分紅方案通過後，張維信宣布了下一項大會議程，也是最重要的一項議程，那就是對團隊現行的組織架構和各部門的職責進行修改，並推選新一屆委員會成員。
在向與會者解釋修改的原因時，張維信說道︰「之所以要進行修改，主要是因為，團隊現行的組織架構和各部門的職責是在穿越之初制定的，現在團隊的情況已經發生了重大變化，當初制定的許多制度、規則已經不能適合現在的實際情況，對團隊今後的發展可能會產生不利影響。所以，經過委員會的討論，通過與各職能小組負責人的磋商，並听取了部分骨干成員的意見後，委員會決定向本次全體大會提議，為了保證團隊的長遠發展，應該對相關制度和規則進行修改。
具體的修改方案，一會兒會發到每個位兄弟手中。為了眾位兄弟能夠對方案有一個全面的了解，我宣布今天上午的會議就開到這兒，大家回去先看一看這份方案，彼此之間也可以進行討論。如果哪位兄弟對方案有意見或者建議，可以在下午的大會上提出來，咱們一起探討。」
說罷，張維信便將已經寫好的方案每人一份的發了下去。拿到方案的穿越眾紛紛離開聚義廳，回到自己的住處去研究。在其他人都離開後，四位委員才慢慢從聚義廳中走出，四個人在聚義廳門口互視了一眼，每個人都從其他人的眼楮里看到了信心。不過，四個人並沒有說話，而是直接回到了自己的住處，等待著下午決定自己和團隊未來命運的時刻到來。
會議在下午兩點準時召開，在張維信宣布會議繼續，大家可以就機構改革方案表達自己的見解後，會場中的氣氛變得熱烈起來。
由于之前與多數兄弟進行了有效溝通，所以在座的絕大多數與會者對改革方案都持支持的態度，最多是對方案中一些容易引起歧義的闡述提出了修改意見。在所有兄弟中，只有少數幾個人對這份改革方案意見較大，其中最主要的代表人物就是錢遠山。作為在大會前提出委員會改選要求的領頭人，他對各職能小組的改革方案持基本支持的態度，而對委員會的改革方案則只持有限支持的態度。
他在發表自己的意見時說道︰「我對機構改革本身並沒有意見，畢竟現行制度是在剛穿越的時候制定的，如今團隊的情況已經有了很大變化，進行必要的修改也是應該的。不過，對其中的一些條款，我個人認為不妥。在這里向大會提出，供大會討論。
我對改革方案中最不滿意的，就是有關委員會委員任期的相關內容。根據方案中的條款，委員會委員的任期長達四年，而且還可以無限制的連選連任。咱們在前世的見聞已經證明，這樣的條款很可能會使得團隊中的某一位或者某幾位成員長期把持委員席位，從而出現大權獨攬的獨裁者。我覺得這一條並不符合民主的理念，所以建議大會能對相關條款進行修改，縮短委員的任期，限制委員連選連任的屆數。比如，可以把任期縮短到兩年或者三年，連任屆數限制為兩屆。」
對于錢遠山的質疑，大多數穿越者並沒有給予積極的響應，只有程飛和吳鵬對這項建議表示了一定的支持。
大家的反應令錢遠山有些意外，他原以為自己的建議能得到大多數人的支持，結果卻發現除了當初自己手下的兩個兵外，其他人似乎都對自己的建議不以為然。即便是自己視做親信的程飛和吳鵬，對自己的支持也不是很堅決，而是表現得比較猶豫。這與會前自己向他們透露要向委員會提出改選建議，並希望二人能支持自己參選委員職務時，二人的積極響應大相徑庭。
程、吳二人的表現令錢遠山很不滿意，認為這兩個人缺乏魄力，是自己看錯了人，選錯了幫手。錢遠山在心里不住的埋怨兩個親信，卻完全沒有意識到自己不但在處理人際關系時表現得比較幼稚，而且也缺乏對團隊態勢的了解。
