漢中平元年，秋九月，大漢朝廷最高統治者漢靈帝劉宏頒布了對黃巾起義投降士卒只誅首惡，余者免死的最新戰略方針。對于皇甫嵩的豫州大捷，朝廷只是淡淡的嘉獎了幾句，便就此揭過。也許皇甫嵩會覺得朝廷賞罰不公，不過如果他知道漢靈帝曾經想要將他斬首敬天的話，恐怕他就會覺得自己祖墳上真的是冒青煙了。在聖旨頒布的第二天，漢靈帝又召集朝廷百官，同往雲台祭天，並進入凌雲閣向象征著二十八宿的雲台二十八將祈福。人們都以為漢靈帝是在為大漢社稷祈福，沒有幾個人知道，劉宏其實只是為了自己的兒子。
其實漢靈帝也不知道的是，這次劉協生出怪病，跟老天爺根本就毫無關系，所謂天災，不過是人為的托辭罷了。
在洛陽步廣里的宜陽侯府的內院內，一場別開生面的審訊正在進行——審判員︰孫琳；被告︰劉宇。
「該交代的都交代完了？」孫琳沉著臉看著下面耷拉著腦袋的劉宇。劉宇一副可憐兮兮的模樣道︰「都交代完了。整個事情過程就是這樣的，我可是一點都沒有隱瞞啊。」
孫琳冷哼了一聲道︰「現在知道老實交代了，早干什麼去了？被告，你現在認識到自己行為的嚴重後果了嗎？」劉宇連忙陪笑道︰「認識到了，認識到了，我這次所做的事情太過大膽，如果做事不密，走漏一丁點風聲，不但我們一直以來的苦心經營會付諸流水，只怕性命都難保」說到這里，劉宇一眼瞥見孫琳臉色不善，連忙轉口道︰「我這次犯的最大的錯誤就是事先沒有和琳琳你商量，千不該萬不該，不該瞞著你做這些危險的事情。」
听到這里，孫琳的表情才舒緩了一點道︰「你的確不該瞞我。我們在未來世界時就說過，不論遇到什麼樣的坎兒，都不會孤軍奮戰，不管遇到什麼樣的困難，都會兩個人一起去面對。現在來到三國時代，不是更應該相互扶持嗎？可是你竟然背著我做這麼危險的事情。」劉宇輕嘆一口氣道︰「我也是怕你擔心才沒跟你說的。咱們的婚期將近，我思量再三，總覺得還是少讓你為我擔心為好。再說這件事我跟奉孝仔細商榷過，可說是有九成的把握，所以才沒跟你商量。」
孫琳幽幽的說道︰「你總以為瞞著我，我就會少擔心，可我寧願為你擔心，和你一起去承擔。你現在這樣，反而會讓我更傷心，也更擔心的。這次你雖說是救助黃巾降卒心切，但你竟然指使王越去給劉協的飯食中下毒。現在可是漢代，你去給皇帝的愛子下毒，到時萬一稍有不慎，不光是你我的性命有虞，連同那些信任你，追隨你的人也都會身遭不測啊。如今已經不是我們剛到三國的時候，可以無牽無掛的一走了之。你現在是朝廷右將軍，手下文臣武將數十人，麾下兵馬已過萬人，這麼多人的性命如今都在你一念之間，今後行事可不能再這樣莽撞了。」
劉宇心下感動，輕輕握起孫琳的柔荑道︰「今後我做什麼事都不會再瞞著你了，有什麼事情我們以後都一起承擔。」
孫琳靜靜的靠在劉宇肩頭，忽然想起什麼事情般抬頭問道︰「那個欽天監的杜若風真的可靠嗎？」劉宇笑笑說︰「他可不可靠我不知道，他不過只是奉孝整個計劃中的一顆棋子罷了。他對我們的計劃根本毫不知情，只不過是個貪財無能，只知道人雲亦雲的庸才罷了。」
孫琳怔了怔，但馬上就反應過來，也不禁露出會心的笑容。
時間過的很快，轉眼一個多月又過去了。在這一個多月中，大漢十三州的大地上發生了很多大事。首先是漢靈帝的兒子劉協在他老爹祭天之後，病情奇跡般的好轉了。這不得不佩服未來四川唐門門主的手段的確是高明，研制出的毒藥不但無色無味，連藥效時間都這麼精確，說病就病，說好就好，這也讓劉宇很慶幸，這個唐興真是個難得的人才，幸好他是自己的手下，不然，自己也就有的頭痛了。
