劉浩然在通政司門口當著數萬圍觀軍民的面向一百多位可憐的學子泄了一通天子之怒。第二日劉浩然的一番話經過「修飾」之後在《大明邸報》上表了，天下人都以為以夏時安、桂德等人怕是要有滅頂之災，殺頭流放是少不了的。可是劉浩然只是通過內閣將夏時安、桂德等人的公職奪去之後便沒有進一步的動作，只是授意樞密院出來和這些人打了一場官司。夏時安、桂德等人官司打輸了這是正常的，他們的上書都已經上了報紙，想抵賴是不行的。樞密院拿出各種證據，輕而易舉地就駁倒了這些文人「憑空」想出來的污蔑之詞。只是夏時安等人只是被判處了三月到三年的勞役，這似乎太輕了，讓很多人都感到出乎意料。最後，劉浩然在《大明邸報》就此事表了一番言論，說大明以法治國，不能以一人之喜怒而動其根本，就算天子之怒，也必須通過法律來展示它的威嚴。
過去了十余天，劉浩然突然又傳下詔書，言明十月二十七日舉行御前全體會議。眾人開始紛紛議論，這時不時皇帝陛下秋後算賬，準備找夏時安、桂德的「組織」-江南學派的麻煩。
不管如何，二十七日一早，有資格參加會議的眾人早早地趕到了議事堂，滿滿地坐滿了整個大堂。
「諸位。這是我擬定的樞密院、內閣、各省機構的調整方案，大家議一議。」劉浩然開門見山地說道，讓通政司秘書處將文件分給與會的眾人。按照慣例，這種大事一般先通過御前通氣會，與大學士先通通氣，然後進過御前會議將草案討論擬定下來，最後再拿到御前全體會議上拍板。這次劉浩然沒有經過前兩次的過程，直接拿到御前全體會議上，說明他一定要執行該草案，不容臣下反駁的決心。
懷著各種心思，眾人開始仔細看起來。
第一大項是對樞密院的調整，劉浩然在方案中言明，今後樞密院是對大明武裝力量的最高領導機構，直接對皇帝陛下負責，也直接接受皇帝陛下的領導，跟後世的中央軍事委員會差不多了。根據調整方案，樞密院的總負責人和最高主官就是皇帝陛下，而負責具體事務的主官就是名義上的副職了。樞密院設四位副職，第一副職是都承旨簽樞密院事，第二、三、四副職是副都承旨同簽樞密院事。這一調整就是此前的同知樞密院事廢除了，改以新官職稱呼，而這一新官職的都承旨很明顯的表示，簽樞密院事、同簽樞密院事是承旨辦事的，直接言明皇帝陛下對樞密院的控制。
樞密院的第二個調整就是增減了幾個軍司，並進一步明確各軍司的職責。原樞密院有軍情司，軍政司，軍令司。指揮司，軍訓司，後指揮司改為參軍總署。這一次劉浩然進一步加強了參軍總署的職能，參軍總署主官為參軍總長，由一位副都承旨同簽樞密院事兼領，職責是對大明6海軍建設和對外作戰提出戰略性建議，戰時組織實施戰略指揮，下達作戰部署和命令，平時擬制大明6海軍軍事工作規劃，對6海軍各部日常軍事訓練進行監管等。
軍政司繼續保留，大明軍政軍官越來越突顯出其作用，在北伐戰事，不僅使得全軍士氣高漲，一路上對迅佔領和穩定各地揮了重要的作用，在漠北戰事中，正是由于大明軍政軍官的作用，使得東北、漠南、西北等二十多萬騎兵踴躍加入明軍，投入到對北元的戰事中。
