但是，睦仁天皇萬萬沒想到德川慶喜居然會起弒君的念頭。雖然天皇大權已經七百余年，但始終是日本名義上的最高統治者，有著與生俱來的‘合法性’，在民眾心中的聲望極高。他也不敢相信，對方居然會選擇在守衛森嚴的京都下手。京都是天皇的大本營，是「尊王攘夷」勢力集中分布的地區。歷代天皇在京都經營多年，根基深厚。對方選擇在這里下手，稱得上是肆無忌憚。此外，這次刺殺也傳達了一個危險的的訊息，德川慶喜已經不憚于和自己公開決裂了，恐怕，他很快就會采取軍事行動了，自己也必須要有所準備才好。
想到這里，睦仁天皇收拾起心思，強打起精神，滿面笑容地對伊藤博文和陸奧宗光說道︰「你們二位今天舍生忘死，護駕有功，堪為我日本民眾之楷模。」
伊藤博文和陸奧宗光連忙下拜道︰「陛下言重了，殺身成仁、舍生取義是每一個讀書人應有的覺悟，守土護國、忠君衛道更是每一個日本人應盡的義務，我們只不過是做了份內的事情罷了。」
睦仁天皇笑道︰「你們過謙了。你們能有此等覺悟，要歸功于岩倉具視大人諄諄善誘。教導有方，更要歸功于你們格天體物、勤學苦思。你們都曾留學英國，這次又立下大功一件，以後就留在京都任職吧」，說著，睦仁天皇的目光轉向張繼，說道︰「這位義士，朕要感謝你的救命之恩，請受朕一拜」，說著，竟真的向張繼拜了下去，張繼急忙回禮道︰「陛下不必如此客氣」。
睦仁天皇道︰「義士似乎並非我日本人氏，請問應當如何稱呼？」
張繼眼看時機成熟，笑著說道︰「陛下，實不相瞞，在下就是陛下在清水寺提到的清國「新政」推行者，大清一等勇烈侯、戶部侍郎、兩江觀風使、‘新政’規劃部侍郎張繼。」
睦仁天皇大驚失色道︰「難道，您就是主持清國‘新政’，人稱‘中國的彼得大帝’的那位張繼張大人？」
張繼笑道︰「陛下英明，正是在下。不過，‘中國的彼得大帝’雲雲，在下是萬萬不敢當的了。」
睦仁天皇眼神一跳，看向伊藤博文和陸奧宗光。伊藤博文和陸奧宗光笑著點點頭。
睦仁天皇又和岩倉具視迅速地對視一眼，然後一臉狐疑地看向張繼，卻並不表態。
張繼看到他們這幅樣子，笑著說道︰「睦仁天皇陛下不必起疑，在下此次前來，正是為了幫助陛下達成推翻德川幕府統治、實現‘富國強兵’的目的。」
睦仁天皇想不到自己與岩倉具視的隱秘對話竟然被張繼听到了，不由得心中大駭。聯系到清國遣使到訪江戶與德川慶喜洽談中日友好互助事宜，他更加暗暗懷疑張繼是清國和德川慶喜派來的間諜，因此笑著說道︰「張大人此言差矣，德川一族為日本的統一和安定建立過不朽的功勛，德川慶喜將軍更是我們日本的國之柱石，他擔任征夷大將軍、攝政和關白以來，日本政治清明，民眾安樂，朕怎麼會想要推翻德川幕府統治的想法？再說，德川一族的征夷大將軍、攝政和關白的職位都是由歷代天皇冊封的，德川一族是歷代天皇的臣子，君主推翻臣子的統治，這個說法本身也是有問題的。」
張繼沒有想到這個年輕的天皇反應如此敏捷，口才如此犀利，竟然借著自己的語病矢口否認。但是，事已至此，此時再想彌補已經是為時已晚，當務之急還是要打消睦仁天皇和岩倉具視的戒心，使他們能夠全心全意地信任自己，這樣才可能真正開啟以後的合作。而在這種情況下，巧妙的邏輯抑或是華麗的辭藻都遠不如平和、樸實、誠懇的表態來得有效，…,
于是，張繼向睦仁天皇和岩倉具視施了一禮，說道︰「睦仁天皇陛下，岩倉具視大人，或許我剛才的表述有不準確的地方。但是請二位相信我的誠意。在趕來京都之前，我已經在鹿兒島拜會了長州藩的高杉晉作藩主、薩摩藩的大久保利通藩主，與長州、薩摩、土佐和肥前四藩的‘倒幕’義士就推翻德川幕府統治、實現‘富國強兵’的相應政策和策略問題進行了商討並代表大清政府承諾了對他們的支持和援助。我們一致認為，睦仁天皇陛下是日本的合法君主，是日本名義上的最高統治者，應當成為這場‘倒幕’運動的領導者並在‘倒幕’運動成功之後重新獲得被德川慶喜和德川幕府所竊取的最高權力。正因為如此，我和伊藤博文、陸奧宗光兩位義士受長西南四藩‘倒幕’義士的委托，前來與睦仁天皇陛下聯絡。如果二位還是不能相信我的誠意，我願意在京都留作人質，等到西南四藩在佐世保接收大清援助的一百門克虜伯大炮和五千支毛瑟步槍之後再行離開。如果二位需要的話，我甚至可以等到‘倒幕’運動成功之後再行離開。但是，‘用兵之害，猶豫最大；三軍之災，起于狐疑’，無論如何，請二位盡早做出決斷。」
只听「砰」的一聲，睦仁天皇折斷了一直把玩在手中的折扇，說道︰「‘用人不疑，疑人不用’，張大人是大清重臣，又有一等勇烈侯的爵位，都可以舍棄安逸尊榮的生活，冒著生命危險來到日本幫助我們。朕身為天皇，為日本民眾謀求福祉責無旁貸，更不應該有什麼放不下的。張大人，現在就請您談談您的計劃吧，雖然我和岩倉具視大人力量有限，但是，我們一定全力會全力支持和協助你們。您也不必再有留作人質的想法，還是請您返回鹿兒島，協助西南四藩‘倒幕’義士開始行動吧。只是，我還有一個疑問，大清為什麼願意傾力幫助我們呢？」