且不說在全體大會召開之前，團隊中梁子岳、張維信、楊新等人的頻繁活動，以及眾兄弟與他們交流後的表現，已經能夠說明絕大多數穿越者的想法。就說剛才，張維信讓大家就機構改革方案發表意見後，從眾兄弟幾乎一致擁護方案的表現中，他錢遠山也應該能夠看清楚大家對這份方案所持的態度。可是他卻根本沒有注意到這些，在眾兄弟積極支持，大勢所趨的情況下，仍然站出來反對改革方案，把自己推到了眾兄弟的對立面上。
在這方面，程飛和吳鵬就比他要精明得多。前幾天他們之所以支持錢遠山要求改選委員會的建議，主要還是考慮到如果錢遠山能夠當選，會給自己帶來一定的好處。而且，他們當初答應錢遠山的只是支持委員會改選，並沒有做其他的承諾。因為他們當初根本不知道委員會將在全體大會上提出機構改革的方案，所以不可能預先給予錢遠山承諾。
在知道委員會要進行機構改革，並看到具體的改革方案後，他們結合前幾天梁子岳等人的積極活動，上午散會後與眾兄弟之間的交流情況，已經很清楚機構改革是大勢所趨。為此，在中午吃飯的時候，他們還曾經勸過錢遠山，希望自己的這位老上級不要受改革方案的影響，要把注意力集中到委員改選上。當時錢遠山對他們的建議不置可否，他們就預感到這位老上級不會放手。果然，在下午的會議上，錢遠山發表了反對意見。而他們二人出于交情，不得不表示了對錢遠山的有限支持。雖然錢遠山不滿意二人的表現，但程、吳二人今天的行為實際上已經很對得起錢遠山了，在明知大勢所趨的情況下，依然能說出支持同伴的話，已經是難得的了。
雖然支持錢遠山的人很少，但既然錢遠山已經將問題擺在了桌面上，委員會就必須給予答復。于是，在用眼神交換了一下意見後，張維信站起身，來到發言台前，說道︰「我代表委員會來回答老十一的問題和建議。首先，我謹代表委員會，對老十一這種勇于發表個人意見的精神表示肯定和支持。對于老十一對委員會有關新條款的顧慮，我也表示理解。不錯，正如老十一所說，新條款中有關委員任期和連任的規定確實有造成獨裁的可能。不過，凡事都要從兩方面來看，視野要更開闊一些，看得要更長遠一些。
咱們現在只是一群略有家資的普通人，雖然通過各種方式和一些地方勢力產生了關聯，但是這種關聯只能為咱們提供一定的安全保障，卻並不能為咱們提供衣食住行。咱們要在這個時代生存下去，要能自己養活自己，就必須要和這個時代的人接觸、交流，通過經商做買賣、通過購置田產來掙錢，來養活自己。這就要求咱們必須遵守這個時代的道德規範和行為準則，許多事情並不是我們想怎麼干就能怎麼干的。
試想一下，如果你是這個時代的一個商人或者一個農民，你是願意和一個自己了解，與你有幾年甚至十幾年交情的合作伙伴打交道，還是願意和一個幾乎每年都會換一張新面孔，每隔一段時間自己都要重新和不同的當事人拉關系、培養感情的合作伙伴打交道呢？
咱們現在在良鄉城里也算是有些名氣了，商鋪開了不止一家，酒樓、青樓都有所涉足，跟咱們合作的商賈、鋪面也算有不少。如果你仔細觀察的話，就會發現雖然咱們的產業有很多，商貿組的成員也不止一個，但是與咱們合作的商賈、鋪面每次來和商貿組接洽業務，都會選擇某個相對固定的團隊成員進行接洽，而不會與其他自己不熟悉的成員接洽，更不會找到商貿組以外的成員身上。之所以出現這種情況，就是我前面說的人們都願意和熟悉的面孔打交道。頻繁變換相關負責人，就會使咱們的商業合作伙伴對咱們產生不信任感，那對咱們的商業發展是相當不利的。
