雙方各自有著自己的打算，江戶川文代他們在阿笠博士家附近布防，只等柯南到來，而柯南也與雲翳確定了計劃，準備將計就計，于是，一切都變得理所當然。文代從柯南背後出現，用麻醉藥物捂住柯南的嘴，柯南掙扎了一會兒就暈過去了。文代則嘲笑著柯南，將他如死狗一般拖走。
一座二層的別墅中，柯南便被綁在這里，而一男一女在柯南不遠處商量著什麼。
「什麼？你還沒有殺了他？」男人惱怒的叱責著文代。
「你不要逼我，上面明明說不能殺他的！」文代辯解著，其其勢不再黑衣男人之下。
就在這時，柯南醒了，听到外面的爭吵，順著牆上不知什麼時候就存在的小洞偷窺著。只見胖女人文代跟一個穿黑斗篷戴高帽子的人對話。
「不管怎樣，他是吃了那種藥造成副作用的特例，應該將他帶回組織調查。」文代據理力爭，全然不在乎黑衣男人的想法。
「女人真麻煩，那我們還得設法把他活著帶回組織了。」對于文代的糾纏，黑衣男子雖有些不耐煩，卻是不想在這種事上斤斤計較，但是言語中的抱怨卻是少不了的。
听著兩人的談話，柯南卻並不擔心自己的安危，反而是更好奇這個男人是誰。隨後，黑衣男子回頭，柯南大驚失色，原來黑衣男子斗篷下竟然戴著暗夜男爵的面具，臉色不善地望向這里。看到暗夜男爵走近，柯南急忙躺在地上裝暈，暗夜男爵搖了搖頭，只能認為是自己多疑了。
文代道，「這小子還沒睡醒，體力還沒恢復吧。」
暗夜男爵仍有些疑惑，又盯著柯南望了一會兒，這才轉頭道，「他真的是工藤新一嗎？怎麼看也不像啊！」
「是啊，我也無法完全相信。可是在工藤新一失蹤那天，這個小鬼就出現在毛利偵探事務所，而自從他出現後事務所的委托案件就莫名其妙地提高了，而且從他今天逃跑的敏捷身手來看，應該就是工藤新一沒錯。一定是喝了組織新發明的毒藥身體變小了……」同暗夜男爵一樣，江戶川文代也是有著些許的懷疑，但是事實勝于雄辯，7歲小孩是不肯能有柯南這種反應神經和能力的。
暗夜男爵皺眉「你是說當時組織為了滅口而強制給他吃的毒藥嗎？但是那不是殺人用的毒藥嗎？我還是不太相信這種藥有這種效果。那麼，就讓我親眼看看這種藥的效果吧。」說著從口袋里掏出了一個裝藥的盒子，只見里面安靜的躺著七八顆膠囊。
「你準備做什麼？」江戶川文代警惕的望著暗夜男爵，干他們這行的有幾個敢毫不猶豫的相信同伴，即使是他們也不例外。
「很簡單，明天交易結束，那個人就將成為我們的實驗對象了。」暗夜男爵大笑著「即使是對方沒有變小，我們也只要解決掉對方就行了，殺人，我們哪個殺得人少了。」
「那這個家伙怎麼辦，組織上可是一再強調如果毒藥發生副作用，務必讓我們要帶個活的回去做實驗的。」江戶川文代盯著柯南所在的房間。
「是嗎？」暗夜男爵皺了下眉頭，隨即道「反正都是要解剖的，生死都一樣。組織如果追究下來，就說為了防止他逃跑，不得已才開槍射殺了就好，反正此時天知地知，你知我知。」
第二天一大早，一輛黑色的跑車已經停在了柯南所在房屋附近五十米處，車內的前檔屏幕上，‘閃電’的紅外線探測裝置準確無誤的將房屋中的情況顯示了出來。只見代表著柯南的人影悄悄的躲在地下儲藏室中，而文代在發現柯南不見時，紅外線顯示她的溫度下降了一些。
就在江戶川文代準備下樓追擊的時候，暗夜男爵制止道「不，他還在屋內。他是故意讓我們以為他已經逃掉，打算趁我們找他時逃走。」然後大喊，「小鬼，快點滾出來，這次一定送你上西天！」
「什麼，怎麼可能？」文代根本不相信，卻是要暗夜男爵拿出證據。
「呵呵，證據。」暗夜男爵仿佛被文代的反駁的激怒，奇跡而笑「好，好，你要證據，我便將那個小子抓出來。」
「哼哼，小子，你不要藏了，我已經知道你在哪兒了！」暗夜男爵環視了一下整個房間，見房間里只有一個冰箱能夠藏人，但是他的眼神卻只是一掠而過，反倒是閃電之間，整個身子下蹲，他的手竟是掀開了木板的隔層，露出房間下面漆黑的儲藏室。
