國民黨中央五屆三次全會終于在會議的第四天取得共識，蔣介石如願以償地控制黨政軍權力，完成所有工作後的第一件事，就是以國民黨中央決議的方式發表公告，否決西安事變期間張學良提出的《八項主張》。
兩日後，三中全會迅速通過《根除赤禍案》，主要內容包括︰一、徹底取消紅軍，以及其他假借名目之武力，統一全國武裝力量之軍令編制；二、徹底取消所謂蘇維埃政府，及一切破壞統一之組織和政權；三、根本停止赤化宣傳；四、根本停止階級斗爭。
國民黨五屆三次會議的系列決議，意味著國共之間已經沒有協調的余地，翹首企盼能停止內戰一致對外的全國各界民眾，再次陷入彷徨迷惘之中。
唯一能給全國人民帶來安慰的是國家建設取得一系列成就，繼西南各省長途電話網開通之後，敘府至重慶至西安的長途電話工程竣工使用；成渝鐵路內江至重慶段進展順利；昆明與南京、上海、西安之間順利實現無線電通話；鄂西各縣公路網、重慶地區公路網基本竣工，修建擴建里程高達七千余公里，武漢至長沙、武漢至宜昌、宜昌至重慶、重慶至綦江等六條國家級公路的通車，為沿途七十余個縣的經濟發展帶來勃勃生機。
剩下一個也最能給國民黨政府和蔣介石帶來聲譽的重要決議是，新當選的國民黨總裁蔣介石在閉幕式上鄭重宣布︰
即日起，開放言論自由，集中人才加強國家經濟建設和國防建設，赦免政治犯予以自新之路。
這一宣告，無疑是讓全國各界民眾看到了停止內戰、團結一致的美好希望，也是國民黨政府成立以來難得的開明之舉，中外報紙紛紛把這一宣告，看成是國民黨政府和新任國民黨總裁蔣介石向全國各黨派發出的誠意信號，因而盛贊國民黨和南京政府的開明進步，蔣介石的統治地位迅速趨于穩固。
在看似喜慶的形勢下，國民黨政府與之間的尖銳矛盾被極大弱化，國民黨軍隊與日本軍隊特務機構之間的地下戰爭卻趨于白熱化︰
會議閉幕第二天，國民黨中央黨部、南京中央政府組織南京各界代表數萬人，聯合舉行盛大的追悼西安殉難烈士儀式；劉峙和商震在鄭州舉行公審大會，對「日本特務機關案」中捕獲之漢jian趙龍田等七名主要間諜做出槍決的判決；兩艘武裝押運的日本貨輪，由于「陰雨大霧和浪高風急」，于二十三日深夜在溫州附近海域發生強烈踫撞隨即沉沒，其中，從廣州運載大量黃金白銀的日輪「南進丸」號貨輪最為重要，兩艘船上三十七名船員和數十名武裝押運人員全部失蹤，輿論推測兩船物資和船員均已葬身海底，次日上午，接到急報的日本海軍迅速派遣四艘軍艦，以最快速度冒雨破浪趕赴事發海域。日本駐上海、杭州領事官員迅速發表講話，沉痛哀悼死難者，並嚴厲警告南京政府和任何一方勢力，不要企圖阻撓日本軍艦的搜索警戒行動，嚴禁干涉日本打撈船的「正常營救」作業，否則將視其為戰爭挑釁。
沉船事件發生後的第三天，華北漢jian頭目殷汝耕在天津舉行盛大「集會」，高呼華北自治，承認「滿洲國」獨立，鼓勵華北各界與日本各界「攜手共榮發展經濟、盡快實現整個華北的中日礦產合作開采和鐵路建設」；山海關一帶漢jian武裝向中國駐軍和警察頻繁發起襲擊，打死打傷中國駐軍、警察和海關緝私人員二十余名；日本華北商業協會理事會全體成員強烈譴責南京政府，要求南京政府「交出刺殺中日共進會理事、北平商業協會會長侯五亮先生的凶手」，北平特務機關負責人也隨即發出「嚴正警告」，表示接踵發生的刺殺事件如果得不到妥善解決和應有賠償，日軍將對此展開百倍的報復。
紛亂的形勢似乎對安毅毫無影響，在接踵舉行的中央執行委員會、中央軍委常委會議中，安毅非常平靜地重新就任中央執委和總參謀部副總參謀長，安毅也迅速履行自己的權力責任進入角色，開始對自己領導的相關各部門進行調整，一切都井然有序、不慌不忙地悄然進行。
相對于李宗仁、白崇禧、李品仙分別就任國民革命軍第五路軍正副司令和參謀長、王寵惠正式取代張群擔任外交部長、張群調任中常會秘書長等等重大人事變動，安毅的回歸沒有引發任何的爭論和宣傳，幾乎所有中外報紙都認為，安毅的回歸理所當然，只不過是國民黨中央核心權利變更之後的正常決定，之前安毅就擔任過這兩項職務，原本按照外界的估計，「勤王功臣」安毅應該獲得更高的職務與榮譽才對。