因此，劉浩然在這次調整中進一步增強其職責，軍政司主官為錄事總長，由一位副都承旨同簽樞密院事兼領。軍政司負責大明6海軍的「政治思想工作」。確保大明6海軍上下一心，堅定不移地忠于皇帝陛下和大明。具體事務為委任軍政軍官到6海軍各部，指導各部隊的「政治思想」、「文化宣傳」，「軍事保衛」和「紀律監督」等工作，除了各職能廳之外，此前直接由樞密院、6軍部、海軍部管轄的軍報-《勝利報》，《大明6軍邸報》，《大明海軍邸報》均劃給軍政司管理，此外還有大明6海軍儀仗隊，大明6海軍軍樂團，以及此次調整提出新建的大明6海軍文工團也全部劃給軍政司管理。
同時，劉浩然在調整方案中提出將南京6軍軍官學院、南京海軍軍官學院的軍政科單獨劃出，成立南京軍政學院，直接由軍政司管理。
劉浩然還進一步確定，軍政軍官一直配置到隊，錄事正式成為軍政軍官的稱呼，而參軍只配置到團一級。
軍訓司改為軍輜司，它負責平時武器裝備等軍用物資的采購、運輸、保管及分配，負責戰時的後勤保障和統一指揮。
軍令司繼續保留，它負責平時根據參軍總署的建議，皇帝陛下的批準對6海軍各部進行調遣命令，一到戰時，它自動協助參軍總署，將參軍總署的命令順利地下達到各部隊，並負責戰時動員，下達預備役集結的命令，並根據參軍總署、軍政司的考稽對將級以下軍官進行升遷和授餃。
此外，在這次調整中劉浩然對典軍鎮撫署進行了一次大調整，典軍鎮撫署被一分為二。鎮撫署成為獨立的軍事司法機構，專門對武裝人員、與軍事有關聯人員或者涉及軍事案件依照大明軍律進行審判，而典軍營則獨立出來成為監督和執行軍法軍紀的隊伍，改由軍政司直接管轄。
都鎮撫署是最高級別的鎮撫署，都鎮撫使則是鎮撫署的最高長官，由第三位副都承旨同簽樞密院事兼領，但是鎮撫署是個人負責制，也就是案子直接由各鎮撫使獨立負責，就算是官司打到都鎮撫署，案子也由單獨的副都鎮撫使受理審判，都鎮撫使無權干涉，他只負責整個鎮撫署的管理，對軍律修改的建議，以及當鎮撫使、副鎮撫使空缺時向樞密院和皇帝陛下提交推薦人選。
有了軍事司法審判機構，還必須有司法檢察機構，于是在這次調整中劉浩然又新設立了獨立軍事檢察官，他們直接由都承旨簽樞密院事直接任命和管理，負責對軍中司法和執法的監督，負責擔任軍方公訴人，也負責對軍政司軍紀管理進行監督，與鎮撫署組成了完全獨立的軍中司法體系。
軍情司職責未變，依然保持原來的狀態，不過它的主官有一項特權。就是可以向侍從司直接提交關系重大的軍事情報。
樞密院進行了調整，6軍部和海軍部也進行了大幅調整，6軍部和海軍部現在只負責軍中將士的招募入伍、軍籍管理、退伍退役管理、6海軍醫院和6海軍醫大學管理以及與參軍總署、軍政司共同管理軍官、士官學院，還有對所有涉及軍用武器、物資生產工廠的管理。按照新的流程，所有的6海軍有關的兵工廠、彈藥廠、造船廠等工廠均由6軍部和海軍部管理，軍輜司只是根據參軍總署與各部隊確定的要求數量向這些工廠下訂單采購，而6軍部和海軍部主要的責任是按照軍輜司的要求監督各工廠按質按量的完成訂單，及時交貨，然後付款，因為軍費掌握在6海軍部的手里。
按照劉浩然開始實行的財政預算案，6海軍每年也需要列出未來一年整個6海軍日常的費用。包括為部隊裝備槍械火炮、日常營地槍炮維護、日常將士軍餉糧草、新艦建造計劃、軍艦日常維護等等，算出一筆總賬之後，計部將錢款分別劃到6軍部和海軍部，而這兩部再每一季劃撥給軍輜司，計部監督6軍部和海軍部的軍費使用，6海軍部則監督樞密院的軍費使用。自從大明商業銀行林立之後，按照劉浩然的指示，6海軍部為每一位已經入伍的將士和新入伍的將士在有皇家、官方、軍方三方背景的富國銀行開設私人賬戶，每月的軍餉和津貼全部由6海軍部直接劃撥到將士們的私人賬戶上去。
