對于好不容易拿下的小日本，朱顯波當然不願意輕易放棄了，加上各地的殘余軍閥並沒有完全消失，朱顯波值得陸續派朝中大臣前往大阪、京都各地。對于很少有海外殖民經驗的大明朝廷來說，一個倔強的崛起中的日本是很難馴服的。
緊接著祖大壽被任命為日本總督，全權代理日本事務，出發之前，朱顯波特意將祖大壽召回京師當面叮囑。
「祖愛卿，此番前去日本比你和袁崇煥將軍在遼東所面臨的局面還要更加復雜和困難，朕希望你多和當地大族搞好關系，同時時刻隱秘監控各地方勢力，對于岐阜、長濱。小田原等地的鐵炮鑄造所要嚴密監控，能撤的要下令撤掉。對于安東、江戶、房總等水軍能收編的收編，不能收編的要盡快遣散。」
「對于島津、伊達等大名要實行拉攏政策。特別要防範那些里所的忍者，還有各地比較有實力的商人如島井宗室、角倉了以等要向他們做出相應的承諾，主要是保障商道通暢和稅賦穩定。實在不行，朕就將訓練幾年的特種部隊交給你一段時間，用于應付局面。不過你要確保他們的安全，盡量減少傷亡的情況下，悄悄行動。」
「微臣明白。」
「還有將你外甥吳三桂一並帶去吧，也好有個幫手，你的家眷你自己安排，如果不能適應那邊的生活，就讓他們搬到京師來，朕派人照顧他們。」
「微臣謝皇上隆恩，臣已于賤內商議，臣一人前往日本，夫人攜四子留在朝鮮。」
「朝鮮也是荒蠻之地，還是搬到京師來吧，如果將來日本治安好轉了，你有十足的把握控制局面了，商船直達的，你就和鄭泰等人商量下，讓他們母子多去看看你。」
「微臣謝皇上隆恩。」
祖大壽心里其實很明白，如果自己一開始就提出來將家眷遷往日本，皇上不一定同意，更何況那邊環境復雜，剛剛臣服，皇上讓自己的妻兒進京也是為了更好的保護他們。畢竟小日本的忍者也不是吃素的。只有等將來治安好轉了再做打算。畢竟要征服一個國家不是件容易得事情，何況是小日本，他們已經習慣了欺侮朝鮮、琉球甚至大明。
對于祖大壽和吳三桂，朱顯波是寄予厚望的，尤其是吳三桂，如果祖大壽能穩定日本局面，那吳三桂將是下任日本總督的不二人選。確實，培養一個殖民地的總督比培養一個尚書還要難，所面臨的林林總總的考驗必須有親身經歷才不至于慌神。一個十多歲就從軍，二十來歲獨擋一面的軍事天才，再加上幾年的政治磨練，是最理想的。
很快祖大壽帶著隨從赴任，朱顯波給他提供了五萬步騎和兩千水師，步騎兵主要駐扎在京都周圍，水師在駐扎在大阪于長崎、美保關等形成半包圍。
但朱顯波知道，這只是形式上的佔領和殖民，離真正的實現統治還差很遠。于是命令戚宏亮等加緊訓練水師的同時，北海艦隊主要穿梭于江華島、長崎和坊津港之間以便隨時響應祖大壽的號召。當然誰也不想真有響應號召進日本救援的時刻，希望控制住日本皇室就能平平安安的。
正如朱顯波所擔心的那樣，祖大壽到任後的第五個月即向朝廷求助，請朝廷派遣艦隊消滅日本沿海作亂的水軍。原來那些來不及地方或者進京親王的大名們很多不願意自動解散武裝，但陸地尤其是京都被明軍徹底佔駐，只好紛紛投向東北水軍。