外界所不知道的是，安毅的確獲得了更大的權力，作為中央軍委常委兼副總參謀長，安毅的權力大大加強了︰協助軍事委員會委員長制定全局軍事戰略計劃、負責總參謀部第四廳這個重要的軍事情報機構的領導、監管招募新兵和全軍訓練的訓練總監部、擔任陸軍整理委員會主任監察委員、負責監督全軍裝備及軍費預算審核。
外界不懂安毅擁有三個看似名義上的監察職務，也沒有給予應有的重視，很多報紙甚至懶得提及，但是全軍將領無不為之凜然矚目︰
包括中央軍在內的全隊，不但調動和駐防需要安毅簽字同意，就連裝備更換補充、兵員補充、各部擴編、軍費申請等等，也必須獲得安毅簽字同意，否則就算是急得上吊也沒用。
深層原因是，本年度全費預算的一半，得依安毅斡旋解決，四處借貸；全隊武器裝備的一半，需要安毅麾下兵工廠負擔；川滇黔湘鄂豫陝七個省的新兵招募、訓練預分配，也全由安毅這個副總參謀長全權負責。
正因為如此，手握實權的安毅在軍隊中的地位迅速變得炙手可熱，要比很多位高名重的軍政大員更令人敬畏，誰敢得罪安毅，估計一槍一彈、一兵一卒都難以獲得補給，有本事也和各路地方軍閥一樣自己弄去。
三月九日下午，出席完隆重授勛儀式的安毅，收起一級寶鼎勛章，拖下威風凜凜的上將禮服，來不及出席次日舉行的全國童子軍校會演大會，趕赴大營，設宴招待駐扎在此的川南、滇南五百名童子軍學員，與自己的孩子們度過一個愉快的夜晚。
次日，安毅陪同蔣介石一行，飛抵廬山，出席中央軍將領特別會議，視察廬山訓練營情況，並為三月下旬與代表的會談做好準備。
安毅負責的是軍事整編事務，與負責政治方面的張群等人一起，為蔣介石與周恩來的談判出謀獻策。
西安事變之後，國共兩黨再次開始正常接觸，以周恩來為代表的代表團，分別在西安、臨潼與國民黨談判代表顧祝同、張沖舉行了六次會晤談判。
在這其間，周恩來以原黃埔軍校政治部主任的身份，多次與黃埔畢業生談話，並請中央派遣黃埔一期生陳賡來西安，共同做黃埔系將領的工作，以利國共和談的順利進行。
周恩來與黃埔將領之間的談話內容，無一例外地呈送到了蔣介石手里，安毅作為主管軍事情報的副總參謀長，自然也清晰了解，甚至蔣介石不了解的很多私下見面過程，安毅也獲得密報。
初步談判中，張沖友善地提出紅軍主力可編成四個師十六個團，另可編成兩個徒手工兵師，全軍編制共六萬人。為使和談能達到預期的目的，一心想促成國共合作的張沖還建議，最好能通過在蘇聯的蔣經國，做做蔣介石的思想工作。
但是蔣介石否決了張沖的意見，三月八日派出戴罪立功的賀衷寒飛抵西安，協助張沖，拉上接到蔣介石指示的顧祝同一起，與代表團成員周恩來、葉劍英一起再次協商，經過激烈的討價還價，最後雙方形成「八項協議」，其中，屬于安毅事務中的內容是︰
紅軍稱號取消，改編為國民革命軍，服從國民政府軍事委員會及蔣介石的統一指揮，編制人員、給養及補充，與同等待遇，其各級人員由自己推薦，呈報軍委會任命，政訓工作由軍委會派人聯絡。其部隊編為三個國防師，計六旅十二團及其他直屬之工、炮、通信、輜重等部隊，在三個國防師之上，設某路軍總指揮部……
可是，這個協議卻因賀衷寒心切而改變了內容，變成「紅軍改編為三個師共三萬人，政訓人員由南京政府派人參加，各級的副職也由南京政府委派，取消「民選制度」，改「民選推薦」為「地方推薦」，甚至刪去了協議中要求馬步芳部停止攻擊紅軍西路軍的重要條款。
周恩來怎麼可能答應這麼苛刻的條件？認為在西安與顧、賀繼續談判，已經沒有實際意義，要求直接與蔣介石面談，以期問題的根本解決。
周恩來迅速會見張沖，提出將「三八協議」直接送達蔣介石的要求，否定了賀衷寒的提案，但是表示，兩黨合作抗日和擁護蔣委員長的方針，不會因賀案而發生動搖。
正因為如此，蔣介石反復思考之後，決定與周恩來舉行會談，盡快解決這一問題，安毅也就被拉進來，即將見到十年未見的原黃埔軍校政治部周主任了