國防部命令顧品珍于十一月之前調回雲南，撤銷湘北軍務總督之職，改任雲南軍務總督；王文華也奉命率部返回貴州，出任貴州軍務總督。顧品珍所率領的滇軍軍團與王文華的黔軍軍團合編為南方第二集團軍，兩省共編制五個精英師的常規部隊，除了集團軍配置之內的戰斗序列，其余地方部隊全部裁撤。
南方第二集團軍五個師番號順延中央第三集團軍序列，為精英第二十、第二十一、第二十二、第二十三、第二十四和第二十五師。顧品珍為總司令，王文華為參謀長，司令部設于昭通。該軍團主要負責藏康越邊境以及西南部分沿海的防務。
吳紹霆在整編序列的命令之後還附加一項密令，要求顧品珍在整編結束之後，著手加強本部人馬的訓練，隨時執行入藏收復被英軍侵佔國土的軍事行動。
至于四川地區，吳紹霆與國防部協商之後，決定不設集團軍編制，僅僅將川軍四個師整編為兩個精英師番號，隸屬于四川司令部直轄，熊克武為第二十六師師長、劉存厚為第二十七師師長。
最後，吳紹霆還特意與蔡鍔、馮國璋等人經過討論，決定將之前準備北伐蒙古平定叛亂的幾個北洋中央師整編為北方第二集團軍。這是《全國軍事整編計劃定案》中第一階段整編的最後一個集團軍番號。雖然兵力、駐地都是現成的，可是卻沒有合適的負責人選，只能由國防部直接負責所有編練工作。
當然，吳紹霆心中仍然是有自己的打算，歷史上收復外蒙古是徐樹錚所為，如今徐樹錚尚且在精英團第一期學習，而且國內戰事剛剛結束，自己的用心則放在東北方向，因此西北的事務還得容後一段時間。等到徐樹錚從精英團畢業之後，他會安排這位國戰名將調任北方第二集團軍，籌劃北伐外蒙古的作戰。
北方第二集團軍轄下精英第二十八師、第二十九師以及第三十師三個番號，額外再配備新三十一師、新三十二師兩個空番號，又北京大本營新兵司令部負責招募訓練。國防部預備派出總參謀長何福光，連同中央第三集團軍總參謀長韋汝聰二人攜帶幕僚組北上，全權負責北方第二集團軍的組建工作。
以上七個集團軍的番號是第一階段全國軍事整編的主要內容，也是共和國精英師目前全部的編制單位。國防部曾經打算為共和國精英師設計制式軍服，並且優先籌集款項將軍服推廣到所有精英師之中，不過吳紹霆認為共和國精英師相當于中國目前的主戰部隊，涉及的防御地區地理環境各有不同，軍裝應該因地制宜才是。
不過共和國精英師仍然擁有獨立的徽記，為了體現共和國精英師的無畏精神，並且給所有敵人留下深刻印象，吳紹霆不懼眾議，毅然決定采用黑色骷髏頭為主要圖案，「志誠」式輕機槍和「紹霆」式自動步槍交叉在其後。
做為蔡鍔寄托國防宏源以及中華民國最終軍事體系的國防軍，在十月中旬完成了第一期新兵特訓，不過與其稱呼這些國防軍士兵是新兵，還不如說是老兵新練。在整個第一期訓練當中，各地特訓營合計招募的純新兵數量不足四千人，從九月份開始各地特訓營大部分招募的兵源都來自現役部隊。
盡管之前國防部是嚴格規定要特訓營是四個月訓練，可這個法則僅僅是針對純新兵，當現役部隊兵員進入特訓營之後，幾乎只用了半個月的時間就通過了所有軍事基礎考核，余下的一個月時間全部用來補習文化和思想教育。這些兵員都是從各現役部隊精挑細選出來的，本身就具備十分良好的軍事和文化底子，再加上特訓的強化，不可不謂是精銳中的精銳。
第一期特訓新兵的總人數超過一萬六千人，而第一期結束之後，更大規模的國防軍招募緊接著展開，並且在武漢、北京、南京、蘭州四處增設了新的特訓營。無論是共和國衛隊還是共和國精英師，但凡通過報名考核者，都會由中央預備役司令部分派到各個特訓營受訓。從第二期開始，各地特訓營采取交叉訓練的方式，南方士兵去北方，北方士兵來南方。
如今國防軍的兵力只夠編成一個師，番號暫定為國防第一師。由孫繼直出任師長，並破格提拔何應欽為副師長兼代理參謀長，特聘國防大學外教魯登道夫為軍事顧問。
目前各地新兵營特訓營的國防軍士兵都奉命前往廣州集合，不過這次會議結束之後，第一師將會調駐至江蘇揚州。
