閏五月初三，桓振去行宮見安帝，摧馬揮戈，直到石階之下，詢問桓升在哪里，當他听說桓升已死，怒向安帝高叫︰「臣一門何負國家，而屠滅若是！」瑯邪王司馬德文從床上起來向桓振施禮，說︰「此事豈是我兄弟之意！」桓振稍稍怒解。桓振打算殺掉安帝，桓謙苦苦地制止他。初六，桓振為桓玄舉辦喪事，以示哀悼，設立靈堂，追謚為武悼皇帝。
桓振是桓溫親佷桓石虔之子。眼見桓玄、桓升已死，桓振只得與叔父桓謙重推安帝為主，自為荊州刺史。
桓玄屬于歷史上的亂臣，他從稱帝到兵敗出逃，及至被殺，前後不到半年（一說80天），桓楚政權就宣告滅亡了。
義熙元年（405年）正月初七，劉毅等人的幾支軍隊抵達馬頭。桓振挾持著安帝出兵屯據在江津（今重慶），派遣使節請求割據江、荊兩個州，以送回安帝作為交換條件。劉毅等人沒有答應。初九，魯宗之在柞溪（湖北江陵縣北20里）將桓振的部將溫楷擊敗，進軍屯扎在紀南（荊州市江陵區以北5公里處）。桓振留下桓謙、馮該鎮守江陵，率領部隊與魯宗之展開決戰，並將其打敗。劉毅等人又在豫章口把馮該打敗，桓謙棄城而逃。劉毅等人的部隊進入江陵，抓住卞範之等人，全部殺掉。桓振回師，望見城中大火四起，知道江陵已經被攻陷，他所帶的軍隊全部潰散，桓振逃到川（今湖北）。
十三日，安帝下詔，將國家的重大事件的處理權，全部交給冠軍將軍劉毅。十六日，安帝司馬德宗下令實行大赦，改年號為義熙。
二月初五，朝廷留台（古代帝王因故離京，奉命留守京師之官及其機構）準備皇帝專用的車駕儀仗，去江陵迎接安帝司馬德宗重新回到建康，繼續做他的皇帝。劉毅、劉道規留在夏口駐扎，何無忌陪同護衛司馬德宗東下還都。
三月十三日，司馬德宗抵達建康。十四日，文武百官前往宮門拜見請罪。安帝下詔命令他們恢復職務。四月，劉裕回到京口鎮守。朝廷改任他為都督荊、司等16州諸軍事，兼任兗州刺史。
義熙二年（406年）十月，朝廷尚書評定勤王舉義的功勞，秦請封劉裕為豫章郡公，劉毅為南平郡公，何無忌為安成郡公，其余的人加封賞賜高低、多少不等。
義熙三年（407年）二月初九。劉裕前往都城建康，堅決辭讓剛剛加封他的那些官職，否則打算自己投監問罪。安帝下詔同意他所堅持的意見，劉裕才回到丹徒（今江蘇鎮江）。
義熙五年（409年）三月，劉裕上表請求討伐南燕，朝廷中商議，大臣們都以為不可輕舉妄動。只有左僕射孟昶、車騎司馬謝裕、參軍臧熹認為一定能勝利，勸說劉裕出征。
三月十一日，劉裕從建康出發開始北伐南燕。第二年，晉軍俘虜南燕皇帝慕容超，南燕亡，佔領山東等地。同時廣州刺史盧循又反，乘劉裕北伐之機向建康進發，劉裕及時班師南下後才解決了建康的危機。第二年，盧循在交州被刺史杜慧度殺。三月，東晉劉裕開始接受太尉、中書監的職務。
義熙十一年（415年），朝廷下詔加封太尉劉裕為太傅、揚州牧，特許他可以帶劍穿鞋上殿，進宮朝見皇帝不必小步走，奏事時不必司儀稱名通報。
次年三月，朝廷加授太尉劉裕為中外大都督。劉裕動員軍隊嚴加戒備，準備討伐後秦（十六國之一，羌族姚萇所建，都長安即今陝西西安），安帝下詔加授劉裕兼任司、豫2州刺史，任命他的世子劉義符為徐、兗2州刺史。
義熙十三年（417年）七月，太尉劉裕抵達陝城，沈田子、傅弘之等率兵進入武關，後秦的守將紛紛棄城逃走。九月，劉裕佔領長安，後秦亡。
安帝司馬德宗下詔封宋公劉裕為宋王，采邑增加10個郡。不久，宋王劉裕被朝廷加授特殊禮儀，進封蕭太妃為太後，稱世子劉義符為太子。此時，劉裕成為東晉舉足輕重的人物，為南朝宋的建立奠定了基礎。
義熙十四年（418年）十二月，彗星從天津星穿出，進入太微星，經過北斗星，聯結紫微星，80多天以後，彗星消失。北魏國主拓跋嗣，再次征召名儒、術士，問道︰「如今天下四分五裂，各自為主。這次天上變異所暗示的災禍，到底應在哪一國？我心中十分恐懼，你們可以暢所欲言，不要有所隱瞞。」眾人都推舉崔浩回答這個問題，崔浩說︰「天災異變的發生，通常照應地上人間的事變，如果人間的統治沒有發生問題，又有什麼值得畏懼的？當年王莽將要篡奪漢位時，彗星出入的方向，正與今天相同。我們魏國，主尊臣卑，老百姓就沒有不安分的想法。現在晉朝皇室日趨沒落，危亡不遠。彗星的出現，莫非預示劉裕將要篡奪皇位！」其他人都沒有不同意見。
同時，宋王劉裕急于篡奪皇位，但是他認為讖書上有句話︰「昌明（即孝武帝司馬曜）之後，還有兩個皇帝。」于是，密令黨羽，中書侍郎王韶之，買通司馬德宗左右侍從，密謀毒死司馬德宗，另立瑯邪王司馬德文。由于司馬德宗弟司馬德文擔心兄長遇害，常在司馬德宗身邊保護他的安全，飲食睡眠，都寸步不離。王韶之窺伺多時，沒有機會下手。正巧十二月十七日這天，司馬德文患病，出宮休養。王韶之乘機入後宮東堂，指揮侍從用散衣結成帶子，在東堂將司馬德宗活活勒死（雖是白痴，可也是一條皇帝命，就這樣無辜地被劉裕給滅了）。該年，司馬德宗37歲，在位22年。是日，劉裕于聲稱奉司馬德宗的遺詔，擁立司馬德文即皇帝位，大赦天下。司馬德宗死後，謚號為安帝。元熙元年（419年）正月初一，東晉改年號元熙。二十九日，東晉朝廷安葬晉安帝司馬德宗于休平陵（今南京紫金山麓）。
《列傳》選錄︰
ヾ安僖王皇後，王神愛，瑯邪臨沂人。父王獻之，見別傳。母新安愍公主。王皇後以太元二十一年納為太子妃。及安帝即位，立為皇後。無子。義熙八年崩于徽音殿，時年29歲，葬休平陵。