「糟了？」當暗夜男爵說已經知道了自己藏在哪兒的時候，柯南的一顆心已經提到了嗓子眼了，他並不懷疑暗夜男爵的話，因為暗夜男爵給他一種十分危險的感覺，那種感覺不再琴酒之下，而這里又是對方早就準備好的地方。
「糟了。」當看到暗夜男爵找到柯南時，雲翳在車中也注意到了，他有信心文代不傷害柯南，但是對于暗夜男爵，他卻拿不準，所以這一刻，他也是非常著急，立即就想要下車。
「等等，翳。」就在這時，‘閃電’突然開口叫住了雲翳。
「怎麼了？」雲翳不明所以，不知道‘閃電’要干什麼。
「帶著這個東西，或許對你會有幫助。」‘閃電’說著，儀表盤上一個儲物盒開啟了，只見里面靜靜的躺著一個金色的物體。
「這是？」望著那個物體，雲翳的心情有些激動，但是同時卻也疑惑。
「黃金限量版沙漠之鷹。」不待雲翳追問，‘閃電’已經開始解釋了「這是你父親留給你的東西，希望你能在最需要的的時候使用它。」
「老爸啊！」听著‘閃電’的介紹，雲翳想到自己那個一直深愛著自己的父母，不由感嘆道，卻是不再猶豫，提起黃金沙鷹，揣著父親為他準備好的兩個彈夾，尋找隱蔽的地方，只待解救柯南了。
「不會這麼簡單就被抓住的。」就在儲藏室的蓋子被掀開，光線射入的時候，柯南抬起了手表，將所有的希望都寄托到了他的手表型麻醉槍上。
「哼。」對于柯南的瞄準暗夜男爵恍若未見，不曾驚訝，仿佛早已知道了似的，卻是嘲笑著「別白費心機了，昨天趁你昏迷時，我就把你這個機關手表給破壞了。」
五十米的距離很短，普通人也只需要7秒就可以了，而雲翳在各方面屬性都突破60之後，能力更是提升了很大，50秒只需要5秒多一點，而這個時候，暗夜男爵和江戶川文代正在樓上將柯南抓出來，根本不會想到下面已經有人埋伏好，準備偷襲他們兩呢。
「將這個小鬼放到後備箱里面去。」暗夜男爵拿出準備好的繩子將柯南幫助，塞住嘴之後將柯南扔給了江戶川文代。
「知道了。」接過柯南，兩人一前一後向著樓下走去。
「嘎吱」開門聲響起，雲翳一腳踢出，他知道，這是最好的機會，這個時候，敵人未曾想到他已經躲到了門口，是以不會有半點防備。
「唉呦。」正如雲翳所料，江戶川文代根本不曾想到雲翳會偷襲她，剛剛走出屋子的他在毫無防備之下被雲翳一腳踢出三米遠，再也抓不住柯南。就在這不知是敵是友的時候，文代的第一反應卻並不是將柯南扔出，反而是將柯南拉入懷中，用自己的身體保護住了柯南不受傷害。
「什麼」柯南大驚，在飛出去的剎那他正好看到了雲翳在一記踢腿之後，身體迅速回復平衡，同時手中金色沙鷹對準了即將跨出房門的暗夜男爵。到目前為止，這都不能讓他驚訝，真正讓他驚訝，讓他不解的是，前一刻還恨不能立刻就殺了他的江戶川文代竟然會用身體來救他。
「文代！」一道腿影閃過，江戶川文代就這麼飛了出去，然後一個人迅速佔據了文代之前的位置，手中閃著寒光的手槍對準了自己，暗夜男爵毫不懷疑，只要自己稍微有舉動，對方絕對會開槍，那是他多年養成的直覺，但是即使是這樣，他卻仍然驚叫出聲，因為他不知因為剛剛那一下，江戶川文代到底有沒有受傷，傷的怎麼樣。
「不要動，說出你的名字，組織的基地、目的，包括你知道的一切情報。」手持沙鷹，雲翳冷冷的望向暗夜男爵。
「好吧，我認栽。」暗夜男爵苦笑，實在沒想到竟會半路殺出個程咬金。「不要開槍，我們不是敵人。」
「哦！是嗎？」雲翳饒有興趣的打量著暗夜男爵，對于他的話卻是並不怎麼驚訝。
「其實我是……」在說出那句話的同時，暗夜男爵全部精神都注視著雲翳，在見到雲翳未曾露出震驚之色的時候，眼中閃過一絲贊賞，隨即去下了自己的面具「我是工藤優作。」
「爸爸。」听著雲翳和暗夜男爵的對話，柯南听到那最後一句，在見到那熟悉的臉龐，不禁愕然無語，隨即卻是想到身下保護著自己的身影，不禁猜測到「那麼，難倒這個人真的是，媽媽？」
「有希子。」在認出工藤優作之後，雲翳已經知道接下去雙方都沒有繼續的必要了，收槍而立，這個時候他已經不好插手柯南的家事了，而工藤優作也是迅速的抱起柯南，將已經被摔的七葷八素的工藤有希子扶起。