參加這次大會的所有人都知道，之前七個集團軍番號當中唯獨沒有提及中央第一集團軍，可見吳紹霆是特意打算將這個番號留給國防軍。這正是吳紹霆的打算，在第二期國防軍特訓結束之後，如果不出差錯，國防軍兵力足以完成集團軍建制——
軍事整編會議結束的第二天，吳紹霆在總統府舉行了授勛儀式，為蔡鍔、馮國璋、韋汝聰三人佩戴上一等大綬文虎勛章，並且授予蔡鍔光武上將軍稱號，授予馮國璋為復武上將軍稱號，授予韋汝聰為國武上將軍稱號。
一番程序一一走過，特邀的國內記者和國外記者紛紛上前點燃鎂光燈照相，記錄中華民國最有名望的三位將領的榮耀之時。
在儀式結束之前，吳紹霆還代表中央政府宣讀了另外一份授勛名單，不過這些獲勛人員將會由總統府儀仗隊陸續前往辦公場所授予，不必千里迢迢來到南京總統府當面參加典禮。雖然這些都是虛有的榮譽，但是有必要為中華民國奠定長久的榮譽制度，以此鼓勵全國各界人士為國家盡心盡力。
當天下午，國務總理梁啟超又以政府名義，任命韋汝聰為共和國精英師最高長官，馮國璋為共和國衛隊最高長官，蔡鍔為國防軍最高長官。不過這些「最高長官」的職餃僅僅是虛餃，用以承托一級陸軍上將的高級身份。
吳紹霆從國務辦公廳走出來，與蔡鍔邁步向總統辦公室走去。今日蔡鍔穿著一身筆挺的新式一級上將禮服，胸口掛著兩枚嶄新的勛章，原本還有一條絲綢綬帶，不過他覺得太過招搖和麻煩，並沒有佩戴上去。
「松坡兄，全國軍事整編讓各省慢慢轉變即可，這件事不必太急，至于那七個集團軍，除了北方第一集團軍之外，剩下五個都有基礎在那里，相信各司令部不用多久就能完成任務。國防部那邊松坡兄還是先讓海軍部把海軍整頓定下來，到時候也要把海軍的整編公布出來。」一邊走，吳紹霆一邊有條不紊的說道。
蔡鍔雖然身體仍有虛弱，不過回到祖國故土心情大好，再加上這幾日的調養和鍛煉，比起在日本那會兒已經好多了。他點了點頭，應了一聲道︰「此事我會交代下去的。」
頓了頓，他嘆了一口氣，頗有顧慮的由說道︰「說來也有一些棘手，北京那邊的海軍部到現在都沒遷下來，上海海軍司令部的進程也很不理想，這些北洋政府時期的海軍將軍們只怕心里還有想不開的地方。」
經這番話提醒，吳紹霆倒是覺得海軍部確實是一樁麻煩事，他停下了腳步，臉色顯得很沉悶，心里飛快的思索著。中國海軍雖然是通脈相連，可是由于北洋政府的治理不當，如今海軍各艦隊也是四分五裂，儼然如同海上軍閥一般。誠實的說，北洋政府的海軍部要比執政府的海軍部更加權威許多，可如果由北洋政府的海軍部代替執政府的海軍部，對一直以來支持南方政權的海軍將領來說肯定不公平。
不僅如此，整頓全國陸軍看上去是十分龐大的工程，可比起整頓全國海軍來說，陸軍的工作要輕松許多。從清朝末年開始，各地海軍基本上已經形成互不相干的局面，中華民國成立之後有的支持南方，有的支持南方，再加上中央海軍部的獨立性，這種情況愈發頑固。
如果僅僅是要一個名義上的整頓，這倒不是什麼難事，無非是用財政干預海軍預算來要求海軍妥協。可是吳紹霆絕不會這麼想，要做自然要做的徹底，中國海軍必須隸屬于中央政府管轄。
想到這里，他緩緩的開口說道︰「看來，我得把老一輩的海軍將領和年輕一輩的海軍將領都約出來好好談一談了。」
蔡鍔問道︰「那要派人去北京請他們來了？」
吳紹霆想了想，說道︰「這倒不必，我過段時間要去一趟北京，到時候直接去見他們就是。之前還以為中國海軍手足相憐，不過現在看來沒這麼簡單了。」
蔡鍔苦笑了起來，說道︰「沒辦法，一方面是陳規舊習所致，一方面又歷史背景所影響，我們中國的海軍一直以來都是多災多難，也算是獨樹一幟了。北京海軍部的那些老臣，像薩鎮冰，雖然退居二線可仍然對長江流域的艦隊頗有作用；劉冠雄和李鼎新雖然都是上海艦隊出身，不過前者一直把天津、山東的北方艦隊捏在手里，後者則牢牢把握著上海艦隊。」