雲城，原本是羅雲建立的一個人類和感染體共存的巨大城市，甚至，通過各種方式，幾乎成為現世的一個傳說中的都市。可是，在一起喪尸的圍攻下，城市的人死傷慘重，最終不得不撤離這里。不過，在離開的時候，雲城的人都始終記得那句話，我們還會回來的。現在，就是他們實現這個心願的時候了。
在離開雲城一段時間後，發生了許多事，甚至讓羅雲自身都陷入危機之中。不過，雲城依然再一次壯大起來，無論背後隱藏著多少秘密，它的實力比起從前，幾乎是強大了幾十倍。擁有一商城為主的指揮型城市，下屬完全接受其統治的，還有幾十個大小村落和十多個人類幸存者基地，甚至還有一處正在修建的大型城市。
在上一次救援三十萬人的基地，和近百萬喪尸戰斗之後，時間很快就過去了一個多月，中間雖然還有不少小規模的戰斗，大多都是雲城為了鞏固統治區域，展開的清剿作戰，清剿的目標主要是那些未受控制的野生喪尸群，還有侵犯雲城所屬的黑暗軍團部隊，當然，其中也包括一些敢于襲擊雲城所屬的人類幸存者。按照雲城公開的聲明，幾個被消滅的人類幸存者基地，都是以搶劫商隊，奪取其他幸存者物資的強盜團伙基地，所以，雲城為了維持統治區的秩序，不得不對這些人類中的敗類份子進行清剿，來保障更多幸存者的安全。
此外，就是雲城的軍事擴張行動。儲藏在各地的武器彈藥，在救世軍混編部隊的行動下，一點一點的被聚集起來，然後召集更多的勇敢的士兵，訓練新的作戰部隊。對于越來越廣闊的領土，原有的部隊顯然不足以完全控制。何況，還有那個不斷襲擾人類的黑暗軍團存在，救世軍就必須進一步的增強實力。
這里，讓潘興等獲救的人類基地領導感到可惜的是，那些被黑暗軍團圍困的五千人物資收集部隊，似乎來不及等到救世軍的救援，就被黑暗軍團完全消滅了，而且，連可以找到的尸骨都沒能留下多少，五千人的人類戰士，這個損失，對于現世的人們來說，也是非常巨大的。
當然，五千人是不是真的被黑暗軍團消滅，僅僅是更具現場搜索的情況，猜測出來的結果而已。實際上，五千人的人類戰士，在被包圍，並擊敗之後，還有三千多人幸存了下來，而且大部分在武力威脅下，不得不加入黑暗軍團，成為那些戴著面具的特殊成員。在很長的一段時間里，這些臣服于黑暗軍團的人類，不得不指揮著感染體對同樣的人類發動攻擊，而他們操縱感染體進攻的方式就如同和惡魔簽訂了契約，並化身成惡魔的僕人襲擊人類，最終，這些被迫服從黑暗軍團的面具戰士，被人們稱作黑暗契約者。同時，雲城那種同樣是人類和感染體達成契約，並接受控制的人類，則被稱作契約者。如同光明和黑暗的對立存在一樣，只是……
完全由感染體和少量人類戰士組成的黑暗軍團，避開了救世軍的主力，轉向其它地區發動襲擊，進一步讓已經飽受喪尸和變異生物摧殘的人類幸存者們遭到沉重的打擊。新的高智慧喪尸，有預謀的戰術進攻，讓人類幸存者基地每天都沉浸在水深火熱之中，那些遠離雲城和救世軍的地方，對于希望救世軍出兵支援的呼聲越來越高，這些結果都按照寄生體臨汾公主的計劃，不斷的發展著。
在另一方面，隕石產生的特殊感染體，也在快速的進化變異，雖然，最初的統治者小宇最終被羅雲消滅，可是在一段時間之後，新的統治者在特殊感染體中產生。這些被隕石影響的特殊感染體，和普通的感染體有著完全不同的本質，無論是感染體中的領導者也好，羅雲這樣的特殊人類也好，甚至于寄生體臨汾公主這樣的千年喪尸，都無法控制它們，甚至無法建立更直接的聯系。可是說，這些被隕石影響的特殊感染體，就像是在人類和感染體之後，又一次出現的新的可怕生物，而這種生物則是由感染體被影響後產生的，就如同最初人類被病毒感染成為感染體一樣。它們不但襲擊人類，甚至襲擊感染體，因為它們的食物範圍，甚至擴大到連喪尸和變異生物都可以吞食。
對于這種不受控制，並且可以把感染體當作食物的怪物，臨汾公主當然無法容忍它們的存在，這也是臨汾公主突然放棄征服更多人類，而想要先對付這些特殊感染體的原因之一。
可以說，在長達一年多的變化之後，現世的生物，漸漸的被分成三大類，一種是對病毒產生免疫，沒有受到太大影響的普通生物，比如正常人類，雖然有些變異，卻依然和從前一樣可以食用的動物和植物。第二種就是喪尸群和變異生物，還有出現變異，甚至可以吞噬生物的植物，它們被統一稱作感染體。而第三種，則是被存在于世界各地的奇怪隕石所影響的，由普通感染體產聲的特殊感染體。這三類，基本就是現世依然存在的生物構成的主要部分。當然，還有許多更加特殊的進化和變異，當那些都是少數，畢竟病毒寄生體帶來的進化和變異，永遠都會出現無法預料的結果。
