北方的清軍即將到達揚州，雖然大勝一場，但是南京的威脅並沒有解除，無論是北方還是南方，都會有一場惡戰。所以永歷在下令處死王可真的第二天，便下旨回京。
在永歷準備班師回朝的時候，黃宗羲從湖南來信了，如今湖南的情形也是一片大好。就在兩個月前，岳州知府李任遠經過黃宗羲勸說反正歸順大明以後，立刻引來了湖南滿清官府的注意，湖南巡撫金世凱糾集湖南各地清軍兩萬余，號稱十萬向岳陽進發。初時岳州明軍與清軍打了兩仗，但因兵力差距，兩戰皆負，只好退回岳陽城中固守。
就在清軍想要圍攻岳陽的時候，湘西大明「特別軍團」攻取了衡陽，而後繼續北上，直接威脅長沙。
湖南收復長沙遭受威脅，嚇得金世凱趕緊率軍回援，但是在回援的路上遭遇明軍的埋伏，「特別軍團」兵力在四萬以上，是清軍的一倍，而且戰力也不是湖南清軍可以比擬的，所以這兩萬清軍基本被圍殲，就連金世凱也死在亂軍之中。
金世凱一死，湖南清軍群龍無首，兵力更是消耗殆盡，當李定國、姚大榜與黃宗羲他們會合的時候，已經基本掃平了湖南全境。
不過湖南雖然復歸大明，但是湖北和四川的清軍已經聞風而動。原清廷四川總督李英國此時已經調任湖廣總督，在聞之湖南丟失以後，立刻從湖北調兵遣將，聯合新任四川總督景田，出兵五萬進入湖南。
好在李定國、姚大榜早有準備，在湘鄂交界的常德，截住了入湘的清軍，半個月之內，兩軍發生了無數次大小戰斗。李國英急于進入湖南，收復失地，但是幾戰下來，他的軍隊吃了多次敗仗。這時候，九江水軍提督張鳳和九江總兵賴玉冰率九江清軍由洞庭湖南下登陸，準備偷襲明軍的後路。
但是九江水軍的動向早就被黃宗羲掌握，在他們登陸的地點預備了埋伏，當他們登陸的時候，趁機發起突襲，半天血戰後，殺三千余清兵，俘虜一千余人，另外燒毀三十余條艨艟戰船，九江水軍提督張鳳被亂箭射殺，賴玉冰見事不好，率領殘余船隊逃走。因為明軍在洞庭湖上沒有水軍，所以只能賴玉冰放任逃走。
九江水軍被消滅大半以後，常德以北的清軍也難以堅持，終于撤回湖北。湖廣總督李國英在撤退的時候，一面向清廷報信求救，一面在長江北岸的江陵、監利等地留下重兵，以防止明軍渡江北上。
現在大明「特別軍團」正與清軍隔江對峙，由于沒有水軍船隊，所以明軍暫時不能渡江北上進攻湖南，至于下一步計劃，需要等晉王李定國和黃宗羲回到南京見到永歷皇帝再議。
這就是黃宗羲書信中的內容，永歷看後君心大振，心道︰姚大榜又在湖南打了勝仗，收復了湖南全境，那麼大明現在已經擁有江西、江蘇、湖南，還有福建、浙江的部分地方，軍隊估計已達十五萬以上，形式確實是一片大好啊！只要再加一把勁，浙江、福建等地也會收入囊中。
信中的內容還有一點讓永歷很高興，那就是李定國和黃宗羲要來了，想一想，自從湘西一別，自己已經與李定國有五個月沒有見面了，也不知道他的身體現在怎麼樣。等他倆回來，一文一武正好可以輔助自己，省得再為身邊無人而苦惱了。
回京之前，靳統武曾經提議趁機北渡攻取安慶，從而光復安徽，雖然永歷也很想這麼做，但是北方清軍即將南下，南面的洪承疇時刻威脅著江蘇，所以暫時還不能北上。
讓永歷擔心的是自己派出了五個信使前往江北大別山，可是一個月過去了，依然沒有消息傳回來，劉體純的江北軍團在什麼位置，在做什麼，都是一無所知。
最後永歷在離開池州之前，派出了最後一個信使趕往江北，讓他想盡一切辦法，必須要與劉體純聯系上，並且命令他向東移動，攻擊合肥等地，以牽制南下的清軍。