與此相類似的，每次無論是鐘員外派人來商量事情，還是胡知縣派人來傳達衙門里的消息，無一例外的都是由五哥或者我來接待。如果我們兩個人不在，對方要麼坐等我們回來，要麼就此離去，下次再來拜訪，絕不會和其他成員商討事情。
我想這些人肯定不會只認識五哥和我，至少住在‘清園’的兄弟他們應該都熟悉。既然他們和大家都熟悉，那麼他們這麼做的原因也就顯而易見了。對咱們自己來說，大家都是一個頭磕地上的拜把兄弟，誰與誰之間都沒什麼分別。但是，外人是不會這麼想的，他們會非常自然的，按照這個時代的習慣，將咱們這些兄弟分成幾部分。其中有說話算數的主事之人，有負責某一方面事務的專才，還有一些兄弟，因為所從事的工作是這些外人理解不了的，所以被他們當成了所謂的‘閑人’。然後，他們會按照自己的理解，去找自己需要的人交流。
如果咱們這些人的身份經常發生變化，‘主事人’成了‘閑人’，‘專才’成了主事人，那麼必然會令對方感到迷惑、無所適從，覺得無法看清楚咱們這個團隊，進而產生對團隊的不信任感也是很正常的。地方勢力的不信任所帶來的後果，可要比商業伙伴的不信任嚴重的多，這種後果是咱們承受不起的。
大家要明白，我們現在所處的並不是我們原來所熟悉的那個現代社會，那個提倡民主、自由的現代社會。我們現在是在西元十世紀，是在一個階級分明、等級森嚴的古代社會。這個社會上至帝王將相，下至黎民百姓，他們所熟悉、所遵從的是施行了一千多年的封建禮法。他們不知道什麼是‘民主’，什麼是‘平等’，他們只會按照自己的習慣、按照這個時代公認的道德規範和行為準則做事。
如果你的行為方式與這個時代的人不一樣，不能為他們所理解。那麼，他們要麼會視你為異類，對你敬而遠之；要麼會視你為異端，對你全面戒備乃至打擊制裁。那樣的話，咱們這群人會是一個什麼下場，不用我說，大家也應該能想象的到。
如果你不相信我說的話，你可以問問天天與這個時代的人打交道的老十、老十三、老十四等等商貿組的兄弟，你可以問問為了團隊的發展而去幽州城向那個馮總管大獻殷勤的五哥，你也可以問問你視做心月復的老二十九和老三十一，問問他們倆在山下的所見所聞，是不是我說的這樣。
甚至，你可以現在就走出聚義廳，向外面站崗的嘍兵宣布，你錢遠山已經取代五哥成為了這山寨的大頭領，你看看那些嘍兵會是個什麼反應，看看他們是會高聲擁護，還是會把你當成謀權篡位的小人一樣看待。」
張維信的解釋很有說服力，令錢遠山也覺得七哥的這番說辭有些道理。畢竟錢遠山自打穿越眾們離開玉虛宮後，基本上就一直住在相對比較封閉的飛龍寨里，每天打交道的除了曾志林等兄弟外，就只有對他言听計從、絲毫不敢違逆的嘍兵，與社會上的人接觸的太少，所以思想觀念和思維模式還存在前世帶來的慣性，許多事情都考慮得不夠全面。現在听了張維信的解釋，他已經有所感悟。
而且，張維信說的最後一句話已經不是在解釋了，誰都听得出來，他甚至開始懷疑錢遠山提出改選委員會、反對改革方案是想要取王崤峻乃至整個委員會而代之，這可是錢遠山承擔不起的。如果他錢遠山再堅持自己的觀點，這「搶班奪權」的罪名恐怕就要坐實了，那他在兄弟們心目中的形象可就全毀了。
于是，錢遠山急忙擺手道︰「七哥您誤會了，兄弟絕不是不相信幾位委員哥哥，更沒有要取五哥而代之的意思。兄弟因為自打離開玉虛宮後，就一直待在飛龍寨，與外界的接觸太少，對這個時代缺乏足夠的了解，還按照穿越前的思維習慣想問題，所以才會對委員會改革方案有意見。剛才七哥的一番教誨，令兄弟茅塞頓開，知道自己把事情想的太簡單了。這都是兄弟我經驗不足，還望眾位哥哥和兄弟們能夠予以諒解。」