好在，雖然這些特殊感染體進化的相當快，但是畢竟才經過了短短的幾個月，依然停留在為了生存而生存的本能上。由于雲城留下大量的食物，還有能夠快速繁殖和生長的變異豬和變異兔子，使得數量並不算太多的特殊感染體在滿足生存需求的基礎上，並沒有向其它地方擴張。
要想奪回雲城，首先要做的就是把這些特殊感染體消滅掉，然後破壞隕石，或者把隕石再次封閉起來。但是，這數萬喪尸的能力卻異常強大，而雲城這邊，為了避免更多的喪尸被隕石影響，反過來攻擊自己人，只能派遣以人類戰士為主的部隊。
何成，在並入雲城之後，繼續擔任有進化者組成的部隊的指揮官，不過，現在的進化者部隊，被改稱為特種部隊。由于他之前的優秀表現，甚至連臨汾公主都對這個人類有深刻的印象，所以在傷好之後，立刻被提拔上來，負責協助管理所有加入軍隊的進化者，也就是說，新成立的特種部隊的總指揮。
這一次，來自各地被召集起來的進化者，人數已經超過三千，而且都是經過挑選，其能力適合作戰的進化者。比如，基礎能力強化型的，擁有比普通人更強的力量，體力，速度等等，特殊能力型的，比如簡單的控制感染體，心靈感應等等。這些進化者和普通的人類戰士混編，組成一支特種部隊，專門用于對應無法派遣感染體參與的戰斗。雖然說，特種部隊的成立，主要是為了奪回雲城，不過考慮到將來可能會遇到更多這樣的環境，所以即便不是為了奪回雲城，特種部隊也有成立的必要。
而此刻，何成的老搭檔黃楚，正帶領著一支偵查小隊，潛伏在雲城的周圍，收集著城內特殊感染體的信息。偵查隊伍里，除了擁有精銳的戰士外，還有一些特殊能力型的進化者，可以和喪尸建立意識聯系，獲取更多的信息情報。
不過，這些特殊的進化者，似乎並不能和更高級的特殊感染體建立意識聯系，僅僅是獲得外圍的一些最底層的特殊感染體情況。不過，雖然得到的情報不多，還是被他們發現了一件事情，那就是，整個雲城的特殊感染體，似乎已經打算開始一次對外攻擊的行動了，似乎新產生的統治者，突然打算擴大它們的生存領域，增加同伴的數量。而最讓黃楚他們感到驚訝的是，特殊感染體的攻擊目標，居然是被感染體佔據的另一個人類沿海基地。
這些情報被傳回指揮中心的時候，林維安吃驚的發現，那個沿海能力基地，居然就是從前雲城的老對手，喪尸倒霉熊圍攻的人類基地。根據李軍他們帶來的情報，沿海人類基地似乎已經被攻破，里面的幸存者好像都撤離了，據說是從海上撤離的，至于具體去了什麼地方，卻沒有人知道。所以，現在沿海基地里，完全是感染體佔據著，而這些感染體的統治者，則是喪尸倒霉熊。很長一段時間沒有遇到這個老對手，估計它的實力應該更進一步了。
得知這個情況之後，林維安不得不考慮針對這個新變化做出戰術改變，比如，是否暫停進攻雲城，讓特殊感染體和感染體之間自相殘殺，等到最後，他們再趁機襲擊兩敗俱傷的敵人。
「我覺得這個辦法最好，可以最大程度的將少我們的犧牲。」潘興看著地圖說︰「而且，如果那些佔據雲城的特殊感染體主動出擊的話，雲城那邊的敵人力量就會大幅度減少，也是我們奪回雲城的最好機會。不過，唯一要考慮的就是，這種特殊感染體和普通感染體之間的實力，究竟有多少差距，而且，情報說特殊感染體本身就是由感染體轉變而來，萬一那些……嗯，叫做喪尸倒霉熊帶領的喪尸群被輕易打敗征服的話，只怕我們真正要對付的敵人特殊感染體，反而會大幅度的增加實力。所以，我們是不是有必要在關鍵的時候，稍微協助一下這個喪尸倒霉熊的喪尸群。」
林維安思考了一下說︰「我看這個建議不錯，根據我們獲得的資料，這個被城主叫做倒霉熊的喪尸，似乎和城主之間有著很特別的感情……嗯，甚至我們派往沿海基地的一支觀察隊，在基地被攻破前，逃離基地的時候還被它抓住。可是它在知道是雲城的隊伍之後，居然放過了沒有受傷的三名戰士……也許，我們可以嘗試和這個特別的喪尸領導者聯系一下。」
「不過和喪尸群聯系的話，我們要派什麼人去比較合適？」雖然有人這麼問，不過大家的目光都看向喪尸小林，似乎和喪尸中的領導者聯系的話，作為雲城所有感染體的實際控制者，喪尸小林是最合適的人選。可是，目前喪尸小林還有很多更重要的工作，無法輕易離開商城。
這時，喪尸小林用越來越順暢的人類語言說︰「還有其他人選……我的部下小吳非常合適這個任務，他現在正在訓練帶領我們新成立的狼騎兵。這次奪取雲城的戰斗，可能用不上他們，不如讓他和狼騎兵去和倒霉熊聯系，順便協助作戰。」
一陣商議之後，大家通過了這個計劃，然後各自散開去執行自己的任務。會議之後，不知不覺中，大家都在心里有了一些奇怪的感覺，人類似乎從最初的和感染體完全對立的戰斗中，出現了一些新的轉變，從控制，到現在的試圖合作……似乎，人類和感染體之間的敵對狀態，正在隨著時間一點一點的改變著，不在是從前那種單純的為了生存而殘殺，在感染體的智慧越來越高之後，開始漸漸的出現有目的的對抗……