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浮天遠父子被抓住之後，三天之後即被判決斬立決。而且通過對他們的審訊，也揭發出一批曾經與他們同流合污的官員，人數達到二十余人。
諸葛軍師大怒，立刻命人將那些官員，無論還在職與否，全都逐一徹查，一旦發現證據立刻將之免官，從重發落！
其中最讓劉禪驚訝的招供是︰第一條，孫權居然跟浮天遠有勾結，甚至直接東吳的人去跟浮天遠合作，來綁架他！第二條，多種信息顯示，跟荊州孫家的孫同跟浮天遠也有千絲萬縷的聯系！
劉禪真的對孫同很惱火。可是如今孫同已經被殺頭，自己也親口承諾過，不再追究孫家其他人的罪責，所以此事也只能算是到此為止。
浮雲父子被殺頭後，尸首就被丟棄在菜市口，根本就無人敢去認領。
其實，劉禪那天也是去菜市口看了行刑的，整個是人山人海實在熱鬧。但是當人潮散去之後，現場就只剩下了兩具孤零零的頭身分離的尸首，真是分外淒涼。
劉禪心里暗嘆，你既然做了賊，就要有被官府砍頭的一天的準備吧？
不過，劉禪雖然恨這浮天遠父子，但是人畢竟是已死。他就吩咐侍衛去找來幾個人，用草席將兩人尸首裹上，到城外的亂葬崗去埋了。然後，劉禪就略帶失落地回到家里。有時候，親眼看到仇人被殺，心里也是一樣依然堵得慌的。
但是劉禪其實也沒有那麼多的煩心事的。至少醫國院的事情就讓他感覺非常驕傲。它如期在半年後如期整修完畢，由于刻意保持學院的獨立性，與官府保持相應的距離，所以醫國院只是簡單地舉行了一個儀式之後就開始招生。
其實，這恐怕是世界史上第一家用來培養專業人才的學院（不要忘記，醫國院並非專科醫學院，里面還開設數科和賬目科，劉禪其實已經想好了，今後還要開設更多的科系。）為了充分實現學院內部的自治，劉禪請華佗、祖文和自己一起擔任學院的董事，監督學院的各項運行情況、院長的工作情況，以及學院內部的風紀。
之前，華佗和張方平一直在擔心的醫國院的生源問題，後來在劉禪和諸葛先生兩人的共通推動之下，很快得到良好的解決。
其實，劉禪早就請諸葛軍師發布命令，將荊州境內的所有醫師進行登記。讓劉禪驚訝的是，荊州境內醫師的數量，比自己猜想的要多得多，居然達到近1800人。他們從其中挑選出那些既有基礎又年輕的人員，讓他們分批進入醫國院進行為期一年的培訓，並由官府每月發給特殊補助。不過，每期只限定20人。
不過，醫科中有一個人比較特殊，不得不提一下。那就是趙風的妻子施惠。她從小就接受忍者訓練，對毒藥有深刻的認識。所以劉禪特別請董事會批準，讓她跟隨張方平和華佗專門學習各種藥物的藥理。因為劉禪有心要將她培養成毒藥專家，將來可以為軍隊出力。
至于賬目科的生源就更加好辦。荊州境內有大量文官在從事賬目和糧草管理方面的工作。這些人都是從民間挑選而來的，雖然能夠處理賬目，但是沒有進行過系統的訓練，日後劉家的地盤大了的話，難免出現力不從心的情況。于是，這些人又被分作好幾期，送入賬目科培訓。
至于數科，這是劉禪最為看重的科系之一。古代，中華民族雖然在數學領域一直處于世界領先水平。但是願意研究數學的人，實在是少之又少，更沒有形成完整系統的數學體系。這也是日後，中國科技大大落後西方的一個重要原因。
但是在中國這樣一個注重「實用」的國度，要找到願意學習數學的學生實在太難。劉禪只好讓祖文先將賬目科弄好。數科先當作賬目科的副科來教授。如果其中發現有什麼優秀人才的話，可以盡一切可能將之挖過來。祖文原本就被數科的生源愁眉苦臉，听劉禪這麼一說，立刻茅塞頓開，直呼大善。
數科後來終于找到兩個很有天賦的學生，不過那已經是一兩年之後的事情了，可是卻真是讓祖文高興壞了。
不過有些糟糕的是，其中一個學員居然是張行先生以前的學生王羽。張行先生听說後，立刻對劉禪大發雷霆，說聖賢弟子豈可去學那些旁門左道。劉禪只好裝作沒有听見，顧左右而言他，弄得張先生是毫無辦法。
由于劉禪事前和諸葛軍師有約，不讓官府干預醫國院事務，現在請諸葛軍師這樣大張旗鼓的幫忙，顯然是違背劉禪自己的初衷的。劉禪就巧立名目，將這些培訓美其名曰「官府人員委托培訓計劃」。那麼，官府當然就不可能再對學院指手畫腳。這樣的做法，也得到院長張方平和華佗等人的支持。