錢遠山的這一番表態，等于是宣布自己不再反對委員會改革方案，而程飛和吳鵬肯定也不會再對改革方案有什麼不同意見。張維信見自己的目的已經達到，也就沒再在「搶班奪權」這個問題上做文章。畢竟他今天說這番話的目的是使機構改革方案順利通過，而不是對錢遠山進行思想批判。其實，從內心里講，他是非常不願意對錢遠山進行打擊的。因為在他為團隊的未來制定的計劃中，錢遠山是用來制衡徐紹安的重要力量。
因此，在錢遠山重新表態之後，張維信把話鋒一轉，表示自己剛才一時激動，說話的有些偏激，希望十一弟不要見怪。
這時，王崤峻也出來打圓場，說道︰「是啊，是啊。這段時間以來，老七為了擬定這份機構改革方案，可以說是絞盡腦汁，把方方面面的問題都考慮到了，耗費了大量的心血。這會兒听到有人反對，說他擬定的方案有問題，而且還是原則性問題，說話難免有些激動，老十一你可別往心里去。
兄弟們對你都是了解的，知道你絕不是那種為了一己私利，而置團隊利益于不顧的人。況且，方案既然拿到大會上來討論，就是希望大家能提出自己的見解，這樣才能使得方案更加完善。我相信老十一你無論說什麼、做什麼，其本質也都是為了團隊的發展著想，出發點都是好的。大家都是兄弟，工作上的事有分歧，有不同見解是很正常的事情。所以，你不要因此有什麼心理負擔，其他的兄弟也不要因此就對老十一有什麼看法。」
王崤峻的話得到了眾兄弟的一致響應，原本因為張維信最後的那句話而變得有些壓抑的會場氣氛重新又熱烈起來。隨後對機構改革方案進行的表決沒有任何懸念，非常順利的以全票獲得了通過。
根據改革方案，新的委員會中委員的數量不再固定為四人，而是與團隊中穿越者的人數成十比一的比例。也就是說，今後團隊每增加十名穿越者，委員會中委員的人數就會增加一人。盡管現在誰也不能確定穿越團隊是否還會擴大，但有備無患總是好的。
委員的任期由原來的一年一下子延長到了四年，而且可以無限期連選連任，以便保持團隊對外交流，特別是和地方勢力交流時人員的穩定性。
在職能小組方面，考慮到現在團隊各職能小組內的分工越來越細，小組的規模也越來越大，所以改革方案對此做了重大調整。首先，各職能小組全部升格為職能部門。除了檔案室和醫務室外，原來的商貿組、科技組等等，都改為商貿部、科技部等等類似的名稱。然後，在各部門之下，再按照成員的不同分工，建立起相應的科室。例如，商貿部就下轄三個科室，分別負責屬于餐飲娛樂業的酒樓、青樓，屬于一般零售業的糧米店、綢布莊，屬于奢侈品零售業的「姝裳坊」、「晶寶軒」。這樣一來，可以保證相關領域專人專管，避免出現責權不清的現象。
另外，改革方案對原來的保衛組進行了拆分，將其一分為二，變成了保衛部和軍事部兩個部門。
其中，保衛部專門負責團隊成員日常的安全保衛工作，原來親兵小隊中的「清園警衛班」和「靜園警衛班」被剝離出來，成立貼身護衛小隊，歸其直接指揮。
軍事部則負責團隊機動武裝力量，也就是飛龍先鋒營的日常訓練和管理。同時，該部門還要負責為保衛部選拔、訓練新的貼身護衛。
同時，該方案還規定，如果飛龍先鋒營的嘍兵被指派到團隊的各處產業擔任保衛任務，則其在執行該任務期間，隸屬關系暫時劃歸保衛部，由保衛部負責指揮。
此外，原來由張曉菲負責的培養孤兒的工作也被固定下來，並有了一個新的名稱——後備力量培養部。
機構改革方案獲得通過後，全體大會也就進入了下一項議程——推選委員，並由新的委員會推薦各部門及科室的負責人。