大漢官兵與黃巾義軍之間的戰斗也如同歷史記載一般進入尾聲，只不過是多了點細節的不同。在中平元年六月的時候，黃巾高層采用了奔襲京師的策略，由張角和他的兩個弟弟張寶、張梁分別帶領黃巾主力執行計劃，張寶、張梁分別帶兵奔襲洛陽，張角則率領半數黃巾主力近八萬人往上曲陽與董卓帶領的大漢北路討伐軍周旋。張寶與張梁分別敗在劉宇手下，授首虎牢關前。可張角帶領的黃巾軍在冀州卻是大獲全勝。不得不說，董卓這個未來的西涼狼現在還真的是走背運，其實董卓這個人能力還是有的，黃巾之亂之前，董卓就是名震西涼的猛將，在大漢朝對西北羌族等少數民族的戰斗中，董卓戰功赫赫，數年征戰下來，羌族各部無不畏懼。中平元年之前，董卓已經累官至河東刺史。
在盧植為內侍所陷害，被朝廷鎖拿進京論罪之後，漢靈帝就啟用了董卓這個威震西涼的猛將。董卓雖說能力出眾，勇猛不凡，但長期與少數民族毗鄰的生活，也是他的性格放縱任性、粗野凶狠。對于起義軍，董卓壓根就沒有放在心上，在他眼中，這不過是一幫最下賤的農民在聚眾鬧事罷了。一直與羌族的強悍騎兵作戰，而且是勝多敗少的董卓怎麼可能看的起這些烏合之眾呢？所謂驕兵必敗，自視甚高的董卓萬萬沒有想到自己竟然會有栽在這幫泥腿子手中。
張角這個不第秀才是不是真的得到過天書，那就只有天知道，可張角這個人小聰明還是有的，雖說並不是十分通曉軍略，但卻想出一個不錯的計策。他在石邑山道之中設下伏軍，又令一隊人馬詐敗，很輕松的將傲氣沖天的董卓兵馬引入了山谷。張角一聲號令，山谷兩側滾石箭矢如雨而下，董卓萬萬沒有想道一幫農民竟然也會用計，驚惶之下，再也無心應戰，撥馬掉頭就逃。他手下的兵馬本來就因為中伏傷亡甚重，如今主將又帶頭逃跑，失去了主心骨的部隊頓時潰不成軍，紛紛抱頭鼠竄。
這場雙方總兵力達到十數萬的主力決戰，最終以官軍大敗虧輸，損折過半的結局收場。黃巾軍經此一役，士氣大振，只是可惜，這股高興勁並沒有維持多久。張寶、張梁兵敗司隸，雙雙斃命的消息很快就傳到了張角的耳中。可憐張角這幾十年來每天每日都在為了自己的皇帝夢苦心經營，殫精竭慮，這幾天來又為了和董卓的官軍苦苦周旋而費勁心機，早已油盡燈枯，現在又聞此噩耗，竟然因為悲痛過度，一病不起，最終于八月末一命嗚呼。
張角一死，作為第一次黃巾起義的黃巾軍三巨頭統統殞命，失去了首領的黃巾軍群龍無首之下，很快就分崩離析，變成了一股股散亂勢力。
與黃巾軍的情況不同，在北路官軍慘敗之後，震怒的朝廷撤換了北軍統帥董卓，正好此時皇甫嵩與朱俊率領的南路軍連連報捷，分別擊潰了彭月兌、卜已兩路義軍。大將軍何進馬上下令，命皇甫嵩、朱俊揮師北上，一舉圍殲冀州黃巾各部。
皇甫嵩率軍進入冀州之後，面對的是一群失去統一調度的散亂黃巾部隊。收拾這樣的對手，對于皇甫嵩這樣的將門英才來說簡直是小菜一碟，在地方豪強地主武裝的協助下，黃巾人馬被官軍一口口的蠶食，損失慘重。終于，殘存下來的幾部黃巾義軍覺悟到在這樣下去就只有被剿滅這一條路可走，于是他們再次聯合起來，聚集起大約2萬人的隊伍，推舉原黃巾軍的軍師蘇義為首領，輾轉與山林之中，最後遁入黑山，投奔張燕去了。
中平元年，冬11月，皇甫嵩與鉅鹿太守郭典攻克下曲陽，俘虜十多萬人。席卷天下10個月之久的黃巾之亂就此暫時落下了帷幕。