封印「恐懼之王」迪亞波羅的英雄(一代主角)漸漸被其黑暗的力量所控制，從寺院離開，前往東方解放他的兩位兄長，臨走時毀滅了了城鎮崔斯特瑞姆，迪卡凱恩成為「赫拉迪姆」組織中唯一活下來的人。
「恐懼之王」迪亞波羅沿途經過的所有地方都又遍布惡魔，他還召喚出了「折磨與苦悶之王」安達利爾看守通往東方的大門。
「恐懼之王」迪亞波羅于東方城市魯高因附近的沙漠深處找到了封印他的兄長「毀滅之王」巴爾的塔拉夏的古墓，將其兄長釋放。大天使泰瑞爾現身阻止但被兩大魔神聯手打敗，並被囚禁在塔拉夏古墓中。「毀滅之王」巴爾召喚出了「痛苦之王」督瑞爾以看守大天使泰瑞爾。
「毀滅之王」巴爾與「恐懼之王」迪亞波羅于庫拉斯特海港找到了他們的兄長「憎恨之王」墨菲斯托，看守「憎恨之王」墨菲斯托的法師最高評議會的所有成員除了魁黑剛(首領的意思)克林姆以外，其他人全部投入了「憎恨之王」墨菲斯托的麾下，克林姆被殘忍的殺死並將其遺骸分散在各地。三大魔神合力開啟了地獄之門，並分工由「憎恨之王」墨菲斯托看守地獄之門的入口；「恐懼之王」迪亞波羅回到地獄召集地獄大軍，準備進攻；「毀滅之王」巴爾則前往亞瑞特山尋找由野蠻人世代看守的世界的心髒－世界之石。
「毀滅之王」巴爾誘惑了野蠻人其中一位首領尼拉塞克，拿到野蠻人的聖物直接通往世界之石大殿，污染了世界之石的力量，大天使泰瑞爾來到，迫于無奈毀掉了世界之石。至此《暗黑2》故事完結。