李岩、李牟兄弟不疑其中有詐，坦然地把盞共飲起來。酒過三巡，牛金星突然發難，擲杯于地。事先埋伏于帳後的一群士卒手執大刀搶到席上，不容分說，就將李岩、李牟二人砍倒在地，當即身亡。這件事一傳出來，軍中大嘩，幾乎所有的將士都不相信李岩會叛變。宋獻策一向與李岩交好，听說了這件事後，激動的跑到劉宗敏處，流著淚說︰「主上本來指望東山再起，如今卻听信牛金星的讒言，自相殘殺起來。李岩忠心耿耿，竟慘遭殺戮。怎能讓人心服？」劉宗敏的傷還沒有完全養好，一聞此訊，目眥俱裂，他憤怒地叫道︰「牛金星這狗東西沒有一箭之功，竟膽敢擅殺兩員大將，如果落到我手中，我非宰了他不可！」這麼來，大順軍中開始將相離心，分裂的陰影越來越重。特別是一些在李自成起義後期加入的將領，更是人人自危，心想連李岩這樣毫無無錯的功臣都被誅殺，他們又如何能自保。結果，逃亡的文臣武將越來越多。李自成面臨的局勢日愈嚴峻。他重新部署兵力，分路出師，自己則退守西安。
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清兵在吳三桂的引導下大舉入關，攻佔了北京城，一路追殺大順農民義軍又連連告捷，實在有些喜出望外。他們一開始還打著為明帝復仇的旗號，後來則干脆自己公然取而代之。1644年9月，清順治帝從沈陽遷來北京，定北京為清朝的首都。但是，滿清心里明白，李自成和張獻忠不除，他們還是不能高枕無憂。張獻忠仿佛是對滿清挑戰，于這年10月在四川成立了大西政府，以成都為西京，以原來的蜀王宮殿為行宮，以王府正殿為承天殿，改元大順，定國號為大西，稱西王，命部下稱自己為「老萬歲」。而李自成仍踞守關中，8月21日，還在西安為自己的誕辰慶祝了一番。在這兩個義軍領袖中，清攝政王多爾袞更不敢小覷的還是李自成。
于是，清朝于10月下旬盡出八旗主力，合明朝降軍，分兩路向大順發動了全面進攻。第一路是以和碩英親王阿濟格為靖遠大將軍，率領吳三桂、尚可喜等滿漢蒙聯軍，由大同進發，穿越榆林入塞，進犯李自成的根據地陝北；第二路是以和碩豫親王多鐸為定國大將軍，率領明降將孔有德等滿漢諸軍，先假作進攻江南，暗中卻由豫北渡過黃河，直撲潼關。兩路清軍事先相約，在西安會師，均志在必得。臨行前，多爾袞再三對部下說︰「破了關中，則大業可成！」
1645年的正月，大順軍與清軍在潼關展開激戰。大順軍將領劉芳亮奮勇抵抗，清軍運來紅衣大炮攻關，雙方苦戰了三天三夜，均傷亡慘重。最後，大順軍終于支撐不住，邊關失陷了。這時，陝北前線也激戰正酣，李過、高一功率領大順軍，堅守榆林、延安一帶，與清軍各有勝負。不久，李自成得知阿濟格即將由寧夏南下，知道連西安也守不住了，于是又焚燒了宮室，帶著士卒和老營家屬匯合從潼關撤回的部隊約13萬人，于正月十三日撤離西安，一路南下。
听說多鐸已經攻佔西安，多爾袞忍不住拍手叫道︰「大業可成！大業可成！」為了保存大順軍的實力，李自成在南下的教程中，一路匯合原來根據地的駐軍兵力，人馬漸增至20萬。然而，當李自成到襄陽之時，投機分子牛金星看到義軍節節敗退，大勢已去，便悄悄逃走了。後來，他甚至還讓自己的兒子、原任大順政權襄陽府尹的牛佺當了清朝的小官。自己則龜縮在兒子的官衙內，逍遙地當起了老太爺。至此，李自成才追悔莫及，痛恨自己不辨忠奸，謀殺了李岩。而李過、高一功在延安苦守了20余天之後，听說李自成已經南下，便突圍而出，率軍尋找李自成的大部隊。
李自成這時對大順軍還是有信心的。大軍雖然一路南撤，但他仍不忘整肅軍隊，增強戰斗力。雖然遭受了極大的挫折，他仍然保持了昂揚的斗志，堅信自己會像以前一樣，再次從挫折中奮起。
十五、千古悲歌
在內外交困之中，李自成終于流盡了他最後一滴血！一代豪杰最終竟騫促地喪于山野土寇之手，必然乎？偶然乎？一曲悲歌在沉默的歷史中，嗚咽著畫出一個巨大的問號！李自成領導的農民起義，終于悲壯地落下帷幕，但是李自成臨終前那一聲嘆息，卻足足持續了三百
多年。