因為現在團隊的人數是四十人，所以委員的數量和之前沒有變化，依然是四人。至于推選的結果，也基本上沒有懸念。由于在大會召開之前，梁子岳、張維信、楊新等人與大多數穿越者都進行過溝通，所以盡管此次委員會委員的推選沒有像上次那樣采用「東山」、「西谷」兩部分分別推選的方式，而是采用直接投票的方式，可最終當選為委員會委員的依然是李俊武、王崤峻、張維信和徐紹安等四人。
隨後，委員會又向大會推薦了各部門和各科室的負責人，並獲得了大會通過。這份新負責人的名單與上一屆並沒有什麼大的出入，基本保持了原有任命，只對少部分人的職務做了調整。
其中，範吾成被任命為商貿部的部門主管，並兼任一科——餐飲娛樂科——業務主管。宋飛揚和趙大偉分別被任命為其他兩個科室的業務主管。謝天被任命為餐飲娛樂科副主管，朱曉媛則擔任奢侈品科的副主管，給自己的老公當助手。
李俊武依然以委員的身份兼任科技部的部門主管及武器科的業務主管，周磊和劉文東在擔任李俊武副手的同時，還分別被任命為機械動力科和化工科的業務主管。原來的副組長之一于文德，則只被任命為材料科的業務主管。
與李俊武一樣，王崤峻和張維信也以委員的身份分別兼任財務部和對外交流部的部門主管，而洪妍則被任命為財務部副主管。
梁子岳被任命為審查部的部門主管，鄭知微擔任他的副手，曾志林正式調離審查部，轉入軍事部。
張曉菲被任命為後備力量培養部的部門主管，同時考慮到她身懷有孕，委員會還決定在其因身體原因不能主持部門工作的時候，由王崤峻暫時代管該部門。
趙民安被任命為農業部的部門主管。
尤遠被任命為物資管理部的部門主管，孫陽陽正式調離物資管理部，轉入商貿部。
徐紹安以委員身份兼任保衛部部門主管，程飛和王峰分別被任命為一科（「清園警衛班」）和二科（「靜園警衛班」）的業務主管。
軍事部的負責人任命相對比較復雜，由于其性質的特殊性，所以采取的是雙軌制的組織架構。在行政上，軍事部的部門主管由王崤峻兼任，副主管是徐紹安（兼任）、錢遠山、曾志林。在軍事上，則由錢遠山、曾志林、唐潮、穆特爾四人組成的領導小組負責前方指揮。在領導小組意見不統一時，由錢遠山下最後決心。
醫務室和檔案室的部門主管依然是林小雨和胡雪瑩。
完成了各職能部門負責人的任命，第三次全體大會也就進入了尾聲。王崤峻代表新一屆委員會做了總結發言後，大會主持人張維信便宣布全體大會閉幕，並要求各職能部門的部門主管留下，大家開一個委員會擴大會議，研究一下團隊明年的發展計劃。
這次委員會擴大會議進行的時間總的來說要比全體大會短不少，但其達成的相關決議給團隊眾兄弟帶來的影響卻遠比全體大會上的決議明顯的多。因為，在這次擴大會議上，經過與會者的反復討論，並考慮到團隊目前的發展趨勢，以及部門升級後兄弟們的心理預期，決定將參與團隊工作的所有人員每個月的工資全部上調，而且上調的幅度還不算小。這樣既是為了體現出此次機構改革給團隊成員帶來的好處，也是為了讓兄弟們能更多的享受到團隊發展帶來的實惠。
不過，兄弟們在獲得實惠的同時，他們一樣也要承擔壓力。在擴大會議上，委員會要求所有職能部門必須在新年之前，將本部門下一年度的發展計劃和財政預算提交到委員會。只有通過委員會審核的計劃和預算，才能得到相應的撥款。對于沒有通過審核的計劃和預算，將得不到撥款。沒有撥款，相應部門或科室的工作自然就要停滯下來，工作停滯下來後，參與該工作的團隊成員自然就成了閑人，而一旦成為閑人，那他自然就享受不到工資上漲的優待。這樣一來，所有團隊成員的積極性也就都被調動起來了。
