為了避免狹隘民族主義情緒影響未來的研究工作，需要先在注冊一家中華工業機械公司，由莉啊絲控股，聘華人買辦為經理。
由華人經理出面，來和學校商談組建研究室的事宜。對于這個舉措，張之洞的態度是樂觀其成、靜觀其變。孫元起則認為，只要他不反對，那就是肯定。
在孫元起的斡旋下，實驗室在光緒三十二年（1908）九月在湖北工藝學堂內成立，研究人員除了學堂汽機、車床等科目的高年級學生，還包括經世大學剛畢業的幾位學生。協議規定，公司負責采買設備和儀器，學堂負責研。研究出結果後，公司出資一次性買斷專利權和使用權。
籌建實驗室的同時，孫元起他也沒有放松對師範學校改革的積極關注。
接到學部的批復後，他迅組織劉師培、楊度、潘咸等人在內的師資考察組，先對各師範院校的老師進行篩選，把那些昏聵迂腐不更時變的老古董、胡言亂語大放厥詞的洋教習全部掃地出門，換上有文化有素質的新老師。經過這一輪整頓，學校面貌為之一新。
隨後，孫元起、劉師培等人又會同各科老師出題，考核所有在校學生，根據成績優劣，重新劃分年級，再根據愛好和特長分出專業。師範學校老師多，學生更多，這一番折騰，足足花費了近兩個月時間。
新官上任三把火，孫元起這把火不僅燒得學生們哭爹喊娘，原先的老師也是怨聲載道。作為罪魁禍，自己同樣被折騰得形銷骨立︰能進學堂當老師的老迂腐，至少都是舉人，身後少不了這樣的同年、那樣的朋友，一被裁員，立馬有無數親朋好友上門求情說項，希望網開一面︰能進學堂又不好好學習的後進學子，多半是官宦子弟，就等著拿資歷去混官途，好不容易熬到快畢業，結果突然被降成一年級，二十大幾歲又要從頭學起，還時刻有被勸退的可能，你讓那群紈褲情何以堪？
好在清末講究尊卑有序、師命如山，學生們只敢嘴上哭喊幾聲，還真沒人敢去總督府衙門口去靜坐︰孫元起的靠山也夠硬，被辭退的老師沒人去告黑狀、使絆子。
到了九月底，孫元起最後一次來到兩湖總師範學堂門口的那個小菜館，給李仲搔等幾個學生們講述物理，又告訴他們一些關于學習物理的方法技巧。臨末了才說道︰「听說，你們學堂已經改革完畢，換上了新的物理、化學老師，想來他們說得會比我好許多，你們跟著老師好好學習就可以。我還有事，以後就不來了。」。
學生早先听孫元起的口風，已經知道他最近會和大家說再見，如今忽然听見，仍覺得頗為傷感︰「任兄，你這就要走麼？」
「是啊！千里搭長棚，沒有不散的宴席。我在這里也盤桓了數月，應該走了！「和這群學生前後見面之後只有六七次，現在說要分別，孫元起依然覺得有些不舍。
李仲搔問道︰「任兄，你以前不說來湖北是考我們學堂的麼？這段時間，我們學堂沒有招生，是因為提學使孫大人正在整頓教務，所以耽擱了。不過不要緊，孫大人是國際上有名的大科學家、失教育家，他的改革只會讓學校變得比以前更好，我們大家都很期待呢！為何你現在反而說要離去？」
孫元起如今已是而立之年，但面相顯得很年青，尤其是在清末這個大環境里，別人頂多認為他二十四五歲。二十四五歲考學堂，在這個時候是一件再正常不過的事情。所以這群學生對孫元起編造的理由篤信不疑。
「是啊、是啊！任兄你的英語、物理、化學、數學都這麼好，隨便輔導幾回，我們就能在學堂考試位列前茅，如果你考我們學堂，一定沒問題的！「其他學生也應和道。?
孫元起擺擺手︰「我還有別的事，就不打算考學堂了。只是這次師範學堂改革，你們真心覺得如何？」
「很好呀，我們都很支持改革呢。」其中一位叫董賢綜的學生說道，「現在的學堂，才真是學婆。以前的學堂就是放牛班！「
「改革之後，老師更好！大家更想學習！最近，大家嘴里最常念叨一句詩就是「提學來，十字街頭無秀才︰提學去，滿城群彥盡沉醉」哈哈哈。」
「據說新老師是孫大人從經世大學請來的，連工藝學堂的老師都一塊兒換了！「
听了學生們七嘴八舌的議論，孫元起覺得此次改革的精力沒有白費，大為欣慰︰「既然這樣，大家要更加努力地學校，爭取學業早日有成。」
李仲搔見孫元起去意已決，便問︰「不知任兄此次一別，何日才能再見？」
「這可說不好。如果大家有緣，相信還會再踫面的。」孫元起答道，「對了，未來你們學成之後，都有何打算？」
幾位學生對視一眼，才由李仲搔說道︰「我們要用自己所學，去構建一個自由、民主、平等、博愛之新中華。」說罷，雙目緊盯孫元起。
孫元起素知湖北在張之洞的積極推動下，社會風氣開化，以至于編練的新軍、學堂的新學生成為後來辛亥的主力軍。听聞李仲搔所言，自然絲毫不覺吃驚，只是點點頭︰這小子和其他新學生沒啥兩樣，腦袋後邊都有反骨。
見孫元起臉色沒有絲毫異常，董賢棕又補充道︰「我們應該為國為民，反、求民主，反封建、求民權！「
不就是要造反麼？
孫元起心中了然，當平點點頭，「嗯「了一聲。
其余幾個學生見孫元起如此，仿佛找到知音，接著齊聲說道︰「我們要驅除韃虜，恢復中華！「
話音剛落，包廂的門簾被人粗暴地掀開，闖進一個衣裝不整、滿臉橫肉的家伙︰「幾個小兔崽子居然敢造反？跟爺見官去！「說著就要上來抓人。
董賢綜有些吃驚，連忙站起身，喝問道︰「你干什麼的？」
「爺是武昌縣衙！「那人一臉匪氣，「識相的，趕緊乖乖地跟爺去衙門。否則，哼哼！「
孫元起這時候轉過臉，冷冷地看了一眼這個半官半匪的流氓，沉聲斥道︰「出去！「
所謂「居移氣，養移體「孫元起為官多少有段日子，這麼一呵斥，那人果然膽怯。再看屋里還有五六個小年輕，大有捋袖子過來群毆的架勢，嚇得連忙灰溜溜地逃走了。見此情形，諸人齊聲大笑。
李仲搔怕孫元起擔心，還解釋道︰「任兄不必擔心，董兄可是有秀才功名的，便是武昌縣令來了，也不能拿我們怎麼樣！「
「不錯，只有提學使才能革除秀才功名，他們不能對我們怎麼樣！再說，我們在提學使司衙門里也有人，才不用怕他們呢！「另外一人補充道。
孫元起大驚︰自己衙門里居然也有黨的釘子？當下便問︰「你們如何會在學使司衙門里也有人？」
李仲搔道︰「好教任兄知道，我們有個小團體，喚作日知會，會員個個都是些志士，遍布湖北軍、政、學各界。如果您有興趣，改日可到高家巷的聖約瑟堂內尋我們！「
幾個人又大致介紹了一下日知會的情況，諸人正準備起身離去，就听見門外一陣雞飛狗跳。沒來得及出門看，包廂里就涌進了七八個抬槍舞刀的混混，齊聲喝道︰「不要走了反賊！