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1645年5月4日，李自成率軍進入了湖北通山縣境內。途經離縣城80里之遠的宮山時，他命令大軍先行，自己率領養子李雙喜等28騎登上山頭，觀察此山的地形，想看看有沒有可能把這里作為休兵養馬、東山再起的營地。但他看到此山雖然地勢險峻，但人煙稀少，不易籌集兵源，便打消了念頭，和眾人一起往山下走去。
不料，阿濟格所部的清軍在山下與李自成的主力遭遇，而且擊敗了大順軍，只是沒有找到李自成。清軍從俘虜的士卒口中得知李自成公帶了20多人上山，便循山路大肆搜索。
李自成見事態危急，倉促之間躲進了一個巨大的山洞黃躲洞之中。清兵搜到洞口時，沒有發現里面有人。李自成一直等到清兵撤圍才從洞中出來，會合了李雙喜和親兵劉伴當等五六個人，來到小沅堡。正巧遇上山洪暴發，阻住了去路，無法追趕上往通城的大隊人馬。李自成打算沖過沅口寨再作道理。不幸的是，就在沅口寨，一小股土匪發現了李自成的蹤跡。為首的程九百並不知道他就是威名赫赫的李自成，只是覺得的這人可能有油水可撈，便沖上去。李自成等人與他們且戰且退，程九百沿途大呼，喚來其他匪徒聯合追殺，終于在牛跡嶺小月山下把李自成等人包圍了。
激戰中，李自成與部下失散，他一個人驅馬左沖右突，依然沖不出包圍。他索性跳下馬來，揮刀怒吼，一連斬殺了幾個狂徒，嚇得其他匪徒連連後退。但是，李自成自己也筋疲力盡了。他倚在一塊山石上，大口大口地喘著粗氣。歇了一會兒，他又喚來自己的坐騎，翻身上馬，打算奪路突圍。正往外沖時，一只利箭射傷了他的肩膀，他翻身落馬。
程九百一見，立即趁機沖上來，扭住了李自成。兩個人展開了肉搏。李自成拼盡全力，終于把程九百壓在身下，一只手去身後抽劍。但寶劍太長，掛劍的環紐又是活動的，一時竟抽不出來。程九百則在他的身上亂蹬亂踢，狂呼救命。就在這生死關頭，程九百的外甥金華猛撲了過來，從李自成的身後用鏟子狠狠擊向他的頭部，鮮血頓時狂涌了出來。李自成再也沒有力氣站起來了！那伙匪徒一擁而上，舉起了手中的刀劍……
這伙罪惡的匪徒，殺害了李自成後，瓜分了他身上的東西和戰馬，棄尸而去。第二天，路過的農民發現了李自成的尸體，十分同情，用一領草席裹著，就近掩埋了。曾經縱橫天下使300年大明江山亡于一旦因而改寫了中國歷史的一代豪杰，就這樣血灑荒山，抱恨終生！
李自成不幸遇難，對于大順軍主力來說，是一個意外的沉重打擊。噩耗傳來，滿營俱哭。巨大的悲痛使得數以萬計的將士幾乎不知所措。他們在通山、蒲圻境內，足足駐扎了三個月之久，才含恨離去。
李過、高一功終于渡過長江，追上了原由李自成率領的大軍。兩路義軍于**月間相會于荊南的松滋。檢點兵馬，共有騎兵3萬，步兵六七萬，連同家屬，總計有30萬之眾。只是在南下途中，劉宗敏、宋獻策戰敗被俘，後也不屈就義。
一直跟隨李自成南下的田見秀含著眼淚把李自成留下的玉璽鄭重地交到李過手上。從此，李過擔當起了主帥重任。
當時，明朝的宗室在南方又建立了一些小朝廷，史稱「南明」。在民族矛盾首當其沖的時刻，大順軍余部決定與南明的軍事力量聯合起來，共同抵抗清軍的入侵，成為抗清的一支頗具威懾力的生力軍。
到了1649年，李過、高一功等相繼病故，李過的養子李來亨等人還率領余部轉戰湖北巴東等地，不屈不撓地繼續抗清斗爭，被稱作「夔東十三家」，最盛時人數達20萬。李來亨還曾經在鄂西山區的興山縣茅麓山建立了抗清根據地，屯田練兵，堅持斗爭達13年之久。
張獻忠也曾率大西軍力抗清軍的圍剿。1645年11月，清順治皇帝向張獻忠下了一道招撫詔書，詔書中軟硬兼施，威逼利誘，要張獻忠歸降，但張獻忠根本不理，怒扯詔書，揮師北上迎擊清軍。不幸消息被奸徒向清軍告密。12月，清兵在川北西充的鳳凰山，乘著大霧設下埋伏。等到張獻忠率大軍一到，清軍將領雅布蘭一箭射中張獻忠的咽喉，張獻忠當即落馬。清兵乘機掩殺過來，大西軍猝不及防，四散奔逃，竟沒有來得及把張獻忠搶回。當清軍俘虜張獻忠回營時，他傷勢已重，雖然說不出話來，仍然瞠目怒視敵人。大西軍已降清朝的一些將領，見狀為之震懾，不由團團拜伏在他周圍，很快，張獻忠就壯烈犧牲了。其余部在後來的十余年中，也與南明合作，依然是抗清的一支中心力量。