當然，這種政策有利也有弊。說它有利，是因為它可以調動團隊成員的積極性，充分發揮每個穿越者的能力。說它有弊，則是因為對那些能力與其他成員相比較差，或者其所擁有的專業能力因為條件所限，暫時不能發揮作用的穿越者來說，這種政策無異于要將其邊緣化，使其成為別人眼中不勞而獲的「閑人」。
時間一長，這種「閑人」很可能會遭到別人的冷嘲熱諷，從而變得心情壓抑，或者變得自卑起來。一旦他忍受不了這種生活，那麼就會出現兩種可能。一種是徹底頹廢下去，成為團隊的「蛀蟲」。另一種則是月兌離這個團隊，以期能依靠自己領先這個時代的見識和知識為自己開創一條新路。前者雖然會為團隊增加一些負擔，但還影響不到根本。後者卻因為變數太大，而不能等閑視之。
委員會擴大會議在談到這個問題時，大家的觀點各異。有說寧可團隊多花點錢養著，也絕不能放人走的；有說可能通過技能培養讓其有事可做的；也有說實在不行，干脆來個毀滅的，各種說法莫衷一是。
最後，還是王崤峻把手一揮，說道︰「你們說的這些方法都有一定的道理，卻又都不能完滿解決問題。依我看，這事不必搞得那麼復雜。如果以後有兄弟要走，不管他是因為什麼走，都說明他已經無法再在這個團隊中待下去了，都說明這個團隊已經完全不適合他了。既然如此，那咱們又何必強人所難呢。更何況，想留也未必能留得住，留住了也未必會給團隊帶來好結果。俗話說的好‘天要下雨，娘要嫁人，隨他去吧’。既然他不願意留在團隊，那就讓他走好了。
團隊中的大多數人自打穿越以來就沒有吃過什麼苦，受過什麼罪，體會不到有團隊的庇佑是一件多麼幸運的事。既然他覺得自己是懷才不遇，覺得自己在這里不會有出頭之日，覺得自己的文韜武略得不到施展的空間，那讓他出去闖蕩闖蕩也是好的。如果能闖出個名堂來，咱們也替他高興。如果闖不出名堂來，咱們也隨時歡迎他回來。
不過，有幾句丑話咱們要跟他說在前面。第一，他可以離開，可以去追求自己的理想，但無論他今後闖蕩得是好是壞，都與團隊無關。團隊既不會去佔他的便宜，也不會替他背黑鍋。第二，他可以選擇自己的發展道路，但絕不能為了自己的發展而損害團隊的利益，絕不能為了自己的利益而給團隊帶來麻煩。如果有誰為了自己的一己之私而置團隊的利益于不顧，那麼團隊也絕不會對他心慈手軟。」
王崤峻在說最後幾句話的時候，臉上的表情異常的嚴肅。可以說，這是他自打穿越以來，說話語氣最嚴厲的一次，與他平日里一貫說話和氣、待人和藹的表現大相徑庭。不過，他說的話還是很有道理的，與會者最終還是接受了他的建議，定下了有穿越者月兌離團隊時，需要采取的應對機制。
決議通過後，是否要向所有團隊成員公布又成了討論的焦點。有與會者擔心公布之後可能會引起大家不必要的緊張，建議不予公開，只在某位團隊成員明確表示要離開後，再單獨向其說明。不過，這條建議並沒有得到大多數與會者的支持，大多數人都認為「明人不做暗事」，有些話還是事先說清楚的好，免得到時候落埋怨。
于是，當天晚上在聚義廳里舉行的只有穿越者參加的酒宴上，王崤峻代表委員會向所有的穿越者宣布了這項決議，同時把他在擴大會議上說的那番話又重新講了一遍。他講完之後，在場的穿越者雖然表情各異，但並沒有一個人表示不能接受。大家因為之前宣布漲工資而高漲的興致也只是受到了短暫的影響，很快便又推杯換盞起來。
第二天一早，除了軍事部的人依然留在飛龍寨外，其他穿越者都返回了自己的住處。臨下山前，眾人約定，將在「靜園」過除夕夜，迎接即將到來的乙卯兔年。