陳碩真見機不可失，便和她妹夫等人的支持下，暗中在農民群眾中宣
陳碩真傳和組織，講解只有反抗才能生存的道理。窮苦百姓早想和官府抗爭了，現在見陳碩真等人出來組織，沒有人不願意參加的。
幾個月後，陳碩真聚集了成千上萬的農民正式起義。為了表示要和唐朝抗爭到底，便自稱「文佳皇帝」，建立了農民政權。義軍雖然到處英勇作戰，但他們畢竟是新隊伍，缺乏作戰經驗，同時唐軍軍力強大，人馬眾多。陳碩真和她許多的部下最後都在睦州一役中被亂箭射中，不幸被俘，最後都被殺害了，這場起義也就失敗了。
率眾起義
陳碩真原本的職業或許是當地的巫女，道姑一類。據說她在起義前為了擴大影響，曾經自稱馬上要羽化登仙，與自己的鄉鄰訣別，準備隱居一段日子後再以「神仙」的面目出現。不過她的運氣不太好，剛剛躲起來沒多久就被人告發，被官府抓了起來。
然而奇跡就在這時出現了。本來，陳碩真行這種江湖騙術，又有苦主告發，屬于證據確鑿一類，免不了要蹲大牢的。可是根據史書記載，官府居然以問不出口供，證據不足將其立即釋放了。這就很讓人懷疑她到底用了什麼手段才得以月兌逃。一種情況當然是她踫上了一個青天大老爺。可是從不久後她起兵群眾紛紛響應來看，當地官員決不會是什麼明鏡高懸的人物。另一種可能是她的同黨賄賂了當官的將她營救了出來。不過從時間上看也不對。因為陳碩真被抓的時間很短，也沒有吃什麼苦頭就被釋放了。第三種可能性就是陳碩真是個大美人。大美人對付大男人總是有自己的優勢的。當然史書上沒有記載，這只是猜測而已。
陳碩真被釋放後，她的姻親章叔胤立即到處宣傳陳碩真已經從成仙從天界重回人間，現在法力無邊，變化莫測，能夠驅使鬼神，並顯示種種神跡。這番宣傳非常有效，陳碩真周圍很快就聚集起了一大批信徒。
本來，利用迷信來鼓動群眾起事並不是陳碩真的首創。漢末黃巾起義的領袖張角就利用「太平道」來組織群眾。所謂的種種「神跡」，多半是騙術加魔術。但是陳碩真的問題是她行的這種江湖騙術已經被揭穿過一次，而且苦主就在當地。陳碩真要在當地繼續傳教，這是個一定要克服的困難。我們不知道陳碩真用了什麼辦法，從後來連官軍也認為她的確有神力的情況來看，她用的方法一定非常成功，讓敵人都堅信不疑。大概美女的說服力總比臭男人要強得多吧。總之，陳碩真雖然不是第一個以傳教起家的農民起義領袖，卻是第一個造反的女教主。這一點對後世的影響很大。後世的唐賽兒，王聰兒，王囊仙，林黑兒等都是以這種方式起家的。
陳碩真的影響傳播的很快，不久方圓百里之內的百姓都趕來向她頂禮膜拜。于是陳碩真認為時機已經成熟，永徽四年（公元653年）十月初，陳碩真正式起兵。她起兵後立即建立政府組織，自稱為「文佳皇帝」，任命章叔胤為宰相（僕射），童文寶為大將。人們不知道「文佳」是什麼意思。有可能是國號，也有可能是陳碩真所屬的道教系統中的一種尊稱。
兵對朝廷
陳碩真和章叔胤兵分兩路，章叔胤領兵攻佔桐廬，陳碩真自己率軍兩千攻佔睦州治所及於潛縣城。陳碩真能夠以區區兩千人馬就攻陷睦州首府及所屬諸縣，頓時震動朝野。睦州各地的百姓群起響應，起義軍很快發展到數萬人。于是陳碩真乘勝進攻安徽，攻打歙州（今安徽歙縣）。歙州防守嚴密，陳碩真雖然聚集了幾萬人，但大多是沒有受過軍事訓練的烏合之眾，又沒有攻城器械，歙州久攻不下。
這時起義的消息終于傳到長安，唐高宗李治命令揚州刺史房仁裕率兵圍剿。不過這時起義的主戰場已經不在安徽而轉到了婺州（今浙江金華）。原來陳碩真佔領睦州後就命令大將童文寶領兵四千奔襲婺州。不料婺州也是一塊難啃的骨頭。
當時任婺州刺史的是崔義玄，此人是隋末的英雄人物之一。先投奔李密，未受重用，改投李淵，史書上說李淵多次采納他的計策，算得是個身經百戰的智將。唐朝建立後，積官至婺州刺史。他接到童文寶前來的警報，立刻集合部將準備發兵抵抗。不料手下諸將懾于陳碩真的聲威，紛紛勸說他放棄抵抗，說︰「陳碩真是真的有神靈護體，敢與之對抗的一定會被滅族。」誰也不敢出兵。這時，崔義玄手下的考勤參謀（司功參軍）崔玄籍說︰「順天心合民意的起兵，有時尚且不能成功，陳碩貞不過是個有點法術的女人，一定堅持不了很久。」崔義玄聞言大喜，立刻任命崔玄籍為先鋒，自己親自統帥大軍抵抗童文寶。陳碩真听說婺州戰局不利，就退出歙州，率領主力增援童文寶。雙方主力在下淮戍(桐廬縣東二十五公里)相遇，陷入了僵持狀態。
