軒轅黃帝大興兵戈，強力吞並了各部落之後實力大進，聲威大震，一時風光無兩。許多部落竟見人皇軒轅實力如此強橫，內心驚惶不可名狀，紛紛重新歸附、俯稱臣。
見自己的人皇之位重新得到穩固，而四海皆是臣服，軒轅心中得意連連。在廣成子的教唆之下，軒轅更是按照自己的意願強力推行的自己的政策，並命令將許多小部落給融合到有熊身上，而一些大型部落則是受到限制、監視。此舉牽連甚廣，涉及到方方面面，而且侵犯到大多數人的利益，不少地方暴動了起來。
軒轅又憑借強大的實力平定叛亂，過後，他並沒有反省自身，而是認為這是人族之中有許多大部落像神農之子孫榆罔一樣覬覦自己人皇之位，暗中鼓動別人叛亂從中得利。于是軒轅制訂了更為嚴厲的措施，限定人族的方方面面，而且大力加強集權，打亂部落以血緣群居的形式，削弱以往的氏族的權力。
這一系列做法引起了許多人的反感，人族之中不少人對黃帝報以失望之情，但卻敢怒不敢言。
念及往昔，前兩位人皇伏羲、神農行事手法溫順，循序漸進，人族在他們的帶領之下井井有條，不但被治理得興盛起來，而且還沒有留下絲毫的隱患。至于軒轅施政過于粗糙急躁，造成了不少毛病。
就如軒轅當初為了加大有熊部落實力，強兵練武，大興軍備，許多族人放下勞作加入練兵行列，造成了農荒，結果有熊糧食不足，最後軒轅只得下令其他部落按實力大小無償進貢，以人族舉族之力供應有熊練兵所需，而其他按照軒轅練兵命令行事的部落糧食產量也是大幅度減少。自神農主政以來人族就擺月兌了饑餓，沒想到如今又面臨了溫飽問題。
又有軒轅為了加強集權，除了合並姜氏部落以外，還強行的打散了風兗部落。風兗是天皇伏羲的在位之時所屬部落，和地皇神農所屬的姜氏部落都在人族之中舉族輕重，之前榆罔叛亂，有熊吞並姜氏部落還算情有可原，但無緣無故就打散了風兗，這如何能夠讓人心服口服？而被打散之後的風兗人心渙散，無法揮集體合作的力量，一下子便垮了下來，失去了往日的豐采。
還有許多部落自從被有熊吞並之後卻不受待見，逐漸有了階級之分，矛盾慢慢的擴大了起來。
凡此種種，不一而足。但總的就是，人族在軒轅治下每況愈下。
與此同時，九黎部落在軒轅的眼皮底下很快強壯起來。
軒轅看在心里卻沒有絲毫著急。在軒轅心中，這九黎地屬偏荒，雖說兵精甲足，無奈物產不豐，即使武力強橫，但後勁不足，又有何能耐？而且軒轅自認為背後有闡教的支持，有了這座大山，天塌下來亦是無憂，只要把人族給整理好了再收拾他們不過是舉手之勞，攘外而先安內，這就是軒轅給自己定下的策略。
其實還有一個不得不說的原因，這九黎部落雖說同屬人族一脈，但因為受到巫族的影響甚大，即使伏羲神農當政期間亦是游離在外，自古以來便被視為化外蠻族。許多人心中對九黎充滿了輕蔑。
而此刻的蚩尤也在暗地里謀劃。
蚩尤雖然實力大增，又有巔峰大巫的九鳳相助，但巫族已經沒落，人皇軒轅現在有闡教相助，雖然聖人不會出手，但十二金仙個個可比大巫境界，在沒有把握之前蚩尤不會輕舉妄動，讓本來就很少的族人再次損傷，想到此蚩尤決定前往盤古殿尋求其余大巫的幫助。
蚩尤來到盤古殿後，卻看到昔日輝煌熱鬧地巫族聖地如今冷冷清清，大門緊閉，蚩尤便愈加堅定了要重復遠古巫族之時地榮光。蚩尤知刑天便在祖巫聖殿之內。于是喊道︰「大巫蚩尤前來求見刑天大人。」良久，只見大殿之內傳出一渾厚地聲音︰「蚩尤，你之來意我已知了，但是我們不會再出盤古殿，也不會再助你與人族奪取霸主之位。殺戮戰爭，只能讓我們巫族之人更加稀少，當年巫妖兩族大戰便是證明，我勸你還是放棄了念頭，不然到時巫族消失于天地之間，你將是巫族千古罪人。」
蚩尤听此，知道勸說不可能再改變刑天地心意，計上心頭，便出方反激道︰「可惜啊可惜，想我巫族遠古時期如何輝煌，便是有女媧聖人撐腰地妖族也沒有怕過，但是刑天大人居然害怕了弱小地人族而甘心龜縮在這里，即便我們巫族沉落下去也袖手旁觀。」