一年之後，醫科的第一批培訓生的培訓結束。這一年里面，他們每個人都學得非常認真。而且張方平在荊襄的名頭很大，神醫華佗的名頭更是嚇人，他們要是不抓住這個機會好好學習的話，那一定是傻子。經過考核後，20人之中居然只有7人能夠畢業，通過率只有三分之一，真把劉禪嚇了一跳，連忙跑去詢問原因。
原來，當初劉禪就跟兩人說過，醫師是關系人命的職業，所以一定要寬進嚴出。而張方平兩人確實也只是這樣做的。劉禪想想倒也確實如此，看來是自己嘴巴無毛，辦事不牢，把自己說過的話都忘記了，當即向兩位先生道歉。
然後三個董事經過研究後決定，讓那三分之二的學生留下繼續培訓，組建特別班，允許他們每個月進行一次考核，只要通過就算畢業。這樣才不會浪費太多的教育資源。
那畢業的7個學生的去向比較特別。醫國院一方面需要對荊州軍的大力支持，表示一下自己的謝意，一方面需要替自己留下足夠的儲備人才。所以就挑選出兩個最優秀的外科人才，送到劉備所在的葭萌關擔任醫官。那里時有戰事，正好讓他們去積累經驗，幾年之內，應該就可成為成熟的外科醫師。
劉禪為此還親自給劉備寫了一封信，請他一定要保護好兩人的人身安全，他們日後是要回到醫國院來任教的。余下的五人，有三人被張飛的軍隊請去，兩人繼續留在荊州軍中。
那些留級的學員，見到每個畢業生都可以當上醫官，如果醫術更加高超的話，甚至還可以回到醫國院出任講師，心里頓時是既羨慕又後悔，自己當初為什麼就不更加努力一點呢？他們的學習熱情也就更加高漲了。
而經過祖文的賬目科的培訓之後，兩批畢業學員全都掌握阿拉伯數字以及運算法則，回去原職之後，辦事效率一下子就提高數倍。對此，最高興的人一定是諸葛軍師。他是個追求完美的人，手下辦事越有效率，他當然越高興。
後來劉禪見祖文一個人教學，實在是太忙，有時候就自己親自上陣。加減乘除的法則對古人而言，也許是挺難的，但是對前世是個重點本科大學生的劉禪而言，簡直是小菜一碟。
可是當他發覺自己十幾歲的孩子，要在一群大人面前侃侃而談的時候，感覺實在是有些怪異的。不過，他和學員們後來都慢慢地適應了這樣尷尬的境況。而且，他有時候會突發奇想地講解一些幾何問題，好讓學員們日後在處理土地糾紛，或者丈量土地的時候使用，受到了學員們的熱烈歡迎。
後來，劉禪講課的名氣也大了，每逢他來湊趣講課的時候，那兩個數科的學生，都會偷偷混在賬目科學員中來偷听。
當劉禪在醫國院里面混得風生水起的時候，他的在外面的名聲也變得越來越大。華佗先生依然保持帶學生四處義診的習慣，更是為劉禪和醫國院博得了好名聲。這些都使得劉禪「神童」之名鵲起，一時間是風頭無兩，完全蓋過魏王曹操已逝的愛子曹沖和東吳諸葛瑾一雙愛子諸葛恪和諸葛喬的風頭。
大家都開始相信，劉禪真的就是天上的北斗星下凡，否則小小年紀，怎麼可能做出這麼多連大人都做不到的事情呢？
但是，即使如此，劉備在寫給劉禪的信中的語氣卻變得越來越嚴厲。一再告誡劉禪，不要過于耽溺于旁門左道之學，要將時間多多用在跟張先生的學習上，可見他對醫國院其實並不是非常認同的。
後來，劉備甚至還親自給張先生寫了一封道歉信，請他多多監督劉禪的學業。劉禪無法，只得將去醫國院的次數減少。
可是，就在這一年的年底，張行先生去世了。劉禪的學業也暫時解除，變得輕松了一些，但是他其實也挺傷心的，直到很多年之後依然清楚地記得，那天他和張行先生的家人將張行先生送到醫國院搶救的情景。
其實，張先生雖然是個老頑固，不認同劉禪的做法，但是除了因為醫國院將他的學生王羽招去，而對劉禪大發雷霆過一次之外，從未在人前指責過他的不是，從來都是以聖賢的品德來約束自己。所以在人格上，他絕對是凡人難以企及的。這樣的人，劉禪就是想要憤怒，都怒不起來的。
在張先生出殯的那天，整個江陵城的人都自發地聚集起來，無論是普通百姓，荊襄名士，還是官員如諸葛軍師之輩，甚至連一直與張先生格格不入的醫國院的學生和老師，全都來給他送行。隊伍一直綿延出城外三四里長。