三日之後，永歷率領兩萬清軍回到了南京，除了靳統武、干紋等隨軍大臣外，原池州知府喬貴樂也被永歷調入南京，官升四品內閣侍讀學士，隨君伴駕充當永歷的貼身「秘書」。
回到京城後，永歷也是一日不得閑，立刻在「應天殿」，也就是過去的兩江總督府「定和堂」召開朝會。除了領軍在外的大臣，南京四品以上的文武官員全部參加。
一陣鼓樂響過之後，永歷乘坐御攆來到宮門處，就听見有人高喊︰「皇上駕到，跪——」所有朝臣全部跪下，腦袋點地，不敢亂動分毫。
永歷被人抬到「應天殿」，從御攆上走下來，洪熙官在身後緊緊跟隨，一直來到玉階之上，轉身在九龍椅上坐好，而後用洪亮的聲音說道︰「諸位愛卿，請平身！」
「吾皇萬歲，萬歲，萬萬歲——」眾臣山呼之後，行了三叩九拜大禮，才站起來，然後自動的分成兩排。
按照大明宮廷律制，官品在三品以上的官員才有資格在殿內站立，其他品級的官員就只能站在殿外。如今南京城內三品以上的官員並不多，各部各院的主官副官有的還沒到京，有的根本就是空缺，所以殿內殿外也不過百十多人而已，殿內的就更少了，只有六個，分別是靳統武、方以智、郎廷佐、干紋、鄭基、呂修德六人，顯得格外冷清。
鄭基和呂修德是隨郎廷佐歸降大明的前清官員，其中呂修德就是那個被錢三海踹暈的江蘇按察使，不過永歷見他被人侮辱後，仍然沒有任何怨恨，便下旨任命他為正三品太常寺卿，主管禮儀祭祀。至于鄭基原任江蘇巡撫，現在還沒有任命。
永歷首先要論功行賞，池州大戰以明軍全勝告終，消滅了三萬清軍，自己卻損失不到千人，這是明軍開始東征以來，絕對沒有過的事。
雷老虎自告奮勇深入山洞點燃火藥，差點英勇犧牲，當居首功，永歷讓他上殿覲見，下旨封他為正四品武義將軍，將「擲彈營」擴編為三個營，共三千人，由雷老虎任團長之職。
利用山洞引爆火藥炸塌小山的計策，其實是喬貴樂的主意，只不過是永歷受人啟發而已。不過好在人家很會做人，也不說破，而是到處宣揚這主意是萬歲爺想出來的，使永歷的聲望在池州，乃至江南的百姓心目中又上升了一個檔次，所以永歷非常欣賞喬貴樂。故此這次朝會上也當眾下旨，升任喬貴樂為四品內閣侍讀學士。
接著方以智以內閣大學生身份，請示永歷將南京各部各院衙門辦公地安置于何處。大明還都南京，各個衙門必須要盡快復建，否則責任不清，政務難以處理。
南京城原來的六部衙門早就被民宅佔據了，永歷不忍讓百姓遷居，尤其是對前世的「強拆」深惡痛絕，于是問了南京城內還有沒有空地。
鄭基原任江蘇巡撫，對南京城最熟悉不過，他主動提出可以將六部各院衙門建在城西，那里有一大片空地，不過就是距離莫愁湖不遠，地勢低窪，在雨季容易被洪水倒灌。
永歷想一想，與民爭地要失去民心，做官的本來就是為人辦事的，辦公的地方差點也無所謂，省得以後天天以「官老爺」自居。于是便同意鄭基的建議，在城西重建各部各院衙門，還特意囑咐地基一定要加高，省得雨天被水淹了。
接著方以智又上奏了一件事，就是南京光復以來，大明還都南京，可是南京卻還沒有官府。「天子腳下」一定要保證太平，而且將來權貴大多會居住在這里，沒有一個稱職的京城府尹，恐怕難以控制首都。
那麼用誰好呢？永歷心中默默地想起幾個人，第一個是身在南昌的江西巡撫金川，第二個是新近歸降的前江蘇巡撫鄭基，第三個是干紋，還有王紫山、楊厚才等人，不是資歷不夠，就是太過年輕，難以服眾。
金川還不能動，江西是明軍的大後方，那里需要穩定；鄭基是降臣，現在還難以完全信任；倒是干紋為人正直不阿，又善于處理政務，不如就升他為「應天府尹」，為朕治理京城。