古代作戰最講究的就是士氣。「曹劌論戰」的故事想必大家都知道。士氣高昂的一方往往能夠輕易擊敗士氣低落的一方。陳碩真的大多數部隊雖然是烏合之眾，但是由于大家對
陳碩真陳碩真的「神力」深信不疑，所以雖然沒有受過軍事訓練，但是士氣高昂，打仗不怕死。而政府軍中的大多數人也相信陳碩真有「神力」所以裝備雖然精良卻士氣低落。此消彼長之下，自然打成一個平手。
可是老天好像不太願意幫陳碩真的忙，相持幾天之後，忽然有一顆隕星墜落在陳碩真的大營中。崔義玄不愧是智將，立刻大造輿論說這就是陳碩真的將星隕落，陳碩真必定滅亡。以一種迷信組織起來的群眾是很容易被另一種迷信所迷惑的。不知道陳碩真就這顆隕星向部下作了何種解釋。但是崔義玄統帥的政府軍軍心大振是肯定的。而起義軍方面顯然沒有把這顆隕星當作吉兆。在隨後的決戰中，起義軍崩潰，數千人被殺，數萬人投降。陳碩真撤往睦州。崔義玄乘勝追擊。追到睦州時正好房仁裕的大軍也趕到了。于是陳碩真被前後夾擊，苦戰之後，全軍覆滅。
死亡傳說
至于陳碩真的死，也有個傳說。當起義軍最後被圍困在一個山頭上時，陳碩真立馬山頭，回顧左右，義軍已經所剩無幾。她揮舞雙劍，準備再沖下山來。房仁裕和崔義玄卻指揮官兵萬箭齊發，山頭上一時箭如雨下，陳碩真舞動雙劍，遠遠看去只見兩團白光，護著全身。房仁裕和崔義玄看看亂箭不能射中陳碩真，就命令官兵輪番向那兩團白光射去，不要間斷。陳碩真胸月復連中數箭，山頂的兩團白光，慚漸收斂了。忽然天邊一片閃亮，飛來了一只巨大的鳳凰，陳碩真就騎上了鳳凰，騰空而去。于是，那山現在就叫「落鳳山」。
美麗的傳說寄托了人民對起義軍的同情和懷念。陳碩真作為古代勞動婦女的杰出代表，永遠載入了中華民族的史冊。
當然，這個傳說虛構的成分很大。陳碩真在突圍過程中中箭負傷多半有之，但是卻沒有戰死，而是被俘了。崔義玄用酷刑將她處死。她受的是哪一種刑，現在已經不可考。有些演義小說中說其被凌遲處死，這是經不起推敲的。凌遲是後世通用的處死謀反者的刑罰。但凌遲一刑作為正式刑罰要到幾百年後的五代才出現在遼國。五代之前對于謀反和大逆不道者多用車裂和腰斬。根據《新唐書。刑法志》的記載，隋朝以前死刑有五種「罄，絞，斬，梟，裂」。唐朝時減少為「絞，斬」兩種。這里的「斬」不是砍頭而是腰斬（梟才是砍頭）。謀反是滅族大罪。正史上的記載，崔義玄俘虜陳碩真後將其腰斬。如果屬實的話，陳碩真是死在極度痛苦中的。蓋腰斬之後，雖然內髒流出，但是主要器官沒有受到損傷，人還可以活很長一段時間。但是野史中並不認為陳碩真是被腰斬的，只說崔義玄等人對其「甚辱之」。腰斬雖然痛苦，但是卻沒有凌辱的成分在內。（或許指的是陳碩真兩節雪白的嬌軀在血污泥濘中扭動的樣子？）陳碩真是當地百姓的崇拜對象，崔義玄在處死她之時將其當眾凌辱，估計有摧毀她的形象的目的。至于是何種刑罰，大概是一種肢解刑。唐朝之前和之後，對于謀反的人多用此刑。刑肢解時要剝光衣物，對女性要割去**，這對于陳碩真來說當然是極大的侮辱。另外有些記載中又說崔義玄凌辱的其實是陳碩真的尸體，這也符合肢解刑的特點。歷史上不少的女英雄就是死後尸體遭到肢解的。
二十五史中的新舊唐書對于陳碩真記載的都很簡短︰
《舊唐書》本紀第四高宗上︰冬十月庚子，幸新豐之溫湯。甲辰，曲赦新豐。乙巳，至自溫湯。戊申，睦州女子陳碩貞舉兵反，自稱文佳皇帝，攻陷睦州屬縣。婺州刺史崔義玄、揚州都督府長史房仁裕各率眾討平之。
《新唐書》本紀三高宗︰戊申，睦州女子陳碩真反，婺州刺史崔義玄討之。十一月庚戌，陳碩真伏誅。