經過一個多月緊鑼密鼓的調查取證工作，關于梁永案件的最後審理判決時機已經成熟。首先是都察院向刑部對梁永提出公訴。都察院認為，梁永案件的犯罪事實已經查清，證據確實、充分，依法應當追究犯罪嫌疑人梁永的刑事責任。
根據辦案手續，都察院將梁永案件的全部案卷材料移送到了刑部，包括梁永案件的人證、物證和書面證據等所有證據。
刑部對都察院對梁永的起訴進行了認真的審查。審查內容包括一下四個方面︰第一是對起訴意見書以及全部案卷材料和證據進行了全面、認真審查。辦案人員應閱卷審查，將起訴意見書認定的犯罪事實與證據相對照，審查犯罪事實的每個環節是否都有相應證據予以證明；將犯罪嫌疑人的各次口供相對照，以及口供與其他證據相對照，審查口供與口供之間，口供與其他證據之間是否一致；將犯罪事實與偵查機關認定的犯罪性質、罪名相對照，審查犯罪性質與罪名的認定是否正確；將犯罪嫌疑人的犯罪行為與有關法律規定相對照，審查犯罪嫌疑人的行為應否負刑事責任以及都察院的處理意見是否正確；第二是訊問犯罪嫌疑人；第三是听取犯罪嫌疑人、被害人和其委托人的意見；第四是進行了必要的核實和調查。
刑部為審理梁永案件做好了充分準備。首先，由于梁永案件的特殊背景，刑部請張居正滿朝薦兩位丞相重點抓這項工作。刑部組織了強大的法官團隊，參與會審的有包括六部尚書及都察院都御史、通政司使、大理寺卿的大九卿，有太常寺卿、大僕寺卿、光祿寺卿、詹事、翰林學士、鴻臚寺卿、國子監祭酒、苑馬寺卿、尚寶司卿等小九卿，有刑部的主要領導刑部尚書、刑部侍郎、刑部郎中、刑部員外郎、刑部主事等數十位刑部主要領導。
為了使審判過程體現法律的公正，由都察院指派一名官員以公訴人的身份出席法庭，支持對被告人所作的指控，並監督審判活動是否合法。
為了滿足廣大市民對親眼目睹刑部審判朝廷重犯的，在刑部大堂門外的小廣場一側建有用于公審大案的審判台，審判台上高懸著「明鏡高懸」的巨幅匾額。由數十位朝廷高級官員組成的法官團隊坐在高台上的法官席上。高台的兩側站立著數十位手持威風杖的威風凜凜的衙役。
隨著一陣咚咚咚咚的鼓聲響過，主審法官刑部尚書王之誥把驚堂木用力一拍大聲叫喚︰「升堂——噢——！」接著就看到由四名彪形大漢押著罪犯推推搡搡向著審判台走來，當到達高台的時候，罪犯幾乎是被衙役提著爬上高台的。
罪犯被押到公案右邊的被告席上，由于審判程序是先審原告，再審被告，王法官向跪在公案左邊原告席上由都察院指定的原告大聲喝問︰「原告，你有什麼冤情，仔細說來！」
原告不慌不忙，拿出由都察院起草的《關于梁永案件調查材料》大聲念道︰
梁永，原為御馬監監丞，隆慶五年，他被作為礦稅使派到陝西征收名馬貨物。本人告梁永十大罪狀︰
第一，目無國法，隨便收買違禁物品。事實如下；稅監是不統轄軍隊的，但梁永卻獨自養了五百匹戰馬。
第二，任意打死朝廷命官，並且封鎖案情。事實如下︰富平縣知縣王正志告發他的不法行為，被梁永知道，梁永把王正志關進私設的地牢，王正志被折磨而死。渭南縣知縣徐斗牛為官清廉，梁永卻責成他給自己送賄賂，並把吏卒鞭打而死，徐斗牛極其憤恨，氣得上吊自殺了。他們還用木棒打死了縣丞鄭思顏、指揮劉應聘、諸生李洪遠等人。梁永還企圖下毒毒死朝廷命官，監察御史余懋衡到陝西巡按。巡按御史是欽差，權力很大，梁永害怕了，讓樂綱下毒藥，差點把余懋衡毒死，于是余懋衡上告到都察院，都察院才對梁永進行了調查。