大明6海軍的軍餉是根據軍餃確定的，而津貼是根據軍種和崗位確定，都是固定好的，6海軍部掌握著6海軍的軍籍，你軍令司如何調整軍餃、崗位6海軍部不管，但是你必須通知我進行檔案調整，然後軍餉津貼按章執行。
不過戰爭時期不一樣，一旦準備進行戰事，參軍總署和軍輜司預計花費的錢糧列出來，由皇帝陛下批準，交給內閣，計部將錢劃出來，直接撥給軍輜司，然後向各工廠下訂單，事後對各參戰將士進行犒賞，不過這個費用你必須列出清單，戰後交由6海部審計，最後交給計部審計銷賬。
大明6海軍部還有一項重要職責，那就是整個大明的國防教育。除了每年一次的招兵和學員軍官招考，大明6海軍部每年還會列出一筆預算，用于各省的民兵和預備役訓練，以及對國民的國防教育。
在這次調整，劉浩然對大明6海軍進行了大幅度的調整。6軍方面，繼續保持常備軍、守備軍和民兵預備役軍的區分。
按照劉浩然的計劃，大明常備6軍將保持一百三十個步兵團，其中包括大內親軍的十個步兵團，全部裝備火槍；四十個炮兵團，其中包括大內親軍的三個炮兵團和單獨的十個重炮團和四個特種炮兵團；五十三個輜重團，其中包括大內親軍的三個輜重團和單獨的十個快輜重團。炮兵團很好理解了。輜重團就是運輸團，它負責所屬師的軍輜保管、運輸和護衛，一般有兩千余人，多裝備馬車、驢車、騾子等「運輸工具」，有一定的自衛能力。
劉浩然提出常備6軍在團的機構上增加師的編制，一個師直轄三個步兵團，一個炮兵團，一個輜重團，一個直屬工兵營，一個直屬偵騎隊、一個直屬軍令隊、一個護旗營和其它師部直屬單位，總人數在一萬五千人左右。師的軍事長官為統制，軍政長官為錄事長，幕僚長官為參軍長。平日師部與各團分開，各駐一地，只留直屬單位在師部。共計四十個步兵師。
常備6軍還將編練四十個騎兵團，其中包括大內親軍的兩個騎兵團和兩個獨立的偵騎團，共編為十二個騎兵師，加上師屬單位，大約在一萬人左右。
如此算下來，整個大明的常備6軍包括大內親軍，總人數在八十五萬。
由于這個人數十分龐大，加上劉浩然準備讓自己的軍隊從半軍半屯逐步走向全軍事化，但是受現在生產條件的限制，數百萬軍隊完全職業化是做不到的，但是劉浩然設想至少要讓常備軍逐步完全職業化。
因此，為了減輕百姓的負擔，劉浩然大幅度裁減了守備軍的人數，從此前的一百六十余萬裁減到如今的一百個步兵團，四十個騎兵團，二十個炮兵團，總計五十萬。他們依然以團為單位，分布在各交通要地和重要城鎮附近。他們平時半軍半屯，盡可能保證糧食自給，同時也負責各自防區的軍事防務。一旦戰事生，他們將接受軍令司下達的動員命令，听從參軍總署的調遣，加入到指定的常備軍步兵師序列中去，成為他們的補充。
而民兵預備役依然由各地的縣尉和守備負責日常管理和訓練，一旦戰事生，他們將听從軍令司的動員令，迅集結到府治，組成預備役團，隨時听從參軍總署的命令補充到指定的常備師中去。縣尉除了這個任務之外，還負責每年一次的招兵工作。
而各省的都指揮使除了管理各地的預備役民兵之外，還負責管理該省轄區內的守備部隊，但是他沒有調遣權，各守備部隊只听從樞密院軍令司的調遣。