蕭寶卷稱所寵幸的潘貴妃的父親潘寶慶以及茹法珍為阿丈，稱梅蟲兒、俞靈韻為阿兄。蕭寶卷同茹法珍等人一起去潘寶慶家中，親自去打水，幫助廚子做飯。潘寶慶仗勢欺人，作奸犯科，對于富有之人，他都以罪名誣陷，對于這些人的田產宅院以及財物，他都要啟告皇上索取。
閹人王寶孫，年齡才13、4歲，外號叫「倀子」，最受蕭寶卷寵幸。他參預朝廷政事，就是王之、梅蟲兒之輩也對他恭順。他可以控制大臣，篡改聖旨，甚而至于騎著馬進入殿內，敢于當面詆斥蕭寶卷。所以，公卿大臣們見了他，都嚇得連大氣也不敢喘。
有記載說，蕭寶卷在東宮時便「不好學，唯嬉戲無度」，「嘗夜捕鼠達旦，以為笑樂」，他是中國歷史上著名的荒唐皇帝之一。南朝皇帝多奢侈腐靡，蕭寶卷尤甚。
永元二年（500年）八月，後宮失火。當時，蕭寶卷去市里游走沒有回宮，宮內之人不得出去，而外面的人又不敢擅自打開後宮門去救火，等到後宮門開了之後，燒死者尸體遍地，共燒毀齋睿儀殿及昭陽、顯陽等殿，房宇30余間。
當時，蕭寶卷周圍的寵幸之徒都號稱為鬼，有一個叫趙鬼的，能讀《西京賦》（東漢家張衡的《西京賦》記載了「扛鼎」、「緣竿」、「鑽圈」、「跳丸劍」、「走索」、「魚龍變化」、「吞刀吐火」、「劃地成川」等許多精彩雜技、幻術節目，並有樂隊伴奏），引用其中之言對蕭寶卷說︰「柏梁台（故址在今陝西省長安縣西北長安故城內）既然被燒毀了，那麼就營建章宮漢武帝劉徹于太初元年（前104年）建造的宮苑。《三輔黃圖》載︰「周20余里，千門萬戶，在未央宮西、長安城外。」。」于是，蕭寶卷專門為潘妃建造永壽、玉壽、神仙三座宮殿，金壁輝煌，五彩絢爛，雕畫裝飾，富麗堂皇，豪華到了極點。
後宮中的服飾用具，無不是盡意挑選的珍奇之品，如此奢侈，以致府庫中舊有的物品，不再能滿足其用。東昏侯派人以高價收買民間的金玉寶器，價格皆高于正常之價數倍。他又讓把建康的酒稅全都折合成銀錢交入官庫，就這樣仍不能滿足後宮之用。他命人把金子鑿制成蓮花貼在地上，讓潘貴妃在上面行走，說︰「這是步步生蓮花呀。」並在玉壽殿「七賢壁畫」的每個人畫像旁畫了一個美女。據說他又剝取莊嚴寺的五九子鈴裝飾殿外。他又命令交納賦稅的民眾上貢錦雞頭，白鶴翎、白鷺羽毛。此外，潘貴妃的服飾，也極盡奢華珍貴，主衣庫舊物，不復周用。潘貴妃有虎魄釧一只，價值百70萬。都是從民間高價購得。使得老百姓傾家蕩產，沒有活路，無不呼號泣哭于道路之中。
蕭懿援助朝廷平定崔慧景反叛之時，蕭衍曾派親信虞安福去游說蕭懿，對蕭懿說︰「如果把反賊殲滅之後，進一步再率兵進宮，如商代的伊尹放逐太甲、漢代的霍光廢昌邑王那樣，廢掉昏君東昏侯，此乃千載難逢之良機。」但蕭懿並沒有采納蕭衍的建議。