第三，梁永以兼鎮守太監的職餃，率領軍隊巡花馬池、慶陽各個鹽池，征收那些地方的鹽稅。從此便領著那些亡命之徒，打著旌旗傘蓋，帶著鼓吹的樂隊，在陝西各地巡行。
第四，盜竊古墓，嚴重破壞歷史文物。梁永指使下屬把各個地方歷代帝王的墳墓全部挖開，搜模里面陪葬的金玉。
第五，任意剝奪他人的人身權利，強行閹割了良家子弟數十人收為奴僕……
第六，利用稅官的特權，任意敲詐勒索以中飽私囊。除了額定的稅額外，又加收幾倍的增耗，單是從藍田等七個關，一年便得到了十萬倆銀子的非法收入。又接受了無賴胡奉的建議，勒索咸陽縣給冰片五十斤，羊毛一萬斤，麝香二十斤。
第七，放縱下屬攔路搶劫。咸寧縣有人在路上遭到搶劫，被官府衙役跟蹤追查，結果發現這些強盜是梁永的役吏。
第八，梁永以給朝廷收稅為名，放縱下屬橫行鄉里，魚肉百姓。為中飽私囊，橫加勒索，不擇手段。培植稅棍，抄家破門，抄沒財產。對無力繳稅者，或拘押，或虐殺，寧州阿大、慶陽煤窯礦工一十八人、花馬池鹽場灶戶大寶等均被其下屬殘忍虐殺，其慘狀不忍睹！
第九，縱容下屬任意婦女。在齊明、門山、臨戎、臨真、安平等地都有婦女被。
第十，縱容手下的樂綱、王九功、石君章、胡奉等流氓無賴任意搶奪百姓錢物，恣無忌憚地**搶掠，
念完梁永十大罪狀，原告看看梁永，然後把目光轉向主法官王之誥︰「尊敬的法官大人，本人發言完了。」
王法官把目光注視著被告大聲問︰「被告梁永，你對原告對你的控訴服還是不服？如果不服，你可以進行答辯。」
梁永低著頭沒反應。
「本法官再重復一遍︰梁永，你對原告對你的控訴服還是不服？」
梁永終于強打精神說︰「要說服，我梁永當然不服。你們只控告我梁永殺人，但是歷朝歷代的當權者誰不殺人。我梁永為什麼要縱容下屬殺人，道理很簡單，自古以來就一個道理，那里有反抗那里就有鎮壓。我梁永是稅官，對那些抗稅的鬧事者如果不殺一儆百，還成什麼體統。你老老實實繳稅我梁永殺你干什麼。我……冤枉！」
公訴人當即反駁︰「強盜邏輯！你梁永居然發明‘那幾有反抗那里就有鎮壓’的強盜邏輯！百姓們為什麼要反抗？活得不耐煩了無端找死？還冤枉？如果你梁永還冤枉，天下也沒有公理了……」
「十惡不赦的梁永，該殺！」觀眾中間有人大聲說。
「殺了十惡不赦的梁永！」
「梁永應該剝皮抽筋！」
「梁永應該五馬分尸！」……
證人席上一些準備作證的受害者親人一邊大聲痛罵一邊向梁永甩石塊，主事法官大聲阻止︰「不要亂來！不要亂丟石塊，大家不要嚷嚷，既然被告不提出答辯，說明被告對原告的所有指控都心服口服。好了，現在請大家安靜，听法官宣判！」
听說要宣判了，審判現場頓時安靜下來，大家最關心的最後宣判就要來到了，所有的人都注意力集中到主法官身上，只听到王法官用洪亮的男子嗓音宣布︰
「現在我宣布︰被告梁永，對原告關于十大罪狀的指控供認不諱，根據《大明律》關于侵犯公民生命權利的有關條款，關于侵犯公民人身自由的有關條款，關于政府官員貪污的有關條款，關于直接參與或者縱容下屬盜竊古墓和歷史文物的有關條款，判處罪犯梁永剝皮凌遲之刑罰。並將此判決交大理寺做最後核準。」
宣判現場沸騰了！廣場上沸騰了！人們等待著的一天到來了！人們用狂歡表示他們的高興，受害者用激動的喜淚表達他們的揚眉吐氣。