南京在大明開國初，太祖皇帝曾經改其名為「應天府」，所以南京的地方最高長官應該叫做「應天府尹」。
打定主意以後，永歷當即宣布干紋任正三品「應天府尹」，鄭基任正二品「都察院左都御史」，于是二人不偏不倚都升官了。
處理完這些事情，永歷想起各地是否有消息傳回，這才出言相問。
這些天由方以智和郎廷佐坐鎮南京，而郎廷佐雖為降官，這些日子已經不顯「尷尬」之態了，與方以智合作的不錯，兩人將各地呈報上來的政務一一匯總處理，井井有條。
听到萬歲爺詢問，郎廷佐不說話，而是看了一眼方以智，意思是還是你。方以智知道郎廷佐是有意突出自己，使他顯得含蓄一些，其實何必有這心思，都歸降了，現在同殿為臣，為大明朝廷辦事，光明磊落不好嗎？
不過方以智只是想想，面上沒表現出來，由他將收到的消息一一講了出來。
馬雲率軍一萬渡江攻打揚州，前兩天送回戰報，說是渡江以後，馬雲向外宣稱明軍兵力為五萬人馬，嚇得滿清揚州知府不敢出城迎戰，而是龜縮在城中死守。
但是明軍擁有五門大炮和二十門小炮，想要摧毀一段城牆太容易了，經過一天的轟擊，明軍炸開數個缺口，一擁而入，現已攻下揚州外城，正在強攻內城，不出三日即可攻破揚州城。
永歷心說︰這馬雲就是一個「軍事天才」！一萬人馬就能攻下一座堅城，這可不是誰都能辦到的。現在算算從傳回消息，到今天已經又三天了，估計馬雲應該能攻破揚州城了，等他回來，朕一定重重賞賜他。
還有一條消息，是張迪派人送回來的。自從永歷進入南京以來，一直沒有見到張迪，從張迪的下屬那里，才得知張迪在半個月前就離開南京去北方了，據說是接到漕幫付君義的消息，張迪才趕往北方的，但是具體去做什麼，張迪並沒有與任何人說起，所以他們也不知道。
現在張迪傳回了消息，永歷才知道張迪去做什麼了。原來付君義半年前與永歷在江寧分別後，回到濟寧漕幫黑虎堂，立即宣布月兌離燕行天的漕幫，在老幫主的支持下，自建新幫。而燕行天因為要應付福建糧草的事，還來不及對付付君義，所以付君義的新幫便慢慢壯大。
就在一個月前，付君義得知北方清軍即將從天津衛南下平叛，他與張迪暗中前往天津衛，說服和買通了天津衛的漕幫部分人，導致北方清軍沒有足夠的船只由運河南下。後來清軍水陸並進，走到聊城的時候，付君義在張迪的建議下，親自帶人將運河聊城段的水壩扒開，放走運河水，致使這段運河水枯，船只難以行船，即使是八旗騎兵在泥濘的道路上也是寸步難行。
北方清軍好不容易走出了聊城，已是五天之後。在運河與微山湖交匯的地方，清軍的船隊被船夫帶入了微山湖內，然後船夫趁夜集體消失，害得這些北方「旱鴨子」們只好自己操船，因為不熟悉水路，只能微山湖內原地打轉。
北方清軍統帥穆里瑪只好就近抓捕船夫行船帶路，就這樣，清軍又在微山湖內耽誤了六七天，這才上路，繼續南行。當然這個主意還是張迪出的。
本來天津衛到揚州走運河只需十天左右的時間，北方清軍卻耗費了一個月，這就是為什麼他們遲遲不能南下的原因。
永歷听到這個消息以後，高興的直拍桌子，有付君義和張迪拖著北方清軍的後腿，自己還有時間從容布置，等清軍抵達江南的時候，一舉殲滅之，那麼江南就只剩下洪承疇一個頑敵了。
可就在永歷高興的時候，外邊傳來一聲︰「浙江急報到——」
永歷趕緊宣信使上殿，等拿到加急密信，打開一看，當即嚇了一跳。
信上寫著︰洪承疇北犯蘇湖二州，李嗣興率軍迎戰，大敗之後，生死不明！
「這到底是怎麼了？」永歷大聲叫道。
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