崔慧景死後，蕭懿被任為尚書令。蕭懿有9個弟弟︰蕭敷、蕭衍、蕭暢、蕭融、蕭宏、蕭偉、蕭秀、蕭憺、蕭恢。蕭懿以朝廷元勛，位列朝班之首，蕭暢任衛尉，掌握著宮門的鑰匙。當時，蕭寶卷時常出外游走玩嬉，有人就勸蕭懿乘其出游之際，起兵廢之，但是蕭懿不听。寵臣茹法珍、王之等人忌憚蕭懿的威望和權力，游說蕭寶卷︰「蕭懿將要象隆昌年間廢郁林王那樣把你廢掉，陛下命在旦夕。」蕭寶卷听了大怒。徐曜甫知道這一情況之後，秘密準備了船只，停在長江邊上，力勸蕭懿西奔襄陽。然而，蕭懿卻說︰「自古以來，人誰無一死，豈有尚書令叛逃的呢？」蕭懿的弟弟和佷子們都對將會發生的事變做了準備。十月，蕭寶卷派人到尚書省給蕭懿賜送藥酒，蕭懿臨死之前說道︰「家弟蕭衍在雍州，是朝廷的一大憂患。」由此可見，蕭懿對朝廷來說是絕對的忠臣，但對骨肉兄弟來說則是大逆不道。蕭懿死後，他的弟弟和佷子們全都逃亡藏匿于里巷之中，沒有人加以告發，只有蕭融被捕獲，遭到殺害。
起初，蕭寶卷懷疑雍州刺史蕭衍有異謀。直後滎陽人鄭植的弟弟鄭紹叔擔任了蕭衍的寧蠻長史，蕭寶卷派就派鄭植以探望弟弟鄭紹叔為借口，去刺殺蕭衍。鄭紹叔知道了這一陰謀，秘密地報告了蕭衍，蕭衍在鄭紹叔家中備辦了酒席，以開玩笑的口吻對鄭植說︰「朝廷派遣您來謀害我，今天我正得閑，與您宴飲，這正是下手的好機會呀。」說罷，賓主大笑不已。蕭衍又讓鄭植把雍州的城牆壕溝、倉庫、兵士、戰馬、器械、船艦等仔細觀察一番，以便弄清蕭衍的實力。鄭植看過之後，對鄭紹叔說︰「雍州的實力強大，是無法輕易解決了的。」鄭紹叔對他說︰「哥哥回到朝廷之後，請一字不差地對天子說︰如果要攻取雍州的話，我鄭紹叔要率眾搏一死戰！」鄭植回朝去，鄭紹叔把他送到南峴，兄弟二人執手相視，慟哭而別。
蕭衍知道蕭懿已死的噩耗，連夜召集張弘策、呂僧珍、長史王茂、別駕柳慶遠、功曹吉士瞻等人到府第議定對策。十一月初九，蕭衍把手下的僚佐們召集到一起，對他們說︰「昏亂的君主殘暴，罪惡超過了紂王。所以，我們應當一起把他除掉。」在這一天，蕭衍樹起大旗，召集兵馬，共得到帶甲兵士1萬多人，戰馬1千多匹，船艦3千艘。
二十二日，蕭衍上表南康王蕭寶融，勸他稱帝，但蕭寶融不答應。十二月，蕭穎冑同夏侯詳向建康朝廷中的百官群臣以及各州郡的長官們傳送了聲討蕭寶卷以及梅蟲兒、茹法珍罪惡的檄文。蕭穎冑派遣冠軍將軍、天水人楊公則出發去湘州（湖南長沙），派遣西中郎參軍、南郡人鄧元起向夏口進發。軍主王法度因按兵不進而被免職。初十，荊州的將佐們再次勸蕭寶融稱帝，仍舊沒有答應。夏侯詳的兒子驍騎將軍夏侯任殿中主帥，夏侯詳秘密召他前來，夏侯就從建康逃回來了。二十七日，蕭穎冑到達江陵，聲稱接奉宣德皇太後的命令︰「南康王蕭寶融應當繼承皇位，但由于要等待清除去宮中的昏君和奸臣，所以暫時不稱帝，而封地十郡，為宣城王、相國、荊州牧，並且授予黃鉞，可以挑選任命百官，原有的西中郎府和南康國照舊不變。等待軍隊到了附近之時，由主管官員備辦車駕前去奉迎他。」
