在武器彈藥方面，借著崇明和嵊泗列島扼我國18000公里的海岸線的中心，處長江、錢塘江的交會要害，黃復華以十五文一斤，購得從日本運來的硫磺上萬斤；以每百斤1.5兩的價格大量收購佛山等地來的生鐵和鐵器。
衛隊和水軍全部實現火器化，手榴彈，子彈，炮彈等不再有短缺之虞。
前述的1600公斤大鐵炮成為一六三一式岸防重炮，最遠射程達到了七八里。不過，此炮並沒有大規模鑄造，1631年全年僅造四門，全部部署在嵊泗列島。
黃復華為了增加通用性，減少彈藥補給的難度，決定暫時只大規模制造一種口徑的火炮。
一六三一式步兵火炮，彈徑約為78毫米，與89毫米外徑的鋼炮保持一致的彈徑，炮管重量達到260公斤，最遠射程約有1000米，彈重達到1.2公斤，裝藥量0.5公斤，為開花彈。黃復華特別重視炮車的建造和改進，配上的炮車重250公斤，不僅牢固可靠，可以較為方便地調節仰角和左右方向，還使用了橡膠做成的實心輪胎，靈活機動。
一六三一式海軍火炮，彈徑還是78毫米，與步兵炮一致。但炮管長度和厚度，以及炮彈重量，裝藥量都相對減少，最大射程僅有500米左右。因為海上要打擊的是移動目標，而在這個時代要擊中太遠的移動靶，只能是靠大神保佑。
在船只方面，1631年全年新增各類小型船只和輔助船只二十余艘。如「聯環舟」，「其舟約四丈許，外視之若一舟，分則為二舟，前半截三之一，後半截三之二，中聯以環，前截載火炮、神煙、神砂、毒火等器，首裝大倒須釘數枚，銳向其利，後截二夯施數槳，載兵士」。這種「聯環舟」在作戰時，「以首釘撞于敵舟之上，前環自解，後載則回」。
另外，新造或改裝排水量100~150噸左右的戰船三艘，這些船的身長在20米到30米之間，寬6米到7米之間，深2米到2.5米之間。不過，這些戰船並不是很耐用，估計使用壽命也就六到七年，黃復華準備用滿五年就更換。還購得了寧波府五百料戰船一艘，船身長12.25丈，面闊3丈，深1.15丈。
1631年3月10日，黃復華以自己的兩條四百料武裝沙船和雇得的一條六百料大沙船，共載米近兩百噸，組成了海運船隊。黃復華請來1597年（明萬歷二十五年）參加過運載沙兵，東援朝鮮行動，經驗豐富，年近五十的船老大陳瀛為押運指引，開始了恢復元代海運的征程。
說到元代海運，必須提到一個人。朱清，生于1236年，卒于1306年，字澄叔，崇明縣姚沙人。原來是一個姓楊的大戶的家奴，後來殺了主人而只能避跡海上，淪為海盜。再後來受到宋朝朝廷的招安，南宋滅亡後，朱清就降了元朝。至元十二年（1275年），朱清任運管軍千戶。至元十三年，1276年，奉元朝丞相的命令，朱清將南宋庫藏圖籍運至大都。至元十九年，朝廷尋求南糧北調的運輸路線時，朱清和張瑄建議海運。兩人移居太倉，與上海總管羅壁造出平底海船60艘，自劉家港運糧4萬石至大都，開創了元代海運。以後，運糧數逐年增加，最高達三百多萬石。
根據《元朝的海運》一文記載，海運航線前後有三次變更︰
第一次航路，從至元十九年首次糧運，到至元二十八年新航路的開闢，共沿用十年。航線大體是︰從劉家港（今江蘇太倉瀏河鎮）至海門黃連沙頭（在今江蘇啟東東部海中）、萬里長灘（在今江蘇啟東東部，西南向呈長條形，後來部分形成陸地），經鹽城（今屬江蘇，當時瀕海），歷海寧府（治今江蘇連雲港西南）界，可至鶯游山（今連雲港東北東西連島），下入山東境，由密州（治今諸城）入膠州（治今膠縣）界放靈山洋（今青島南、膠南以東海面），北至浮山（青島附近）、勞山（青島東北嶗山）、福山（嶗山縣東），沿海岸達延真島（今山東榮成沿津島），東北轉過成山（在今榮成成山角），最後進入天津界河口。該航線沿海岸航行，迂回曲折，委實水路艱難，深為繁重」，航期長達兩個多月。
