8月20日，光緒帝又任命改良派重要人物湖北候補知府譚嗣同、刑部候補主事劉光第、內閣候補侍讀楊銳、內閣候補中書林旭擔任四品餃章京，處理新政事宜。
但戊戌變法新政一開始便遭到原來各大臣的抵制。與此同時眾多利益受到侵犯的頑固勢力聚集到慈禧身邊，請求她出面制止變法。于是慈禧太後決意破壞變法，發動政變。
8月22日，慈禧令榮祿調兵遣將，聶士成部駐天津陳家溝，董福祥部駐京師長辛店。
翰林院編修李盛鐸奏請光緒帝奉慈禧太後去長辛店閱兵，以乘機脅迫光緒帝讓位。
9月9日，光緒帝密詔楊銳，「朕惟時局艱難，非變法不足以救中國，非去守舊衰謬之大臣，而用通達英勇之士，不能變法。而皇太後不以為然，朕屢諫，太後更怒，令朕位幾不保。當康有為、楊銳、林旭、譚嗣同、劉光第，可妥速密籌，設法相救。朕十分焦灼，不勝企望之至。特諭。」
鑒于光緒帝處境危險，譚嗣同于9月13日夜訪在長辛店董福祥部，要求他舉兵殺榮祿，圍頤和園以救光緒帝。董福祥慨然應允，但當晚就密報榮祿。
不知情的光緒帝于9月15日還召見董福祥，董福祥建議他召張之洞襄助。9月17日，康有為訪英國傳教士李提摩太，請英國公使相助，未應允。
9月18日下午2時以後，也就是光緒皇帝離開頤和園、返回紫禁城不久，御史楊崇伊懇請太後再次訓政的奏折，被送到了慈禧手里。
接到奏折時，慈禧正在看京劇。對政治動向極為敏感的慈禧太後深感問題的嚴重性，她聯想到連日來內務府大臣立山等人的密報︰「皇上已派人到各個公使館，要求外國干預，廢除太後。」又聯想到變法以來光緒皇帝未經請示就罷免六堂官、任命軍機四章京、要開懋勤殿組建自己的顧問班底等強硬措施，更感到自己的權威受到了嚴重挑戰。思量了半晌，當晚**點鐘，她才定下決心，明日一早就回宮去，進行實地查驗。
次日一早，慈禧太後叫來了自己的轎子，上了去紫禁城的路。她沒帶軍隊，只由她可以全力依靠的自己宮內的那些太監護衛著，一旦出起事來也足夠可以抵擋皇上的那些太監了。
皇上听說她已在路上的消息之後，就派人送信給康有為等，叫他們逃走，並想辦法挽救時局。這時，軍機章京楊銳卻入宮求見光緒。
光緒詫異都這個時候楊銳還入宮干嗎。他一見楊銳後馬上就說︰「楊愛卿，此時怎麼還入宮，速速離去。」
楊銳對道︰「皇上，此時變法恐難持續，皇帝之位亦憂，如今何法皆試而無一無用，如今天下間能保皇上者唯有一人。」
光緒不明白，這個時候還有誰能救得了自己，忙問︰「何人？」
楊銳回道︰「兩江總督劉飛揚。」
光緒一愣，片刻之後他恍然說道︰「劉飛揚？此人乃太後之心月復，他能來救自己？」
楊銳道︰「劉大人，一直心系變法，他們在上海、台灣、兩江所做皆為變法之事。臣數年之前就與他會過，還是劉大人最早與臣談起改良之事。數日之前，皇上給臣下了密詔，君父之急，眾人皆無法。臣就給劉大人發了份電報，劉大人馬上回電，系為改良，皇上旦有所使可對他下詔。」
光緒感到不可思議，他與劉飛揚一向不睦，多次相對。讓劉飛揚來救自己，這怎麼可能呢？
楊銳急道︰「此時，不可猶豫，皇上速下決斷。」
光緒已如溺水之人，有一根稻草也不能放過。他對楊銳道︰「可令劉飛揚進京勤王。」
楊銳道︰「還需皇上的詔書。」
光緒提筆，又放下，咬破手指寫到「著兩江總督劉飛揚進京勤王」，然後蓋上大印。
楊銳接過詔書，馬上離開紫禁城。一出紫禁城，東風社京師站的人立即接他出城。楊銳帶著光緒血詔，由東風社護送直奔天津，劉飛揚已安排了快船在天津接應。
早在數年前，劉飛揚就安排了四個深度潛伏之人，一個為潛伏日本的中村成知，即上官成知。第二個就是楊銳，他在東風社青浦基地密訓了半年了，劉飛揚讓他出仕，之後又加入改良派。劉飛揚讓楊銳潛伏在改良派中，就等著這一天，讓光緒給他進京勤王的詔書。
上午10時20分，光緒得了第三次密報，其時太後的鸞輿正在匆忙地抬進宮門。
光緒對劉飛揚並無多少指望，因為早已死心塌地的緣故，精神反而覺得安定了許多。他和珍妃就在很少的幾個太監的掖護之下，整好衣冠，走到最外面的一座大殿前的石坪里跪著，靜待太後到時接駕。
慈禧的一幫侍衛，都堆著怪驕傲的神氣走進來，仿佛是專門隨著太後來拿辦光緒的。不久，太後自己也從鸞輿里慢慢地跨下來了。光緒大著膽，偷眼望她一瞧，只見她滿面怒容，顏色泛白，白中透青，真像一個打算跟人家拼命的老太太一樣。這倒也是怪不得她的，因為當她從頤和園回到大內這一段路是相當長的，她老人家獨坐在鸞輿內，盡把這件事翻來覆去地想著，自然愈想愈惱了。
光緒雖然說得十分懇切，無奈慈禧已不願再跟他多費唇舌。因此，她就憤憤地把手一揮，制止他再說下去。
「別再給我花言巧語了，現在只有很干脆的幾句話︰你要知道這天下是老祖宗們打下來的，他們所定的一切法度、一切規矩，當然都有他們的道理。我們做子孫的人，要保守這個基業，就只有完全遵守這些法度和規矩的一個法兒，你是什麼人，配來變動它們啊！要如真照你想的那些混賬新法兒攪下去，我們大清的天下，怕不要在你手里斷送掉嗎？如今你自己也該明白了，你到底配不配再當這個大清的皇帝？快給我想一想看，你現在應該如何收拾才好？」
這句話一說，光緒心里是立刻明白了。他知道自己的政治生涯已到了不能不暫時結束的地步了——當初他真以為是暫時的結束，不料後來卻變為永遠的休止。于是他重復再磕著頭說︰「親爸爸，孩子懂得了，明天孩子馬上草一張詔書下去，把掌理國家大事的權柄依舊請你老人家來執掌，因為孩子實在太沒用了。」
光緒皇帝的九五之尊得自太後，此次犯錯，便撲倒在母後腳下，承認錯誤，懇請母後「示兒如何治國」。
慈禧只是一揮手，待衛上前帶走光緒，將光緒皇帝囚禁于中南海瀛台；然後發布訓政詔書，再次臨朝「訓政」。
戊戌政變後，21日，慈禧下令捕殺在逃的康有為、梁啟超、楊銳；逮捕譚嗣同、楊深秀、林旭、劉光第、康廣仁、徐致靖等人。所有新政措施，除7月開辦的京師大學堂外，全部都被廢止。
第一百八十七章戊戌政變
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