說完蚩尤轉身假裝便要離去，突然祖巫聖殿之內傳來怒吼︰「蚩尤！你放你娘地臭屁！你說我怕了人族龜縮在這里？！」然後，便見祖巫聖殿之門打開，從中閃出一人。
一大漢經脈盤結，肌肉隆出，手持大斧和巨盾，一出祖巫聖殿，其威勢逼迫之下，四周氣流暴虐，看著一臉怒氣的刑天，蚩尤心里暗笑，轉首拜道︰「蚩尤見過刑天大人。」
刑天冷哼了一聲，然後道︰「蚩尤，你把話說清楚，你說我怕人族而龜縮在祖巫聖殿，是什麼意思？！」蚩尤道︰「想我巫族，英勇善戰，自生于天地以來從來沒有畏懼過任何人，大人你身為巫族最強大的大巫看到巫族沉落，不斷被人族驅使征服卻從來不敢出盤古殿一步，難道不是怕了人族嗎？」
刑天怒道︰「誰說我怕了人族？！人族之事，我已知了，只是，那人族共主乃原始聖人門下，如與人族爭那霸主之位，豈不是要與聖人結下了因果？而且太清道德天尊老子是人教教主，肯定也不會放過我們巫族。」
蚩尤听見後，知道刑天的擔心，便道︰「大人所慮，在下並不是沒有想過，不過，我也從來沒想過要與聖人結下因果。」刑天聞言，心感奇怪，問道︰「那你準備怎麼做？」蚩尤解釋道︰「人族共主之位，其實只是人族所推選，其它一些上古種族也並不心服，我們可先征服其它上古種族，然後再打敗人族，奪得各族共主之位，如此，天下歸服，便是聖人也不好說什麼，而且我們不必將人族盡數殺戮，到時奪得共主之位後，設定法綱，管治各族，同時，巫人雖然在參與大戰之中死去，但是，我們卻可以讓巫人與人族通婚交配。」
刑天聞言驚道︰「你說的是真的嗎？我們巫人可與人族通婚生下巫人？」蚩尤說道︰「當然，大人若是不信可到九黎部落看看，雖然通婚生下來的巫人弱小，但是修煉起來，天賦都不弱，而且修為提升很快。」刑天聞言，心中遲疑。
此時，後面出來的風伯雨師說道︰「如果是真的，那倒可以一試。」
有了數位大巫的支持後，蚩尤可謂是兵強馬壯，直接出兵攻擊軒轅，軒轅沒有想到蚩尤竟然會搶先出兵，一時間被打了個措手不急，損失慘重。如果不是有廣成子相助，恐怕只此一戰他就會丟掉人皇之位。
蚩尤一戰功成後信心大增，于是傾盡全力進攻軒轅，有著數位大巫作後盾，蚩尤也不在顧忌闡教，一路攻城掠地，無堅不摧，軒轅大軍被蚩尤打得是落花流水，死傷無數。好在有廣成子相助，總算是穩定住局面。
不過嘛，這話又要重新說回來了，這一刻，廣成子砸的倒是舒服了，可他完全是不顧自己了，想那修士等，從不敢對平民下手，乃是因為天道規定的，如果修士直接對平民出手了，哪怕是敵對方，不管出于什麼原因，自身所受業力也將增加一倍，這業力可不是好東西，一但積累的多了，便會導致修為毫無寸進，而且還會有天劫或是天罰出現，那天劫倒還無所謂，但天罰那玩意可就大不一樣了，一般來說都只有一個結果，渡不過，死了唄，魂飛魄散，真靈不存。
如果不是因為此事牽涉到闡教在人族中的信仰問題，廣成子也是不會這麼干的，畢竟如果此次元始天尊怪罪下來，很有可能他這個闡教大弟子也當到頭了，到時候跟那平凡人也沒啥兩樣，最終還是會被仇家殺死。
雙方大戰，直殺得飛沙走石，血流萬里，冤魂淒愴。不過，讓軒轅想不到的是，一戰之下，蚩尤的九黎部落凶猛如獸，再憑借著良好的武器，竟然連連取勝。軒轅自當上人族共主之位以來，連連勝戰，有些驕傲自滿，認為蚩尤的九黎部落只是蠻人之族，這一次受到蚩尤的九黎部落打敗，方始知道自己的想法大錯。
蚩尤的這一舉動完全激怒了軒轅及廣成子，軒轅只是一凡人沒有什麼大本事，可廣成子不同，他可是聖人弟子，身為人皇之師如今卻被巫族轉世的大巫蚩尤打得是落荒而逃，這不僅是落了他一人的臉面，就是整個闡教的顏面也讓他丟得一干二淨。
蚩尤乃是近戰種族大巫轉世，僅憑他廣成子一人是無法抵擋蚩尤的大軍，無奈之下他只好向師門求救。
而對于軒轅與蚩尤兩人所率族人之間的大戰，天地人三界，眾聖和昊天無不關注著。