朱顯波也明白，想日本徹底臣服是需要漫長的過程，既然有些人想盤踞海上，不服從大明的統治，那麼必要的打擊是需要的。于是下令兩只艦隊再次進發，目標直指丹後、安東水軍、房總和殘留在江戶的周圍的勢力，傷不起率北海艦隊從背面進攻出美保關一字要求清理到北海道。穆友前率東海艦隊經坊津到大阪與祖大壽管轄的水軍會合後，經鳥羽、岡本直至石卷。任務就是最大限度的打擊日本殘余的水軍有生力量。
另一方面密令祖大壽加速瓦解日本皇室和德川幕府的，實現真正意義上的殖民統治，對于當地的支持或者投靠明廷的商人和地主予以政策傾斜，同時要找機會打壓那些頑固拍，並鼓勵明朝官民前往日本經商和種地等。
兩只艦隊的清理工作很快完成，由于擁有強大的火炮，很多日本零散水軍基本沒有抵抗，傷不起下令柏椅和十三湊兩個港口，徹底讓安東水軍無藏身之地，南邊穆友前的清理工作則顯得有點艱難，由于太靠近江戶，日本的殘余勢力都在周邊集結，穆友前只好想祖大壽請求支援，祖大壽隨即令吳三桂從陸路經清州、岡崎、小田原等城鎮與穆友前得水師在江戶會合。
水陸兩支部隊順利拿下岡本港後，穆友前繼續北上，吳三桂則帶領步騎兵在江戶至鹿島之間繼續清理日本殘余勢力。吳三桂不負重望，光這江戶周圍就消滅近萬日本軍人，收繳各類兵器數千件，當然大部分是要運回去煉爐了。
兩只艦隊的第二次東征花了兩個月時間，終于將日本沿海的港口要麼佔領，要麼摧毀。從而讓日本各軍閥的殘余勢力失去了另外一個藏身之地，很多頑固分子只能上山。兩支艦隊才算停止了軍用海港的清剿工作。
祖大壽在日本站穩腳後隨即向大明朝廷申請大量移民到京都附近，朱顯波即可督促禮部盡一切可能滿足祖大壽的要求，並要求商船隊和艦隊負責將有移民意願的安全送抵大阪，對第一批移民每人補助二十銀元。短短兩個月鄭泰的商船就將近三萬來自山東、河南等地的農民送到日本，祖大壽將他們安排在奈良、長濱、龜山和大阪附近，分給大量土地，並免除其前三年的稅賦。
祖大壽提議大面積收繳當地地主的土地以供給源源不斷的大陸移民，朱顯波怕祖大壽出事，隨即讓戚宏亮調特種部隊近兩百人隨船前往日本，主要用于維護京都與大阪治安。祖大壽接到這份大禮之後就在當地轟轟烈烈的展開圈地運動。曾有不少忍者想刺殺明廷官員，都一一被前期到達的錦衣衛和後來增援的特種部隊一一化解。
有了艦隊的海上巡邏，和祖大壽的殖民政策，日本漸漸平復，朱顯波想象中的第一個海外殖民地終于成型了。在後來的世界征伐大戰中為其提供了源源不斷的財富，這是後話暫且不表。
兩百人的特種部隊到達京都後啊，祖大壽一切都不讓他們閑著，通過和錦衣衛的合作，陸續搗毀了十幾個日本忍者的里所，那些排華的強硬派，在幾個月內陸續遭到暗殺，一時間日本朝野人心惶惶，而大明帝國的特種兵則威名遠揚。
而接下來祖大壽更是利用手中的特種部隊做先鋒，陸續將遍及日本各地的道場一一搗毀。祖大壽之所以這麼做也是受朱顯波啟發，大明皇上能利用江湖人士組建特種部隊，那麼一些有想法的政治家就能利用這些道場做掩護訓練大批精銳叛軍，如果不及時搗毀，後患無窮。大壽在呈給朱顯波的奏折中對特種部隊大家贊賞，希望皇上能讓該部隊在日本多呆段時間。朱顯波暫時也沒啥特殊任務給特種部隊，就答應了祖大壽。
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