此時，竟陵太守、新野(今河南新野)人曹景宗派遣親屬去游說蕭衍，建議他去迎接南康王，以襄陽為都城，先稱帝即位，然後再進軍建康，蕭衍沒有采納他的意見。
中興元年（501年）正月初二，蕭寶卷任命晉安王蕭寶義為司徒，任命建安王蕭寶寅為車騎將軍、開府儀同三司。初十，南康王蕭寶融開始稱相國，發令大赦天下，並且任命蕭穎冑為左長史，任命蕭衍為征東將軍，任命楊公則為湘州刺史。十三日，蕭衍率兵從襄陽出發，留下弟弟蕭偉總管府州事務，蕭防守襄陽城附近的堡寨，府司馬莊丘黑防守樊城。蕭衍出發之後，州中兵力以及物資儲備都很空虛。魏興太守裴師仁、齊興太守顏僧都兩人不服從蕭衍的命令，率領兵馬要襲擊襄陽，蕭偉和蕭派遣部隊在始平進行攔截阻擊，大獲全勝，于是雍州得以安定。
二月初一，南康王蕭寶融任命冠軍長史王茂為江州刺史，任命竟陵太守曹景宗為郢州刺史，任命邵陵王蕭寶攸為荊州（湖北荊州）刺史。十八日，蕭寶卷派遣羽林兵襲擊雍州（陝西雍州），宣布朝廷內外實行戒嚴。
三月十一日，南康王在江陵稱帝即位，改換年號為中興，大赦天下。十二日，蕭寶融發出詔書，宣布蕭寶卷已經成為庶人，並封他為涪陵王。
十九日，蕭寶卷委任豫州刺史陳伯之為江州刺史、假節、都督前鋒諸軍事，命令他西擊荊、雍2州。
四月，蕭衍率部出沔東下，命令王茂、蕭穎達等部十九日進軍逼近郢城（今武漢市武昌)），薛元嗣據守城內，不敢出戰，眾將領準備攻城，蕭衍不允許。
六月，蕭寶卷把閱武堂改名芳樂苑，山石全部涂上五彩之色。他看見民眾家有好樹和美竹，就命人毀掉人家的院牆，拆掉房屋，把這樹和竹子移走，重新栽在芳樂苑中。當時正值盛暑，栽上不久就枯萎了，于是另換，所以移栽樹、竹的人就從早到晚忙個不停。蕭寶卷又在芳樂苑中建立了一個集市，讓宮人、宦官們充當小販，讓潘貴妃做市令（市場管理者），他自己則自任集市的錄事（市場協管員），如果誰稍有過失，潘貴妃就把其交給衛士杖責。于是，蕭寶卷命令虎賁（護衛君主的專職人員）們打時不得使用杖和實芯的荻桿。蕭寶卷又命令人挖渠築壩，自己親自駕船，或者坐下作屠夫賣肉。蕭寶卷又喜好巫師，他的身邊人朱光尚詐稱說自己能看見鬼。一次，蕭寶卷進入東游苑，人馬突然受驚，就問朱光尚是怎麼回事，朱光尚回答說︰「前次我曾看見先帝非常生氣，不許聖上頻繁出游。」蕭寶卷听了勃然大怒，拔出刀子，同朱光尚一起尋找明帝蕭鸞的鬼魂。找了半天沒有找著，蕭寶卷又用菰草扎成明帝的形狀，然後用刀斬下草人的腦袋，把它懸掛在東游苑的門上。