不過，要建立完備的軍隊情報系統，實在有些難為蕭明乾，畢竟蕭明乾‘前世’只是個普通的預備役軍人，對于情報這種東西，並不是很了解。而且在蕭明乾的印象中，世界各國好像並沒有針對軍隊單獨建立一個情報系統。不過台灣現在的情形實在有些特殊，海商和林家系統的存在使得情報局被分成了數塊。而這兩個團體很顯然不應該插足軍隊。所以狠狠的撓了撓頭後蕭明乾決定增強本土局的權力。
「軍隊系統的情報收集就不需要特意建立一個情報系統了，以後所有的軍事方面的情報均分屬本土局負責。為保證軍事，本土局有權力全面共享四司的情報，但本土局無權干涉四司的情報人員的培養調派和情報收集。而且不管是本土局，還是四司，均只有調查權，卻沒有以暴力手段逮捕台灣內部人員的權力。」
這一點蕭明乾是要特意強調的。東西廠，錦衣衛這兩個特務組織的危害是人所共知的。一旦這樣的組織掌握在那些有強烈的權力欲的人手上，那危害將非常之大，蕭明乾可不想培養出這樣的一個怪物。
盧遠志和林洪文相互看了眼對方，他們都從蕭明乾的這樣的安排中看到了對他們的防備。但是就是看出來了，他們也沒有什麼意見。再說，有意見又有什麼用，現在的台灣，軍隊完全掌握在蕭明乾的手中，其他勢力對軍隊沒有一丁點的影響力。
而軍政府雖然有一定的自由度，甚至在一定程度上來說，蕭明乾對軍政府完全是不太樂意干涉。但是掌握軍政府的要害部門的是唐洪生，李元心，何耀泉，陳元贇等人。海商團體的人和林家掌握的最要害的是情報系統和警察系統，雖然說權勢也不錯，但是在軍政府當中也只能算是一般了。
特別是商業。當初蕭明乾任命李元心負責商務部的時候，便有很多的海商找到吳運東和盧遠志，表示他們的不滿。但是不滿又如何，李元心的能力和取得的成績是有目共睹的。而且那個時候，台灣的主要經濟體也不是海商了。所以，吳運東和盧遠志也沒有提出什麼不同意見。
現在通過這次的情報局組織改革，所有人都看出了，蕭明乾並沒有特意針對什麼人，什麼團體的樣子，完全是要讓台灣所有的一切都控制在他的手中的意思。雖然這樣傷了海商們和林家的感情，但是也不是不能理解，更是必須要接受的。
「既然督軍大人有此安排，元贇自無話說。」
陳元贇看了看吳運東，盧遠志和林洪文的表情，也知道這種事情不是現在應該討論的。雖然在他看來，情報系統應該完全將兩家的影響消除掉，但是台灣現在的事實，使得這種情況有些不合時宜，以後慢慢來就好了。
「情報系統的事情，不是一天兩天能夠做好的，以後慢慢完善好了。但是我要說的是，不管如何做，都是為了讓我們台灣能夠更穩定，在面對敵對勢力的時候，更有把握取得勝利，最終讓所有人都能夠在不破壞台灣大好局面的前提下，取得最大的利益。」
看到場面上氣氛有些詭異，蕭明乾不得不出聲安撫眾人。雖然不想看到這種情況發生，但是蕭明乾不得不承認，台灣這個剛剛發展起來的勢力，其實已經分出了一些個特定的利益團體。
台灣的本土海商，新興的工業團體，林鳳一系的人員，以及最強大的蕭明乾這一派系，林林總總七八個團體。而且據蕭明乾所知，因為唐洪生，李元心，陳元贇等等這些人在軍政府中佔據了絕對的優勢，台灣本土海商和林鳳一系以及有了合流的跡象了。
這種情況到底是好事還是壞事，蕭明乾現在還無法確定。但是有一點可以確定的是，只要有利益上的沖突，那就會產生派系之爭，這是絕對無法避免的。所以，只要這種情況不會影響到台灣的發展，蕭明乾並不會過分的壓制。
現在之所以改革情報局這個動作，並不是因為蕭明乾想要對付海商和林家，而是單純的為了保證情報系統的相對單純而已。
「督軍大人說的是。台灣的穩定發展，才是其他一切的前提，沒有這個前提，其他的一切都無從談起。」
說到這里，吳運東站出來表態道。作為台灣海商，甚至是商業系統中最有名望，地位最高的人，他不能不表態了，他必須將一些個不合時宜的聲音給壓下去。他不像那些為了一丁點利益而斤斤計較的人，在他看來，只有真正的跟著蕭明乾才能有輝煌的未來。
「嗯！情報系統的事情就這麼辦好了。我們來討論下個問題。各位應該知道，我們同西班牙人的戰爭所影響到的不僅僅是我們台灣，還有大明，日本，琉球，南洋眾國以及其他的西洋國家，如荷蘭。如果我們不能很好的處理同這些國家的關系，那麼可能會給我們帶來巨大的影響。
特別是荷蘭和南洋眾國，前者是南洋最強大的勢力，他們站在哪一邊，都會對這場戰爭起到決定性的影響。而後者，有的會是我們的盟友，有的卻有可能是我們的敵人。甚至現在是盟友，過一段時間就成為敵人了。
所以在同西班牙人的戰爭期間，處理同他們的關系就顯得極其重要了。在此之前，因為我們台灣同他們沒有發生沖突，只有貿易關系。所以，同他們的聯系多是由商務部負責，部分牽涉到情報局。
但是這種狀況完全不能滿足以後的局勢，所以我想從新建立一個獨立的外交部，專門負責處理同這些國家和勢力的關系，盡可能做到孤立我們所要打擊的對象，聯合所有可能同我們成為盟友的勢力。這樣一來，我們才能夠不同時面對多個敵人。」