林沖回山後得知此事，自是將穆弘一頓訓斥，幸而相斗雙方穆弘和史進都未損傷，這才將穆弘一頓責罰後，就此揭過此事。
不過，這事雖然沒有釀下禍患，但卻為林沖敲響警鐘。梁山諸位兄弟，在山下之時，多是無法無天，甚至殺人放火如家常便飯的莽漢，如果不定下規矩，今後難免要生事端。
想及于此，林沖決定對山上眾位兄弟的職務進行劃分，並且將梁山正規人馬做一番整改。于是，林沖著人將吳用和朱武請來，三人一番商議之後，定下章程。
其後，林沖將山上眾位兄弟召集到聚義廳，宣讀了章程。
算上從少華山新投的兩千余名嘍中挑選出來的一千一百二十名青壯，如今，梁山共有兵士五千三百六十九人，其中時遷帶走了十九名傳令兵進東京監視童貫，石秀帶走了十人進行地形勘察及繪制地圖工作，李俊帶走了三百名兵士進行海戰訓練，山上剩余兵士五千零四十人。
這次整改，便是將這五千余名兵士細分為步兵，騎兵，炮兵及水兵。其中步兵三千人，取名七殺，由魯智深負責，李逵、晁蓋、劉唐為其副手；騎兵一千二百人，取名貪狼，由欒廷玉負責，牛行、陳達、楊春為其副手；炮兵三百人，取名破軍，由凌振負責，凌動為其副手；水兵五百人，取名海豹，由阮小二負責，阮小五、阮小七、童威、童猛為其副手。
此外，任命吳用為水泊山莊左軍師，朱武為右軍師，王倫依舊負責山莊雜務，朱貴和李立負責梁山美酒在北方的輸送和銷售事宜，杜遷和宋萬負責梁山美酒到南方周家的輸送事宜。至于，未在山上的時遷、石秀、李俊及張橫張順兩兄弟則暫時負責其任務，待任務完成後再做安排。
最後，林沖宣布從五千余名兵士中挑選三十到一百名兵士，成立一支特殊軍隊，取名虎魄，由武松負責，穆弘和史進為其副手。
章程宣讀完畢後，眾人對林沖安排自無異議。
于是，林沖提出特種兵挑選標準，命眾位兄弟從五千余名士兵中一一挑選。如此，眾人共挑選出了兩百人，接著林沖親自出馬，又將這兩百人一一篩選，最終篩選出四十人作為虎魄的第一批訓練成員，至于其最終能否成為虎魄正式成員，要看最後的考核結果。
選出這四十人後，林沖開始著手軍隊建制，其中步兵、騎兵已經大致成形，只需稍加變動便可，炮兵和水兵則是新建，需要重新篩選。炮兵篩選林沖交由凌氏兄弟全權負責，水兵篩選林沖也只是稍提了些建議，便交由阮氏兄弟及童氏兄弟負責。
而林沖自己則開始著手虎魄特種兵的訓練。在挑選虎魄成員之時，林沖首重性格，其次才看資質和身手，身手可以訓練但性格卻難以改變，作為一名特種兵，必須具有冷靜、果敢、不懼艱難的品質，因此，在這五千多兵士中，林沖只挑選出了四十人，可謂百中取一。
林沖將二十二世紀的那一套特種兵訓練方式，根據當前實際情況加以改變，便成了虎魄的訓練方式。此外，林沖專門為虎魄設計三稜軍刺作為武器，另傳授擒拿格斗，軍刺搏殺術、飛刀之術以及隱匿暗殺之術。
虎魄不會正面對敵，專行暗殺以及奇襲，因而其成員將個個被訓練成出類拔萃的高手，尤其擅長中段距離，特別是十步以內一擊制敵。
在水泊山莊進行軍隊編制以及特種兵訓練的同時，山下荒地拓田的工作也沒有停滯下來。吳用、朱武及王倫在林沖的安排下，組織梁山別園勞力以及林家村災民，對梁山水泊到獨龍岡之間的荒地進行了轟轟烈烈的拓荒行動。
如此，一個月後，吳用等人拓田三千頃，將梁山水泊與獨龍岡之間的大部分荒地開拓為田地，
得到消息後，林沖命人將封存的十萬貫‘生辰綱’取出，並將之運到林家莊，召集災民後，林沖道︰「諸位鄉親，如今洪水已退，諸位若要返鄉，林某提供盤纏，每人兩貫，若留在此地，每人可分田地五畝，一應種子耕具俱由林某提供。」
此言一出，災民頓時跪倒一片。
「大善人吶！」
「再生父母呀！」
「林大善人，我們願意留下！」
……
……
一陣紛亂之後，林沖著吳用等人為返鄉的災民分發盤纏，如此，大約有五千人選擇了返鄉。
接下來，林沖將留下的三萬五千余災民，按照每十戶為一保，設保長；每五十戶為一大保，設大保長；每十大保（也就是五百戶）為都保，設保正及副保正的方式對災民進行了劃分。如此，這三萬五千多人，八千余戶，便被分成了十六都保。
至于保長、大保長及保正副保正的人選則由災民中德高望重者擔任。如此，這些災民也就成為了林家莊正式莊戶，並且得到了官府認可，張縣令親自命人前來林家莊編排戶籍。
將林家莊莊戶劃分完後，林沖命吳用等人帶領各都保保正及副保正分配田地，其後，命這些保正及副保正將分配到各都保的田地逐級分配到各個莊戶。
如此分配完畢後，拓荒出來的田地尚余一千兩百頃，自然被林沖作為軍屯田由梁山兵士統一耕種。
卻說，這日林沖正在訓練虎魄兵，忽然得到一個消息，不禁大喜。原來，前些日子，林沖便派了探子前去二龍山一探究竟，看那‘青面獸’楊志在被奪取了生辰綱後，是否按照命運的步伐搶了二龍山落草？畢竟少了魯智深，楊志是否落草二龍山便是未知之數。而這探子上了二龍山一番打探之後，得知二龍山頭領正是‘青面獸’楊志，連忙回來報知林沖。
林沖當即將正在與虎魄兵一同訓練的武松叫來，道︰「武松兄弟，你先將手頭的訓練交予穆弘和史進，隨我下山一趟。」
武松自是欣然領命。
這些日子武松跟著虎魄兵一同訓練，雖然吃了不少苦頭，但是心中卻十分甜蜜，一來是潘金蓮對他百般照顧，讓武松沉浸在柔情蜜意的溫柔鄉中；二來則是他大哥武大郎武植，在洪水退後，被林沖派人從清河縣接來，兄弟兩年未見，如今相見自然喜從心生。