第二次航路，至元二十九年由朱清聘請長興（屬今浙江）李福四「押運指引」，路線是︰從劉家港開洋，轉過撐腳沙（在今江蘇常熟璜涇北江中），至三沙洋子江（在今江蘇崇明西北，後來大部分形成陸地），東北至扁擔沙大洪（今啟東東南，今已成陸地）、萬里長灘，再往東北一千里至清水洋、黑水洋，過黑水洋可見延真島。西北至成山與劉島（今山東威海東劉公島）、芝罘島（在今山東煙台北）諸島，進入天津界河。該航道從萬里長灘到成山一段取遠海航行，線路較為徑直。一路順風，半月可達目的地；風水不便，則需要一個月或四十天以上。
第三次航路，至元三十年開闢，從劉家港出發，過黃連沙轉西，東北取道成山，「亦為不便」，故「繼為千戶殷明略踏開生路」。這條新航道是︰從劉家港出發至崇明三沙，東行入黑水大洋至成山，以下大致與至元二十九年新航路同。航船至崇明三沙後，避開萬里長灘直入黑水洋，取遠海航行，順風十日即可駛達。此後海運均取這條航道。
第二條航路里出現的清水洋、黑水洋，都是黃海的古稱之一。宋朝以來，我國的航海者對于今天的黃海分別稱之為黃水洋、青水洋和黑水洋。在長江口附近一帶，海面含沙較多，水呈黃色，稱為黃水洋；北緯34°、東經122°附近一帶海水較淺，水呈綠色，稱為青水洋；北緯32°－36°、東經123°以東一帶海水較深，水呈藍色，稱為黑水洋。
元代海運江南的糧食，分成春、夏二運。新航道開闢前，一般是正月集糧，二月起航，四月達天津，五月返航運夏糧，八月返港。改道後，航期縮短，一般是三月起運。
這次海運，除了以船老大陳瀛為指引，黃復華還派出黃煒，吳譜，潘時鍵，黃邰，曹從質等人跟從學習，測繪航海圖。黃復華提供了根據現代中國沿海地圖轉成的海圖，除了南通這些地方的海岸線發生了一些變化，其它的沒什麼大變化，精度足夠高了。
黃復華給船隊提供了高精度的指南針，還有二十元買的電子表等儀器。
「現在時間十二點整，航向正北，測定航速！」
「新法約6.7節，西法六到七節！」
黃煒在海圖上按照6.7節用鉛筆做了相應標記。這些學徒們分別在三條船上各自測繪海圖，以免一人做圖出錯。
在古代，中國航海本來用如下的方法測量航速︰船在航行時，自船首扔下測量用的木片；人從船首快步走向船尾，要是人、木片同時到船尾，稱上更。此時行駛一更時間，也就是2.4小時，為六十里。即航速約六、七節。人先到為不上更，木先到為過更。
這種測量方法反應了當時人們已經對運動的相對性有了很好的認識。可惜士大夫階層認為這些東西都是奇技婬巧，沒有人深入思考並加以表述總結。
更本意只是一個計時單位，又作為計程單位，《西洋朝貢典錄》稱︰「海行之法，六十里為一更。」《籌海圖志》說︰更者，每一晝夜分為十更，以焚香支數為度。」參考《鄭和航海圖》中的某些記載，可以估算出鄭和船隊的平均有效航速。「官嶼溜用庚酉針二百五十更收姆骨都束」，這個是25天實際航程1656海里。從「官嶼用單甲針45更船收小葛蘭」，這個是4.5天航程330海里。這樣算起來，有效航速就是在三節上下了，由于航行中航向受風向的影響，船只行駛的方向不可能一直和航向一致，實際航速應當在4節到5節之間。
節是西方水手用于測量船的航行速度的一種計量單位，目前已經演變成世界通用的航海術語和速度標準單位。1節規定為1海里/小時。
海里是海上的長度單位。它原指地球子午線上緯度1分的長度，由于地球略呈橢球體狀，不同緯度處的1分弧度略有差異，在赤道上1海里約等于1843米，兩極約等于1861.6米。1929年國際水文地理學會議，通過用1分平均長度1852米作為1標準海里的長度。
當然，節的說法最開始並不是指什麼地球緯度的1分長度。在西方古代水手使用節作為航行速度單位的時候，還不知道地球是圓的，還是扁的呢。十六世紀時，海上航行已相當發達，但當時一無時鐘，二無航程記錄儀，難以確切判定船的航行速度。有聰明的水手就想出一個妙法，用一根長繩，等距離打上結，一頭栓在船尾（側後方比較好）沉入海中。當船航行時，繩子會因阻力而部分漂上海面，船速越快，漂上海面的部分就越長。水手根據露出水面的繩結的數量來測算航速，「節」作為航速單位由此而來。