爆破，硬是又一次把城門給炸開了。但清軍早就在城門後面布置好了陣地防守，因此商家軍連續進攻二次，仍然無法突破。
見清軍的防守頑強，而重型火炮這時也運不來，無法轟開守住城門洞里的清兵，于是羅遠斌也下令，使用三六型霹靂火箭發射箱，就在城門洞不到二十步的地方，對準城門洞里發射。
商家軍連續發射了兩個三六型霹靂火箭發射箱，將七十二支霹靂火箭全部都發射到城門洞里，隨著霹靂火箭爆炸之後，火油在城門洞里四處亂濺，並且立刻熊熊燃燒起來，而守衛城門洞的清軍被炸死一些，另外還有不少人身都被點著了，被燒得「敖敖」亂叫，遍地打滾。而其他士兵那里還敢在城門洞口堵著，立刻四散逃開。
盡管石城門的城門洞的防線被打開，但這時城門洞里還燃燒著大火，因此商家軍還是無法從城門中突破，而如果再稍遲一會，清軍也就又要在城門洞重新布置好防線了。
而就在這時，擔任突擊隊的十八團的士兵們忍著十一月的寒冷氣候，跳到護城河將全身浸濕，然後一頭沖進了大火中，硬是從火海中突破了石城門，殺進了南京城中。而這時軍正準備重新組織防線，見商家軍的士兵一個一個從火焰中沖了出來，都有些措手不及，因此一下子被商家軍刺殺了十幾個人，等其他人反應過來的時候，己有近百名商家軍的戰士沖過了石城門，雙方立到在城中展開了激戰。
趁著這個空檔，後續的士兵也立刻將棉被浸濕，然後鋪在城門洞的地面，居然從大火中鋪出了一條路來，隨後陸續沖進了南京城中。
這一下沖進城里的商家軍戰士陡然增多了起來，而且開始用火槍射擊，用手榴彈亂炸，而清軍頓時就抵擋不住，只能向南京城里退去。而率先攻入南京的十八團在後來也被商毅正式授予「南京團」的稱號。
見終于突破了南京城的城牆，羅遠斌也不禁大喜，一面指揮士兵，在石城門附近立刻組織陣地防守，把好不容易才奪下來的城門守住，一面又派出十三旅，從南京城里，去增援三山門的進攻。
這時商家軍和清軍在三山門也爭奪得同樣激烈，商家軍己有兩個突擊連攻了三山門的城牆，正和清軍拼命廝殺著，一時打了個勢均力敵，但就在這時，十三旅從軍的背後殺了來，清軍月復背受亂，頓時也支持不住了，只能向城里敗退。
就在第二軍攻開了石城門、三山門僅僅半個多小時之後，進攻南京北面的神策門和太平門的第三軍，也取得了突破成功。
因為昨晚祌策門也被商家軍爆破，守衛神策門的清軍做得更絕，不僅在城門洞里也修好了三道木柵，而且在每一個道木柵之間還填滿了土袋，幾乎完全把神策門給堵死。
而楊武丞對此，也同樣釆用連續爆破的方式，商家軍一共在神策門的門洞里實施了五次爆破，硬是將什麼木柵、土袋給一點一點的炸開，由其是最後一次爆破，商家軍一共填進了二千五百多斤炸藥，將這一戰帶來所有爆破炸藥全都用了。
結果在驚天動地的一聲巨響之後，別說是城門洞，就連城樓都給炸塌了一大半，一百多名清軍連同數十塊大石頭都被震得飛了天，而在城樓附近的二三百多名清兵都被震得口鼻耳孔出血，有一多半的人連內髒都被震碎了。包括十幾名以為退到了安全距離的商家軍士兵都沒有幸免。
第三軍的軍長楊武丞雖然在數百步以外看著，但也覺得山搖地動，險些都沒有站穩。雖然說商家軍在進攻廣州時，也用過爆破攻城戰術，但那一次是釆用坑道爆破，動靜也遠沒比現在大，因此楊武丞也看直吐舌頭，早知是這個效果，昨天就該多用一些炸藥，說不定現在都已經戰領南京城了。但他到底是見過大場面的人，立刻就反應了過來，趕忙下令，立刻的神策門發動進攻。
雖神策門被炸塴之後，還是留下了一堆數丈高的碎石破磚山丘，但己經不像是城牆那麼不可逾越了，商家軍的士兵們立刻舉著刺刀，從碎石破磚山丘沖進了南京城。其實這時在神策門還有數千名軍守衛，商家軍想完全奪取神策門，還要費一番功夫。
但剛才那一聲爆炸的威勢力實在是太過驚人，把在場有不少清兵都嚇得目瞪口呆，腦袋里是一片空白，一時間把什麼都忘記了，讓商家軍十分輕易的就爬過了碎石破磚，殺入南京城中，有不少清兵等商家軍沖到了自已身邊，才反應過來。結果不是被殺就是當了俘虜。而有一些反應快的，但也喪失了抵抗的意志，向城里逃去。
緊接著楊武丞又攻破了太平門，到了這時，南京城己有四座城門被商家軍攻破，南京城牆被視為是南京城最堅固的一道防線，實際也只堅持了兩天的時間。
而能夠在這麼短的時間，就攻破堅固的南京城牆，很大程度也是因為商家軍釆用了炸藥爆破戰術，成功的將城門炸開。如果是在正常的情況下進行城牆攻防戰，商家軍至少還需要再花費幾倍的時間，損失更多的兵力，才能夠攻開南京的城牆。因此也在一次證明，進入火器時代之後，大部份的傳統戰術觀念，都己經過時了。
盡管這時清軍還守著聚寶門、通濟門、正陽門三門，但多鐸也明白，南京城牆防線，實際己經全線崩潰了。因此多鐸也立刻下令，放棄聚寶門、通濟門、正陽門三門，神烈山防線，全部清軍都退進南京城里防守，和商家軍進行巷戰。不過多鐸心里也十分清楚，戰事進行到了這一步，這一次守衛南京城的戰斗，己經無限的接近了全面的失敗。自已也離死亡越來赳近，現在做的其實不過是垂死掙扎而已。@